與對(duì)照組相比，乳腺*來(lái)源的外泌體miR-138-5p降低了M1相關(guān)表型，相反，M2標(biāo)志物增加并伴隨著CD163陽(yáng)性細(xì)胞數(shù)的增加（圖6G-I）。用從乳腺*細(xì)胞中分離出來(lái)的外泌體處理THP-1細(xì)胞導(dǎo)致了M2極化，抑制miR-138-5p的表達(dá)可挽救這種極化（圖4J-L）?？傊?，這些結(jié)果表明外泌體miR-138-5p通過(guò)抑制KDM6B表達(dá)調(diào)節(jié)巨噬細(xì)胞極化。
5、KDM6B去甲基化酶活性增加了M1相關(guān)基因的表達(dá)
抑制KDM6B的組蛋白去甲基化酶活性可抑制其靶基因的轉(zhuǎn)錄。因此，使用雙熒光素酶實(shí)驗(yàn)來(lái)分析M1靶基因的啟動(dòng)子活性。KDM6B的過(guò)表達(dá)特異性地刺激了促炎因子IL-6、IL-1β和TNF-α編碼基因的啟動(dòng)子活性（圖5A）。相反，沉默KDM6B活性則導(dǎo)致他們的啟動(dòng)子活性抑制，而過(guò)表達(dá)KDM6B降低了H3K27me3的水平（圖5B）。ChIP檢測(cè)顯示，與對(duì)照相比，THP-1細(xì)胞中KDM6B的過(guò)表達(dá)或敲除***增加或減少了KDM6B啟動(dòng)子在不同區(qū)域的占用(圖5C-D)。與此結(jié)果一致，啟動(dòng)子區(qū)域H3K27me3的募**降低或增加當(dāng)KDM6B過(guò)表達(dá)或沉默時(shí)（圖5E-F）?？傊?，下調(diào)KDM6B可提高H3K27me3水平和促炎因子編碼基因的轉(zhuǎn)錄活性，導(dǎo)致抑制M1極化。 可以推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。pcr課題實(shí)驗(yàn)外包
10.EVs介導(dǎo)的ELNAT1與BCa淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移相關(guān)
確定EVs介導(dǎo)的ELNAT1在BCa淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移中的臨床意義十分重要。首先，作者發(fā)現(xiàn)來(lái)自BCa患者的尿中EVs與配對(duì)BCa組織的ELNAT1表達(dá)呈正相關(guān)，這意味著EVs介導(dǎo)的ELNAT1是BCa中ELNAT1調(diào)控的重要參與者（Figure10A）。同時(shí)，BCa患者的尿中EV介導(dǎo)的ELNAT1過(guò)表達(dá)與BCa的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移呈正相關(guān)（Figure10B）。EV介導(dǎo)的ELNAT1表達(dá)較高的BCa患者總生存期（OS）和無(wú)病生存期（DFS）率較短（Figure10C-D）。ROC分析顯示尿液中EV介導(dǎo)的ELNAT1可有效區(qū)分BCa患者與健康志愿者（Figure10E）。與尿液細(xì)胞學(xué)和FISH檢查結(jié)果相比，尿液中EVs介導(dǎo)的ELNAT1診斷BCa-LN轉(zhuǎn)移的準(zhǔn)確性很高（Figure10F）。BCa患者血清中EVs介導(dǎo)的ELNAT1表達(dá)水平高于健康對(duì)照組（Figure10G）。與無(wú)淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的BCa患者血清相比，伴有淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的BCa患者血清中EVs介導(dǎo)的ELNAT1表達(dá)上調(diào)（Figure10H）。
結(jié)論：EVs介導(dǎo)的ELNAT1促進(jìn)了BCa的淋巴管生成和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移。充分闡明EVs介導(dǎo)的ELNAT1***hnRNPA1/UBC9/ SOX18軸誘導(dǎo)BCa淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的精確機(jī)制，不僅將增加我們對(duì)EVs介導(dǎo)的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的認(rèn)識(shí)，也將有助于開發(fā)一種***BCa的有效策略。 基礎(chǔ)分子實(shí)驗(yàn)課題CRO課題CRO服務(wù)找上海英拜。
6、MiR-199a-5p改善MRL/lpr小鼠疾病
接下來(lái)，在體內(nèi)評(píng)估了miR-199a-5p對(duì)MRL/lpr小鼠的影響。17周齡MRL/lpr小鼠每4天注射20nmolmiR-199a-5pagomir或?qū)φ?agomirnc)，共4周(圖6A)。末次注射后48h處死小鼠，分離脾臟CD4+T細(xì)胞。與對(duì)照組相比，miR-199a-5pagomir處理組顯示miR-199a-5p水平升高(圖6B)，Sirt1表達(dá)降低(圖6C)，衰老標(biāo)志物p21和p16的表達(dá)***上調(diào)(圖6D)。這些數(shù)據(jù)表明hUC-MSCs通過(guò)miR-199a-5p增加MRL/lpr脾CD4+T細(xì)胞衰老。
