4.co-IP驗證LIR基序突變影響自噬 在HEK293T細胞中進行co-IP，結果表明STBD1LIR基序W203C是影響基因互作的重要結構。進一步研究發(fā)現(xiàn)，STBD中W203C突變影響其與GABARAPL1的結合，進而影響自噬指標的表達。 5. 在臨床樣本中檢測STBD1的表達 在*組織、*旁中檢測STBD1的表達水平，結果表明STBD1在*組織中***下調，與之前的預測結果一致。 6.細胞實驗研究STBD1的功能 在多種*細胞中進行細胞功能實驗，STBD1抑制*細胞生長，突變W203C會部分回復STBD1的抑制作用。 7.動物實驗驗證STBD1的...

1）SsD在AML中表現(xiàn)出抗增殖活性 為了闡明SsD在白血病中的藥理作用，我們在10個人白血病細胞系中探討了一系列SsD濃度的影響。我們發(fā)現(xiàn)SsD在大多數(shù)白血病細胞系中以劑量依賴的方式抑制細胞活力(圖1A)。為了進一步研究SsD對白血病的抑制作用，我們在4種白血病細胞系NB4、kas1、MV4-11和U937(SsD敏感性排名前4位的細胞)進行了集落實驗。與細胞活力結果相似，SsD***抑制了所測細胞系的集落數(shù)量和大小(圖1B-E)。有趣的是，SsD對細胞增殖和活力的抑制可能是由于細胞周期阻滯在G1期和NB4細胞凋亡增加(圖1F-G)。 也是***PDAC肝轉移的潛在靶點。模型建造課...

一、上傳數(shù)據(jù) 可以上傳原始的fast文件，也可以上傳時序count表達文件。按照數(shù)據(jù)情況填寫以下6個問題，然后點擊“Run”開始進行質控 二、初級分析 數(shù)據(jù)質控合格后，進行初級分析，包括：差異表達量計算、基因簇分析。差異計算方法包括ImpulseDE2、NextmaSigPro、DESeq2，可以根據(jù)實際情況自由選擇。 三、次級分析 次級分析用于評估豐富度、因子結合和時間關系。我們可以選擇不同類型的分析來分析初級分析中獲得的基因簇，即Enrichment，用于識別基因簇中高表達的基因；FactorBinding，使用motif和CHIP-seq預測影響基因簇表...

急性髓系白血病(AML)是一種基因和生物學上的異質性疾病，其特征是克隆擴增和突變的造血干細胞和祖細胞分化受損。在AML**常見的驅動突變中，NPM1基因第12外顯子的4堿基對插入是穩(wěn)定的，在20%-30%的病例中發(fā)生。由于其生物學意義和預后影響，NPM1突變在世界衛(wèi)生組織(WHO)的髓性白血病分類中**了一個獨特的白血病實體，并在預后和***決策中發(fā)揮重要作用。NPM1突變通常與誘導和鞏固化療后患者生存的良好影響相關。在NPM1突變的AML中，F(xiàn)LT3-ITD突變經(jīng)常與DNMT3A突變同時發(fā)生，這本身與接受標準誘導***的患者預后更差有關。大多數(shù)關于NPM1突變的AML的研究都集中在其他突變的...

1）DRD2通過啟動子甲基化在轉錄上下調 為了研究新的潛在TSGs，采用BrCa組織和正常組織進行RNA-seq篩選。與正常乳腺組織相比，BrCa組織中DRD2mRNA表達明顯下調(圖1A)。免疫組化染色發(fā)現(xiàn)，與BrCa組織相比，正常乳腺組織中DRD2蛋白水平也較高(圖1B)。同樣，基于TCGA，在BrCa中也觀察到DRD2mRNA的下調，并且在BrCa中DRD2啟動子甲基化也更頻繁(圖1C)。根據(jù)Kmplot，DRD2的高表達促進了BrCa患者的更長的生存期，這也在HER2陽性基因型患者中可見。但這一優(yōu)勢在LuminalA患者中未見(圖1D)。根據(jù)RT-PCR和MSP結果，幾乎所有...

