二、有參考基因組序列的轉(zhuǎn)錄組1.標(biāo)準(zhǔn)信息分析1)對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行去除接頭、污染序列及低質(zhì)量reads的處理;2)測(cè)序評(píng)估;3)基因表達(dá)注釋;4)基因差異表達(dá)分析;5)對(duì)基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化(*針對(duì)真核生物);6)鑒定基因的可變剪接(*針對(duì)真核生物);7)預(yù)測(cè)新轉(zhuǎn)錄本;8)SNP分析。2.定制化信息分析可結(jié)合客戶(hù)的需求,協(xié)商確定定制化信息分析內(nèi)容。三、鏈特異性轉(zhuǎn)錄組(需提供參考基因序列、參考基因組序列)鏈特異性技術(shù),也稱(chēng)strand-specificRNAsequencingmethod,是一種能夠區(qū)分正義鏈或反義鏈信息的方法,其對(duì)于轉(zhuǎn)錄組的功能分析具有十分重要的意義。1.標(biāo)準(zhǔn)信息分析1)正負(fù)鏈信息;2)反義鏈表達(dá);3)其他(分析內(nèi)容同常規(guī)轉(zhuǎn)錄組)。2.定制化信息分析可結(jié)合客戶(hù)的需求,協(xié)商確定定制化信息分析內(nèi)容。四、均一化文庫(kù)分析內(nèi)容同常規(guī)轉(zhuǎn)錄組。五非編碼RNA測(cè)分析(需提供參考基因序列、參考基因組序列及基因注釋結(jié)果)定制化信息分析:可結(jié)合客戶(hù)的需求,協(xié)商確定定制化信啟分析內(nèi)容。技術(shù)優(yōu)勢(shì)通量高:-次測(cè)序得到500萬(wàn)條以上的序列;服務(wù)測(cè)序創(chuàng)新服務(wù)
操作流程:.待測(cè)基因序列片段或位點(diǎn)甲基化引物設(shè)計(jì)(300p以?xún)?nèi))。"利用甲基化轉(zhuǎn)移酶修飾的DNA和非甲基化修飾的DNA制備標(biāo)準(zhǔn)品(0%，1%,59%，109%,20%,50%。100%梯度HRM標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn))●亞硫酸氫鹽處理樣品DNA.上機(jī)檢測(cè)●數(shù)據(jù)處理,形成報(bào)告(包括實(shí)驗(yàn)過(guò)程、試劑耗材、熒光PCR儀原始文件、測(cè)序文件等)。實(shí)驗(yàn)實(shí)例:對(duì)2個(gè)病例的某基因20個(gè)CG位點(diǎn)進(jìn)行檢測(cè)。分析出不同的甲基化程度。操作流程:●DNA亞硫酸鹽處理用焦磷酸測(cè)序?qū)ｉT(mén)弓|物設(shè)計(jì)軟件設(shè)計(jì)甲基化引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增預(yù)實(shí)驗(yàn)及正式實(shí)驗(yàn)●PCR產(chǎn)物.上焦磷酸測(cè)序儀檢測(cè)中國(guó)臺(tái)灣測(cè)序服務(wù)兩年利Ilumina測(cè)序平臺(tái)對(duì)帕金森病人白血球中IncRNAs進(jìn)行分析,探討其對(duì)mRNA選擇性剪接的調(diào)控機(jī)制。
案例:應(yīng)用全基因組測(cè)序和RNA測(cè)序來(lái)描繪常見(jiàn)的變異型免疫缺陷綜合癥(CVIDs)的基因圖譜背景:常見(jiàn)的變異型免疫缺陷綜合癥(CVDs)是機(jī)體免疫應(yīng)答反應(yīng)中不能產(chǎn)生抗體的**主要原因。CVIDs變異度很高,大概5%的病人是由基因改變引起的。目的:利用lluminaHiSeq2500和HTSeq測(cè)序平臺(tái)對(duì)CVIDs進(jìn)行全基因組及轉(zhuǎn)錄水平的研究,揭示并繪制CVIDs的信號(hào)調(diào)控結(jié)果:通過(guò)對(duì)CVIDs基因組和轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序和綜合分析發(fā)現(xiàn).TNFRSF13B,TNFRSF13C,LRBAandNLRP12等基因在CVIDs存在突變,這些突變的基因與B細(xì)胞受體信號(hào)通路,非同源末端連接修復(fù),細(xì)胞凋亡,T細(xì)胞調(diào)控及ICOS信號(hào)通路的調(diào)控有關(guān)。該研究揭示了新的CVIDs相關(guān)的信號(hào)通路。
技術(shù)優(yōu)勢(shì):多種變異檢測(cè):單核苷酸多態(tài)行(SNP).插入缺失(InDel)和結(jié)構(gòu)變異(SV);與芯片方法比較,可以檢測(cè)到新的變異序列;與人類(lèi)全基因組從頭測(cè)序相比，耗時(shí)更短、成本更低。研究?jī)?nèi)容:-、數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)基因組單堿基深度分布及覆蓋度分析二、-致性序列組裝根據(jù)與參考基因組序列的比對(duì)結(jié)果,利用貝葉斯統(tǒng)計(jì)模型檢測(cè)出測(cè)序個(gè)體基因組中每個(gè)堿基位點(diǎn)比較大可能性的基因型,并組裝出該個(gè)體基因組的一致序列。三、SNP檢測(cè)及在基因組的分布在全基因組一致性序列的基礎(chǔ)上,從中提取全基因組中所有的潛在多態(tài)性位點(diǎn),再根據(jù)質(zhì)量值、深度、重復(fù)性等因素做進(jìn)一步的過(guò)濾篩選,**終得到高可信度的SNP數(shù)據(jù)集。根據(jù)已有的基因集對(duì)檢測(cè)到得變異進(jìn)行注釋。四、InDel檢測(cè)及在基因組的分布使用測(cè)序個(gè)體的短序列與參考基因組進(jìn)行Paired-End比對(duì),將比對(duì)結(jié)果進(jìn)行聚類(lèi)分析,并結(jié)合Paired-End關(guān)系檢測(cè)可信的shortInDel.在檢測(cè)過(guò)程中,gap的長(zhǎng)度為1~3個(gè)堿基。對(duì)于每個(gè)InDel的檢測(cè)，至少需要3個(gè)雙末端序列的支持。研究?jī)?nèi)容基于lluminaHiSeqTM2000高通量測(cè)序技術(shù)的小RNA數(shù)字化分析。
