QKI促進NSCLC細胞中circNDUFB2的生物發(fā)生 circNDUFB2和NDUFB2均來自NDUFB2 pre-mRNA,而NDUFB2 mRNA在NSCLC中略有上調(diào)。因此,推測circNDUFB2的下調(diào)在轉錄后發(fā)生。我們在circNDUFB2中搜索與潛在QRE匹配的序列。接下來進行了RIP分析,確認QKI確實與NDUFB2 pre-mRNA中的假定QRE結合。在NSCLC細胞中QKI過表達可能會上調(diào)circNDUFB2。 這些數(shù)據(jù)表明,QKI與NDUFB2 pre-mRNA的circNDUFB2形成外顯子側翼的內(nèi)含子結合,從而促進circNDUFB2的形成。 英拜生物對實...
通過circRNA芯片分析了三對NSCLC樣品中circRNA的表達譜,總共鑒定出109個circRNA失調(diào),33個上調(diào),76個下調(diào)。qRT-PCR驗證52個配對NSCLC樣品中**差異circRNA的表達。circNDUFB2是**顯著下調(diào)的circRNA。臨床分析發(fā)現(xiàn)circNDUFB2高表達與NSCLC患者的**大小、淋巴結轉移和分期呈負相關。結果表明,circNDUFB2在NSCLC中經(jīng)常被下調(diào),并且與NSCLC的惡性特征呈負相關。circNDUFB2由NDUFB2基因的外顯子2–3產(chǎn)生,長度為249nt。circNDUFB2可由發(fā)散引物擴增,收斂引物不能擴增。核酸酶消化證實circN...
此外,我們還鑒定了涉及**白復合體和剪接體的蛋白質(zhì)。核孔復合體(NPC)和NCT通路的組成部分是tbi后上調(diào)的主要蛋白子集(圖1圖補充1F)。鼻咽*通路此前尚未被認為與創(chuàng)傷介導的神經(jīng)退行性變有關,但據(jù)報道,在ALS/FTD、AD、HD和其他神經(jīng)退行性疾病中,鼻咽*通路被破壞。因此,我們決定進一步研究鼻咽*改變介導TDP-43在TBI中的病理變化。蛋白質(zhì)組學分析顯示,一些Nups在腦損傷時被上調(diào)(圖1D和E)。對這些Nups的定量逆轉錄酶聚合酶鏈反應(qRT-PCR)分析證實,TBI***上調(diào)Nup93-2、Nup54、Nup62、Nup44A,和Nup214 mRNA水平的果蠅幼蟲(圖1F I...
我們鑒定出了幾個可能與LINC00926相互作用的蛋白,包括兩個E3連接酶,STUB1和E6AP(圖4F)。免疫印跡進一步證實,只有STUB1與LINC00926相互作用,而E6AP則沒有(圖4G)。此外,RIP分析也表明,PGK1和STUB1免疫沉淀中,LINC00926***富集(圖4H)。此外,LINC00926增強了STUB1介導的PGK1泛素化(圖4I)。敲低STUB1**減弱了LINC00926對PGK1泛素化的影響(圖4J)。這些數(shù)據(jù)表明,STUB1在LINC00926調(diào)控PGK1泛素化過程中起著關鍵作用。與LINC00926對STUB1介導的PGK1泛素化的影響一致,LINC0...
在缺氧條件下的持續(xù)***誘導不同的細胞內(nèi)程序 已知的缺氧信號靶點BNIP3在缺氧下升高,mTORC1在持續(xù)刺激下被***(圖3a)。從這四種條件中獲得的RNA序列被用來比較培養(yǎng)物和之前公布的數(shù)據(jù)之間的轉錄組。主成分分析顯示,所有四個群體的轉錄組都不同(圖3b)。缺氧條件下的持續(xù)刺激并沒有誘導持續(xù)刺激和缺氧誘導基因的組合,而是驅動了一個不同的轉錄譜(圖3c)。基因本體論表明,連續(xù)刺激條件之間共享的基因簇與負調(diào)控和代謝變化相關(簇3和簇5)(圖3b)。與缺氧條件下持續(xù)刺激相關的基因(聚類1和7)主要由抗病毒和抗增殖基因驅動。 有肝轉移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯...
