結(jié)果1）Pex誘導(dǎo)肝纖維化微環(huán)境，促進(jìn)PDAC肝轉(zhuǎn)移
從小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細(xì)胞分離的外泌體呈現(xiàn)典型的外泌體結(jié)構(gòu)，大小約為50-150nm(圖1A，B)。進(jìn)一步的westernblot分析證實(shí)了分離的外泌體的存在(圖1C)。為了確定Pex在PDAC肝轉(zhuǎn)移中的作用，我們首先進(jìn)行了“教育”程序，并進(jìn)一步通過(guò)脾內(nèi)注射建立了PDAC肝轉(zhuǎn)移模型(圖1D)。在“教育”過(guò)程后，STE和原子力顯微鏡(AFM)顯示，與Npex組相比，Pex組小鼠的肝臟剛度***增加(圖1E，F(xiàn))。此外，肝組織膠原密度增加(圖1G)，肝ECM明顯重構(gòu)(圖1H，I)。同樣，PDAC原位植入模型也顯示原位**可增加肝臟膠原沉積。肝轉(zhuǎn)移模型顯示，與Npex組相比，Pex組肝轉(zhuǎn)移更多，肝質(zhì)量更高(圖1J)。這些數(shù)據(jù)表明，Pex可以通過(guò)重構(gòu)肝臟ECM來(lái)誘導(dǎo)肝纖維化微環(huán)境，促進(jìn)PDAC肝轉(zhuǎn)移。 使用motif和CHIP-seq預(yù)測(cè)影響基因簇表達(dá)的轉(zhuǎn)錄因子。課題SCI
C.為了評(píng)估這種差異對(duì)每種方法獲得的數(shù)據(jù)的影響，在TSS和CTCF轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)附近覆蓋了Tn5足跡。在透性細(xì)胞中，TSS的信號(hào)被保留，但是與孤立的核相比，TSS的側(cè)翼位置(被鄰近的核小體占據(jù))的信號(hào)減少了
D.用白細(xì)胞分離純化的pbmc比用Ficoll梯度離心純化的pbmc始終具有更高的FRIP評(píng)分和更少的非細(xì)胞條形碼。
E.F.FACS獲得的完整通透細(xì)胞具有比較高的frp和FRITSS評(píng)分，**少的非細(xì)胞條形碼和比較大的細(xì)胞捕獲效率，線(xiàn)粒體閱讀量*略有增加. 北京課題產(chǎn)學(xué)研合作深耕科研行業(yè)提高科研的高效。
8.EVs介導(dǎo)的ELNAT1上調(diào)HLECs中SOX18的表達(dá)
qRT-PCR分析UM-UC-3-EV1載體或UM-UC-3-EVELNAT1處理的HLECs中淋巴管生成相關(guān)基因的表達(dá)，結(jié)果顯示SRY-box轉(zhuǎn)錄因子18（SOX18）是**明顯的與EVs介導(dǎo)的ELNAT1表達(dá)正相關(guān)的基因（Figure8A,B）。此外，ChIRP分析表明EVs介導(dǎo)的ELNAT1與HLECs中SOX18啟動(dòng)子的771~786bp（p4）直接相互作用（Figure8C,D）。SOX18-p4區(qū)域的突變降低了EVs介導(dǎo)的ELNAT1誘導(dǎo)的熒光素酶活性（Figure8E,F），表明SOX18-p4對(duì)于EVs介導(dǎo)的ELNAT1誘導(dǎo)HLECs中SOX18的上調(diào)至關(guān)重要。hnRNPA1和H3K4me3在SOX18啟動(dòng)子上的富集與EVs介導(dǎo)的ELNAT1表達(dá)***相關(guān)（Figure8G,J）。EVs介導(dǎo)的ELNAT1過(guò)表達(dá)增強(qiáng)了HLECs的管形成和遷移能力，而干擾SOX18則HLECs的管形成和遷移能力受損（Figure8K,M），表明SOX18是EVs介導(dǎo)的ELNAT1驅(qū)動(dòng)體外BCa淋巴管生成所必需的。綜上所述，這些結(jié)果表明，EVs介導(dǎo)的ELNAT1通過(guò)轉(zhuǎn)錄上調(diào)HLECs中SOX18的表達(dá)來(lái)促進(jìn)BCa淋巴管生成。
