利用METABRIC數(shù)據(jù)集，我們?cè)u(píng)估了1459例ER+乳腺*中17個(gè)常見Wnt/β-catenin通路基因的表達(dá)，包括幾個(gè)Wnt靶基因(圖7a)。為了確定INPP4B是否促進(jìn)PI3K和Wnt/β-catenin通路之間的對(duì)話，我們用增加劑量的PI3K抑制劑BKM120(0.5和1M)處理gfp載體和GFPINPP4BMCF-7細(xì)胞，并測(cè)量Wnt靶基因AXIN2、LEF1和MYCN的mRNA表達(dá)(圖7bd)。在gfp載體細(xì)胞中，低劑量的BKM120對(duì)Wnt靶基因表達(dá)的影響**小，而高劑量的Wnt基因表達(dá)降低。在GFP-INPP4B表達(dá)細(xì)胞中，低濃度的BKM120部分挽救了Wnt基因表達(dá)的增加，在更高濃度時(shí)進(jìn)一步降低?？傊?，這些發(fā)現(xiàn)與INPP4B促進(jìn)Wnt/β-catenin信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)，從而通過增強(qiáng)晚期核內(nèi)體形成促進(jìn)pik3a突變ER+乳腺*細(xì)胞的增殖的解釋相一致(圖7e)。英拜提供生物醫(yī)學(xué)課題外包服務(wù)。電鏡課題
該數(shù)據(jù)庫還將解剖學(xué)及其相關(guān)表型與環(huán)境化學(xué)物質(zhì)聯(lián)系起來，使它們可計(jì)算用于薈萃分析，并使 CTD 中化學(xué)和表型景觀的解剖學(xué)視角成為可能。2020 年， CTD 利用醫(yī)學(xué)主題詞中“解剖學(xué)”分支的修改子集作為其受控詞匯源，其中包括 1799 個(gè)用于解剖結(jié)構(gòu)和區(qū)域、生理系統(tǒng)、流體和組織、細(xì)胞和亞細(xì)胞成分的術(shù)語。 目前，CTD中超過247000種化學(xué)-表型相互作用使用了870個(gè)解剖學(xué)術(shù)語。 用戶可以通過選擇門戶圖標(biāo)向下鉆取可導(dǎo)航層次結(jié)構(gòu)或使用 CTD 關(guān)鍵字搜索框中的“解剖”選擇列表選項(xiàng)，從主頁訪問 CTD Anatomy。CTD Anatomy 頁面組織和合并數(shù)據(jù)，允許用戶從解剖學(xué)角度探索交互；這可用于識(shí)別不同生理系統(tǒng)（例如腎臟、肝臟、大腦和心血管系統(tǒng)）獨(dú)有或共享的化學(xué)物質(zhì)和表型，或發(fā)現(xiàn)例如影響影響的 1158 種化學(xué)物質(zhì) 心臟中有 600 種表型。同樣，已經(jīng)開始將 CTD 暴露與 CTD 解剖學(xué)相結(jié)合，使環(huán)境健康科學(xué)家能夠調(diào)查暴露研究和組織和系統(tǒng)暴露化學(xué)應(yīng)激誘導(dǎo)表型的細(xì)節(jié)。***，為了幫助提高數(shù)據(jù)庫的互操作性。浙江課題檢測(cè)服務(wù)完善的實(shí)驗(yàn)平臺(tái)提供可視化的建模服務(wù)。
3、CDK4/6抑制劑促進(jìn)記憶形成通過RB介導(dǎo)的G1停滯
為了確定驅(qū)動(dòng)CDK4/6i誘導(dǎo)的記憶，對(duì)調(diào)節(jié)記憶標(biāo)記的基因CD62L(SELL)，進(jìn)行了全基因組CRISPR/Cas9篩選，用基因組范圍的sgRNA文庫轉(zhuǎn)導(dǎo)表達(dá)Cas9的JurkatT細(xì)胞（CDK4/6抑制后上調(diào)CD62L），然后用CDK4/6i處理，并對(duì)未能上調(diào)CD62L的細(xì)胞進(jìn)行熒光***細(xì)胞分選(Fig.3A)。對(duì)分選群體進(jìn)行測(cè)序發(fā)現(xiàn)，靶向RB轉(zhuǎn)錄共抑制因子1(RB1)的sgRNA*在處理?xiàng)l件下***富集(Fig.3B)，暗示RB是CDK4/6i誘導(dǎo)CD62L上調(diào)所必須的。隨后對(duì)急性(2h)暴露于CDK4/6i后的Jurkat細(xì)胞和活化的原代小鼠CD8+T細(xì)胞進(jìn)行了整體磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)分析(Fig.3C)。