5)Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物介導了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉移的積極作用 此前,我們發(fā)現(xiàn)IGF-1可以通過誘導補體C1q結合蛋白(C1QBP)從細胞質(zhì)轉位到膜上,驅動CD44v6/C1QBP復合物的形成,從而***IGF-1下游通路。因此,我們很想知道C1QBP是否通過CD44v6相互作用參與Pex誘導的HSC活化。我們的結果表明C1QBP在Pex中的表達明顯高于Npex(圖6A)。如圖6B所示,C1QBP在Pex孵育的HSCs中表達高于Npex組。同時,與Pex處理的細胞相比,C1QBP-kdPex處理HSCs后C1QBP蛋白水平***降低(圖6B)。與Pex...
利用METABRIC數(shù)據(jù)集,我們評估了1459例ER+乳腺*中17個常見Wnt/β-catenin通路基因的表達,包括幾個Wnt靶基因(圖7a)。為了確定INPP4B是否促進PI3K和Wnt/β-catenin通路之間的對話,我們用增加劑量的PI3K抑制劑BKM120(0.5和1M)處理gfp載體和GFPINPP4BMCF-7細胞,并測量Wnt靶基因AXIN2、LEF1和MYCN的mRNA表達(圖7bd)。在gfp載體細胞中,低劑量的BKM120對Wnt靶基因表達的影響**小,而高劑量的Wnt基因表達降低。在GFP-INPP4B表達細胞中,低濃度的BKM120部分挽救了Wnt基因表達的增加,在...
2020年12月,埃默里大學在Cell Rep(IF=8.087) 雜志上發(fā)表了文章“Endothelial Reprogramming by Disturbed Flow Revealed by Single-Cell RNA and Chromatin Accessibility Study”。此報道在PCL后,使用從小鼠頸動脈腔內(nèi)獲得的富含內(nèi)皮細胞的單細胞和細胞核進行了scRNA-seq和scATAC-seq檢測,以確定d-flow和s-flow對基因轉錄本和染色質(zhì)可及性譜的基因組和表觀基因組調(diào)控的差異影響。對scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)的單獨分析以及對兩個數(shù)據(jù)集的綜合分...
2)在體內(nèi)和體外,DRD2的表達抑制BrCa細胞的**發(fā)生 構建過表達DRD2的MDA-MB231和BT549細胞,通過RT-PCR(Figure2A)和WB(Figure2B)驗證。CCK8實驗證明,DRD2異位表達抑制**細胞生長(圖2C)。在單層集落形成實驗(圖2D)和軟瓊脂形成實驗(圖2E)中,DRD2也損害了存活能力。并進行細胞凋亡和細胞周期分布分析。DRD2的表達***促進了BrCa細胞凋亡(圖2F),并阻斷了MDA-MB231和BT549在G2/M期的凋亡(圖2G)。此外,過表達DRD2促進了BrCa細胞對PTX的敏感性(圖2H)。在傷口愈合實驗中,異位表達的DRD2比...
然后使用單細胞RNA-seq來描述移植后30天脾臟中存留的T細胞的轉錄譜(Fig. 4G)。使用pseudobulk RNA-seq分析和預轉移體外培養(yǎng)的基因比較,生成了持續(xù)細胞的基因標記,其標志是記憶相關基因(Sell,F(xiàn)oxp1,Tcf7,Cd7,Il7r,Klf2,Ccl5)的高表達和效應相關基因(Gzmd,Ifng,Prf1,Gzma,Gzmb)的低表達(Fig. 4H-I)。對先前的體外單細胞數(shù)據(jù)(Fig. 2H-J)的進一步分析顯示,CDK4/6i處理后,具有這種持續(xù)性特征的細胞頻率從7.5%增加至26.8%(Fig. 4J-K)。這些數(shù)據(jù)表明,抑制CDK4/6促進T細胞向真實的記...
