白血病發(fā)生需要增強由致*基因引起的自我更新。其潛在的分子機制尚不完全清楚。本文確定C/DboxsnoRNAs和rRNA甲基化是白血病干細胞活性的關鍵決定因素。Aes基因在有融合基因AML1-ETO,PML-RARa和PLZF-RARa的白血病中高表達，但是其功能和機制--直是未知的。研究者通過老鼠模型和細胞系實驗,發(fā)現(xiàn)Aes對**細胞的自我更新能力是至關重要的。研究者通過RNA-seq對比Aes(*基因)缺失前后轉錄組的變化,意外發(fā)現(xiàn)大量的snoRNA下調,而在過表達Aes后snoRNA表達量***上升,這說明Aes能影響snoRNA的表達。有趣的是,研究者利用CRISPR技術敲除snoRNA...

分析內容1.數(shù)據(jù)產出統(tǒng)計:對測序結果進行圖像識別、去污染、去接頭,統(tǒng)計結果包括read長度、read數(shù)據(jù)、數(shù)據(jù)產量;,Promoter和CpG島(CGI)覆蓋度分析;moter和CGI區(qū)甲基化分析;5.差異性甲基化區(qū)域(DMR)分析。技術優(yōu)勢精確度高:在其覆蓋范圍內可達到單堿基分辨率;重復性好:多樣本的覆蓋區(qū)域重復性可達到85%-95%,適用于多樣本間的差異分析;檢測范圍廣:覆蓋全基因組范圍內超過5百萬個CpG位點;性價比高:測序區(qū)域更有針對性,數(shù)據(jù)利用率更高。研究結果充分證明了RRBS技術的可靠性。RRBS可作為一種更高效經濟的研究方法,可應用于檢測全基因組啟動子和CpG島區(qū)域D...

二、有參考基因組序列的轉錄組1.標準信息分析1)對原始數(shù)據(jù)進行去除接頭、污染序列及低質量reads的處理;2)測序評估;3)基因表達注釋;4)基因差異表達分析;5)對基因結構進行優(yōu)化(*針對真核生物);6)鑒定基因的可變剪接(*針對真核生物);7)預測新轉錄本;8)SNP分析。2.定制化信息分析可結合客戶的需求,協(xié)商確定定制化信息分析內容。三、鏈特異性轉錄組(需提供參考基因序列、參考基因組序列)鏈特異性技術,也稱strand-specificRNAsequencingmethod,是一種能夠區(qū)分正義鏈或反義鏈信息的方法,其對于轉錄組的功能分析具有十分重要的意義。1.標準信息分析1)正負鏈信息;...

三、SNP檢測及在基因組的分布在全基因組一致性序列的基礎上,從中提取全基因組中所有的潛在多態(tài)性位點,再根據(jù)質量值、深度、重復性等因素做進一步的過濾篩選,**終得到高可信度的SNP數(shù)據(jù)集。根據(jù)已有的基因集對檢測到得變異進行注釋。四、InDel檢測及在基因組的分布使用測序個體的短序列與參考基因組進行Paired-End比對,將比對結果進行聚類分析,并結合Paired-End關系檢測可信的shortInDel。在檢測過程中,gap的長度為1~3個堿基。對于每個InDel的檢測，至少需要3個雙末端序列的支持。五、結構變異檢測及在基因組中的分布利用測序個體序列與參考基因組序列進行比對,檢測全基因組水平的...

piRNA是一類長度為26~31nt單鏈的小RNA,大部分集中在29~30nt。piRNA的表達具有組織特異性,只存在于具有全能性的動物細胞,如生殖細胞、**細胞和干細胞等。piRNA通過與Piwi亞家族蛋白結合形成piRNA復合物(piRC)來發(fā)揮生物學功能(沉默轉錄基因過程,維持生殖系和干細胞功能,調節(jié)翻譯和mRNA的穩(wěn)定性)。此外，piRNA在一些痘癥細胞中存在異常表達的現(xiàn)象,提示piRNA可能參與**的發(fā)生,并可作為**診斷和***中的潛在生物標記物。PiRNA的沉默機制主要利用(1)通過轉錄自與轉座元件(TE)加工而成piRNA,并結合互補結合TE抑制其轉錄;(2)通過編碼蛋白基因區(qū)...

案例:應用全基因組測序和RNA測序來描繪常見的變異型免疫缺陷綜合癥(CVIDs)的基因圖譜背景:常見的變異型免疫缺陷綜合癥(CVIDs)是機體免疫應答反應中不能產生抗體的**主要原因。CVIDs變異度很高,大概5%的病人是由基因改變引起的。目的:利用lluminaHiSeq2500和HTSeq測序平臺對CVIDs進行全基因組及轉錄水平的研究,揭示并繪制CVIDs的信號調控圖譜。結果:通過對CVIDs基因組和轉錄組進行測序和綜合分析發(fā)現(xiàn)，TNFRSF13B,TNFRSF13C,LRBAandNLRP12等基因在CVIDs存在突變,這些突變的基因與8細胞受體信號通路,非同源末端連接修復,細胞凋亡,...

