3）RIC8A與circPDE4B相互作用，參與OA
為了鑒別與circPDE4B相互作用的蛋白，我們采用RPD-MS(圖3A)，共鑒定出112個(gè)與circPDE4B相互作用的蛋白(圖3B)，確定RIC8A。HCs中的RNA-蛋白共定位證實(shí)了RIC8A和circPDE4B之間的相互作用(圖3C)。RPD實(shí)驗(yàn)表明，體外線性轉(zhuǎn)錄的circPDE4B能拉下重組RIC8A(圖3D)。然后，我們使用catRAPID工具預(yù)測(cè)circPDE4B和RIC8A的相互作用區(qū)域(圖3E)。為了識(shí)別預(yù)測(cè)的結(jié)合位點(diǎn)，我們將FLcircPDE4B截短為3個(gè)片段。據(jù)預(yù)測(cè)，RIP結(jié)果顯示有FL和S3被RIC8A拉下(圖3F)。有綜合來(lái)看，這些結(jié)果表明circPDE4B在HCs中與RIC8A相互作用。我們進(jìn)一步的研究表明，circPDE4B調(diào)控RIC8A蛋白水平，而不是mRNA水平或穩(wěn)定性(圖3G-I)。我們還阻斷了RIC8A蛋白的合成，并觀察到sh-陰性對(duì)照(NC)和sh-circPDE4B的HCs之間的RIC8A蛋白半衰期有明顯差異(圖3J)，說(shuō)明circPDE4B降低了RIC8A蛋白的穩(wěn)定性。經(jīng)PS341處理后，RIC8A在circPDE4B過(guò)表達(dá)和下調(diào)細(xì)胞中均未發(fā)生變化(圖3K,L)，表明circPDE4B通過(guò)蛋白酶體活性調(diào)節(jié)RIC8A。無(wú)論內(nèi)源性還是外源性RIC8A,RIC8A的多泛素化在circPDE4B耗盡后均下降，在過(guò)表達(dá)circPDE4B后則上升(圖3O)。綜上，circPDE4B翻譯后影響蛋白酶體介導(dǎo)的RIC8A的降解和周轉(zhuǎn)。 課題外包服務(wù)找英拜放心安心。急性腎損傷
六、原始亞型預(yù)示著對(duì)激酶抑制劑的敏感性增加
生成各化合物的藥物劑量響應(yīng)曲線，并比較各亞型間曲線下面積(areaunderthecurve,AUCd)(單個(gè)藥物劑量響應(yīng)曲線見(jiàn)圖6、)。體外藥物篩選顯示，原始聚類患者樣本對(duì)索拉非尼、舒尼替尼和魯索利替尼的敏感性高于合并亞型(Wilcoxon秩和檢驗(yàn)p-value分別=2E5、0.02和0.01;在UHN患者樣本中，Quizartinib的亞型間差異反應(yīng)較弱，而伊馬替尼和達(dá)沙替尼的亞型間無(wú)差異(補(bǔ)充圖27)。使用BeatAML33數(shù)據(jù)集，驗(yàn)證原始和committed亞型對(duì)激酶抑制劑的反應(yīng)之間的聯(lián)系，該數(shù)據(jù)集包含npm1突變AML患者樣本的體外藥物篩選。我們觀察到UHN和BeatAML數(shù)據(jù)集之間的良好一致性，原始聚類中的樣本對(duì)Sorafenib和Sunitinib表現(xiàn)出更高的敏感性(圖6)。有趣的是，Quizartinib在UHN隊(duì)列中有微弱的差異反應(yīng)，但在BeatAML隊(duì)列中卻有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的差異。 帕金森小鼠模型課題表達(dá)PTEN- 398A的細(xì)胞中上調(diào)的基因與G1/S檢查點(diǎn)的***有關(guān)。
circ_0072083 與 miR-1252-5p 相互作用以調(diào)節(jié) TMZ 抗性
神經(jīng)膠質(zhì)瘤細(xì)胞中的 ALKBH5/NANOG 軸和 TMZ 抗性為了分析circ_0072083如何調(diào)節(jié)ALKBH5/NANOG軸，探索了潛在的 miRNA作為串?dāng)_?；贑ircinteractome和starBase的數(shù)據(jù)庫(kù)，維恩圖顯示只有一種miRNA（miR-1252-5p）可以與circ_0072083、ALKBH5和NANOG結(jié)合。 miR-1252-5p 表達(dá)在 TMZ 抗性組織和細(xì)胞中顯著降低。為了驗(yàn)證它們的相互作用，構(gòu)建了野生型和突變型熒光素酶報(bào)告載體。miR-1252-5p 過(guò)表達(dá)明顯降低了野生型組（WT-circ_0072083、WT-NANOG 3'UTR 和 WT-ALKBH5 3'UTR）的熒光素酶活性，而沒(méi)有改變突變組（MUT -circ_0072083，MUT-NANOG 3'UTR 和 MUT-ALKBH5 3'UTR）。