circRNA是通過(guò)特殊的選擇性剪切“生封閉環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA。circRNA不受RNA外切酶的影響,比線(xiàn)性RNA表達(dá)更穩(wěn)定。研究表明,某些特殊的circRNA分子富含miRNA結(jié)合位點(diǎn),在細(xì)胞中起到miRNAsponges的作用,進(jìn)而解除miRNA對(duì)其靶基因的抑制作用。ciRS-7(CDR1a)包含63個(gè)保守的miR-7結(jié)合位點(diǎn),該circRNA在細(xì)胞中能夠有效吸附miR-7。而miR-7作為關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子***參與**途徑,如抑制在乳腺*、膠質(zhì)瘤等**中表達(dá)***上調(diào)的Pak1的表達(dá);miR-7也能通過(guò)結(jié)合a-synuclein抑制其表達(dá)。這些研究暗示ciRS-7通過(guò)ceRNA機(jī)制調(diào)節(jié)miR-7的功能,是神經(jīng)系統(tǒng)疾病和*****的潛在靶點(diǎn)。數(shù)據(jù)分析:1、基礎(chǔ)分析測(cè)序數(shù)據(jù)評(píng)估及預(yù)處理基因組比對(duì)circRNA預(yù)測(cè)circRNA注釋circRNA表達(dá)定量circRNA差異表達(dá)分析2.高級(jí)分析circRNA關(guān)聯(lián)基因的GO富集分析circRNA關(guān)聯(lián)基因的KEGG富集分析circRNA-miRNA靶向預(yù)測(cè)circRNA-miRNA-mRNAceRNA分析應(yīng)用全基因組測(cè)序和RNA測(cè)序來(lái)描繪常見(jiàn)的變異型免疫缺陷綜合癥(CVIDs)的基因圖譜。中國(guó)臺(tái)灣測(cè)序服務(wù)兩年
通過(guò)qPCR估計(jì)目標(biāo)區(qū)域的相對(duì)富集倍數(shù),達(dá)到質(zhì)控要求后即可進(jìn)行測(cè)序前準(zhǔn)備。服務(wù)測(cè)序創(chuàng)新服務(wù)
piRNA分析內(nèi)容包括:piRNA的預(yù)測(cè)識(shí)別:通過(guò)高通量smallRNA測(cè)序數(shù)據(jù)預(yù)測(cè)piRNA;piRNA全基因組分布特征分析:解析piRNA在全基因組范圍內(nèi)的具體定位和簇分布特征piRNA臨近序列特征提取:采用motif短序列模式比配算法識(shí)別piRNA臨近調(diào)控區(qū)域加工區(qū)域特征，5"U端和10nt位置權(quán)重矩陣分析等計(jì)算調(diào)控序列的非隨機(jī)性概率,預(yù)測(cè)其序列調(diào)控功能。全基因組TE轉(zhuǎn)座子元件預(yù)測(cè)與重新注釋:針對(duì)物種基因組內(nèi)的轉(zhuǎn)座子序列,將轉(zhuǎn)座子識(shí)別為若干類(lèi)別,包括longterminalrepeat(LTR),longinterspersednuclear(LINE),andinvertedrepeat(IR)elements。并結(jié)合piRNA的生成來(lái)源進(jìn)行座位的富集度分析和聚類(lèi);全基因組特征區(qū)域的覆蓋度分析:針對(duì)rRNA,tRNA,miRNA,codinggene,repeat,transposon,Su(Ste),AT-ChX等特殊基因組功能區(qū)域進(jìn)行序列的覆蓋度分析;piRNA全基因組ORF與CDS注釋:結(jié)合piRNA定位進(jìn)行功能基因的分布分析;piRNA表達(dá)量計(jì)算與piRNA簇表達(dá)相關(guān)性分析:計(jì)算樣本之間的piRNA表達(dá)量,計(jì)算樣本之間piRNA簇之間的表達(dá)相關(guān)系數(shù)。統(tǒng)計(jì)重復(fù)序列內(nèi)piRNA表達(dá)量分布,基因區(qū)piRNA表達(dá)量分布。服務(wù)測(cè)序創(chuàng)新服務(wù)
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫(xiě)SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀(guān)，客戶(hù)可隨時(shí)參觀(guān)實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專(zhuān)題，外泌體研究專(zhuān)題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書(shū)奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書(shū)申請(qǐng)：提供標(biāo)書(shū)課題設(shè)計(jì)、撰寫(xiě)，標(biāo)書(shū)部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開(kāi)展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書(shū)均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀(guān)遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)