核仁小RNA(snoRNAs)是一泛存在于真核生物細胞核仁的小分子非編碼RNA.長度60-300nt,能與核仁核糖**白結臺形成snoRNPs復合物。在脊椎動物中編碼核仁小RNA的基因主要存在于蛋白編碼基因或非蛋白編碼基因的內含子區(qū)域，并且經過進一步的轉錄后加工處理形成成熟的核仁小RNA。snoRNAS參與的生物學過程主要有rRNA的加工處理,RNA剪接和翻譯過程的調控以及氧化應激反應。由于snoRNA被認為主要存在于核仁**能單一,之后的很長-段時間,snoRNA的研究陷入低潮。然而，近幾年,隨著測序技術的發(fā)展,越來越多的數(shù)據(jù)表明snoRNA在**中被異常調控,還參與到遺傳性疾病、造血、代謝...

服務流程2.1標準服務流程1)客戶溝通,確認實驗位點,并進行相關分析,提示實驗可行性。2)建立實驗方案,并在此過程中和客戶保持密切溝通。3)大規(guī)模實驗,有嚴格的指控流程保證實驗結果可靠。4)補數(shù)據(jù)，盡可能提高樣本的使用率。實驗數(shù)據(jù)質量控制流程1)所有分型信號要求信號清晰***,排除不確定信號干擾。2)每板數(shù)據(jù)中都有陰性對照,質控PCR和LDR污染數(shù)據(jù)。3)整個實驗服務流程有15%的雙盲重復對照,保證數(shù)據(jù)準確可靠。4)利用HWE原理進行數(shù)據(jù)評估。本公司在多年miRNA表達譜芯片服務的基礎上,推出基于lluminaGAllx的smallRNA測序服務.海南測序贈送提供技術路線長鏈非編碼RNAs(l...

操作流程:.待測基因序列片段或位點甲基化引物設計(300p以內)。"利用甲基化轉移酶修飾的DNA和非甲基化修飾的DNA制備標準品(0%，1%,59%，109%,20%,50%。100%梯度HRM標準曲線)●亞硫酸氫鹽處理樣品DNA.上機檢測●數(shù)據(jù)處理,形成報告(包括實驗過程、試劑耗材、熒光PCR儀原始文件、測序文件等)。實驗實例:對2個病例的某基因20個CG位點進行檢測。分析出不同的甲基化程度。操作流程:●DNA亞硫酸鹽處理用焦磷酸測序專門弓|物設計軟件設計甲基化引物進行PCR擴增預實驗及正式實驗●PCR產物.上焦磷酸測序儀檢測深度測序保證了抽樣隨機性,可靠性和重復性高,與實時定量PCR結果具...

三、SNP檢測及在基因組的分布在全基因組一致性序列的基礎上,從中提取全基因組中所有的潛在多態(tài)性位點,再根據(jù)質量值、深度、重復性等因素做進一步的過濾篩選,**終得到高可信度的SNP數(shù)據(jù)集。根據(jù)已有的基因集對檢測到得變異進行注釋。四、InDel檢測及在基因組的分布使用測序個體的短序列與參考基因組進行Paired-End比對,將比對結果進行聚類分析,并結合Paired-End關系檢測可信的shortInDel。在檢測過程中,gap的長度為1~3個堿基。對于每個InDel的檢測，至少需要3個雙末端序列的支持。五、結構變異檢測及在基因組中的分布利用測序個體序列與參考基因組序列進行比對,檢測全基因組水平的...

二、有參考基因組序列的轉錄組1.標準信息分析1)對原始數(shù)據(jù)進行去除接頭、污染序列及低質量reads的處理;2)測序評估;3)基因表達注釋;4)基因差異表達分析;5)對基因結構進行優(yōu)化(*針對真核生物);6)鑒定基因的可變剪接(*針對真核生物);7)預測新轉錄本;8)SNP分析。2.定制化信息分析可結合客戶的需求,協(xié)商確定定制化信息分析內容。三、鏈特異性轉錄組(需提供參考基因序列、參考基因組序列)鏈特異性技術,也稱strand-specificRNAsequencingmethod,是一種能夠區(qū)分正義鏈或反義鏈信息的方法,其對于轉錄組的功能分析具有十分重要的意義。1.標準信息分析1)正負鏈信息;...