piRNA是一類長度為26~31nt單鏈的小RNA,大部分集中在29~30nt。piRNA的表達(dá)具有組織特異性,只存在于具有全能性的動物細(xì)胞,如生殖細(xì)胞、**細(xì)胞和干細(xì)胞等。piRNA通過與Piwi亞家族蛋白結(jié)合形成piRNA復(fù)合物(piRC)來發(fā)揮生物學(xué)功能(沉默轉(zhuǎn)錄基因過程,維持生殖系和干細(xì)胞功能,調(diào)節(jié)翻譯和mRNA的穩(wěn)定性)。此外，piRNA在一些痘癥細(xì)胞中存在異常表達(dá)的現(xiàn)象,提示piRNA可能參與**的發(fā)生,并可作為**診斷和***中的潛在生物標(biāo)記物。PiRNA的沉默機(jī)制主要利用(1)通過轉(zhuǎn)錄自與轉(zhuǎn)座元件(TE)加工而成piRNA,并結(jié)合互補(bǔ)結(jié)合TE抑制其轉(zhuǎn)錄;(2)通過編碼蛋白基因區(qū)轉(zhuǎn)錄加工成piRNA,與AGO3,AUB蛋白形成復(fù)合體抑制靶基因:(3)由基因3'UTR轉(zhuǎn)錄生成piRNA，并結(jié)合與PIW1,抑制靶基因:(4)從piRNA簇生成piRNA,并與AUB等蛋白相互作用起到抑制靶基因的目的。(5)另外,piRNA也被報道有起到高甲基化調(diào)控的協(xié)同調(diào)控行為。piRNA的生成加工過程途徑(BiogenesisPathway)主要分為二大類:(a)轉(zhuǎn)錄自TE轉(zhuǎn)錄元件或piRNA簇的反義鏈經(jīng)過加工,加載到蛋白AUB或PIWI上形成功能piRNA。通常piRNA介導(dǎo)的piRISC復(fù)合體起到引發(fā)第二種生成加工途徑的激發(fā)作用。(b)通過AUB和AGO3蛋白的剪接體翠功能發(fā)生piRNA擴(kuò)增效應(yīng)。為在基因組范圍內(nèi)快速研究任一物種已知的snoRNA的表達(dá)情況提供了強(qiáng)有力的技術(shù)工具。上海測序贈送提供技術(shù)路線
-.標(biāo)準(zhǔn)信息分析數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計，對原始測序數(shù)據(jù)去接頭污染,去低質(zhì)量reads;18~30nt小RNA測序結(jié)果的長度分布;樣品間的公共序列和特異序列的分析;.小RNA在選定的參考基因組上的分布;小RNA與rRNA.tRNA、snRNA.snoRNA的比對信息;小RNA與重復(fù)序列的比對信息;小RNA與外顯子或內(nèi)含子的比對信息;小RNA與miRBase中指定范圍的已知的miRNA的比對;按照優(yōu)先級將小RNA進(jìn)行分類注釋;利用Mireap對沒有注釋的smallRNA進(jìn)行預(yù)測,預(yù)測新的miRNA,繪制新的miRNA的二級結(jié)構(gòu)圖;已知miRNA的表達(dá)譜構(gòu)建;已知miRNA的家族分析。二、高級信息分析(基于標(biāo)準(zhǔn)分析)已知miRNA和novelmiRNA的靶基因預(yù)測;已知miRNA和NovelmiRNA靶基因GO注釋和KEGG;已知miRNA的堿基編輯分析;已知miRNA差異分析和聚類分析;NovelmiRNA差異分析(2個或2個以上樣品)和聚類分析;差異miRNA靶基因預(yù)測;差異miRNA靶基因GO注釋和KEGG通路分析。上海測序贈送提供技術(shù)路線利用序列捕獲技術(shù)將全基因組外顯子區(qū)域DNA捕捉并富集后進(jìn)行高通量測序的基因組分析方法。
三案例分析1.通過RNA測序分析帕金森病中白血球的長鏈非編碼RNA及選擇性剪接的調(diào)控背景:人類壽命的延長伴隨著神經(jīng)退行性疾病的發(fā)病幾率的增加,因而價格不貴的血液診斷的發(fā)展迫在眉睫。通過RNA-seq分析血液細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄本是發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)志物的非常高效的途徑。目的:利Ilumina測序平臺對帕金森病人白血球中IncRNAs進(jìn)行分析,探討其對mRNA選擇性剪接的調(diào)控機(jī)制。結(jié)果:通過對帕金森病人的RNA-seq結(jié)果分析發(fā)現(xiàn),在白血球中有6000個以上IncRNAS,其中13個IncRNAS較對照組表達(dá)變化***,例如U1剪接體IncRNA,RP11-462G22.1等。同時,在帕金森病人的大腦中表達(dá)7000多種IncRNAS,其中有3495種與白血球是共表達(dá)的。該研究為帕金森及其他神經(jīng)退行性疾病的轉(zhuǎn)錄調(diào)控的研究提供了新的思路。
