SP35敲除促進(jìn)肺*細(xì)胞的鐵死亡
我們研究了shUSP35介導(dǎo)的**抑制是否可歸因于細(xì)胞死亡的誘導(dǎo)。如圖2A，B所示，用Nec-1，Z-VAD和CQ***以抑制壞死、凋亡和自噬并不影響細(xì)胞凋亡，表明可能涉及其他形式的細(xì)胞死亡。鐵死亡是一種新的調(diào)節(jié)性細(xì)胞死亡，它與包括肺*在內(nèi)的**生長的發(fā)病機(jī)制有關(guān)。因此，我們使用兩種鐵死亡抑制劑，F(xiàn)er-1和Lip-1，探索了鐵死亡是否導(dǎo)致USP35沉默后的肺細(xì)胞死亡。如圖2A，B所示，鐵死亡抑制阻斷了H460和H1299細(xì)胞中shUSP35介導(dǎo)的細(xì)胞死亡。在shUSP35***的細(xì)胞中，集落形成被抑制，但被Fer-1和Lip1破壞(圖2C)。 根客戶的研究方向查閱相關(guān)文獻(xiàn)。甘油三酯課題產(chǎn)學(xué)研合作
tiRNA-Gly通過RBM17調(diào)節(jié)增殖或遷移相關(guān)基因的選擇性剪接
由于RBM17是一種參與mRNA選擇性剪接的剪接體蛋白，研究tiRNA-Gly在與RBM17結(jié)合時(shí)是否調(diào)節(jié)下游基因的選擇性剪接將是一項(xiàng)有趣的研究。對過表達(dá)tiRNA-Gly后的K1細(xì)胞系進(jìn)行RNA測序，所有的選擇性剪切事件如6A所示，外顯子跳躍（cassette外顯子）占37.67%，A5SSs剪接占6.78%，A3SSs剪接占4.99%，備選***外顯子(AltStart)剪接占18.19%，備選末端外顯子（AltEnd）剪接占18.74%，互斥事件（MEXs）占5.12%，內(nèi)含子保留剪接（IR）占8.51%。外顯子跳躍顯然是tiRNA-Gly誘導(dǎo)的**頻繁的選擇性剪接事件。MAP4K4、POSTN、HACE1、DPP9和BRCA1是外顯子跳躍導(dǎo)致表達(dá)變化比較大的基因。tiRNA-Gly誘導(dǎo)了MAK4K4第16外顯子的跳躍，POSTN第21外顯子的跳躍，HACE1第8外顯子的跳躍，DPP9第21外顯子的跳躍和BRCA1第13外顯子的跳躍（圖6B）。如圖6C-D所示，升高的tiRNA-Gly誘導(dǎo)了MAP4K4一個(gè)截?cái)嘈?NM_4834.4)的mRNA水平，降低了一個(gè)長型(NM_1242560.1)的mRNA水平，而下調(diào)的RBM17則起相反的作用。重要的是，RBM17的敲除阻斷了由tiRNA-Gly誘導(dǎo)的MAP4K4截?cái)嘧凅w(NM_4834.4)的增加，表明tiRNA-Gly誘導(dǎo)的選擇性剪接依賴于RBM17。 天津課題第三方實(shí)驗(yàn)室提供***科研設(shè)計(jì)咨詢及輔助實(shí)驗(yàn)。
SIM2是否也影響AR與染色質(zhì)的結(jié)合，我們在SIM2沉默后進(jìn)行AR ChIP-seq。如圖7所示，受體與大多數(shù)arb的結(jié)合沒有改變。然而,SIM2沉默影響2265 ARBs藥物通過降低和增加染色質(zhì)占用大約相同數(shù)量的地點(diǎn)(圖7 a、b)。當(dāng)反映這些siSIM2-affected染色質(zhì)易訪問性的變化,有趣的是,減少可訪問性是在690年siSIM2-DN ARBs藥物(圖7 c、e、f),而在siSIM2-UP arb中，染色質(zhì)可及性的變化不明顯(圖7c)。其余的(1744)siSIM2位點(diǎn)在AR結(jié)合方面沒有變化。大多數(shù)由SIM2沉默改變的arb并不與FOXA1缺失改變的arb重疊，這得到了基元分析的支持，表明FOXA1基元在siSIM2-DN arb上的富集少于在AR結(jié)合沒有變化的位點(diǎn)上的富集(圖7d）。
4）APP/PS1小鼠大腦皮質(zhì)區(qū)受損星形膠質(zhì)細(xì)胞中氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的脂質(zhì)過氧化水平升高