造血干細胞早期命運決定的機制在很大程度上尚不清楚。據(jù)推測,譜系特異性轉錄因子(TFs)在噪聲閾值以上的隨機表達可以鎖定一個細胞進入一個獨特的細胞命運。與此相一致的是,在多能造血細胞中觀察到與拮抗譜系相關的基因的共表達,包括關鍵的TFs,這表明在多能細胞室中存在一些細胞亞群,這些亞群允許細胞在譜系承諾之前的命運相反,這一現(xiàn)象被稱為啟動。**近,人類hspc的單細胞RNA測序(scRNA-seq)引入了一個不同的啟動概念。對成人骨髓和胎兒肝臟造血的研究已經(jīng)確定了造血干細胞和多能祖細胞(MPPs)的亞群,這些亞群具有協(xié)調(diào)表達的標記基因,特異于不同的單胎分化程序,并沿著所有分化分支逐漸增加。有一些跡象...
為了了解白樺素和他汀類藥物的抗DIO作用,進一步分析了脂質(zhì)吸收,體力活動和能量消耗。在洛伐他汀***的小鼠中,盡管呼吸商(RQ)增強,表明從體內(nèi)利用葡萄糖和蛋白質(zhì)進行能量生產(chǎn)已超過脂質(zhì)氧化,但耗氧量和總能量消耗仍與WD喂養(yǎng)的小鼠相似(圖4F-4H)。另一方面,用洛伐他汀喂養(yǎng)的小鼠的糞便膽固醇和甘油三酸酯(TG)顯著增加(圖4C和4D),表明洛伐他汀降低脂質(zhì)吸收或增加脂質(zhì)排泄,從而拮抗DIO。這一觀察結果與以前的報告是一致的。另一方面,白樺素對脂質(zhì)吸收/排泄沒有影響(圖4C和4D)。高通量測序的后續(xù)成文服務。結腸炎課題實驗外包 自噬“貨物”是有選擇性裝載的,其中主要依靠LIR基序與LC3互作,...
3、外泌體S100A4是HCC細胞轉移潛力的關鍵增強子 為了探究通過HMH-exo增強HCC轉移能力的關鍵,作者對LMH-exo和HMH-exo進行了iTRAQ質(zhì)譜篩選。結果從HMH-exo中鑒定到116個***上調(diào)和43***下調(diào)的蛋白質(zhì);結果發(fā)現(xiàn)了4個蛋白家族的聚類:Apo、PSM、EEF/EIF和S100鈣結合蛋白家族(圖3a-b)。經(jīng)過文獻分析,作者主要關注了S100鈣結合蛋白家族,并以其中*****差異表達的4個蛋白為主:依次是S100A4,S100A6,S100A10,和S100A11。作者檢測了這4個蛋白在5個HCC細胞系外泌體中的表達豐度,結果發(fā)現(xiàn)依然是S100A4的...
英拜生物是國內(nèi)**早承接各類高通量測序科研項目以及后續(xù)功能實驗服務的公司之一,可以為繁忙的廣大科研工作者提供從標書修改、課題設計、實驗外包、論文修改、潤色等一系列服務。在標書服務中,我們可以針對目前各研究領域的研究現(xiàn)狀,為客戶提供專業(yè)的課題指導以及新穎的實驗思路,以確保在課題的新穎和思路的可行性上取得較好的優(yōu)勢。另外,我們還提供基金標書的修改,潤色,專業(yè)內(nèi)容的提點等服務,***增加標書中標率。 解了我們的優(yōu)勢,心動的您需要提供哪些資料呢?我們的標書服務可分為兩類,所需資料如下:標書修改:研究立項依據(jù)及背景,研究內(nèi)容,實驗技術路線,預期效果,經(jīng)濟效益。標書設計:研究方向及專業(yè)要求,科研...
此外,IF 分析還表明 FIR 過表達和敲低可以明顯逆轉 circACTN4 上調(diào)和下調(diào)對 MYC 表達的影響。IF發(fā)現(xiàn)與*旁組織相比,在BC 組織中 MYC 高表達。WB分析表明,F(xiàn)IR的上調(diào)和下調(diào)可以通過過表達和沉默circACTN4來抵消對MYC及其下游蛋白CDK4和CCND2表達的增強和抑制作用。綜上所述,上述結果進一步證明circACTN4可能與FUBP1競爭性結合,阻斷FIR對MYC的轉錄抑制作用,從而促進BC的**發(fā)生和進展。 CircACTN4促進體內(nèi)異種移植**的發(fā)生和轉移 為了評估circACTN4在體內(nèi)的致*作用,通過皮下注射和尾靜脈注射在裸鼠中建立人BC...
