5.沉默lnc-PMIF促進(jìn)老年OPCs向骨形成表面遷移，促進(jìn)老年小鼠骨形成
BMSCs中沉默lnc-PMIF，增殖無(wú)變化，OPCs成骨能力不改變，細(xì)胞遷移數(shù)量高，表明沉默lnc-PMIF可增強(qiáng)老年OPCs的遷移能力，而不干擾老年OPCs的體外增殖和成骨分化。接受si-PMIF處理的老年BMSCs的小鼠中骨形成表面Dil+細(xì)胞數(shù)***升高，提示沉默lnc-PMIF可促進(jìn)老年OPCs在體內(nèi)向骨形成表面遷移，大部分遷移的Dil+細(xì)胞中檢測(cè)到Runx2表達(dá)，表明si-PMIF處理的老年BMSCs遷移到骨形成表面發(fā)生正常的成骨分化，這將有助于小鼠的骨形成。接受si-PMIF處理的老年BMSCs小鼠骨表面TGF-β+細(xì)胞的平均積分光密度***更高，而TRAP+面積無(wú)***差異，表明si-PMIF處理的老化BMSCs可能影響細(xì)胞募集，而不是骨吸收。上述si-PMIF或si-NC處理的老年BMSCs對(duì)老年雄性小鼠進(jìn)行脛骨內(nèi)注射，4周后接受si-PMIF處理的老年BMSCs的小鼠骨量更高，脛骨干骺端微結(jié)構(gòu)更好，BMD和BV/TV更高，MAR和BFR/BS更高。這些結(jié)果證明，老年BMSCs敲低lnc-PMIF可促進(jìn)骨形成。 可以推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。纖維化課題一站式
與CD44v6敲低實(shí)驗(yàn)的結(jié)果相似，敲低Pex中的C1QBP在很大程度上抑制了α-SMA表達(dá)(圖6H)。過(guò)表達(dá)C1QBP并沒(méi)有上調(diào)α-SMA的表達(dá)(圖6I)。同時(shí)過(guò)表達(dá)CD44v6和C1QBP***增加了α-SMA的表達(dá)(圖6I)。與我們的體外研究一致，敲除Pex中的CD44v6或C1QBP逆轉(zhuǎn)了Pex誘導(dǎo)的HSC***、肝臟剛度增加和肝臟ECM重塑的作用(圖6J-L)。脾內(nèi)注射肝轉(zhuǎn)移模型(圖6M)顯示，與Pex組相比，注射了CD44v6-kd或C1QBP-kd的Pex組小鼠的肝轉(zhuǎn)移減少。這些結(jié)果表明，Pex衍生的CD44v6/C1QBP復(fù)合物介導(dǎo)了Pex對(duì)肝纖維化和PDAC肝轉(zhuǎn)移的積極作用。纖維化課題一站式阻斷atm依賴的磷酸化會(huì)損害DNA損傷后PTEN的亞細(xì)胞再分配。
然而，在單細(xì)胞方法中，尚未出現(xiàn)一種適用于所有三種模式的統(tǒng)一方法，這種方法可以應(yīng)用于高度特定的功能免疫細(xì)胞類型。我們系統(tǒng)地測(cè)試了PBMCs的全細(xì)胞和核純化和制備方法，以克服以往的分析只限于測(cè)量細(xì)胞表面的核成分(ATAC和核rna)或蛋白質(zhì)的局限性。我們發(fā)現(xiàn)完整的透性細(xì)胞的scATAC-seq表現(xiàn)非常好，在某些測(cè)量中超過(guò)了傳統(tǒng)的細(xì)胞核scATAC-seq(圖1b)。這一發(fā)現(xiàn)使得一種類似于轉(zhuǎn)錄組和表位的細(xì)胞索引(CITE-seq)的新方案能夠測(cè)量表面蛋白豐度和染色質(zhì)可及性:染色質(zhì)景觀和表位的整合細(xì)胞索引(ICICLE-seq，圖1a和3)。***，我們證明了我們優(yōu)化的可滲透細(xì)胞方法可以與基于液滴的多組學(xué)平臺(tái)相結(jié)合，從而能夠同時(shí)測(cè)量細(xì)胞的三個(gè)不同的分子隔間:mRNA(通過(guò)scRNA-seq)，蛋白質(zhì)(使用寡聚標(biāo)記抗體)和DNA(通過(guò)scATAC-seq)，我們根據(jù)轉(zhuǎn)錄、表位和可及性將其稱為T(mén)EA-seq(圖4)?？傊瑢?duì)單細(xì)胞水平上基因調(diào)控和表達(dá)的分子基礎(chǔ)有了新的、更統(tǒng)一的看法。
5、確認(rèn)PDCD4在調(diào)節(jié)Treg擴(kuò)增中的作用
隨后探究了PDCD4在調(diào)節(jié)Treg擴(kuò)增中的作用。如圖A-C所示，成功構(gòu)建了PDCD4的過(guò)表達(dá)和干擾表達(dá)細(xì)胞系。與對(duì)照組相比，PDCD4過(guò)表達(dá)***降低了Treg細(xì)胞的擴(kuò)增率，而干擾其表達(dá)則***提高了Treg細(xì)胞的擴(kuò)增率。表明PDCD4是負(fù)調(diào)節(jié)Treg細(xì)胞擴(kuò)增的關(guān)鍵基因。
6、**來(lái)源外泌體miR-208b影響體內(nèi)化療效果和**生長(zhǎng)