TransCirc數(shù)據(jù)庫整合了各種與翻譯相關的證據(jù)，檢索的結果能直觀的呈現(xiàn)翻譯產(chǎn)物的相關證據(jù)信息。數(shù)據(jù)共分析了328080種已知人類circRNA的翻譯潛能，有蛋白質譜證據(jù)（MS）的circRNA有168個，核糖體印跡或多聚核糖體分析（RP/PP）的證據(jù)4284個circRNA，潛在翻譯產(chǎn)物序列分析（SeqComp）的301100個circRNA。有IRES預測結果的314138個circRNA，有m6A修飾位點信息的39397個circRNA，有翻譯起始位點信息（TIS）的9394個circRNA，有ORF信息的305016個circRNA。 高通量分子實驗的后續(xù)標書申請指導服務。細...

結果1）Pex誘導肝纖維化微環(huán)境，促進PDAC肝轉移 從小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細胞分離的外泌體呈現(xiàn)典型的外泌體結構，大小約為50-150nm(圖1A，B)。進一步的westernblot分析證實了分離的外泌體的存在(圖1C)。為了確定Pex在PDAC肝轉移中的作用，我們首先進行了“教育”程序，并進一步通過脾內注射建立了PDAC肝轉移模型(圖1D)。在“教育”過程后，STE和原子力顯微鏡(AFM)顯示，與Npex組相比，Pex組小鼠的肝臟剛度***增加(圖1E，F(xiàn))。此外，肝組織膠原密度增加(圖1G)，肝ECM明顯重構(圖1H，I)。同樣，PDAC原位植入模型也顯示原位...

五、阻斷atm依賴的磷酸化會損害DNA損傷后PTEN的亞細胞再分配 研究了磷脂酰肌醇3,4,5磷酸(PIP3)在DNA損傷后的細胞定位。將MCF10A細胞按上述方法同步輻照，免疫熒光法分析PTEN的亞細胞分布。PTEN-WT和PTEN-398A蛋白在細胞核和質膜穩(wěn)定定位(圖6A, B)。經(jīng)過IR處理后，PTEN-WT在質膜上積累(圖6A, B)。相比之下，在這些條件下，沒有檢測到PTEN-398A蛋白的重新定位(圖6A, B)。B).我們通過細胞分離和膜相關PTEN的免疫印跡分析進一步證實了這些結果(圖6C, D)。這些結果表明，ATM對PTEN的磷酸化導致PTEN在質膜上重新分布，...

miR-335-5p在來源于轉移性CRC細胞的外泌體中高表達 作者進行miRNA測序以確定SW480-exo或SW620-exo中的miRNA表達譜。結果發(fā)現(xiàn)SW480-exo和SW620-exo具有顯著不同的miRNA表達譜，并確定了77個miRNA的倍數(shù)變化大于5。通過定量PCR，證實miR-335-5p在SW620-exo中的表達比在SW480-exo中更高。并使用來自TCGA數(shù)據(jù)庫的miRNA和mRNA表達數(shù)據(jù)，證實了CRC中的miR-335-5p相對于正常樣本顯著升高，以及miR-335-5p高表達的病例的總體存活率較低。為了探索miR-335-5p在CRC中的功能，作者對...

METTL3介導APCmRNA上的m6A上調 為了確定METTL3促進**細胞增殖的機制，檢測了METTL3在ESCC細胞上轉錄調節(jié)中的作用。METTL3缺失降低了KYSE180細胞中m6A的總豐度。甲基化RNA免疫沉淀（MeRIP）和m6A特異性抗體，然后進行RNA測序（MeRIP-seq），發(fā)現(xiàn)KYSE180的mRNA中鑒定的m6A位點與RRACH序列一致。m6A信號在mRNAs的終止密碼子和3′-非翻譯區(qū)富集。 在MeRIP-seq中METTL3缺失減少了1101個基因的mRNAs中1199個m6A峰。轉錄組測序發(fā)現(xiàn)METTL3缺失調節(jié)2973個基因的表達。二者取交集發(fā)現(xiàn)...