4)體外實驗表明,上調(diào)UCP1以減輕AKI期間的脂質(zhì)積累,可通過影響炎癥和凋亡,***抑制疾病進展 越來越多的證據(jù)表明,在AKI中有明顯的脂質(zhì)積累和UCP1的異常表達,并與腎損傷的嚴重程度有很強的相關性。為了確定脂質(zhì)積累是否影響AKI期間的細胞功能,我們首先使用UCP1過表達慢病毒和UCP1激動劑CL316243構建AKI細胞脂質(zhì)積累***模型。如圖4A所示,在AKI中上調(diào)UCP1***脂質(zhì)積聚,導致腎小管損傷指數(shù)、NGAL***下調(diào),說明UCP1***脂質(zhì)積聚可***減輕模型細胞的損傷。鑒于炎癥和凋亡是AKI細胞損傷**重要和直接的原因,我們對上述細胞模型中的炎癥和凋亡標記物進行了...
為了了解白樺素和他汀類藥物的抗DIO作用,進一步分析了脂質(zhì)吸收,體力活動和能量消耗。在洛伐他汀***的小鼠中,盡管呼吸商(RQ)增強,表明從體內(nèi)利用葡萄糖和蛋白質(zhì)進行能量生產(chǎn)已超過脂質(zhì)氧化,但耗氧量和總能量消耗仍與WD喂養(yǎng)的小鼠相似(圖4F-4H)。另一方面,用洛伐他汀喂養(yǎng)的小鼠的糞便膽固醇和甘油三酸酯(TG)顯著增加(圖4C和4D),表明洛伐他汀降低脂質(zhì)吸收或增加脂質(zhì)排泄,從而拮抗DIO。這一觀察結果與以前的報告是一致的。另一方面,白樺素對脂質(zhì)吸收/排泄沒有影響(圖4C和4D)。盡管每組小鼠的身體活動都相似(圖4E),但接受白樺素的小鼠的RQ升高(圖4F),其耗氧量和能量消耗也增加了(圖4G...
5.沉默lnc-PMIF促進老年OPCs向骨形成表面遷移,促進老年小鼠骨形成 BMSCs中沉默lnc-PMIF,增殖無變化,OPCs成骨能力不改變,細胞遷移數(shù)量高,表明沉默lnc-PMIF可增強老年OPCs的遷移能力,而不干擾老年OPCs的體外增殖和成骨分化。接受si-PMIF處理的老年BMSCs的小鼠中骨形成表面Dil+細胞數(shù)***升高,提示沉默lnc-PMIF可促進老年OPCs在體內(nèi)向骨形成表面遷移,大部分遷移的Dil+細胞中檢測到Runx2表達,表明si-PMIF處理的老年BMSCs遷移到骨形成表面發(fā)生正常的成骨分化,這將有助于小鼠的骨形成。接受si-PMIF處理的老年BMSC...
由于p65轉位到細胞核并促進其靶向基因的轉錄,假設NFκB/p65信號通路的***可通過p65的轉錄活性上調(diào)miR-934表達。在p65和miR-934啟動子之間發(fā)現(xiàn)了5個潛在的轉錄結合區(qū)域和2個特異性結合位點(Fig. 8d)。隨后,用miR-934啟動子中含有p65結合區(qū)域的載體轉染SW480和RKO細胞;ChIP實驗證明p65對miR-934的轉錄在-2002和-1500 bp(區(qū)域1)之間的區(qū)域內(nèi)***增高,在其他四個結合區(qū)域中未觀察到明顯變化(Fig. 8e)。這些數(shù)據(jù)表明,區(qū)域1可能在調(diào)節(jié)CRC細胞中p65介導的miR-934轉錄誘導中起關鍵作用。熒光素酶報告基因檢測證實p65對S...
四、FZD7是YTHDF1中真正的m6A修飾靶標 對于***腹肌Hippo或Wnt通路的13個轉錄本,我們采用了多步驟篩選策略(圖4A)。使用RIP結合qPCR驗證確定YTHDF1相互作用的轉錄本(4B)。Wnt途徑的FZD1、FZD7、CTBP2、MAPK9、MAP3K7等轉錄本,以及Hippo途徑的TP53BP1、PARD3、SMAD2、SMAD3等轉錄本均被YTHDF1抗體特異性免疫沉淀(4C)。YTHDF1基因敲除****降低了FZD7、MAPK9、SMAD2、SMAD3和PARD3的蛋白水平(圖4D),但它們的mRNA未受影響。m6A免疫沉淀反應(m6A-IP)和YTHDF1 e...