2021年4月，加拿大University Ave和中國(guó)香港大學(xué)團(tuán)隊(duì)與**研究所表觀(guān)遺傳學(xué)和基因組穩(wěn)定性小組在Cell Death & Differentiation 雜志上發(fā)表了文章“The PTEN and ATM axis controls the G1/S cell cycle checkpoint and tumorigenesis in HER2-positive breast cancer”。此報(bào)道發(fā)現(xiàn)ATM磷酸化PTEN的398位(人類(lèi)蘇氨酸;在小鼠絲氨酸)的***，為了理解ATM磷酸化PTEN的生物學(xué)意義，建立了一個(gè)小鼠模型，構(gòu)建了一個(gè)不能被ATM磷酸化的PTEN突變形式，用398位(PTEN- 398a)的絲氨酸取代了丙氨酸。PTEN-398A的表達(dá)可加速her2陽(yáng)性乳腺*小鼠模型的**發(fā)展和進(jìn)展。利用分子生物學(xué)方法，發(fā)現(xiàn)了一種新的機(jī)制，通過(guò)ATM磷酸化PTEN調(diào)節(jié)其細(xì)胞再分配，并有助于該蛋白的**抑制功能。公共比較毒理基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。
有趣的是，我們發(fā)現(xiàn)內(nèi)源性PGK1蛋白水平和LINC00926水平在5種乳腺*細(xì)胞系(MCF-7、T47D、ZR75-1、MDA-MB-453、MDA-MB-231)中均呈負(fù)表達(dá)。在相對(duì)轉(zhuǎn)移性細(xì)胞系MDA-MB-231中PGK1表達(dá)量比較高，LINC00926表達(dá)量比較低；而惡性程度較低的細(xì)胞系MCF-7中PGK1表達(dá)量較低，LINC00926表達(dá)量較高(圖1G)。敲除LINC00926后，MCF-7細(xì)胞中PGK1的表達(dá)***增加，而過(guò)表達(dá)LINC00926后，MDA-MB-231細(xì)胞中PGK1的表達(dá)***降低(圖1H)。這些結(jié)果表明，LINC00926下調(diào)PGK1的表達(dá)，可能與PGK1介導(dǎo)的乳腺*發(fā)展呈負(fù)相關(guān)。促*分泌體通過(guò)外泌體傳遞和運(yùn)輸是轉(zhuǎn)移前微環(huán)境形成和轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵。NF-kB課題課題設(shè)計(jì)
提供分子生物以及到后續(xù)動(dòng)物建模的一整套服務(wù)。課題SCI
3.IRES序列由于circRNA是共價(jià)閉環(huán)分子，沒(méi)有游離末端，因此circRNA的翻譯必須使用一種非經(jīng)典的啟動(dòng)機(jī)制，即不依賴(lài)5’-帽子的翻譯啟動(dòng)。這種起始途徑往往通過(guò)IRES（內(nèi)部核糖體進(jìn)入位點(diǎn)）驅(qū)動(dòng)，IRES是具有特殊二級(jí)結(jié)構(gòu)的短RN**段。在病毒中發(fā)現(xiàn)并證明了大量的IRES元件，在一些特殊情況下，哺乳動(dòng)物內(nèi)源性的IRES元件也可以起始翻譯。作者團(tuán)隊(duì)也曾針對(duì)circRNA中IRES元件進(jìn)行了系統(tǒng)性的篩選驗(yàn)證。數(shù)據(jù)庫(kù)也使用了所有可用的IRES信息作為支持circRNA翻譯的證據(jù)。
4.m6A位點(diǎn)N-6-甲基腺苷（m6A）是**常見(jiàn)的RNA修飾，存在于許多類(lèi)型的編碼和非編碼RNA中。作者團(tuán)隊(duì)曾報(bào)道circRNA具有***的m6A修飾，并可以通過(guò)募集YTHDF3及相互作用的翻譯起始因子（例如eIF4G2）起始circRNA翻譯。數(shù)據(jù)庫(kù)采用了REPIC數(shù)據(jù)庫(kù)已發(fā)布的m6A修飾數(shù)據(jù)（由三種不同的工具識(shí)別），并將其比對(duì)到circRNA序列中。circRNA中已經(jīng)過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的m6A位點(diǎn)也整合到該數(shù)據(jù)庫(kù)中。 課題SCI
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫(xiě)SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀(guān)，客戶(hù)可隨時(shí)參觀(guān)實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
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6.表觀(guān)遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)