TransCirc數(shù)據(jù)庫整合了各種與翻譯相關(guān)的證據(jù)，檢索的結(jié)果能直觀的呈現(xiàn)翻譯產(chǎn)物的相關(guān)證據(jù)信息。數(shù)據(jù)共分析了328080種已知人類circRNA的翻譯潛能，有蛋白質(zhì)譜證據(jù)（MS）的circRNA有168個(gè)，核糖體印跡或多聚核糖體分析（RP/PP）的證據(jù)4284個(gè)circRNA，潛在翻譯產(chǎn)物序列分析（SeqComp）的301100個(gè)circRNA。有IRES預(yù)測結(jié)果的314138個(gè)circRNA，有m6A修飾位點(diǎn)信息的39397個(gè)circRNA，有翻譯起始位點(diǎn)信息（TIS）的9394個(gè)circRNA，有ORF信息的305016個(gè)circRNA。
1）SsD在AML中表現(xiàn)出抗增殖活性
為了闡明SsD在白血病中的藥理作用，我們在10個(gè)人白血病細(xì)胞系中探討了一系列SsD濃度的影響。我們發(fā)現(xiàn)SsD在大多數(shù)白血病細(xì)胞系中以劑量依賴的方式抑制細(xì)胞活力(圖1A)。為了進(jìn)一步研究SsD對白血病的抑制作用，我們在4種白血病細(xì)胞系NB4、kas1、MV4-11和U937(SsD敏感性排名前4位的細(xì)胞)進(jìn)行了集落實(shí)驗(yàn)。與細(xì)胞活力結(jié)果相似，SsD***抑制了所測細(xì)胞系的集落數(shù)量和大小(圖1B-E)。有趣的是，SsD對細(xì)胞增殖和活力的抑制可能是由于細(xì)胞周期阻滯在G1期和NB4細(xì)胞凋亡增加(圖1F-G)。 細(xì)胞周期高通量測序后續(xù)的機(jī)制實(shí)驗(yàn)。
急性髓系白血病(AML)的靶向***的實(shí)施一直具有挑戰(zhàn)性。FTO是一種m6A去甲基酶，作為一種致*基因，促進(jìn)白血病*基因介導(dǎo)的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和白血病發(fā)生。因此為大家介紹于2021年3月發(fā)表于影響因子為8.579的Theranostics上文章“Saikosaponin D exhibits anti-leukemic activity by targeting FTO/m6A signaling”。在這里，我們研究了Saikosaponin-d (SsD)在AML中***的抗增殖作用中的作用，并通過靶向SsD的FTO來評估m(xù)6A去甲基化活性。SsD在體外和體內(nèi)均能***抑制AML細(xì)胞增殖，促進(jìn)細(xì)胞凋亡和細(xì)胞周期阻滯。機(jī)制上，SsD直接靶向FTO，從而增加了m6A RNA的甲基化，降低了下游基因轉(zhuǎn)錄本的穩(wěn)定性，導(dǎo)致相關(guān)通路的抑制。重要的是，SsD還克服了FTO/m6A介導(dǎo)的白血病對酪氨酸激酶抑制劑的耐藥性?？傊現(xiàn)TO依賴的m6A RNA甲基化介導(dǎo)了SsD的抗白血病作用，使SsD成為一種***白血病的藥物。
USF2促進(jìn)circACTN4在BC中的表達(dá)為了研究 circRNA 在 BC發(fā)展中的功能，利用芯片分析檢測了4對BC組織和*旁組織中circRNA表達(dá)特征。共發(fā)現(xiàn)85個(gè)***差異表達(dá)的circRNAs， 63 個(gè)上調(diào)和22個(gè)下調(diào)circRNAs。熱圖顯示了14個(gè)上調(diào)的circRNA，其中circACTN4是失調(diào)**嚴(yán)重的一個(gè)，差異高達(dá)10倍。根據(jù)circBase數(shù)據(jù)庫發(fā)現(xiàn)circACTN4來自位于人類19號染色體上的ACTN4基因，產(chǎn)生于ACTN4外顯子2至外顯子7（共571bp），通過 Sanger 測序驗(yàn)證了反向剪接連接點(diǎn)。為了驗(yàn)證circACTN4的環(huán)形結(jié)構(gòu)，使用聚斂引物和發(fā)散引物擴(kuò)增環(huán)狀 circACTN4 和線性 ACTN4。通過FISH和核質(zhì)分離PCR觀察到circACTN4主要位于BC細(xì)胞的細(xì)胞核中， circACTN4在*組織中的表達(dá)高于*旁組織。高表達(dá)的外泌體CD44v6和C1QBP是預(yù)測PDAC患者預(yù)后和肝轉(zhuǎn)移的很有前途的生物標(biāo)志物。
6）FOXO3A通過調(diào)控乳腺*細(xì)胞中LINC00926的表達(dá)抑制增殖、遷移和侵襲，抑制糖酵解
我們研究了FOXO3A是否通過LINC00926調(diào)節(jié)這些效應(yīng)。細(xì)胞增殖和集落形成分析顯示FOXO3A過表達(dá)抑制了乳腺*細(xì)胞的生長，而LINC00926敲低則促進(jìn)了細(xì)胞的生長(圖6A和6B)。重要的是，下調(diào)LINC00926***減弱了FOXO3A調(diào)控細(xì)胞增殖的能力，表明FOXO3A主要通過表達(dá)LINC00926來降低乳腺*細(xì)胞的增殖。接下來，我們通過LINC00926檢測FOXO3A是否抑制細(xì)胞遷移、侵襲和糖酵解。如預(yù)期，F(xiàn)OXO3A減少了乳腺*細(xì)胞的遷移和侵襲(圖6C和6D)。敲除LINC00926**削弱了FOXO3A抑制細(xì)胞遷移和侵襲的能力。FOXO3A過表達(dá)抑制葡萄糖攝取、乳酸生成和ATP生成，降低ECAR和增加OCR。然而，敲除LINC00926極大地減弱了FOXO3A調(diào)節(jié)細(xì)胞遷移、侵襲和糖酵解的能力(圖6C-6G)。綜上所述，F(xiàn)OXO3A抑制乳腺*細(xì)胞的遷移和侵襲，以及糖酵解主要依賴于LINC00926。 深耕科研行業(yè)提高科研的高效。肝損傷課題整體服務(wù)
阻斷atm依賴的磷酸化會損害DNA損傷后PTEN的亞細(xì)胞再分配細(xì)胞周期
5）USP35通過靶向FPN調(diào)節(jié)鐵下垂
我們接下來試圖闡明USP35對鐵死亡的可能機(jī)制。負(fù)責(zé)鐵輸入的蛋白質(zhì)(Tf和TfR)沒有改變；然而，哺乳動(dòng)物中關(guān)鍵的鐵轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白FPN在USP35缺乏的細(xì)胞中減少，而在過表達(dá)的細(xì)胞中增加(圖6A-C)。在USP35過表達(dá)的*細(xì)胞中，細(xì)胞膜中的FPN蛋白豐度增加，但由于USP35的敲除而降低(圖6D)。與分子變化一致，在USP35沉默或過表達(dá)的細(xì)胞中，胱氨酸攝取也不受影響(圖6E)。為了進(jìn)一步證實(shí)FPN的參與，H460和H1299細(xì)胞分別預(yù)***shFPN以敲低內(nèi)源性FPN表達(dá)。USP35過表達(dá)在鐵刺激時(shí)降低了肺*細(xì)胞內(nèi)LIP和Fe2+，但在FPN缺陷細(xì)胞中未能做到這一點(diǎn)(圖6F)。 細(xì)胞周期
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