我們研究了NOX4來源的氧化應(yīng)激在APP/PS1小鼠受損星形膠質(zhì)細(xì)胞中的作用。我們用免疫熒光染色法測定了APP/PS1小鼠和野生型(WT)小鼠大腦皮層GFAP陽性星形膠質(zhì)細(xì)胞中4-HNE的蛋白水平(圖4A)。免疫熒光染色顯示，與WT小鼠相比，APP/PS1小鼠皮質(zhì)區(qū)GFAP陽性星形膠質(zhì)細(xì)胞中4-HNE陽性染色強(qiáng)度增加(圖4A、C)。APP/PS1小鼠皮質(zhì)區(qū)受損的GFAP陽性星形膠質(zhì)細(xì)胞中4-HNE陽性染色強(qiáng)度升高。此外，與WT小鼠相比，APP/PS1小鼠中4-HNE和GFAP亞細(xì)胞共定位呈陽性的受損星形膠質(zhì)細(xì)胞數(shù)量***增加(圖4D)。與WT小鼠相比，APP/PS1小鼠皮質(zhì)區(qū)GFAP陽性星形膠質(zhì)細(xì)胞(圖4B和E)和MDA與GFAP亞細(xì)胞共定位陽性的受損星形膠質(zhì)細(xì)胞(圖4F)數(shù)量增加。4-HNE在APP/PS1小鼠NOX4陽性星形膠質(zhì)細(xì)胞***定位(圖4G)。此外，APP/PS1小鼠NOX4和4-HNE陽性星形膠質(zhì)細(xì)胞數(shù)量***增加(圖4H)。這些結(jié)果提示APP/PS1受損小鼠星形膠質(zhì)細(xì)胞中氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的脂質(zhì)過氧化水平升高。 英拜提供生物醫(yī)學(xué)課題外包服務(wù)。
4）SsD通過直接抑制FTOm6A去甲基化活性來誘導(dǎo)m6A修飾
為了檢測m6A在RNA上的變化，我們在SsD處理的白血病細(xì)胞中進(jìn)行了m6A點(diǎn)印跡實(shí)驗(yàn)。如圖4A所示，SsD***增加了m6A在轉(zhuǎn)錄組中的豐度。此外，HPLC-MS/MS定量證實(shí)了SsD處理的NB4和Kas-1細(xì)胞mRNA中細(xì)胞m6A的增加(圖4B)。接下來，我們檢測了FTO的兩個(gè)直接靶點(diǎn)MYC和RARA在SsD處理的細(xì)胞中的表達(dá)。SsD在mRNA和蛋白水平***下調(diào)了NB4和Kas-1細(xì)胞的MYC，而上調(diào)了RARA(圖4C-D)。有趣的是，SsD依賴的MYC和RARA的減少是由于FTO過表達(dá)細(xì)胞中mRNA和蛋白穩(wěn)定性的降低(圖4E-4H)。綜上所述，這些結(jié)果證明了FTO及其下游靶點(diǎn)(如MYC,RARA)是FTO過表達(dá)白血病細(xì)胞中SsD的主要效應(yīng)因子。 TIMEOR用于推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。巨噬細(xì)胞課題實(shí)驗(yàn)外包
高通量分子實(shí)驗(yàn)的后續(xù)標(biāo)書申請指導(dǎo)服務(wù)。甘油三酯課題產(chǎn)學(xué)研合作
4）Pex來源的CD44v6對于HSCs的***是必要的，但不是充分的
我們之前的研究揭示了CD44v6參與調(diào)控PDAC細(xì)胞的IGF-1通路。因此，我們首先驗(yàn)證了CD44v6在外泌體中的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)CD44v6在Pex中的表達(dá)水平明顯高于Npex(圖5A)。為了研究CD44v6是否能夠被傳遞到受體細(xì)胞中，我們采用蛋白合成抑制劑環(huán)己酰亞胺檢測加入Pex后CD44v6的蛋白水平。westernblot分析顯示，加入Pex后，HSCs中CD44v6的表達(dá)水平明顯增加(圖5B)。與Npex-孵育的細(xì)胞相比，CD44v6的表達(dá)水平保持不變(圖5B)。我們還進(jìn)行了免疫熒光分析，檢測出HSC膜中CD44v6與Pan-cadherin共定位(圖5C)。這些結(jié)果表明，Pex可將CD44v6輸送到HSC膜。此外，westernblot檢測表明，敲除CD44v6或使用抗CD44v6抗體的Pex強(qiáng)烈減弱了Pex誘導(dǎo)的IGF-1信號通路的***(圖5D)。同時(shí)，在CD44v6-kdPex或CD44v6抗體的作用下，Pex誘導(dǎo)的HSC活化(圖5E，F(xiàn))、ECM重塑(圖5G)的積極作用***減少。為了闡明CD44v6在Pex誘導(dǎo)的HSC***中的作用，我們進(jìn)一步研究了過表達(dá)CD44v6在HSC中是否與Pex具有同樣的***HSC的作用。然而，過表達(dá)CD44v6并沒有像預(yù)期的那樣提高α-SMA的表達(dá)(圖5H)。這些結(jié)果表明，CD44v6在Pex誘導(dǎo)的HSC***中發(fā)揮了重要作用。 甘油三酯課題產(chǎn)學(xué)研合作
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