分析內(nèi)容1.數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計:對測序結(jié)果進行圖像識別、去污染、去接頭,統(tǒng)計結(jié)果包括read長度、read數(shù)據(jù)、數(shù)據(jù)產(chǎn)量;,Promoter和CpG島(CGI)覆蓋度分析;moter和CGI區(qū)甲基化分析;5.差異性甲基化區(qū)域(DMR)分析。技術(shù)優(yōu)勢精確度高:在其覆蓋范圍內(nèi)可達到單堿基分辨率;重復性好:多樣本的覆蓋區(qū)域重復性可達到85%-95%,適用于多樣本間的差異分析;檢測范圍廣:覆蓋全基因組范圍內(nèi)超過5百萬個CpG位點;性價比高:測序區(qū)域更有針對性,數(shù)據(jù)利用率更高。研究結(jié)果充分證明了RRBS技術(shù)的可靠性。RRBS可作為一種更高效經(jīng)濟的研究方法,可應用于檢測全基因組啟動子和CpG島區(qū)域DNA甲基化狀態(tài)。 外顯子測序相對于基因組重測序成本較低,對研究已知基因的SNP、Indel等具有較大的優(yōu)勢。單細胞相關(guān)課題測序
1、gDN**段化，片段末端修復加接頭,構(gòu)建文庫;2、捕獲前對文庫進行LM-PCR擴增;3、將擴增后的樣品與芯片進行雜交;4、芯片清洗,去除未結(jié)合序列,然后將捕獲序列洗脫下來;5、對捕獲后樣品再次進行LM-PCR擴增;6、通過qPCR估計目標區(qū)域的相對富集倍數(shù),達到質(zhì)控要求后即可進行測序前準備;7、高通量測序分析。外顯子組捕獲芯片:RocheNimbleGen外顯子組捕獲芯片SeqCapEZExome產(chǎn)品捕獲區(qū)域達64Mb.。用于探針設計的數(shù)據(jù)庫涵蓋RefSeq,Vega,Gencode,Ensembl,CCDS和miRBase,可更***的覆蓋編碼區(qū)序列,捕獲效率更高,可更為經(jīng)濟有效的發(fā)現(xiàn)更多的編碼區(qū)序列變異。Nimblegen外顯子組捕獲2品支持多個樣品混合進行捕獲實驗。5、對捕獲后樣品再次進行LM-PCR擴增;6、通過qPCR估計目標區(qū)域的相對富集倍數(shù),達到質(zhì)控要求后即可進行測序前準備;7、高通量測序分析。西藏測序?qū)嶒灴蓞⒂^數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計:對測序結(jié)果進行圖像識別、去污染、去接頭,統(tǒng)計結(jié)果包括read長度、read數(shù)據(jù)、數(shù)據(jù)產(chǎn)量;
二、有參考基因組序列的轉(zhuǎn)錄組1.標準信息分析1)對原始數(shù)據(jù)進行去除接頭、污染序列及低質(zhì)量reads的處理;2)測序評估;3)基因表達注釋;4)基因差異表達分析;5)對基因結(jié)構(gòu)進行優(yōu)化(*針對真核生物);6)鑒定基因的可變剪接(*針對真核生物);7)預測新轉(zhuǎn)錄本;8)SNP分析。2.定制化信息分析可結(jié)合客戶的需求,協(xié)商確定定制化信息分析內(nèi)容。三、鏈特異性轉(zhuǎn)錄組(需提供參考基因序列、參考基因組序列)鏈特異性技術(shù),也稱strand-specificRNAsequencingmethod,是一種能夠區(qū)分正義鏈或反義鏈信息的方法，其對于轉(zhuǎn)錄組的功能分析具有十分重要的意義。1.標準信息分析1)正負鏈信息;2)反義鏈表達;3)其他(分析內(nèi)容同常規(guī)轉(zhuǎn)錄組)。2.定制化信息分析可結(jié)合客戶的需求,協(xié)商確定定制化信息分析內(nèi)容。
