我們鑒定出了幾個可能與LINC00926相互作用的蛋白，包括兩個E3連接酶，STUB1和E6AP(圖4F)。免疫印跡進(jìn)一步證實，只有STUB1與LINC00926相互作用，而E6AP則沒有(圖4G)。此外，RIP分析也表明，PGK1和STUB1免疫沉淀中，LINC00926***富集(圖4H)。此外，LINC00926增強了STUB1介導(dǎo)的PGK1泛素化(圖4I)。敲低STUB1**減弱了LINC00926對PGK1泛素化的影響(圖4J)。這些數(shù)據(jù)表明，STUB1在LINC00926調(diào)控PGK1泛素化過程中起著關(guān)鍵作用。與LINC00926對STUB1介導(dǎo)的PGK1泛素化的影響一致，LINC00926增加了STUB1和PGK1之間的相互作用(圖4K)。而敲低STUB1**減弱了LINC00926對PGK1降解的影響(圖4L)。解決了對確定因果調(diào)節(jié)機制網(wǎng)絡(luò)的方法的關(guān)鍵需求。記憶障礙鼠模型
6）circPde4b和RIC8A影響小鼠OA發(fā)病機制
為了證實上述發(fā)現(xiàn)，我們進(jìn)一步評估了circPde4b對小鼠OA的影響。圖6A為四組不同AAV***后circPde4b和RIC8A的RNA表達(dá)情況。從軟骨中提取的ECM相關(guān)蛋白的RT-qPCR和westernblot分析也提示在內(nèi)側(cè)半月板不穩(wěn)(DMM)+vector組和DMM+circPde4b+RIC8A組中OA更嚴(yán)重(圖6B，C)。SafraninOfastgreen染色(圖6D)發(fā)現(xiàn)，與SHAM+載體組和DMM+circPde4b+RIC8A組相比，DMM+載體組和DMM+circPde4b+RIC8A組的蛋白多糖明顯丟失，表明circPde4bAAV可以挽救由DMM引起的OA進(jìn)展，而RIC8AAAV可以逆轉(zhuǎn)這種挽救。 鐵死亡損傷caspase-3抗體是一種***用于檢測凋亡細(xì)胞的標(biāo)志物。
七、股骨和肝臟細(xì)胞在不同細(xì)胞類型之間的統(tǒng)計學(xué)差異
HSC / MPP簇中的細(xì)胞來源于肝臟，股骨和髖部，這為評估起源于胚胎肝臟或骨髓的HSC/MPP群體中潛在的定性和定量差異提供了機會。研究者首先對處于不同細(xì)胞周期狀態(tài)的肝臟和股骨細(xì)胞的數(shù)量進(jìn)行了Fisher精確檢驗。結(jié)果顯示，在股骨和肝臟中，絕大多數(shù)CD-REF細(xì)胞處于G0/G1期，而肝臟中處于S-G2-M期的細(xì)胞數(shù)量幾乎是股骨的兩倍。KS和MWW檢驗顯示，與肝臟相比，股骨中HSCs/MPPS中基因表達(dá)數(shù)量也比較少，但股骨中HSCs/MPPs***上調(diào)了與核小體組裝、染色質(zhì)組裝和DNA組裝有關(guān)的基因，而肝臟中HSC/MPPs***上調(diào)了與肌動蛋細(xì)胞骨架重塑、細(xì)胞粘附和遷移有關(guān)的基因。
質(zhì)膜塑造并保護(hù)真核細(xì)胞免受周圍環(huán)境的影響，對細(xì)胞生命至關(guān)重要。盡管重新密封受損膜的初始修復(fù)機制已經(jīng)很好地建立，但關(guān)于細(xì)胞如何在重建受損膜后恢復(fù)體內(nèi)平衡知之甚少。今年7月發(fā)表于《SCIENCE ADVANCES》的一篇研究表明，細(xì)胞通過***與巨胞飲作用相關(guān)的蛋白質(zhì)來響應(yīng)質(zhì)膜損傷，特別是在受損的膜上。在膜重新密封之后，細(xì)胞形成源自修復(fù)部位的、LC3B蛋白陽性的胞吞小體。此過程**于 ULK1、ATG13 和 WIPI2，但依賴于 ATG7、p62 和 Rubicon。內(nèi)化的胞吞小體在細(xì)胞質(zhì)中收縮，可能是通過滲透排出，并**終與溶酶體融合。這是一種與非經(jīng)典自噬相結(jié)合的巨胞飲作用，研究者將其稱為 LC3 相關(guān)巨胞飲作用 (LAM)，其功能是從質(zhì)膜上去除受損物質(zhì)并在損傷時恢復(fù)膜的完整性。接下來我們來看一下具體研究方法及結(jié)果：進(jìn)一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細(xì)胞對基因毒性損傷的反應(yīng)。