其次,采用UPGMA、PCoA和NMDS評估不同群體的腸道菌群β-多樣性。UPGMA聚類方法將對照組和PCOS大鼠樣本分為兩組,表明PCOS大鼠和對照組的腸道微生物分布不同。雖然DHEA + tempol組不能完全與DHEA + PBS組分離,但與DHEA + PBS組有所不同,說明給藥tempol影響了PCOS大鼠的腸道微生物分布(圖4G)。PCoA和NMDS分析進一步顯示,三組大鼠腸道總體微生物組成不同(圖4H-I),而Permanova/ Anosim分析表明,三組間差異***(圖4J)。上述結果表明,DHEA和tempol處理可影響腸道微生物的β-多樣性。ATM對PTEN的磷酸化導致P...
2.TYRO3使**細胞對抗PD-1***耐藥 在同系BALB/c小鼠模型中比較了Tyro3過表達(Tyro3-OE)和4T1-P細胞對抗mPD-1***的反應。在荷4T1-P**的小鼠中,抗mPD-1******減少**的生長,并延長了生存期。這些結果表明,盡管4T1-P**對抗mPD-1***有反應,Tyro3的過表達促進了這些**的耐藥性。為進一步確定在4T1-R耐藥細胞中抗PD-1/PD-L1耐藥是否需要TYRO3,敲除4T1-R細胞(TYRO3–/–)中的TYRO3。荷瘤Tyro3敲低細胞的小鼠對抗mPD-1***敏感,**生長***減少,小鼠存活時間更長。這些結果證明TY...
4)體外實驗表明,上調(diào)UCP1以減輕AKI期間的脂質(zhì)積累,可通過影響炎癥和凋亡,***抑制疾病進展 越來越多的證據(jù)表明,在AKI中有明顯的脂質(zhì)積累和UCP1的異常表達,并與腎損傷的嚴重程度有很強的相關性。為了確定脂質(zhì)積累是否影響AKI期間的細胞功能,我們首先使用UCP1過表達慢病毒和UCP1激動劑CL316243構建AKI細胞脂質(zhì)積累***模型。如圖4A所示,在AKI中上調(diào)UCP1***脂質(zhì)積聚,導致腎小管損傷指數(shù)、NGAL***下調(diào),說明UCP1***脂質(zhì)積聚可***減輕模型細胞的損傷。鑒于炎癥和凋亡是AKI細胞損傷**重要和直接的原因,我們對上述細胞模型中的炎癥和凋亡標記物進行了...
circNDUFB2觸發(fā)NSCLC細胞的免疫防御反應 為了研究參與circNDUFB2的信號通路,使用RNA測序(RNA-seq)進行了轉錄組分析。結果表明circNDUFB2過表達影響934個基因的表達水平,其中743個基因上調(diào),191個基因被下調(diào)。基因本體生物學過程(GO_BP)和KEGG途徑富集分析表明circNDUFB2觸發(fā)了免疫防御和I型干擾素(IFNs)信號傳導。基因集富集分析(GSEA)也表明目標基因的信號傳導途徑參與了免疫反應。確認了在circNDUFB2過表達的NSCLC細胞中一組免疫基因表達被上調(diào),而circNDUFB2敲低降低了NSCLC細胞中這些基因的水平。這...
piRNA-30473在DLBCL中升高,是DLBCL患者的不良預后因素 作者首先研究小RNA的表達水平與DLBCL患者的臨床相關性。通過分析微陣列數(shù)據(jù),與預后不良組(PP)比較,在預后良好(FPP)的病例中發(fā)現(xiàn)了4個***下調(diào)或上調(diào)的piRNAs(圖1A)。在這四個差異表達RNA的基礎上,作者進一步發(fā)現(xiàn)與預后良好(FPP)的患者相比,預后不良患者(PP)的piRNA-30473表達水平***升高(圖1B),且DLBCL患者高水平的piRNA-30473與較差的總生存率相關(圖1C)。綜上所述,piRNA-30473可作為預后的生物標志物,并可用于DLBCL患者的預后分層。 提供整體...