利用序列捕獲技術(shù)將全基因組外顯子區(qū)域DNA捕捉并富集后進(jìn)行高通量測序的基因組分析方法。是一種選擇基因組的編碼序列的高效策略，外顯子測序相對于基因組重測序成本較低,對研究已知基因的SNP、Indel等具有較大的優(yōu)勢。簡介:全外顯子組(Exome)是指基因組中全部外顯子區(qū)域的總和,人類的外顯子組約占基因組的1%~2%,包含了蛋白質(zhì)合成的重要信息,是基因行使功能**直接的體現(xiàn)。絕大部分疾病或性狀相關(guān)的變異位于外顯子區(qū)域，與全基因組重測序相比，全外顯子組測序*針對外顯子區(qū)域內(nèi)部和邊界區(qū)域的DNA進(jìn)行測序,覆蓋度更深,數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性更高,可更加經(jīng)濟(jì)、高效地發(fā)現(xiàn)與疾病或表型相關(guān)的個體速傳變異及罕見突變。人全外顯子組測序技術(shù)已逐步應(yīng)用到單基因致病基因和復(fù)雜疾病易感基因研究中。18~30nt小RNA測序結(jié)果的長度分布;
三、鏈特異性轉(zhuǎn)錄組(需提供參考基因序列、參考基因組序列)鏈特異性技術(shù),也稱strand-specificRNAsequencingmethod,是一種能夠區(qū)分正義鏈或反義鏈信息的方法,其對于轉(zhuǎn)錄組的功能分析具有十分重要的意義。1.標(biāo)準(zhǔn)信息分析1)正負(fù)鏈信息;2)反義鏈表達(dá);3)其他(分析內(nèi)容同常規(guī)轉(zhuǎn)錄組)。2.定制化信息分析可結(jié)合客戶的需求,協(xié)商確定定制化信息分析內(nèi)容。四、均一化文庫分析內(nèi)容同常規(guī)轉(zhuǎn)錄組。五非編碼RNA測分析(需提供參考基因序列、參考基因組序列及基因注釋結(jié)果)定制化信息分析:可結(jié)合客戶的需求,協(xié)商確定定制化信啟分析內(nèi)容。轉(zhuǎn)錄組測序的研究對象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,主要包括mRNA和非編碼RNA。醫(yī)學(xué)科研測序創(chuàng)新服務(wù)
對原始測序數(shù)據(jù)去接頭污染,去低質(zhì)量reads;上海測序贈送提供技術(shù)路線
技術(shù)優(yōu)勢通量高:-次測序得到500萬條以上的序列;●分辨率高:可以檢測小RNA單個堿基的差異;。精細(xì)度高:從幾個到數(shù)十萬個拷貝精確計數(shù);●不依賴已知信息:既能鑒定已知小RNA.又能發(fā)現(xiàn)新小RNA;●可重復(fù)性高:深度測序保證了抽樣隨機(jī)性,重復(fù)性非常好,無需重復(fù)實驗。研究內(nèi)容基于lluminaHiSeqTM2000高通量測序技術(shù)的小RNA數(shù)字化分析,采用邊合成邊測序的方法可減少二級結(jié)構(gòu)造成的區(qū)域缺失。該技術(shù)可以對高質(zhì)量序列進(jìn)行序列長度分布的統(tǒng)計及樣品間公共序列統(tǒng)計，將篩選后的高質(zhì)量序列分類注釋,從而獲得樣品中包含的各組分及表達(dá)量信息,并對所有小RN**段進(jìn)行注釋,對新的miRNA則進(jìn)行靶基因預(yù)測。上海測序贈送提供技術(shù)路線
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進(jìn)度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實驗的開展，設(shè)計的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實驗