為了研究ESCRT-III在ferroptosis中的功能作用，作者評估了抑制CHMP4B對NIH-3T3細(xì)胞死亡的影響(圖5A, B)。與對照組相比，CHMP4B敲除細(xì)胞的死亡發(fā)生率更高、更快，特別是在早期時間點(1-3 h)，這表明CHMP4B的缺失導(dǎo)致細(xì)胞對ferroptosis的敏感性更高。另外，作者使用蛋白質(zhì)組譜儀XL細(xì)胞因子陣列試劑盒(圖5C)，確定ferroptosis是否可以直接調(diào)節(jié)不同細(xì)胞系和不同處理下的細(xì)胞因子分泌。在誘導(dǎo)ferroptosis時，作者檢測到細(xì)胞因子亞群水平的變化，這些變化與細(xì)胞系和***有關(guān)。此外，敲除CHMP4B改變了RSL3處理后獲得的細(xì)胞因子譜(圖5C, D)。這些結(jié)果表明，盡管具體的細(xì)胞因子改變依賴于***，但ESCRT-III通常影響ferroptotic細(xì)胞的細(xì)胞因子分泌。另外，RSL3處理的沉默CHMP4B細(xì)胞的上清能夠增加小鼠巨噬細(xì)胞的CD14表面表達(dá)(圖5E)。這些結(jié)果表明，與壞死和焦亡相似，ESCRT-III也調(diào)節(jié)ferroptotic細(xì)胞的免疫輸出。
結(jié)論：ESCRT-III在ferroptosis微環(huán)境中調(diào)節(jié)細(xì)胞因子水平，揭示了這一機制在調(diào)控ferroptosis炎癥的作用。這些發(fā)現(xiàn)支持了一個普遍的模型，在這個模型中，質(zhì)膜孔的形成和膜修復(fù)是控制不同類型的壞死及其炎癥特征的中心和相反的調(diào)控機制。 ATM對PTEN的磷酸化導(dǎo)致PTEN在質(zhì)膜上重新分布。細(xì)胞譜系
公共比較毒理基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫。記憶障礙鼠模型
與coaccessibilityscore較高的Cicero連接相比，coaccessibilityscore較低的Cicero連接在GeneHancerdoubleelite數(shù)據(jù)庫中的可能性較小(p<2.21016，卡的平方)。在近端曲小管內(nèi)，大部分Cicero連接要么在啟動子區(qū)域內(nèi)，要么在啟動子和另一個位置之間(圖3d)，這種分布在其他細(xì)胞類型中也類似(補充圖11)。轉(zhuǎn)錄因子活性與轉(zhuǎn)錄因子表達(dá)有適度的相關(guān)性(Pearsonr2=0.36,p值=4.21012，圖3e)。推測motif活性與轉(zhuǎn)錄因子表達(dá)呈正相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子可能在DAR中扮演轉(zhuǎn)錄***因子的角色，而負(fù)相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子則扮演轉(zhuǎn)錄抑制因子的角色。令人驚訝的是，糖皮質(zhì)***受體(NR3C1)的motif活性與表達(dá)呈正相關(guān)，而礦皮質(zhì)***受體(NR3C2)則呈負(fù)相關(guān)(圖3f)。記憶障礙鼠模型
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