造血干細胞早期命運決定的機制在很大程度上尚不清楚。據(jù)推測，譜系特異性轉(zhuǎn)錄因子(TFs)在噪聲閾值以上的隨機表達可以鎖定一個細胞進入一個獨特的細胞命運。與此相一致的是，在多能造血細胞中觀察到與拮抗譜系相關(guān)的基因的共表達，包括關(guān)鍵的TFs，這表明在多能細胞室中存在一些細胞亞群，這些亞群允許細胞在譜系承諾之前的命運相反，這一現(xiàn)象被稱為啟動。**近，人類hspc的單細胞RNA測序(scRNA-seq)引入了一個不同的啟動概念。對成人骨髓和胎兒肝臟造血的研究已經(jīng)確定了造血干細胞和多能祖細胞(MPPs)的亞群，這些亞群具有協(xié)調(diào)表達的標記基因，特異于不同的單胎分化程序，并沿著所有分化分支逐漸增加。有一些跡象表明，星狀細胞間室的譜系啟動可能不僅發(fā)生在轉(zhuǎn)錄水平，也發(fā)生在表觀遺傳水平。來自成人骨髓表型hspc的轉(zhuǎn)座酶可及染色質(zhì)測序(scATAC-seq)的單細胞分析數(shù)據(jù)顯示，表型MPPs在染色質(zhì)可及性方面存在差異。英拜生物對整體實驗實施的全局把控。M6a甲基化課題整包服務(wù)
piRNA-30473通過調(diào)控WTAP的表達介導(dǎo)m6A的甲基化
為了進一步探討piRNA-30473在DLBCL中轉(zhuǎn)錄組調(diào)控中的作用，我們在轉(zhuǎn)染antiagomir-30473后48h檢測m6A整體甲基化水平。結(jié)果顯示，轉(zhuǎn)染antiagomir-30473的細胞總體m6A水平降低(圖3A,3B)。METTL3,METTL14,WTAP,FTO和ALKBH5是關(guān)鍵的m6A甲基轉(zhuǎn)移酶或去甲基化酶，它們的失調(diào)可能導(dǎo)致DLBCL中m6A修飾譜異常。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，抑制piRNA-30473降低了WTAP的表達(圖3C,3D)，而其他蛋白表達無明顯差異。同時，免疫共沉淀表明，antiagomir-30473處理降低了WTAP與METTTL3和METTTL14的相關(guān)性(圖3E)。接下來為了證明piRNA-30473在WTAPmRNA中是否存在結(jié)合位點，作者先使用miRNA特異性靶檢測算法確定假定的結(jié)合位點(圖3F)，后續(xù)實驗結(jié)果證明，piRNA-30473通過與WTAP的3’-UTR結(jié)合，降低了WTAPmRNA的衰減，進而增強了mRNA的穩(wěn)定性(圖3G,3H)。 二代測序課題整體服務(wù)可以上傳原始的fast文件。
RBM17促進PTC細胞的增殖和遷移，并在PTC**組織中升高
接下來探究RBM17在PTC細胞中的功能，RBM17的mRNA和蛋白表達在K1細胞系中遠低于TPC-1和BC***細胞，其表達趨勢類似于tiRNA-Gly（圖4A-B）。于是構(gòu)建了RBM17過表達的K1細胞系，發(fā)現(xiàn)其增殖和遷移曾麗***增加（圖4C-F）。RBM17敲低則效果相反（圖4G-J）。此外，RBM蛋白表達在PTC**組織中***高于*旁組織（圖4K）。以上結(jié)果表明RBM17的作用和tiRNA-Gly相似，在PTC中促進**進展。
RBM17的衰減抑制了tiRNA-Gly對PTC細胞的影響，RBM17在PTC組織中的表達受tiRNA-Gly的調(diào)控
隨后，作者分別檢測了人PTC組織中tiRNA-Gly高表達和tiRNA-Gly低表達的組織樣本中RBM17的表達水平，結(jié)果發(fā)現(xiàn)與預(yù)期一致，tiRNA-Gly高表達組RBM17的表達也***高于tiRNA-Gly低表達組（圖5A）。進行了類似于拯救實驗，即過表達tiRNA-Gly組，敲除RBM17組，以及過表達tiRNA-Gly的同時敲除RBM17組，結(jié)果表明，tiRNA-Gly過表達+siRBM17同時處理可以部分消除單獨處理時引起的TPC-1和BC***細胞增殖和遷移的改變（圖5B-C）。體內(nèi)實驗表明，tiRNA-Gly敲低導(dǎo)致RBM17的表達急劇性下降（圖5D）?？傊?，tiRNA-Gly對PTC增殖和遷移的作用依賴于RBM17。
8）人類乳腺*患者中LINC00926和PGK1表達的相關(guān)性及LINC00926與葡萄糖攝取的相關(guān)性
