白血病發(fā)生需要增強由致*基因引起的自我更新。其潛在的分子機制尚不完全清楚。本文確定C/DboxsnoRNAs和rRNA甲基化是白血病干細胞活性的關鍵決定因素。Aes基因在有融合基因AML1-ETO,PML-RARa和PLZF-RARa的白血病中高表達，但是其功能和機制--直是未知的。研究者通過老鼠模型和細胞系實驗,發(fā)現(xiàn)Aes對**細胞的自我更新能力是至關重要的。研究者通過RNA-seq對比Aes(*基因)缺失前后轉(zhuǎn)錄組的變化,意外發(fā)現(xiàn)大量的snoRNA下調(diào),而在過表達Aes后snoRNA表達量***上升,這說明Aes能影響snoRNA的表達。有趣的是,研究者利用CRISPR技術敲除snoRNA后,發(fā)現(xiàn)即使是敲除單個snoRNA,rRNA的甲基化***降低,并且抑制白血病細胞的克隆形成能力。這說明,snoRNA不僅是一類受痙細胞調(diào)控的非編碼RNA.更參與了**的發(fā)***展。AES通過與RNA解旋酶DDX21相互作用誘導snoRNA/RNP形成。英拜生物circRNA測序可同時分析circRNA、IncRNA、mRNA三種分子。內(nèi)蒙古測序整體服務
-.標準信息分析數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計，對原始測序數(shù)據(jù)去接頭污染,去低質(zhì)量reads;18~30nt小RNA測序結(jié)果的長度分布;樣品間的公共序列和特異序列的分析;.小RNA在選定的參考基因組上的分布;小RNA與rRNA.tRNA、snRNA.snoRNA的比對信息;小RNA與重復序列的比對信息;小RNA與外顯子或內(nèi)含子的比對信息;小RNA與miRBase中指定范圍的已知的miRNA的比對;按照優(yōu)先級將小RNA進行分類注釋;利用Mireap對沒有注釋的smallRNA進行預測,預測新的miRNA,繪制新的miRNA的二級結(jié)構圖;已知miRNA的表達譜構建;已知miRNA的家族分析。二、高級信息分析(基于標準分析)已知miRNA和novelmiRNA的靶基因預測;已知miRNA和NovelmiRNA靶基因GO注釋和KEGG;已知miRNA的堿基編輯分析;已知miRNA差異分析和聚類分析;NovelmiRNA差異分析(2個或2個以上樣品)和聚類分析;差異miRNA靶基因預測;差異miRNA靶基因GO注釋和KEGG通路分析。內(nèi)蒙古測序整體服務研究內(nèi)容基于lluminaHiSeqTM2000高通量測序技術的小RNA數(shù)字化分析。
三案例分析1.通過RNA測序分析帕金森病中白血球的長鏈非編碼RNA及選擇性剪接的調(diào)控背景:人類壽命的延長伴隨著神經(jīng)退行性疾病的發(fā)病幾率的增加,因而價格不貴的血液診斷的發(fā)展迫在眉睫。通過RNA-seq分析血液細胞的轉(zhuǎn)錄本是發(fā)現(xiàn)新的生物標志物的非常高效的途徑。目的:利Ilumina測序平臺對帕金森病人白血球中IncRNAs進行分析,探討其對mRNA選擇性剪接的調(diào)控機制。結(jié)果:通過對帕金森病人的RNA-seq結(jié)果分析發(fā)現(xiàn),在白血球中有6000個以上IncRNAS,其中13個IncRNAS較對照組表達變化***,例如U1剪接體IncRNA,RP11-462G22.1等。同時,在帕金森病人的大腦中表達7000多種IncRNAS,其中有3495種與白血球是共表達的。該研究為帕金森及其他神經(jīng)退行性疾病的轉(zhuǎn)錄調(diào)控的研究提供了新的思路。
五、研究方向與**差異表達的snoRNAS-與**發(fā)***展的功能機制研究;snoRNAs作為**診斷與預后的分子標志物的分析。與疾病檢測疾病模型組織與正常組織差異性差異表達變化的snoRNAs,結(jié)合機制與功能分析,闡明snoRNAs在疾病中的作用機理。六送樣要求1.樣品類型:細胞、新鮮組織或RNA樣品。2.樣品量:細胞樣品請?zhí)峁┲辽?x106個細胞,組織樣品請?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片,RNA樣品請?zhí)峁?0ug以上的總RNA。3.樣品質(zhì)量:RNA無明顯降解,提取的總RNAOD260/280值在1.8~2.2之間,濃度≥500ng/ul,28S:18S≥1.5.RIN≥8。4.樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊(切成~50mg的小塊)可用TRIZOL或RNA保護劑處理或液氮凍存后，-80C保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80°C保存。樣品保存期間避免反復凍融。5.樣品運輸:樣品置于1.5ml管中,封口膜封好,干冰運輸。本公司在多年miRNA表達譜芯片服務的基礎上,推出基于lluminaGAllx的smallRNA測序服務.
服務流程2.1標準服務流程1)客戶溝通,確認實驗位點,并進行相關分析,提示實驗可行性。2)建立實驗方案,并在此過程中和客戶保持密切溝通。3)大規(guī)模實驗,有嚴格的指控流程保證實驗結(jié)果可靠。4)補數(shù)據(jù)，盡可能提高樣本的使用率。實驗數(shù)據(jù)質(zhì)量控制流程1)所有分型信號要求信號清晰***,排除不確定信號干擾。2)每板數(shù)據(jù)中都有陰性對照,質(zhì)控PCR和LDR污染數(shù)據(jù)。3)整個實驗服務流程有15%的雙盲重復對照,保證數(shù)據(jù)準確可靠。4)利用HWE原理進行數(shù)據(jù)評估。技術優(yōu)勢通量高:-次測序得到500萬條以上的序列;內(nèi)蒙古測序整體服務
通過測序儀電泳讀取檢測結(jié)果。內(nèi)蒙古測序整體服務
用亞硫酸鹽處理后DNA分子發(fā)生了由甲基化狀態(tài)決定的序列改變。用甲基化特異性的引物(primerM)和非甲基化特異性的引物(primer∪)進行擴增。只有結(jié)合完全的甲基化或MSP技術實驗流程A.DNA抽提用DNA抽提試劑盒(Promega,抽提組織，細胞培養(yǎng)物,石蠟包埋組織切片樣品中的基因組DNA。B.重亞硫酸鹽處理C.DNA純化用WizardDNAclean-upkit(Promega,純化重亞硫酸鹽處理后的DNA樣品。D.DNA脫磺基反應E.甲基化特異性的PCR反應針對改變后的DNA序列設計兩對引物(M.U),進行PCR反應。為了避免非特異性擴增用TaKaRa的hotstart酶。隨后對PCR產(chǎn)物的凝膠電泳圖進行分析。實例:檢測肝*細胞株Be17405,Bel7404中SFRP1基因啟動子甲基化。重亞硫酸鹽處理后,針對改變的DAN序列設計兩對引物M:(forward:AGTTAGTGTCGCGCGTTC;reversal:CCGATACCCATACCGACTC)299bpU:(forward:GGAGTTGGGGTGTATTTAGTTTG;reversal:CCAATACCCATACCAACTCTACA)247bp內(nèi)蒙古測序整體服務
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
2.標書申請：提供標書課題設計、撰寫，標書部分基礎實驗的開展，設計的標書均符合科研前沿熱點，中標率很高。
3.提供熱點**文獻技術支持，探討科研前沿熱點研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