在沒(méi)有RNA配體的情況下，RIG-I采用一種自動(dòng)抑制的構(gòu)象，CARDs發(fā)出信號(hào)。因此假設(shè)circNDUFB2可能通過(guò)促進(jìn)其CARDs釋放***RIG-I。用Co-IP檢測(cè)RIG-I的CARDs（FLAG-CARD）和螺旋酶結(jié)構(gòu)域（HA-ΔCARD）之間的相互作用。結(jié)果表明circNDUFB2抑制了RIG-I的CARDs和螺旋酶結(jié)構(gòu)域之間的相互作用。此外，circNDUFB2增強(qiáng)了CARDs與線(xiàn)粒體抗病毒信號(hào)蛋白（MAVS）的相互作用。這些結(jié)果表明circNDUFB2可能通過(guò)破壞CARDs與其解旋酶結(jié)構(gòu)域之間的分子內(nèi)相互作用來(lái)***RIG-I，并使RIG-I保持活性，從而***RIG-I-MAVS信號(hào)級(jí)聯(lián)。在786-O細(xì)胞中穩(wěn)定轉(zhuǎn)染靶向circSDHC的shRNA.MCD誘導(dǎo)標(biāo)書(shū)地區(qū)科學(xué)基金
糖尿病腎病(DN)已成為終末期腎病的主要病因之一，自噬障礙與DN的發(fā)病機(jī)制有關(guān)。我們前期研究發(fā)現(xiàn)維生素D (VD)和VDR(維生素D受體)通過(guò)抑制炎癥和纖維化發(fā)揮腎保護(hù)作用。然而，VD-VDR是否調(diào)節(jié)DN患者的自噬障礙尚不清楚。在本研究中，我們建立了鏈脲佐菌素(STZ)誘導(dǎo)的VDR敲除(VDR-KO)小鼠和VDR特異性過(guò)表達(dá)(VDR-OE)小鼠的糖尿病模型。結(jié)果表明，paricalcitol(一種***的維生素D類(lèi)似物)或VDR-OE均能減輕STZ誘導(dǎo)的白蛋白排泄、腎小管損傷和炎癥，而VDR-KO小鼠的這些癥狀均加重。snoRNA標(biāo)書(shū)省自然科學(xué)基金circNDUFB2敲低促進(jìn)這些表型。
再生胰腺中胰腺巨噬細(xì)胞的動(dòng)態(tài)轉(zhuǎn)錄組譜
為了進(jìn)一步了解AP恢復(fù)過(guò)程中巨噬細(xì)胞的表型和功能，分離出胰腺巨噬細(xì)胞用于RNA-seq分析。顯著性差異表達(dá)基因繪制熱圖。為了評(píng)估這些基因簇的功能，使用網(wǎng)絡(luò)工具DAVIDGeneOntology(GO)進(jìn)行了功能注釋分析。值得注意的是，在急性炎癥期（簇32，D1特征簇）高度表達(dá)的基因特別富集炎癥反應(yīng)和CCR2依賴(lài)性趨化性。簇25和27包含在ADM階段（第3天）高表達(dá)的基因，具有不同的表達(dá)模式和功能，表明該階段的巨噬細(xì)胞異質(zhì)性。例如，與ECM-受體相互作用和PI3K-AKT信號(hào)通路相關(guān)的基因在簇27中富集，而與細(xì)胞周期相關(guān)的基因在簇25中富集。
circPLCE1-411與HSP90α/RPS3復(fù)合物結(jié)合，促進(jìn)泛素依賴(lài)的RPS3降解，抑制NF-κB信號(hào)通路
根據(jù)前期研究和相關(guān)文獻(xiàn)我們推測(cè)circPLCE1-411可能與HSP90α/RPS3復(fù)合物結(jié)合，調(diào)控NF-κB信號(hào)通路，從而抑制CRC的進(jìn)展。我們?cè)贖CT8和DLD1細(xì)胞中通過(guò)免疫沉淀鑒定了circPLCE1-411和HSP90α/RPS3復(fù)合物之間的相互作用。我們發(fā)現(xiàn)RPS3蛋白水平隨著circPLCE1-411表達(dá)的增加而***降低。然而，RPS3mRNA水平的豐度并沒(méi)有隨著circPLCE1-411表達(dá)的增加而改變。這提示circPLCE1-411可能通過(guò)轉(zhuǎn)錄后機(jī)制調(diào)控RPS3。經(jīng)蛋白合成抑制劑環(huán)己亞胺CHX處理后，與對(duì)照組相比，HCT8和DLD1細(xì)胞中RPS3蛋白降解更快，circPLCE1-411表達(dá)增加。 在786-O和A498細(xì)胞中CDKN3敲除后的western blot分析證實(shí)了這一關(guān)系.