我們通過IHC和FISH檢測109例人乳腺*樣本中PGK1和LINC00926的表達情況。與培養(yǎng)細胞中LINC00926抑制PGK1的結(jié)果一致，LINC00926的表達與PGK1的表達呈負相關(guān)，與FOXO3A呈正相關(guān)(圖8A)。通過18FDGPET掃描評估葡萄糖攝取增加的乳腺**患者顯示LINC00926和FOXO3A表達降低，而PGK1表達增加(圖8B)。綜上所述，這些數(shù)據(jù)表明了LINC00926/PGK1軸在乳腺*中的重要病理作用。
結(jié)論我們的研究***證實了LINC00926通過抑制糖酵解關(guān)鍵酶PGK1的表達來抑制糖酵解，從而在體內(nèi)外抑制乳腺*細胞的增殖、侵襲和轉(zhuǎn)移。在乳腺*患者中，F(xiàn)OXO3A調(diào)控的LINC00926與PGK1表達呈負相關(guān)。這些發(fā)現(xiàn)概述了FOXO3A/LINC00926/PGK1軸在Warburg效應(yīng)和乳腺**發(fā)生進展中的重要性。因此，上調(diào)LINC00926可能是***PGK1過表達的乳腺*患者的一種有前途的方法。 阻斷atm依賴的磷酸化會損害DNA損傷后PTEN的亞細胞再分配。
四、scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)整合
目前尚無人類胚胎HSPCs的染色質(zhì)可及性圖譜，研究者基于基因體可及性繪制細胞圖譜來整合scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)。首先使用6種豐富的細胞類型對scRNA-seq實驗中篩選出的CD34+ CD38- 細胞進行分類，結(jié)果顯示scATAC-seq數(shù)據(jù)集中指定細胞類型的頻率與scRNA-seq數(shù)據(jù)中的頻率高度一致，這表明染色質(zhì)可及性和轉(zhuǎn)錄組具有相關(guān)性。然而，不同類型的細胞在整個軌跡上有相當大的混合，如HSCs/MPPs-Cycle***分布在七個集群中，這表明在HSCs/MPP群體中存在***的染色質(zhì)啟動，從而導(dǎo)致了異質(zhì)性。之后研究者比較了7個集群中HSCs /MPPs中選定的譜系特異性TF基序的可及性，結(jié)果顯示在轉(zhuǎn)錄同源的HSCs/MPPs集群中，一些先于基因表達的TFs的活性存在***差異。 ***，研究者進一步探索分化過程中染色質(zhì)可及性和基因表達之間的“時滯”，結(jié)果顯示在HSCs/MPS中，GATA1-調(diào)節(jié)子靶基因的啟動子在任何明顯基因表達之前均是開放的，這證實HSCs/MPP中染色質(zhì)的可及性早于轉(zhuǎn)錄變化。 提供分子生物以及到后續(xù)動物建模的一整套服務(wù)。標志物課題產(chǎn)學(xué)研合作
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小泛素修飾(SUMO)結(jié)合稱為SUMO修飾，其作為生物活性分類的誘導(dǎo)劑分子進入細胞外囊泡(EVs)，觸發(fā)淋巴管生成，進一步驅(qū)動**淋巴結(jié)(LN)轉(zhuǎn)移，但確切的機制仍不清楚。本研究發(fā)現(xiàn)，SUMOylation促進細胞外囊泡介導(dǎo)的lncRNA ELNAT1的傳遞和膀胱*的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移。該文于2021年4月發(fā)表在《The Journal of Clinical Investigation》IF: 14.808。
1.SUMOylation參與膀胱*的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移
為了探討SUMOylation在膀胱*（BCa）的淋巴結(jié)（LN）轉(zhuǎn)移中的作用，作者基于淋巴*與TCGA數(shù)據(jù)庫中比較SUMOylation的表達譜，發(fā)現(xiàn)BCas中UBC9的高表達，同時生成分析顯示，與UBC9表達較低的患者相比，UBC9表達較高的患者總生存率（OS）和無病生存期（DFS）較低（Figure1A-E）。為了證明UBC9在LN轉(zhuǎn)移中的作用，作者通過242例的BCas患者樣本，發(fā)現(xiàn)UBC9在LN轉(zhuǎn)移過程中高表達（Figure1F）。 M6a甲基化課題整包服務(wù)
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎(chǔ)
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3.提供熱點**文獻技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學(xué)實驗