4、CDK4/6預處理增強功能性記憶CD8+T細胞的持久性 長期生存能力是T細胞記憶的基本特征。為了確定CDK4/6i處理的細胞在體內(nèi)是否表現(xiàn)出優(yōu)越的存活率,將未處理和CDK4/6i預處理的體外活化CD45.1OT-iT細胞轉移至同源CD45.2小鼠中,并通過流式細胞術評價其隨時間的持續(xù)性和表型(Fig.4A)。在30天內(nèi),在血液和脾臟中檢測到的預處理OT-I-T細胞的頻率明顯更高(Fig.4B)。30天后,未處理和預處理的OT-I-T細胞在血液和脾臟中的表型持久性相似,都具有記憶前體的特征(MPECs;KLRG1-CD127+)(Fig.4C)。為了評價CDK4/6i處理細胞的記憶...
磷酸肌醇3-激酶(PI3K)信號通路在**中經(jīng)常過度***。在胞外刺激下,I類PI3K在質(zhì)膜內(nèi)葉上轉化為磷脂酰肌醇3,4,5-三磷酸(PI(3,4,5)P3),通過肌醇聚磷酸5-磷酸酶快速轉化為磷脂酰肌醇3,4-二磷酸(PI(3,4)P2)。PI(3,4,5)P3和PI(3,4)P2共同增加了致*PI3K信號的中樞效應蛋白激酶AKT2,3的招募和***。PI(3,4,5) P3/PI(3,4)P2信號通路***質(zhì)膜上的許多其他效應因子,包括蛋白激酶PDK1,該蛋白激酶進而磷酸化AKT和其他AGC激酶,如SGK34。**抑制因子,磷酸酶和張力蛋白同源物(PTEN),將PI(3,4,5)P3轉...
與對照組相比,乳腺*來源的外泌體miR-138-5p降低了M1相關表型,相反,M2標志物增加并伴隨著CD163陽性細胞數(shù)的增加(圖6G-I)。用從乳腺*細胞中分離出來的外泌體處理THP-1細胞導致了M2極化,抑制miR-138-5p的表達可挽救這種極化(圖4J-L)。總之,這些結果表明外泌體miR-138-5p通過抑制KDM6B表達調(diào)節(jié)巨噬細胞極化。 5、KDM6B去甲基化酶活性增加了M1相關基因的表達 抑制KDM6B的組蛋白去甲基化酶活性可抑制其靶基因的轉錄。因此,使用雙熒光素酶實驗來分析M1靶基因的啟動子活性。KDM6B的過表達特異性地刺激了促炎因子IL-6、IL-1β和T...
在MKN45和BGC823細胞中,IRES突變時MAPK1-109aa不翻譯。因此,MAPK1與MEK1的結合沒有明顯變化。然而,過表達circMAPK1后,MAPK1與MEK1的結合***減少,而MAPK1-109aa與MEK1的結合***增加(圖7g)。因此,以上結果表明MAPK1-109aa與MAPK1競爭結合MEK1。隨后的Western blot結果也證實,在過表達circMAPK1的細胞系中,MAPK1-109aa***升高,磷酸化的MAPK1/2降低,而在circMAPK1敲低的細胞中則相反(圖7h)。此外,MAPK1的下游效應因子,如p-ELK1、p-c-Fos、p-c-JUN...
奧沙利鉑耐藥是結直腸*(CRC)患者***中的一個挑戰(zhàn)。調(diào)節(jié)性T細胞(Treg)以其免疫抑制作用而聞名,靶向Treg是提高化療敏感性的有效途徑。Treg是一種提高化學敏感性的有效方法。外泌體遞送的miRNA被用作預測化療敏感性的潛在生物標志物。然而,Treg和外泌體miRNAs之間的關系仍然很大程度上是未知的。本研究結果表明,**分泌的miR-208b通過靶向PDCD4促進Treg擴增,這可能與CRC中奧沙利鉑化療敏感性的降低有關本。這些發(fā)現(xiàn)突出了外泌體miR-208b作為奧沙利鉑***反應的預測生物標志物的潛在作用,并且它們是免疫***的新靶點。本研究于2021年4月發(fā)表于《Molecula...