一、上傳數據
可以上傳原始的fast文件，也可以上傳時序count表達文件。按照數據情況填寫以下6個問題，然后點擊“Run”開始進行質控
二、初級分析
數據質控合格后，進行初級分析，包括：差異表達量計算、基因簇分析。差異計算方法包括ImpulseDE2、NextmaSigPro、DESeq2，可以根據實際情況自由選擇。
三、次級分析
次級分析用于評估豐富度、因子結合和時間關系。我們可以選擇不同類型的分析來分析初級分析中獲得的基因簇，即Enrichment，用于識別基因簇中高表達的基因；FactorBinding，使用motif和CHIP-seq預測影響基因簇表達的轉錄因子；TemporalRelations，識別轉錄因子調控網絡（GRN）。
外泌體CD44v6和C1QBP可能是預測PDAC患者預后的有前途的生物標志物。二代測序課題
JAK-Stat6信號通路在介導IL-4/IL-13誘導TME中TAMs免疫抑制極化過程中起關鍵作用。IL-4/IL-13刺激后，JAK磷酸化，隨后Stat6磷酸化，磷酸化后的Stat6二聚并遷移至細胞核，然后與IL-4/IL-13相應基因，包括那些參與巨噬細胞免疫響應功能的基因的啟動子結合。據報道ROS可以促進JAK和Stat6磷酸化。因此，推測MAO-A可能通過上調ROS水平影響巨噬細胞極化，從而使JAK-Stat6信號通路敏感。事實上，直接分析從B16-OVA荷瘤Maoa WT和Maoa KO小鼠中分離的TAMs證實，與野生型TAMs相比，MAO - A缺陷的TAMs顯示Stat6***降低（圖4k-l）。進一步分析IL-4/ IL-13誘導的JAK-Stat6信號通路，與在Maoa WT BMDMs中相比，在Maoa KO BMDMs中JAK-Stat6信號***下降，補充H2O2可使其JAK-Stat6信號達到與WT類似水平（圖4m）。這些數據表明MAO-A通過ROS致敏的JAK-Stat6通路***促進巨噬細胞免疫抑制極化。
總之，這些體內外數據支持MAO-A促進TME中免疫抑制極化，通過上調TAM細胞內ROS水平，從而提高IL-4/ IL -13誘導的JAK-Stat6信號通路。 肝損傷表達PTEN- 398A的細胞中上調的基因與G1/S檢查點的***有關。
與SMARCA4類似，SMARCC1[15](在ChIP-SICAP中發(fā)現)顯示與C1和C2位點相結合(圖2g）。
重點分析了ARBs染色質可及性的變化，發(fā)現雄***通常增加了ARBs的可及性(圖3a, ATAC, siCTRL)。盡管SBs和ARBs之間有很大的重疊，但SMARCA4刪除*減少了2149個ARBs的染色質可及性。這些sismarca4受影響的位點中有一半是開放的，不管***暴露與否(pre-accessible)，其余的在***暴露后顯示其可及性增加(de novo位點，圖3a和c)。被AR招募的SMARCA4增加染色質可及性，潛在地協(xié)助其他因素招募到這些位點(圖3d，補充表2)。由于雄***誘導了FOXA1在sismarca4影響位點的結合(圖3e)， AR誘導的SMARCA4的招募可能有助于雄***誘導FOXA1的結合。上述結果表明SMARCA4在CRPC細胞染色質景觀的調節(jié)中既有AR依賴的作用，也有非ARr**的作用。
9.阻斷SUMOylation抑制EVs介導的ELNAT1誘導的淋巴結轉移