CircACTN4促進體內異種移植**的發(fā)生和轉移 為了評估circACTN4在體內的致*作用，通過皮下注射和尾靜脈注射在裸鼠中建立人BC細胞**模型。用過表達 circACTN4 慢病毒或 circACTN4 shRNA 慢病毒及其對照***的 MCF-7 細胞接種雌性裸鼠。結果表明，circACTN4過表達組異種移植**的體積和重量明顯大于對照組，而circACTN4敲低顯著抑制了**生長。與對照組相比，circACTN4的上調明顯增加了轉移性肺結節(jié)的數(shù)量，而circACTN4沉默顯著抑制了自發(fā)性肺轉移，侵襲性**細胞較少。此外，circACTN4 的過表達可以顯著促進**血管生...

RNA甲基化修飾（m6A）研究 RNA甲基化修飾約占所有RNA修飾的60%以上，而N6-甲基腺嘌呤（N6-methyladenosine,m6A）是高等生物mRNA和lncRNAs上**為普遍的修飾。目前發(fā)現(xiàn)microRNA，circRNA,rRNA,tRNA和snoRNA上都有發(fā)生m6A修飾。m6A修飾主要發(fā)生在RRACH序列中的腺嘌呤上，其功能由“編碼器(Writer)”、“消碼器(Eraser)”和“讀碼器(Reader)”決定[1]?！熬幋a器(Writer)”即甲基轉移酶，目前已知這個復合物的成分有METTL3，METTL14,WTAP和KIAA1429；而ALKBH5和FT...

4）Pex來源的CD44v6對于HSCs的***是必要的，但不是充分的 我們之前的研究揭示了CD44v6參與調控PDAC細胞的IGF-1通路。因此，我們首先驗證了CD44v6在外泌體中的表達，發(fā)現(xiàn)CD44v6在Pex中的表達水平明顯高于Npex(圖5A)。為了研究CD44v6是否能夠被傳遞到受體細胞中，我們采用蛋白合成抑制劑環(huán)己酰亞胺檢測加入Pex后CD44v6的蛋白水平。westernblot分析顯示，加入Pex后，HSCs中CD44v6的表達水平明顯增加(圖5B)。與Npex-孵育的細胞相比，CD44v6的表達水平保持不變(圖5B)。我們還進行了免疫熒光分析，檢測出HSC膜中CD...

NF-κB信號的組成性***在結直腸*(CRC)的發(fā)***展中起著關鍵作用。然而，NF-κB信號通路過度***的潛在機制在很大程度上尚不清楚。circPLCE1編碼的一種新蛋白circPLCE1-411被鑒定為NF-κB***的關鍵蛋白。機制上，circPLCE1-411通過直接結合HSP90α/RPS3復合物促進RPS3從復合物中分離，促進了關鍵NF-κB調節(jié)因子RPS3的泛素依賴性降解，從而減少了CRC細胞中NF-κB核轉位。在功能上，circPLCE1抑制CRC細胞中的**增殖和轉移，以及患者來源的異種移植瘤和原位異種移植瘤模型。臨床上，circPLCE1在CRC組織中下調，并與晚期臨床...

CRC細胞外泌體的表征 作者分離從CRC細胞表面脫落的各種囊泡，通過電子顯微鏡、納米顆粒大小電位分析和蛋白質印跡鑒定外泌體。為了確定外泌體是否可以被CRC細胞內化，用熒光染料PKH67標記外泌體，然后將它們與SW480細胞共培養(yǎng)，結果顯示SW480細胞表現(xiàn)出高吸收效率。與PKH67標記的外泌體孵育24小時后，超過90%的SW480細胞對PKH67熒光呈陽性，表明外泌體被SW480細胞內化。 轉移性CRCSW620細胞分泌的外泌體促進CRC細胞的遷移、侵襲和EMT 作者使用細胞系SW480和SW620作為實驗模型，通過CCK-8在24小時、48小時和72小時測定細胞活力。結...