為了評(píng)估表達(dá)PTEN-398A且DNA損傷未解決的細(xì)胞在輻照(圖2B, C和補(bǔ)充圖4B, C)后的持續(xù)存在是否是誘導(dǎo)凋亡反應(yīng)失敗的結(jié)果，我們?cè)贗R之前先用泛caspase抑制劑z-VAD-FMK (zVAD)對(duì)細(xì)胞進(jìn)行預(yù)處理。與DMSO處理相比，zVAD增加了PTEN-WT細(xì)胞中未解決的DNA損傷灶的數(shù)量，其水平與DMSO處理的PTEN-398A細(xì)胞相當(dāng)(補(bǔ)充圖5F)。然而，需要注意的是，zVAD預(yù)處理也略微增加了IR后PTEN-398A細(xì)胞中未解決的DNA損傷灶的數(shù)量。
對(duì)表達(dá)PTEN-WT或PTEN-398A的MCF10A細(xì)胞進(jìn)行了cDNA微陣列分析，并用順鉑誘導(dǎo)基因毒性應(yīng)激。差異表達(dá)基因列表采用基因**富集分析[39]進(jìn)行分析。有趣的是，表達(dá)PTEN- 398A的細(xì)胞中上調(diào)的基因與G1/S檢查點(diǎn)的***有關(guān)，如G1/S期特異性轉(zhuǎn)錄、E2F靶標(biāo)、Rb1通路控制的細(xì)胞周期調(diào)控基因等 提供分子生物以及到后續(xù)動(dòng)物建模的一整套服務(wù)。
1.核糖體印跡與多聚核糖體分析證據(jù)mRNA的翻譯是由核糖體進(jìn)行的，它可以在主動(dòng)翻譯的mRNA中形成多聚核糖體（Polysome）。因此，與核糖體/多核糖體的結(jié)合可以作為可翻譯circRNA潛力的強(qiáng)有力的預(yù)測(cè)證據(jù)。數(shù)據(jù)庫整合了已發(fā)表的核糖體印跡（RibosomeProfiling）分析數(shù)據(jù)和多聚核糖體分析（PolysomeProfiling）數(shù)據(jù)，挖掘分析circRNA與核糖體的關(guān)聯(lián)。
2.翻譯啟動(dòng)站點(diǎn)（TIS）GTI-seq已實(shí)現(xiàn)了接近單核苷酸分辨率的翻譯起始密碼子的全景圖，揭示了整個(gè)人類轉(zhuǎn)錄組中數(shù)千個(gè)TIS密碼子的明確**。數(shù)據(jù)庫基于GTI-seq的TISdb數(shù)據(jù)用作支持circRNAs翻譯的間接證據(jù)，這也與潛在的ORF相關(guān)。 促*分泌體通過外泌體傳遞和運(yùn)輸是轉(zhuǎn)移前微環(huán)境形成和轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵。浙江課題檢測(cè)服務(wù)
soRNA測(cè)序的 整套服務(wù)。電鏡課題
5）NOX4的升高通過抑制人類星形膠質(zhì)細(xì)胞線粒體呼吸和ATP的產(chǎn)生來促進(jìn)線粒體代謝的損傷，從而促進(jìn)氧化應(yīng)激
我們研究了AD期間NOX4升高誘導(dǎo)受損星形膠質(zhì)細(xì)胞氧化應(yīng)激的潛在分子機(jī)制。與對(duì)照組相比，NOX4過表達(dá)***抑制了OCR的基礎(chǔ)水平，且***降低了寡霉素和FCCP作用下的OCR水平(圖5A和B)。接下來，我們研究了NOX4上調(diào)對(duì)人類星形膠質(zhì)細(xì)胞線粒體呼吸途徑調(diào)控的分子靶點(diǎn)。我們分析了包括NADH在內(nèi)的5種線粒體ETC蛋白復(fù)合物的水平(圖5C)。與OCR水平一致，與對(duì)照組相比，NOX4過表達(dá)***抑制了5種線粒體氧化磷酸化酶復(fù)合物的蛋白水平并***減少ATP的產(chǎn)生(圖5D)。免疫熒光染色顯示，與對(duì)照組相比，NOX4的升高導(dǎo)致線粒體碎裂，并***增加了線粒體碎裂的細(xì)胞數(shù)量(圖5G)。這些結(jié)果表明，NOX4的升高通過抑制人類星形膠質(zhì)細(xì)胞線粒體呼吸和ATP的產(chǎn)生，從而損害線粒體代謝，從而促進(jìn)氧化應(yīng)激。 電鏡課題
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請(qǐng)：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)