放線(xiàn)菌素D處理后的 qRT-PCR 和 RT-PCR 分析表明，circACTN4 在指定的時(shí)間點(diǎn)具有抗性。隨后，生物信息學(xué)預(yù)測(cè)上游轉(zhuǎn)錄因子2(USF2)可能與ACTN4的啟動(dòng)子結(jié)合。因此，構(gòu)建了攜帶全長(zhǎng)野生型和突變型ACTN4啟動(dòng)子的熒光素酶報(bào)告基因載體，結(jié)果表明USF2增強(qiáng)了熒光素酶野生型熒光素酶報(bào)告基因的活性。Chip-qPCR檢測(cè)進(jìn)一步證明USF2可以與ACTN4基因啟動(dòng)子結(jié)合并增強(qiáng)其轉(zhuǎn)錄活性。設(shè)計(jì)并構(gòu)建了USF2過(guò)表達(dá)和敲低質(zhì)粒，通過(guò)qRT-PCR檢測(cè)到轉(zhuǎn)染相應(yīng)質(zhì)粒的BC細(xì)胞中ACTN4的表達(dá)。結(jié)果表明，上調(diào)的 USF2 顯著增加了線(xiàn)性ACTN4和circACTN4的表達(dá)，而下調(diào)的USF2顯著降低了線(xiàn)性ACTN4和circACTN4的水平。這些結(jié)果表明ACTN4是轉(zhuǎn)錄因子USF2的靶基因。circRNAs在**的發(fā)展和進(jìn)展中發(fā)揮著重要的調(diào)控作用.lncRNA標(biāo)書(shū)廣州
單細(xì)胞核測(cè)序能夠獲得組織的細(xì)胞圖譜.MCD誘導(dǎo)標(biāo)書(shū)地區(qū)科學(xué)基金
2）circPDE4B調(diào)節(jié)軟骨細(xì)胞活力和ECM代謝
為了評(píng)估circPDE4B在ECM代謝中的作用，我們分別用三種circPDE4BsiRNA轉(zhuǎn)染HCs(圖2A)。我們使用CCK-8方法評(píng)估了circPDE4B對(duì)軟骨細(xì)胞活力的影響。結(jié)果顯示，敲低circPDE4B的表達(dá)降低了軟骨細(xì)胞的活力(圖2B)。此外，shRNA腺病毒抑制circPDE4B***提高了MMP3、MMP13和ADAMTS4的表達(dá)，而SOX9、COL2A1(或COL2蛋白)和aggrecan在HCs/MCs中的表達(dá)下調(diào)(圖2C和圖2D)。免疫熒光進(jìn)一步證實(shí)，circPDE4B敲除影響了HCs/MCs的MMP3、MMP13、COL2和aggrecan水平(圖2E、F)。同時(shí)，HCs的阿爾新藍(lán)染色顯示，circPDE4B抑制導(dǎo)致軟骨細(xì)胞功能障礙，蛋白多糖藍(lán)染較少(圖2G)。然后通過(guò)CCK-8實(shí)驗(yàn)(圖2H)發(fā)現(xiàn)，過(guò)表達(dá)circPDE4B增加了軟骨細(xì)胞的活力。在過(guò)表達(dá)circPDE4B-HCs中，MMP3、MMP13和ADAMTS4的mRNA和蛋白水平下調(diào)，SOX9、COL2A1(或COL2蛋白)和aggrecan的mRNA和蛋白水平上調(diào)(圖2I-L)。此外，HCs的阿爾新藍(lán)染色表明，與單獨(dú)IL-1β***相比，circPDE4B過(guò)表達(dá)和IL-1β共處理減少了軟骨破壞(圖2M)。這些數(shù)據(jù)表明，circPDE4B/circPde4b在HCs中可以促進(jìn)細(xì)胞活力，抑制分解代謝作用。 MCD誘導(dǎo)標(biāo)書(shū)地區(qū)科學(xué)基金
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5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)