circACTN4 在 BC 組織和細胞中高度表達并與臨床病理特征相關為探討circACTN4的表達及其臨床意義，qRT-PCR檢測80對BC組織及鄰近非**組織中circACTN4的表達。circACTN4在BC組織中的表達顯著高于配對的*旁組織。qRT-PCR檢測20對BC和*旁組織中線性ACTN4的表達，數(shù)據(jù)顯示線性ACTN4在BC組織中高表達。Pearson相關分析顯示circACTN4的水平與BC組織中線性ACTN4的表達呈正相關。結果表明 circACTN4 和 ACTN4 的共過表達協(xié)同促進了乳腺*的進展。RO曲線分析，circACTN4的AUC（曲線下面積）為0.719，診斷特...

3、白樺素可以改善小鼠飲食導致的肥胖并增加能量消耗 接下來，研究了白樺素在體內的作用。洛伐他汀是一種HMGCR抑制劑，具有良好的有益作用，將其與白樺素進行比較。用對照（鹽水），洛伐他?。?0mg/kg/day）或白樺素（15或30mg/kg/day）處理西式飲食（WD）的C57BL/6J小鼠6周。在***期間，未觀察到白樺素或洛伐他汀的明顯毒性，并且不同組的小鼠顯示出相似的食物攝入（圖4A）。有趣的是，盡管小鼠以30mg/kg/day加WD飲食喂養(yǎng)的老鼠比chow飲食喂養(yǎng)的小鼠重，但它們的體重增加比WD喂養(yǎng)的老鼠少，這表明在此劑量下，白樺素和洛伐他汀可以預防飲食引起的肥胖癥（DIO）...

此外，我們還鑒定了涉及**白復合體和剪接體的蛋白質。核孔復合體(NPC)和NCT通路的組成部分是tbi后上調的主要蛋白子集(圖1圖補充1F)。鼻咽*通路此前尚未被認為與創(chuàng)傷介導的神經(jīng)退行性變有關，但據(jù)報道，在ALS/FTD、AD、HD和其他神經(jīng)退行性疾病中，鼻咽*通路被破壞。因此，我們決定進一步研究鼻咽*改變介導TDP-43在TBI中的病理變化。蛋白質組學分析顯示，一些Nups在腦損傷時被上調(圖1D和E)。對這些Nups的定量逆轉錄酶聚合酶鏈反應(qRT-PCR)分析證實，TBI***上調Nup93-2、Nup54、Nup62、Nup44A，和Nup214 mRNA水平的果蠅幼蟲(圖1F I...

檢測了血清睪酮、eE2、LH、PRGE、FSH5種性類固醇***水平。DHEA+PBS組血清睪酮水平明顯高于oil+PBS組。Tempol***降低PCOS大鼠血清睪酮和eE2水平，但對血清LH、PRGE、FSH水平無明顯影響(圖1F)。DHEA處理的大鼠血清膽汁酸水平***降低，但這種減弱在DHEA+tempol組消失了(圖1G)。在DHEA+PBS組大鼠卵巢中，cleavedcaspase-3的表達增加，而在tempol作用下，cleavedcaspase-3的表達減少(圖1H)。TUNEL染色顯示，tempol***降低DHEA處理大鼠的凋亡細胞比例(圖1I)。提示tempol可改善PC...

六、改進分選策略以分離胚胎HSCs/MPPs 研究者基于細胞表面標記設計了一種針對HSCs / MPP的新的熒光***細胞分選策略（簡稱CD-REF），使用CD-REF分選板對股骨BM細胞進行分選，結果顯示標記為HSCs / MPP和HSCs / MPPs-Cycle簇的CD-REF細胞約占88％。為了評估CD-REF細胞譜系輸出的分化潛力和穩(wěn)健性，研究人員在小鼠MS5飼養(yǎng)層或更具生理相關性的人類胎兒間充質干細胞（fMSCs）上對三個胎兒的單個細胞進行了分選，結果顯示MS5和fMSCs上分別存在著四系、三系、雙系、單系和未分化的譜系集落。接下來，又對單個CD-REF和免疫表型HSCs...

