二、有參考基因組序列的轉(zhuǎn)錄組1.標(biāo)準(zhǔn)信息分析1)對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行去除接頭、污染序列及低質(zhì)量reads的處理;2)測序評(píng)估;3)基因表達(dá)注釋;4)基因差異表達(dá)分析;5)對(duì)基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化(*針對(duì)真核生物);6)鑒定基因的可變剪接(*針對(duì)真核生物);7)預(yù)測新轉(zhuǎn)錄本;8)SNP分析。2.定制化信息分析可結(jié)合客戶的需求,協(xié)商確定定制化信息分析內(nèi)容。三、鏈特異性轉(zhuǎn)錄組(需提供參考基因序列、參考基因組序列)鏈特異性技術(shù),也稱strand-specificRNAsequencingmethod,是一種能夠區(qū)分正義鏈或反義鏈信息的方法,其對(duì)于轉(zhuǎn)錄組的功能分析具有十分重要的意義。1.標(biāo)準(zhǔn)信息分析1)正負(fù)鏈信息;2)反義鏈表達(dá);3)其他(分析內(nèi)容同常規(guī)轉(zhuǎn)錄組)。2.定制化信息分析可結(jié)合客戶的需求,協(xié)商確定定制化信息分析內(nèi)容。四、均一化文庫分析內(nèi)容同常規(guī)轉(zhuǎn)錄組。五非編碼RNA測分析(需提供參考基因序列、參考基因組序列及基因注釋結(jié)果)定制化信息分析:可結(jié)合客戶的需求,協(xié)商確定定制化信啟分析內(nèi)容。可重復(fù)性高:深度測序保證了抽樣隨機(jī)性,重復(fù)性非常好,無需重復(fù)實(shí)驗(yàn)。天津測序分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)
二、技術(shù)優(yōu)勢高度開放性:無需預(yù)先了解序列信息和二級(jí)結(jié)構(gòu),即可研究任-物種已知的小RNA分子和預(yù)測新的小RNA分子。高度靈活性:可研究任--17~35nt之間小RNA分子。高度精確性:可精確到單核苷酸水平,非常有利于區(qū)分高度同源的小RNA分子和鑒定小RNA的多態(tài)性。檢測動(dòng)力學(xué)范圍廣:可在超過6個(gè)數(shù)量級(jí)范圍內(nèi)實(shí)現(xiàn)準(zhǔn)確的序列檢測和定量分析。有利于低豐度小RNA差異表達(dá)的研保持鏈特異性信息:保留了小RNA的原始鏈定位信息,有利于研究小RNA的表達(dá)調(diào)控機(jī)理。數(shù)據(jù)質(zhì)量高:深度測序保證了抽樣隨機(jī)性,可靠性和重復(fù)性高,與實(shí)時(shí)定量PCR結(jié)果具有較高的一致性。福建測序推薦咨詢研究內(nèi)容基于lluminaHiSeqTM2000高通量測序技術(shù)的小RNA數(shù)字化分析。
分析內(nèi)容1.數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì):對(duì)測序結(jié)果進(jìn)行圖像識(shí)別、去污染、去接頭,統(tǒng)計(jì)結(jié)果包括read長度、read數(shù)據(jù)、數(shù)據(jù)產(chǎn)量;,Promoter和CpG島(CGI)覆蓋度分析;moter和CGI區(qū)甲基化分析;5.差異性甲基化區(qū)域(DMR)分析。技術(shù)優(yōu)勢精確度高:在其覆蓋范圍內(nèi)可達(dá)到單堿基分辨率;重復(fù)性好:多樣本的覆蓋區(qū)域重復(fù)性可達(dá)到85%-95%,適用于多樣本間的差異分析;檢測范圍廣:覆蓋全基因組范圍內(nèi)超過5百萬個(gè)CpG位點(diǎn);性價(jià)比高:測序區(qū)域更有針對(duì)性,數(shù)據(jù)利用率更高。研究結(jié)果充分證明了RRBS技術(shù)的可靠性。RRBS可作為一種更高效經(jīng)濟(jì)的研究方法,可應(yīng)用于檢測全基因組啟動(dòng)子和CpG島區(qū)域DNA甲基化狀態(tài)。