白血病發(fā)生需要增強(qiáng)由致*基因引起的自我更新。其潛在的分子機(jī)制尚不完全清楚。本文確定C/D box snoRNAs和rRNA甲基化是白血病干細(xì)胞活性的關(guān)鍵決定因素。Aes基因在有融合基因AML1-ETO, PML-RARα和PLZF-RARα的白血病中高表達(dá)，但是其功能和機(jī)制一直是未知的。研究者通過(guò)老鼠模型和細(xì)胞系實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)Aes對(duì)**細(xì)胞的自我更新能力是至關(guān)重要的。研究者通過(guò)RNA-seq對(duì)比Aes（*基因）缺失前后轉(zhuǎn)錄組的變化，意外發(fā)現(xiàn)大量的snoRNA下調(diào)，而在過(guò)表達(dá)Aes后snoRNA表達(dá)量***上升，這說(shuō)明Aes能影響snoRNA的表達(dá)。有趣的是，研究者利用CRISPR技術(shù)敲除snoRNA后，發(fā)現(xiàn)即使是敲除單個(gè)snoRNA，rRNA的甲基化***降低，并且抑制白血病細(xì)胞的克隆形成能力。這說(shuō)明，snoRNA不僅是一類受*細(xì)胞調(diào)控的非編碼RNA，更參與了**的發(fā)***展。AES通過(guò)與RNA解旋酶DDX21相互作用誘導(dǎo)snoRNA/RNP形成。提供分子生物以及到后續(xù)動(dòng)物建模的一整套服務(wù)。
鑒于以上結(jié)果，作者想進(jìn)一步探究tiRNA-Gly與RBM17作用的分子結(jié)果。結(jié)果顯示，tiRNA-Gly可提高總RBM17蛋白的水平，但是不影響RBM17的mRNA水平（圖3H-I）。隨后，用蛋白質(zhì)合成抑制劑環(huán)己胺(CHX)處理細(xì)胞，tiRNA-Gly轉(zhuǎn)染后增加了K1細(xì)胞內(nèi)源性RBM17蛋白的半衰期，而β-actin作為對(duì)照（圖3J）。此外，蛋白酶體抑制劑MG132處理后，內(nèi)源性RBM17在轉(zhuǎn)染tiRNA-Gly的K1細(xì)胞中的積累量**高于轉(zhuǎn)染siRNA-NC的K1細(xì)胞，表明tiRNA-Gly抑制了蛋白酶體依賴性的PTC細(xì)胞中RBM17的降解（圖3K）。此外，tiRNA-Gly的過(guò)表達(dá)***抑制了泛素化RBM17的水平（圖3L）。綜上所述，tiRNA-Gly可以穩(wěn)定RBM17蛋白通過(guò)泛素/蛋白酶體依賴性降解。也是***PDAC肝轉(zhuǎn)移的潛在靶點(diǎn)。骨質(zhì)疏松癥
可以推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。急性腎損傷
5、外泌體miR-934通過(guò)下調(diào)PTEN表達(dá)和***PI3K/AKT信號(hào)通路誘導(dǎo)巨噬細(xì)胞M2極化
進(jìn)一步探索**來(lái)源的外泌體miR-934誘導(dǎo)M2巨噬細(xì)胞極化的機(jī)制。miR-934序列與PTEN的3'-UTR序列存在比對(duì)，提示miR-934可能靶向PTEN誘導(dǎo)M2巨噬細(xì)胞極化（Fig.5a）。如Fig.5b所示，將miR-934mimics或anti-miR-934及其控制載體轉(zhuǎn)染到PMA處理的THP-1細(xì)胞中，發(fā)現(xiàn)分別轉(zhuǎn)染miR-934mimics或anti-miR-934和PTEN野生型結(jié)合位點(diǎn)組中PTEN的3’-UTR熒光素酶活性***降低或升高（Fig.5b）。有趣的是，當(dāng)細(xì)胞與轉(zhuǎn)染了anti-miR-934、miR-934mimics或其對(duì)照載體的HCT-8或HT29細(xì)胞的外泌體共培養(yǎng)時(shí)，熒光素酶活性模式顯示出與上述趨勢(shì)相同（Fig.5c）。此外，PMA處理的THP-1細(xì)胞轉(zhuǎn)染miR-934mimics或anti-miR-934，與各自的對(duì)照細(xì)胞相比，分別在mRNA和蛋白水平下調(diào)或上調(diào)了PTEN的表達(dá)（Fig.5d）。類似的，分別用轉(zhuǎn)染anti-miR-934或miR-934mimics的CRC細(xì)胞的外泌體孵育PMA處理的THP-1細(xì)胞，結(jié)果發(fā)現(xiàn)PTEN，PI3K/AKT的表達(dá)明顯高于或低于各自的對(duì)照組（Fig.5e,f）。這些表明在PMA處理的THP-1細(xì)胞中，外泌體來(lái)源的miR-934可以通過(guò)靶向其3'-UTR和***PI3K/AKT通路來(lái)下調(diào)PTEN的表達(dá)。 急性腎損傷
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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)