再生胰腺中胰腺巨噬細胞的動態(tài)轉錄組譜 為了進一步了解 AP 恢復過程中巨噬細胞的表型和功能，分離出胰腺巨噬細胞用于 RNA-seq 分析。顯著性差異表達基因繪制熱圖。為了評估這些基因簇的功能，使用網(wǎng)絡工具 DAVID Gene Ontology (GO) 進行了功能注釋分析。值得注意的是，在急性炎癥期（簇32，D1 特征簇）高度表達的基因特別富集炎癥反應和 CCR2 依賴性趨化性。簇 25 和 27 包含在 ADM 階段（第 3 天）高表達的基因，具有不同的表達模式和功能，表明該階段的巨噬細胞異質性。例如，與ECM-受體相互作用和PI3K-AKT信號通路相關的基因在簇27中富集，而與...

SP35敲除促進肺*細胞的鐵死亡 我們研究了shUSP35介導的**抑制是否可歸因于細胞死亡的誘導。如圖2A，B所示，用Nec-1，Z-VAD和CQ***以抑制壞死、凋亡和自噬并不影響細胞凋亡，表明可能涉及其他形式的細胞死亡。鐵死亡是一種新的調節(jié)性細胞死亡，它與包括肺*在內的**生長的發(fā)病機制有關。因此，我們使用兩種鐵死亡抑制劑，F(xiàn)er-1和Lip-1，探索了鐵死亡是否導致USP35沉默后的肺細胞死亡。如圖2A，B所示，鐵死亡抑制阻斷了H460和H1299細胞中shUSP35介導的細胞死亡。在shUSP35***的細胞中，集落形成被抑制，但被Fer-1和Lip1破壞(圖2C)。 根客...

脂質氧化先于胞質Ca2+的增加和質膜的破壞 體積細胞實驗中Ferroptosis特征之間的詳細時間關系被***后群體細胞發(fā)生Ferroptosis的異質性所掩蓋。為了解決這個問題，作者使用活細胞共聚焦顯微鏡在單細胞水平上量化了Fluo-4AM信號、細胞圓度和PI攝入量的增加。從單個細胞獲得的動力學曲線(圖2C,F,K)中，計算出每個ferroptotic表型(t50)實現(xiàn)50%變化所需的時間，這使得可以設置Ferroptosis各過程之間的滯后時間(圖2D,G,L)。結果發(fā)現(xiàn)，與所使用的Ferroptosis觸發(fā)器無關，胞漿Ca2+的增加先于細胞圓縮和質膜完全坍塌(圖2A,B)。從流...

5.ELNAT1與UBC9啟動子形成DNA-RNA三聯(lián)體，通過招募hnRNPA1增強H3K4me3修飾 為了探索ELNAT1誘導BCa淋巴轉移的分子機制，我們使用NGS檢測過表達ELNAT1的BCa細胞和對照細胞（Figure5A），由于SUMOylation已經(jīng)被證明可以調節(jié)特異性RNA的識別，并參與RNA分選進入EVs的過程，因此鑒定ELNAT1的SUMOylation相關靶基因。在受ELNAT1調控的925個基因中，作者發(fā)現(xiàn)UBC9是SUMOylation相關基因變化*****的（Figure5B-D）。接著通過RNA純化（ChIRP）檢驗ELNAT1與UBC9中P1（153~...

5）M1-Exos通過傳遞miR-155加重了EndoMT 為了研究外泌體miR-155在SCI后M1-Exos介導的BSCB破壞惡化中的作用，構建miR-155過表達(miR-155OE)和敲低(miR-155KD)BMDMs，然后分離外泌體并處理bEnd.3細胞。如圖5A和B所示，miR-155OE-Exos組TEER值***降低，通透性***增加，而miR-155KD-Exos組則相反。加入miR-155OE-Exos后，ZO-1和Occludin的熒光強度明顯降低，而miR-155KD-Exos處理后，ZO-1和Occludin的表達***增強(圖5C和D)。此外，weste...

