三、SNP檢測(cè)及在基因組的分布在全基因組一致性序列的基礎(chǔ)上,從中提取全基因組中所有的潛在多態(tài)性位點(diǎn),再根據(jù)質(zhì)量值、深度、重復(fù)性等因素做進(jìn)一步的過(guò)濾篩選,**終得到高可信度的SNP數(shù)據(jù)集。根據(jù)已有的基因集對(duì)檢測(cè)到得變異進(jìn)行注釋。四、InDel檢測(cè)及在基因組的分布使用測(cè)序個(gè)體的短序列與參考基因組進(jìn)行Paired-End比對(duì),將比對(duì)結(jié)果進(jìn)行聚類分析,并結(jié)合Paired-End關(guān)系檢測(cè)可信的shortInDel。在檢測(cè)過(guò)程中,gap的長(zhǎng)度為1~3個(gè)堿基。對(duì)于每個(gè)InDel的檢測(cè)，至少需要3個(gè)雙末端序列的支持。五、結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)及在基因組中的分布利用測(cè)序個(gè)體序列與參考基因組序列進(jìn)行比對(duì),檢測(cè)全基因組水平的結(jié)構(gòu)變異,目前能夠檢測(cè)到得結(jié)構(gòu)變異類型主要有缺失、插入、復(fù)制、倒位、易位等，并根據(jù)已有的基因集對(duì)檢測(cè)到得變異進(jìn)行注釋。通過(guò)測(cè)序儀電泳讀取檢測(cè)結(jié)果。中國(guó)臺(tái)灣測(cè)序服務(wù)兩年
核仁小RNA(snoRNAs)是一泛存在于真核生物細(xì)胞核仁的小分子非編碼RNA.長(zhǎng)度60-300nt,能與核仁核糖**白結(jié)臺(tái)形成snoRNPs復(fù)合物。在脊椎動(dòng)物中編碼核仁小RNA的基因主要存在于蛋白編碼基因或非蛋白編碼基因的內(nèi)含子區(qū)域，并且經(jīng)過(guò)進(jìn)一步的轉(zhuǎn)錄后加工處理形成成熟的核仁小RNA。snoRNAS參與的生物學(xué)過(guò)程主要有rRNA的加工處理,RNA剪接和翻譯過(guò)程的調(diào)控以及氧化應(yīng)激反應(yīng)。由于snoRNA被認(rèn)為主要存在于核仁**能單一,之后的很長(zhǎng)-段時(shí)間,snoRNA的研究陷入低潮。然而，近幾年,隨著測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,越來(lái)越多的數(shù)據(jù)表明snoRNA在**中被異常調(diào)控,還參與到遺傳性疾病、造血、代謝以及**的過(guò)程中。新一代測(cè)序技術(shù)的高通量、高靈敏性、高精確性、低樣品需求量、操作簡(jiǎn)便等特點(diǎn)，為在基因組范圍內(nèi)快速研究任一物種已知的snoRNA的表達(dá)情況和預(yù)測(cè)挖掘新的snoRNA調(diào)控分子提供了強(qiáng)有力的技術(shù)工具。本公司snoRNA測(cè)序基于llumina測(cè)序平臺(tái),能夠準(zhǔn)確檢測(cè)樣本snoRNA表達(dá)情況。中國(guó)臺(tái)灣測(cè)序服務(wù)兩年本公司在多年miRNA表達(dá)譜芯片服務(wù)的基礎(chǔ)上,推出基于lluminaGAllx的smallRNA測(cè)序服務(wù).