二、技術(shù)優(yōu)勢高度開放性:無需預先了解序列信息和二級結(jié)構(gòu),即可研究任-物種已知的小RNA分子和預測新的小RNA分子。高度靈活性:可研究任--17~35nt之間小RNA分子。高度精確性:可精確到單核苷酸水平,非常有利于區(qū)分高度同源的小RNA分子和鑒定小RNA的多態(tài)性。檢測動力學范圍廣:可在超過6個數(shù)量級范圍內(nèi)實現(xiàn)準確的序列檢測和定量分析。有利于低豐度小RNA差異表達的研保持鏈特異性信息:保留了小RNA的原始鏈定位信息,有利于研究小RNA的表達調(diào)控機理。數(shù)據(jù)質(zhì)量高:深度測序保證了抽樣隨機性,可靠性和重復性高,與實時定量PCR結(jié)果具有較高的一致性。降低了測序過程中的GC偏向性。
二、甲基化特異性的PCR實驗流程(methylation-specificPCR,MSP)原理:甲基化特異性的PCR是-種靈敏度高且操作相對簡單的甲基化研究方法。重亞硫酸鹽處理DNA后,基因組DNA發(fā)生的由甲基化狀態(tài)決定的序列改變。隨后進行引物特異性的PCR。該方法弓|物設計是關(guān)鍵。MSP中設計兩對引物，即一對結(jié)合處理后的甲基化DNA鏈(引物對M),另一對結(jié)合處理后的非甲基化DNA鏈(引物對U)。檢測MSP擴增產(chǎn)物，如果用引物M能擴增出片段,則說明檢測位點存在甲基化;若用弓|物U擴增出片段,則說明被檢測的位點不存在甲基化(圖3)。該方法優(yōu)點是:1.檢測靈敏度高,樣品消耗少，*需1μg的基因組DNA,可用于石蠟包埋樣本;2.快速、簡單，省時:3.如果結(jié)合Real-time定量PCR技術(shù)(Taqman探針)則能對樣品中檢測位點的甲基化水平進行定量檢測(Metylight)。通量高:一次測序得到500萬條以上的序列;安徽測序詢問報價
采用短序列(Short-Reads)、雙末端(Paired-End)和不同長度的插入片段(Insert-Size)的測序策略。單細胞相關(guān)課題測序
研究內(nèi)容:-、數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計基因組單堿基深度分布及覆蓋度分析二、一致性序列組裝根據(jù)與參考基因組序列的比對結(jié)果,利用貝葉斯統(tǒng)計模型檢測出測序個體基因組中每個堿基位點比較大可能性的基因型,并組裝出該個體基因組的一致序列。三、SNP檢測及在基因組的分布在全基因組一致性序列的基礎上,從中提取全基因組中所有的潛在多態(tài)性位點,再根據(jù)質(zhì)量值、深度、重復性等因素做進一步的過濾篩選,**終得到高可信度的SNP數(shù)據(jù)集。根據(jù)已有的基因集對檢測到得變異進行注釋。四、InDel檢測及在基因組的分布使用測序個體的短序列與參考基因組進行Paired-End比對,將比對結(jié)果進行聚類分析,并結(jié)合Paired-End關(guān)系檢測可信的shortInDel.在檢測過程中,gap的長度為1~3個堿基。對于每個InDel的檢測，至少需要3個雙末端序列的支持。五、結(jié)構(gòu)變異檢測及在基因組中的分布利用測序個體序列與參考基因組序列進行比對,檢測全基因組水平的結(jié)構(gòu)變異,目前能夠檢測到得結(jié)構(gòu)變異類型主要有缺失.插入、復制、倒位、易位等，并根據(jù)已有的基因集對檢測到得變異進行注釋。單細胞相關(guān)課題測序
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