MAD2和p31conmet的結構相似性突出了RIT1的潛在結合競爭。因此，我們使用了競爭結合試驗，其中滴定MAD2野生型(WT)或R133E/Q134A(RQ)，一個二聚體和p31結合缺陷的突變體，未能抑制rit1-p31conmet結合(圖1E)。由于RIT1g結構域與其他Ras-GTPases，特別是它的鄰域RIT2之間的相似性，假設RIT1s的n端或c端延伸可能介導與MAD2和p31conmet的相互作用(圖1F)。隨后分析了RIT1N-或c-末端缺失突變體，證明了c-末端結構域對于MAD2和p31conmet星結合是必要和充分的(圖1G、1H和S1J)。了解客戶的研究方向以及所能提供...

C.條件推理樹(CTREE)顯示asv被非參數(shù)回歸識別為有意義的分裂節(jié)點用于aGvHD預測。沿分枝的數(shù)目表明變異的分裂值穩(wěn)定了細菌豐度。終端節(jié)點顯示來自aGvHD分級為0I級和IIIV級患者的樣本比例(n=樣本數(shù)量)。D.箱形圖描述了在0級aGvHD患者和II級IV級患者移植前各時間點預測ASVs的log轉化相對豐度。在aGvHD0級I和II級IV的患者中,乳酸菌科和TannerellaceaeASVs的E軌跡通過基于樹的稀疏LDA識別，包括asv3和asv128，它們可以預測aGvHD(粗體線).高通量分子實驗的后續(xù)標書申請指導服務。巨噬細胞課題一站式 二、YTHDF1缺乏可抑制胃*進展和...

4.Caspase-11缺失抑制MCD誘導的肝臟炎癥 接下來，我們評估了Caspase-11缺乏對MCD誘導炎癥的影響。首先，我們比較了野生型和Caspase-11缺陷小鼠肝臟白細胞浸潤情況。在正常情況下，野生型小鼠和caspase-11缺陷小鼠肝臟中CD45細胞的比例相似(圖4A和B)。MCD***導致野生型小鼠肝臟中CD45細胞的比例增加。相比之下，MCD****輕微增加了Caspase11缺陷小鼠肝臟中CD45細胞的比例。與MCD處理的野生型小鼠相比，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠肝臟中CD45細胞的比例明顯下降(圖4A和B)，表明MCD處理后Caspase-11缺陷...

1）AKI伴有明顯的脂質積累，并與腎損傷的嚴重程度高度正相關根據(jù)脂質代謝組學分析結果，我們發(fā)現(xiàn)AKI組織中各類甘油三酯(TGs)含量***增加(圖1A)?？紤]到AKI中的脂質積累，我們進行實驗來確定其臨床意義。我們對不同嚴重程度的AKI動物標本進行油紅O染色。結果顯示，隨著疾病進展的延長，小鼠腎組織脂質沉積逐漸增加(圖1B)。在體外也發(fā)現(xiàn)了類似的結果，即隨著細胞損傷的嚴重程度，脂質積累的程度增加(圖1C)。這些結果說明AKI中的脂質積累與疾病的嚴重程度呈正相關。課題CRO服務找上海英拜。非酒精性脂肪性肝炎課題檢測服務急性腎損傷(Acute kidney injury, AKI)是一種起病急、進...

3）RIC8A與circPDE4B相互作用，參與OA 為了鑒別與circPDE4B相互作用的蛋白，我們采用RPD-MS(圖3A)，共鑒定出112個與circPDE4B相互作用的蛋白(圖3B)，確定RIC8A。HCs中的RNA-蛋白共定位證實了RIC8A和circPDE4B之間的相互作用(圖3C)。RPD實驗表明，體外線性轉錄的circPDE4B能拉下重組RIC8A(圖3D)。然后，我們使用catRAPID工具預測circPDE4B和RIC8A的相互作用區(qū)域(圖3E)。為了識別預測的結合位點，我們將FLcircPDE4B截短為3個片段。據(jù)預測，RIP結果顯示有FL和S3被RIC8A拉下...