三、高分辨率熔解曲線(HRM)法高分辨率熔解曲線分析技術(shù)(HighResolutionMlting),簡(jiǎn)稱HRM,是近年來(lái)興起的一種檢測(cè)基因突變、進(jìn)行基因分型而及甲基化檢測(cè)的新方法。基本原理是基于核酸分子由于片段長(zhǎng)短、GC含量、GC分布及單個(gè)堿基差異等物理性質(zhì)不同而造成DNA分子在加熱變性時(shí)都會(huì)有不同的熔解曲線的形狀和位置,并配合運(yùn)用高濃度的飽和熒光染料,可以迅速的檢測(cè)出核酸片段中GC含量和單堿基的突變。近年來(lái),公司引進(jìn)了RocheLightCycler@480II和ABIVIIA7全自動(dòng)熒光定量PCR系統(tǒng)，為客戶提供專業(yè)化個(gè)性化的甲基化HRM檢測(cè)服務(wù)。
隨著測(cè)序成本降低和已知基因組序列物種增多,全基因組重測(cè)序已經(jīng)成為動(dòng)植物育種、群體進(jìn)化、藥物研發(fā)、疾病研究和臨床診斷中**為迅速而有效的方法之一。全基因組重測(cè)序是對(duì)基因組序列已知物種的個(gè)體進(jìn)行基因組測(cè)序,并在個(gè)體或群體水平進(jìn)行差異性分析的測(cè)序方法。相比芯片檢測(cè)或者外顯子測(cè)序,華大科技采用短序列(Short-Reads)、雙末端(Paired-End)和不同長(zhǎng)度的插入片段(Insert-Size)的測(cè)序策略,可以***的挖掘基因序列差異和結(jié)構(gòu)變異。在全基因組水平上掃描并檢測(cè)與生物體重要性狀相關(guān)的突變位點(diǎn),具有重大的科研價(jià)值和產(chǎn)業(yè)價(jià)值。本公司snoRNA測(cè)序基于llumina測(cè)序平臺(tái),能夠準(zhǔn)確檢測(cè)樣本snoRNA表達(dá)情況。
分析內(nèi)容1.數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì):對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行圖像識(shí)別、去污染、去接頭,統(tǒng)計(jì)結(jié)果包括read長(zhǎng)度、read數(shù)據(jù)、數(shù)據(jù)產(chǎn)量;,Promoter和CpG島(CGI)覆蓋度分析;moter和CGI區(qū)甲基化分析;5.差異性甲基化區(qū)域(DMR)分析。技術(shù)優(yōu)勢(shì)精確度高:在其覆蓋范圍內(nèi)可達(dá)到單堿基分辨率;重復(fù)性好:多樣本的覆蓋區(qū)域重復(fù)性可達(dá)到85%-95%,適用于多樣本間的差異分析;檢測(cè)范圍廣:覆蓋全基因組范圍內(nèi)超過(guò)5百萬(wàn)個(gè)CpG位點(diǎn);性價(jià)比高:測(cè)序區(qū)域更有針對(duì)性,數(shù)據(jù)利用率更高。研究結(jié)果充分證明了RRBS技術(shù)的可靠性。RRBS可作為一種更高效經(jīng)濟(jì)的研究方法,可應(yīng)用于檢測(cè)全基因組啟動(dòng)子和CpG島區(qū)域DNA甲基化狀態(tài)。 利用高通量測(cè)序技術(shù),--次性獲得單堿基分辨率的數(shù)百萬(wàn)條小RNA序列信息。湖北測(cè)序詢問(wèn)報(bào)價(jià)
通過(guò)高通量測(cè)序技術(shù)尋找反向剪接的reads,即back-splicingreads。中國(guó)臺(tái)灣測(cè)序服務(wù)兩年
二、有參考基因組序列的轉(zhuǎn)錄組1.標(biāo)準(zhǔn)信息分析1)對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行去除接頭、污染序列及低質(zhì)量reads的處理;2)測(cè)序評(píng)估;3)基因表達(dá)注釋;4)基因差異表達(dá)分析;5)對(duì)基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化(*針對(duì)真核生物);6)鑒定基因的可變剪接(*針對(duì)真核生物);7)預(yù)測(cè)新轉(zhuǎn)錄本;8)SNP分析。2.定制化信息分析可結(jié)合客戶的需求,協(xié)商確定定制化信息分析內(nèi)容。三、鏈特異性轉(zhuǎn)錄組(需提供參考基因序列、參考基因組序列)鏈特異性技術(shù),也稱strand-specificRNAsequencingmethod,是一種能夠區(qū)分正義鏈或反義鏈信息的方法,其對(duì)于轉(zhuǎn)錄組的功能分析具有十分重要的意義。1.標(biāo)準(zhǔn)信息分析1)正負(fù)鏈信息;2)反義鏈表達(dá);3)其他(分析內(nèi)容同常規(guī)轉(zhuǎn)錄組)。2.定制化信息分析可結(jié)合客戶的需求,協(xié)商確定定制化信息分析內(nèi)容。四、均一化文庫(kù)分析內(nèi)容同常規(guī)轉(zhuǎn)錄組。五非編碼RNA測(cè)分析(需提供參考基因序列、參考基因組序列及基因注釋結(jié)果)定制化信息分析:可結(jié)合客戶的需求,協(xié)商確定定制化信啟分析內(nèi)容。中國(guó)臺(tái)灣測(cè)序服務(wù)兩年
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫(xiě)SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書(shū)奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書(shū)申請(qǐng)：提供標(biāo)書(shū)課題設(shè)計(jì)、撰寫(xiě)，標(biāo)書(shū)部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開(kāi)展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書(shū)均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)