接下來(lái)，研究系統(tǒng)給予miR-199a-5p agomir是否能挽救MRL/lpr小鼠的狼瘡表型。與agomir nc組相比，miR-199a-5p agomir處理組脾臟和淋巴結(jié)明顯縮小(圖7A-B)，血清中anti-dsDNA抗體、IgG水平下降(圖7D-E)。血清ANA水平有下降趨勢(shì)(圖7C)。miR-199a-5p agomir處理組的腎損傷，表現(xiàn)為尿蛋白下降（圖7F），腎小球增大和細(xì)胞增生減少(圖7G)，外周***袢中IgG沉積減少(圖7h)。綜上所述，這些數(shù)據(jù)表明hUC-MSCs移植通過(guò)miR -199a-5p介導(dǎo)的Sirt1信號(hào)下調(diào)從而增加脾CD4+ T細(xì)胞的衰老，改善MRL/lpr小鼠的疾病表型。
TCGA泛*中的m6A概況
為了表征m6A模式和篩選潛在靶點(diǎn)，在TCGA中的9804個(gè)泛*樣本中開發(fā)了一個(gè)四步計(jì)算框架。經(jīng)過(guò)質(zhì)量控制后，共有23個(gè)m6A調(diào)節(jié)因子、56個(gè)m6A交互蛋白編碼基因、10個(gè)lncRNAs和17個(gè)miRNAs被納入本研究。106個(gè)基因有密切的共表達(dá)關(guān)系（Pearsonr>0.3）。在共表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中，大多數(shù)m6A調(diào)節(jié)因子和一些蛋白質(zhì)編碼基因是與其他基因相互作用的樞紐基因。在不同**類型*旁組織的差異表達(dá)比較中，許多基因在**組織中的表達(dá)水平較高，而一些蛋白質(zhì)編碼基因則表現(xiàn)出相反的關(guān)系。這些基因包括ASB2、P2RX6、AXL、ID2和SOCS2；miR-143、miR-29a、miR-125b-1和miR-145等4種miRNA在**組織中表達(dá)較低。所有l(wèi)ncRNAs在**組織中均有較高的表達(dá)。利用**和正常組織的前兩個(gè)主成分（PC），我們發(fā)現(xiàn)m6A模式具有良好的鑒別診斷價(jià)值。曲線下面積（AUC）在大多數(shù)**中超過(guò)90%。 根據(jù)自身需要檢索相關(guān)基因或者化學(xué)品。
一、PBMC單核、單細(xì)胞ATAC序列優(yōu)化
A.snATAC、scATAC和ICICLE-seq方法的主要步驟概要。ficoll純化的PBMCs和白細(xì)胞分離純化的PBMCs之間的一個(gè)主要區(qū)別是ficoll純化樣品中存在殘留的中性粒細(xì)胞。我們使用熒光***細(xì)胞分選(FACS)從高中性粒細(xì)胞含量的PBMC樣本中檢測(cè)去除死細(xì)胞和碎片的方法，包括去除中性粒細(xì)胞和不去除中性粒細(xì)胞。
B.這種單核分析利用低滲裂解、洗滌劑和皂苷的組合來(lái)分離細(xì)胞核，而不保留線粒體DNA。使用這種方法進(jìn)行snATAC-seq，測(cè)序，并將數(shù)據(jù)質(zhì)量指標(biāo)(材料和方法)制成表格后，鑒定了兩個(gè)主要的細(xì)胞條碼群體。細(xì)胞核制備的scATAC-seq文庫(kù)包含更多來(lái)自核小體DN**段的reads，而來(lái)自細(xì)胞核的非細(xì)胞條形碼(灰線)包含的這些片段比細(xì)胞條形碼更多。 英拜生物對(duì)實(shí)驗(yàn)可行性分析?？肆_恩課題設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)
高通量測(cè)序后續(xù)的機(jī)制實(shí)驗(yàn)。pcr課題實(shí)驗(yàn)外包
四、Multimodal分析突出了肥大的上行肢體的細(xì)胞異質(zhì)性
為了確定我們是否能夠檢測(cè)出具有可變claudin表達(dá)模式的細(xì)胞亞群，在snRNA-seq數(shù)據(jù)集的umap圖上劃分三個(gè)亞種群(TAL1,TAL2和ATL)。ATL，上升細(xì)肢。顯示了TAL各亞群體中富集基因的基因表達(dá)模式。一組細(xì)胞(SLC12A1+UMOD+)表達(dá)粗升肢標(biāo)記(CLDN16、KCNJ10和PTH1R):TAL1，另一組細(xì)胞表達(dá)另一組TAL特異性標(biāo)記，如CLDN10:TAL2(圖4b)。第三組細(xì)胞根據(jù)之前發(fā)表的標(biāo)記的表達(dá)被確定為髓袢升支粗段(ATL)。我們使用免疫組化方法驗(yàn)證PTH1R和KCNJ10在UMOD+SLC12A1+細(xì)胞亞群中表達(dá)(圖4c)。在snATAC-seq數(shù)據(jù)集的umap圖上進(jìn)行TAL的亞聚類，劃分三個(gè)亞種群(TAL1、TAL2和ATL)(圖4d)。點(diǎn)圖顯示每個(gè)TAL亞種群中富集的基因的活性模式(圖4e)。斑點(diǎn)的直徑對(duì)應(yīng)于檢測(cè)到的基因活性的細(xì)胞比例，斑點(diǎn)的密度對(duì)應(yīng)于相對(duì)于所有細(xì)胞類型的平均基因活性。Umap顯示CLDN10、CLDN16、S100A2或UMOD(左)的基因活性。TAL1和TAL2之間的chromVAR差異***轉(zhuǎn)錄因子基序(圖4f)。使用SeuratFindMarkers功能來(lái)識(shí)別區(qū)分厚升肢細(xì)胞群的DAR，并使用SeuratFindMotifs功能對(duì)這些DAR進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子motif富集(圖4g)。 pcr課題實(shí)驗(yàn)外包
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)