2020年12月，埃默里大學(xué)在Cell Rep（IF=8.087） 雜志上發(fā)表了文章“Endothelial Reprogramming by Disturbed Flow Revealed by Single-Cell RNA and Chromatin Accessibility Study”。此報道在PCL后，使用從小鼠頸動脈腔內(nèi)獲得的富含內(nèi)皮細(xì)胞的單細(xì)胞和細(xì)胞核進行了scRNA-seq和scATAC-seq檢測，以確定d-flow和s-flow對基因轉(zhuǎn)錄本和染色質(zhì)可及性譜的基因組和表觀基因組調(diào)控的差異影響。對scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)的單獨分析以及對兩個數(shù)據(jù)集的綜合分析顯示，即使在s-flow下，頸動脈內(nèi)的ECs也是異質(zhì)性的。D-flow***改變了內(nèi)皮轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組譜，將它們重新編程為炎癥細(xì)胞、間充質(zhì)細(xì)胞、干細(xì)胞/祖細(xì)胞樣細(xì)胞、造血細(xì)胞和免疫細(xì)胞樣表型。此外，我們還發(fā)現(xiàn)了一種依賴于d-flow和s-flow的TF結(jié)合位點和順式調(diào)節(jié)元件的富集。動物建模模型實驗的整體服務(wù)。實驗設(shè)計課題整體服務(wù)
腸道菌群與結(jié)直腸*(CRC)之間的關(guān)聯(lián)已被***研究。然而，用于多個人群的早期診斷標(biāo)記仍然難以捉摸。本研究對1056例糞便樣本進行了綜合分析，以確定與CRC相關(guān)的微生物作為早期檢測CRC的標(biāo)志物。
對來自4項研究的16srRNA測序進行分析，評估隨著CRC進展（無疾病-腺瘤-結(jié)直腸*）腸道微生物的變化，并鑒定出針對腺瘤的為微生物標(biāo)志物。
2.構(gòu)建腺瘤微生物模型
除了使用差異ASV作為關(guān)鍵指標(biāo)，模型構(gòu)建中還包括α多樣性指數(shù)（Shannon指數(shù)，Simpson指數(shù)和ObservedASV）以及三個患者臨床指標(biāo)（年齡，性別和體重指數(shù)（BMI））。**終構(gòu)建了包括八個差異性ASV（作為生物標(biāo)記物）以及年齡，性別和BMI為**的模型，可區(qū)分對照對象與腺瘤患者（準(zhǔn)確度：0.73，敏感性：0.82，特異性：0.62，精度：0.73，F(xiàn)1得分：0.77）。其中，用ASV區(qū)分腺瘤和**的RF模型達到了0.89的AUC（精度：0.80，靈敏度：0.66，特異性：0.90，精度：0.83和F1得分：0.72）。 過表達課題實驗檢測服務(wù)我們使用抗體陣列評估了表達PTEN- wt或PTEN- 398a的MCF10A細(xì)胞裂解液的應(yīng)激反應(yīng)和凋亡通路的活性。
1、人PTC組織中tRFs和tiRNAs的表達為了鑒定人PTC組織中的tRFs和tiRNAs，收集3對PTC*組織和*旁組間，用于高通量測序，其結(jié)果比對至tRNAlibraryGtRNAdb文庫，并從中去除線粒體tRNA。**終累計獲得1723個tRN**段，其中594個片段只存在于**組織，136個只存在于*旁組織（圖1A-B）。成分分析顯示，**中tiRNAs的數(shù)量遠(yuǎn)超*旁組織，而tRFs則主要存在于*旁（圖1C）?；鹕綀D可以看出5個在**組織中***上調(diào)的tRN**段：5’-tiRNA-Gly-GCC，5’-tiRNA-Lys-CTT，5’-tiRNA-Glu-CTC，5’-tRF-Val-CAC，pre-tRNA-Ser-TGA(Fig.1D)。圖1E顯示tRN**段1260，1293，1297和1385明顯來源于**組織。tRN**段1293和1297都是5’-tiRNA-Gly-GCC剪切自tiRNA-Gly-GCC的不同部分的。tRN**段1260切割自tRNA-Glu-CTC，tRN**段1358切割自tRNA-Lys-CTT。