隨后作者探究了**來(lái)源外泌體miR-208b體內(nèi)對(duì)化療效果和**生長(zhǎng)的影響。用慢病毒轉(zhuǎn)染CT26細(xì)胞產(chǎn)生miR-208b過(guò)表達(dá)和miR-208b敲低細(xì)胞系。動(dòng)物實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)示意圖如圖7A所示，實(shí)驗(yàn)采用6組(每組10只小鼠)，其中3組使用奧沙利鉑，BALB/c小鼠植入CT26細(xì)胞，建立**植入模型。如圖7B-7D所示，miR-208b-OE組**生長(zhǎng)速度較快，而中miR-208-KD組**生長(zhǎng)明顯慢于對(duì)照組。 ***ATM對(duì)PTEN的磷酸化增加了DNA損傷后AKT和p27Kip1的***。
3.構(gòu)建微生物群共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)并進(jìn)行聚類分析
使用SparCC算法構(gòu)建差異ASV共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)。
分析并比較了腺瘤和對(duì)照組中生物標(biāo)志物的模式，將它們進(jìn)一步組裝成具有不同分類學(xué)組成的四個(gè)簇。這些簇與患者的年齡，性別和BMI等特征沒(méi)有緊密聯(lián)系。此外，還探討了CRC患者腸道菌群在24種生物標(biāo)記物組中的共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)，并產(chǎn)生了三個(gè)簇。聚類1的細(xì)小螺旋藻科物種被分配的ASV**少，而聚類2在分類學(xué)上是異質(zhì)的，在CRC個(gè)體中患病率較高。
4.結(jié)腸*、腺瘤分類模型的驗(yàn)證
結(jié)果表明，微生物來(lái)源的生物標(biāo)志物組在檢測(cè)大腸腺瘤方面優(yōu)于FIT，并且它們的組合可以提高非侵入性腺瘤診斷的準(zhǔn)確性。
5.在**隊(duì)列中驗(yàn)證結(jié)直腸腺瘤標(biāo)志物
本研究納入了另外兩個(gè)來(lái)自美國(guó)（驗(yàn)證組1）和中國(guó)（驗(yàn)證組2）的**隊(duì)列。驗(yàn)證隊(duì)列1由70名對(duì)照和102例腺瘤患者組成，而驗(yàn)證隊(duì)列2中有57例腺瘤患者和52例CRC患者。 完善的實(shí)驗(yàn)平臺(tái)提供可視化的建模服務(wù)。凋亡
提供分子生物以及到后續(xù)動(dòng)物建模的一整套服務(wù)。纖維化課題一站式
造血干細(xì)胞早期命運(yùn)決定的機(jī)制在很大程度上尚不清楚。據(jù)推測(cè)，譜系特異性轉(zhuǎn)錄因子(TFs)在噪聲閾值以上的隨機(jī)表達(dá)可以鎖定一個(gè)細(xì)胞進(jìn)入一個(gè)獨(dú)特的細(xì)胞命運(yùn)。與此相一致的是，在多能造血細(xì)胞中觀察到與拮抗譜系相關(guān)的基因的共表達(dá)，包括關(guān)鍵的TFs，這表明在多能細(xì)胞室中存在一些細(xì)胞亞群，這些亞群允許細(xì)胞在譜系承諾之前的命運(yùn)相反，這一現(xiàn)象被稱為啟動(dòng)。**近，人類hspc的單細(xì)胞RNA測(cè)序(scRNA-seq)引入了一個(gè)不同的啟動(dòng)概念。對(duì)成人骨髓和胎兒肝臟造血的研究已經(jīng)確定了造血干細(xì)胞和多能祖細(xì)胞(MPPs)的亞群，這些亞群具有協(xié)調(diào)表達(dá)的標(biāo)記基因，特異于不同的單胎分化程序，并沿著所有分化分支逐漸增加。有一些跡象表明，星狀細(xì)胞間室的譜系啟動(dòng)可能不僅發(fā)生在轉(zhuǎn)錄水平，也發(fā)生在表觀遺傳水平。來(lái)自成人骨髓表型hspc的轉(zhuǎn)座酶可及染色質(zhì)測(cè)序(scATAC-seq)的單細(xì)胞分析數(shù)據(jù)顯示，表型MPPs在染色質(zhì)可及性方面存在差異。纖維化課題一站式
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫(xiě)SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書(shū)奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書(shū)申請(qǐng)：提供標(biāo)書(shū)課題設(shè)計(jì)、撰寫(xiě)，標(biāo)書(shū)部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開(kāi)展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書(shū)均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)