用si-NC或si-UBC9#1轉染的對照或ELNAT1過表達UM-UC-3細胞分泌的EVs處理HLECs，結果顯示過表達ELNAT1***促進了體外BCa細胞分泌的EVs誘導淋巴血管生成，而沉默UBC9逆轉了這一作用（Figure9A-C）。IVIS證明UM-UC-3-EVELNAT1增強了體內腘窩淋巴結轉移，而沉默UBC9抑制了這種作用（Figure9D,E）。UM-UC-3-EVELNAT1+siUBC9#1組的腘窩LNs體積比UM-UC-3-EVELNAT1組?。‵igure9F）。與UM-UC-3-EVVector組相比，UM-UC-3-EVELNAT1增加了小鼠足底**的淋巴管數量，而下調UBC9的表達導致EVs介導的ELNAT1誘導的淋巴管數量逐漸減少（Figure9G,H）。此外，UM-UC-3-EVELNAT1+si-UBC9#1組的LN生成時間長于UM-UC-3-EVELNAT1組（Figure9I）。綜上所述，這些結果表明UBC9誘導的SUMOylation抑制EVs介導的ELNAT1誘導的BCa淋巴管生成和LN轉移。 soRNA測序的 整套服務。
2）SsD響應相關基因和通路的鑒定
為了進一步確定可能與白血病細胞中SsD敏感性相關的潛在靶點，我們對SsD處理過的NB4細胞進行了RNA測序。我們共發(fā)現3732個上調基因和3442個下調基因(圖2A)。為了揭示SsD的潛在機制，我們進行了富集分析并研究了差異基因相關的通路。我們篩選了上調和下調基因富集的**個通路(圖2B)。此外，我們使用GSEA研究SsD處理影響的信號通路(圖2C)。我們的數據顯示，SsD處理導致MYC靶點、E2F靶點和G2M檢查點信號級聯(lián)受到抑制。有趣的是，這些發(fā)現與FTO抑制劑和內源性FTO的下調抑制的信號通路相一致。因此，SsD的抑制作用可能有助于FTO抑制細胞周期和增殖(圖2D-E)。此外，絕大多數通過FTO敲低而上調的信號通路對SsD富集，同樣，絕大多數被SsD抑制的信號通路也被FTO敲低而抑制(圖2F)。更重要的是，SsD介導的m6A相關基因的變化具有***的一致性(圖2G)。綜上所述，SsD可能參與了FTO介導的m6ARNA甲基化途徑。 也是***PDAC肝轉移的潛在靶點。焦亡活化課題實驗外包
進一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細胞對基因毒性損傷的反應。二代測序課題
PTEN包含一個n端磷酸酶結構域，它可以使脂質細胞膜的一種成分——磷脂酰肌醇3,4,5-三磷酸(PI(3,4,5)P3或PIP3)去磷酸化。PTEN通過去磷酸化PIP3的D3位，拮抗磷脂酰肌苷3-激酶(PI3K)通路。PI3K通路調節(jié)多種細胞過程，包括細胞代謝、存活、增殖、凋亡、生長和遷移。這些基本的細胞過程，當解除控制時，可以促進或驅動惡性表型。PTEN功能突變的體細胞丟失在多種人類**中被發(fā)現，包括乳腺*、子宮內膜*、多形性膠質母細胞瘤、皮膚*和前列腺*。PTEN缺失是乳腺*中常見的事件，與加速進展和不良預后密切相關。特別是PTEN的表達已經被提出在人表皮生長因子受體2(HER2)過表達乳腺*中發(fā)揮重要作用。HER2是表皮生長因子受體家族的一員，具有酪氨酸激酶活性。它的過表達，在大約15-20%的乳腺*病例中觀察到，與侵襲性臨床行為和不良預后相關。曲妥珠單抗是一種與HER2胞外結構域具有高親和力的單克隆抗體，是一種有效的***HER2陽性乳腺*患者的方法。二代測序課題
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經典通路研究，設計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
2.標書申請：提供標書課題設計、撰寫，標書部分基礎實驗的開展，設計的標書均符合科研前沿熱點，中標率很高。
3.提供熱點**文獻技術支持，探討科研前沿熱點研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關研究
4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