三、高分辨率熔解曲線(HRM)法高分辨率熔解曲線分析技術(shù)(HighResolutionMlting),簡稱HRM,是近年來興起的一種檢測基因突變、進(jìn)行基因分型而及甲基化檢測的新方法?；驹硎腔诤怂岱肿佑捎谄伍L短、GC含量、GC分布及單個(gè)堿基差異等物理性質(zhì)不同而造成DNA分子在加熱變性時(shí)都會(huì)有不同的熔解曲線的形狀和位置,并配合運(yùn)用高濃度的飽和熒光染料,可以迅速的檢測出核酸片段中GC含量和單堿基的突變。近年來,公司引進(jìn)了RocheLightCycler@480II和ABIVIIA7全自動(dòng)熒光定量PCR系統(tǒng)，為客戶提供專業(yè)化個(gè)性化的甲基化HRM檢測服務(wù)。為在基因組范圍內(nèi)快速研究任一物種已知的snoRNA的表達(dá)情況提供了強(qiáng)有力的技術(shù)工具。
技術(shù)優(yōu)勢:多種變異檢測:單核苷酸多態(tài)行(SNP).插入缺失(InDel)和結(jié)構(gòu)變異(SV);與芯片方法比較,可以檢測到新的變異序列;與人類全基因組從頭測序相比，耗時(shí)更短、成本更低。研究內(nèi)容:-、數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)基因組單堿基深度分布及覆蓋度分析二、-致性序列組裝根據(jù)與參考基因組序列的比對(duì)結(jié)果,利用貝葉斯統(tǒng)計(jì)模型檢測出測序個(gè)體基因組中每個(gè)堿基位點(diǎn)比較大可能性的基因型,并組裝出該個(gè)體基因組的一致序列。三、SNP檢測及在基因組的分布在全基因組一致性序列的基礎(chǔ)上,從中提取全基因組中所有的潛在多態(tài)性位點(diǎn),再根據(jù)質(zhì)量值、深度、重復(fù)性等因素做進(jìn)一步的過濾篩選,**終得到高可信度的SNP數(shù)據(jù)集。根據(jù)已有的基因集對(duì)檢測到得變異進(jìn)行注釋。四、InDel檢測及在基因組的分布使用測序個(gè)體的短序列與參考基因組進(jìn)行Paired-End比對(duì),將比對(duì)結(jié)果進(jìn)行聚類分析,并結(jié)合Paired-End關(guān)系檢測可信的shortInDel.在檢測過程中,gap的長度為1~3個(gè)堿基。對(duì)于每個(gè)InDel的檢測，至少需要3個(gè)雙末端序列的支持。全基因組重測序已經(jīng)成為動(dòng)植物育種、群體進(jìn)化、藥物研發(fā)、疾病研究和臨床診斷中迅速而有效的方法之一。江西測序?qū)嶒?yàn)外包
英拜生物circRNA測序可同時(shí)分析circRNA、IncRNA、mRNA三種分子。天津測序分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)
四、焦磷酸測序法焦磷酸測序(Pyrosequencing)技術(shù)是由4種酶(DNA聚合酶(DNApolymerase).ATP硫酸化酶(ATPsulfurytase).熒光素酶(luciferase)和三磷酸腺苷雙磷酸酶(Apyrase))催化的同一反應(yīng)體系中的酶級(jí)聯(lián)化學(xué)發(fā)光反應(yīng)。每輪測序反應(yīng)體系中只加入一種脫氧核苷酸三磷酸(dNTP)。如果該dNTP與模板配對(duì),則會(huì)在DNA聚合酶的作用下,添加到測序引物的3'末端，同時(shí)釋放出一個(gè)分子的焦磷酸(PPi)。摻入的dNTP和釋放的PPi是等量的。CpG甲基化焦磷酸測序檢測法基于弓|物延伸的Pyrosequencing技術(shù),通過將鏈合成過程中釋放出的焦磷酸(PPi)轉(zhuǎn)化成光信號(hào)來監(jiān)測鏈的合成過程。通過檢測CpG對(duì)應(yīng)位點(diǎn)上C/T滲入的比例對(duì)目標(biāo)位點(diǎn)的甲基化程度進(jìn)行定量分析方法。天津測序分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)
公司特色是以各式高通量二代測序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
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3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)