2021年5月，在Elife 雜志上發(fā)表了文章“Traumatic injury compromises nucleocytoplasmic transport and leads to TDP-43 pathology.”。此報道在體內(nèi)，反復(fù)的創(chuàng)傷會上調(diào)核孔蛋白，改變核孔蛋白的穩(wěn)定性，改變NCT蛋白，改變Ran***1和核孔蛋白的分布，改變NCT。此外，核輸出的藥理抑制可以防止tbi介導(dǎo)的致命性和NCT缺陷。有趣的是，在體內(nèi)和體外，核孔蛋白的上調(diào)導(dǎo)致TDP-43定位錯誤、聚集、磷酸化和溶解性改變，并降低運動功能和壽命。對NUP62病理和CTE患者腦組織中NUP62濃度升高的研究結(jié)果表明NCT缺陷與創(chuàng)傷損傷有關(guān)，這可能介導(dǎo)了TDP-43的病理變化。促*分泌體通過外泌體傳遞和運輸是轉(zhuǎn)移前微環(huán)境形成和轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵。
2）整合單核RNA和ATAC數(shù)據(jù)集，用于預(yù)測和驗證ATAC細(xì)胞類型分配
snATAC-seq捕獲單個細(xì)胞的染色質(zhì)可及性特征。相對而言，我們對細(xì)胞類型特異性染色質(zhì)可及性圖譜的了解較少;因此，我們利用注釋snRNA-seq數(shù)據(jù)集使用標(biāo)簽轉(zhuǎn)移來預(yù)測使用Seurat的snATAC-seq細(xì)胞類型。標(biāo)簽轉(zhuǎn)移是通過從snATAC-seq數(shù)據(jù)創(chuàng)建一個基因活性矩陣來進行的，這是一種衡量蛋白編碼基因的基因體和啟動子內(nèi)染色質(zhì)可及性的方法。在參考snRNA-seq數(shù)據(jù)集和查詢基因活性矩陣之間識別轉(zhuǎn)移錨點，然后分配預(yù)測的細(xì)胞類型。snATAC-seq預(yù)測分?jǐn)?shù)的分布表明，絕大多數(shù)細(xì)胞具有較高的預(yù)測分?jǐn)?shù)，并被自信地劃分為單細(xì)胞類型(補充圖2)。 生命科學(xué)領(lǐng)域內(nèi)的精細(xì)研究。遷移體課題
TIMEOR是***個基于 Web 的自適應(yīng)時間序列多組學(xué)管道方法。實驗設(shè)計課題整體服務(wù)
與HuR的RRM3結(jié)合，中斷HuR-β-actinmRNA相互作用，抑制β-actin表達，抑制OPC遷移
為闡明lnc-PMIF如何與HuR相互作用調(diào)節(jié)β-actin表達和OPC遷移，首先通過生物信息學(xué)分析預(yù)測了lnc-PMIF的二級結(jié)構(gòu)，并合成生物素化的全長lnc-PMIF（WT）和截短的lnc-PMIF突變體，分別為突變體A1（無5’莖環(huán)的正義）、突變體A2（有中心莖環(huán)和3’莖環(huán)的正義）和突變體A3（*有3’莖環(huán)的正義1100-1455bp），轉(zhuǎn)染MC3T3-E1細(xì)胞，并進行標(biāo)記RNA鏈霉親和素下拉試驗。蛋白免疫印跡分析顯示，HuR存在于轉(zhuǎn)染W(wǎng)Tlnc-PMIF、截短lnc-PMIF突變體A1或截短lnc-PMIF突變體A2的細(xì)胞的下拉部分中，但在轉(zhuǎn)染截短lnc-PMIF突變體A3的細(xì)胞的下拉部分中不存在。這些數(shù)據(jù)表明，lnc-PMIF的中心莖環(huán)足以實現(xiàn)lnc-PMIF和HuR之間的相互作用。 實驗設(shè)計課題整體服務(wù)
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實驗的開展，設(shè)計的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點**文獻技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實驗