circNDUFB2觸發(fā)NSCLC細胞的免疫防御反應
為了研究參與circNDUFB2的信號通路，使用RNA測序（RNA-seq）進行了轉(zhuǎn)錄組分析。結(jié)果表明circNDUFB2過表達影響934個基因的表達水平，其中743個基因上調(diào)，191個基因被下調(diào)?；虮倔w生物學過程（GO_BP）和KEGG途徑富集分析表明circNDUFB2觸發(fā)了免疫防御和I型干擾素（IFNs）信號傳導?；蚣患治觯℅SEA）也表明目標基因的信號傳導途徑參與了免疫反應。確認了在circNDUFB2過表達的NSCLC細胞中一組免疫基因表達被上調(diào)，而circNDUFB2敲低降低了NSCLC細胞中這些基因的水平。這些結(jié)果表明，過量表達circNDUFB2，而不是其具有相同序列的線性RN**段，導致免疫基因上調(diào)。 酶聯(lián)免疫吸附試驗（ELISA）證實circNDUFB2過表達顯著增加了細胞培養(yǎng)上清液中CXCL10，CXCL11，CCL5和IFNβ的水平，而circNDUFB2敲低降低了細胞培養(yǎng)上清液中這些細胞因子的水平。這些結(jié)果證明circNDUFB2在NSCLC細胞中引發(fā)免疫應答。 了解客戶的研究方向以及所能提供的樣本類型和樣本量確定研究思路。甘油三酯課題實驗外包
一、上傳數(shù)據(jù)
可以上傳原始的fast文件，也可以上傳時序count表達文件。按照數(shù)據(jù)情況填寫以下6個問題，然后點擊“Run”開始進行質(zhì)控
二、初級分析
數(shù)據(jù)質(zhì)控合格后，進行初級分析，包括：差異表達量計算、基因簇分析。差異計算方法包括ImpulseDE2、NextmaSigPro、DESeq2，可以根據(jù)實際情況自由選擇。
三、次級分析
次級分析用于評估豐富度、因子結(jié)合和時間關(guān)系。我們可以選擇不同類型的分析來分析初級分析中獲得的基因簇，即Enrichment，用于識別基因簇中高表達的基因；FactorBinding，使用motif和CHIP-seq預測影響基因簇表達的轉(zhuǎn)錄因子；TemporalRelations，識別轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡（GRN）。
褪黑素課題實驗外包外泌體CD44v6和C1QBP可能是預測PDAC患者預后的有前途的生物標志物。
在皂苷處理的MCF-7細胞中，觀察到內(nèi)源性INPP4B與HARab7WT或HA-Rab7Q67L共同定位于cd63陽性的晚期核內(nèi)體(圖3e)。HA-Rab7T22N是一個不定位于晚期核內(nèi)體的顯性陰性突變體(補充圖3f)，它的表達也阻止了內(nèi)源性INPP4B的募集(圖3e)，表明活性的gtp結(jié)合的Rab7是INPP4B亞細胞定位到晚期核內(nèi)體所必需的。 GFP-INPP4B***提高了細胞內(nèi)PI(3)P水平(1.8倍)(圖3f)，PI(3,4)P2也存在于早期和晚期核內(nèi)體。表達INPP4B shrna的MCF-7細胞顯示出更明顯的細胞內(nèi)PI(3,4)P2斑點，表明INPP4B缺失抑制PI(3,4)P2在核內(nèi)體上的降解，導致其積累(圖3g)。GFP-INPP4B沒有改變PI(3) p陽性早期核內(nèi)體的比例，但***增加了PI(3) p陽性晚期核內(nèi)體的比例(1.7倍)(圖3h, i)。
5、白樺素可以改善小鼠的胰島素抵抗
由于白樺素可降低血清和組織中的脂質(zhì)水平，因此接下來研究了白樺素是否可改善體內(nèi)胰島素抵抗。與進食chow糧的小鼠相比，由WD喂養(yǎng)的小鼠表現(xiàn)出葡萄糖受損和胰島素耐受性。WD喂養(yǎng)的小鼠的白樺素或洛伐他汀***可顯著改善葡萄糖耐量和胰島素抵抗（圖6A-6D）。此外，WD喂養(yǎng)的小鼠的空腹血糖和胰島素升高通過白樺素的施用而被顯著降低，但洛伐他汀卻沒有（圖6E和6F）?？傮w而言，這些數(shù)據(jù)表明，白樺素可改善小鼠的胰島素抵抗。 可以上傳原始的fast文件。
NRF2是阻斷鐵死亡的關(guān)鍵介質(zhì)，TYRO3過表達的293T細胞中NRF2轉(zhuǎn)錄活性增加。TAM激酶下游的PI3K/AKT信號通路可增加NRF2轉(zhuǎn)錄活性，TYRO3-OE介導的NRF2轉(zhuǎn)錄***被AKT抑制劑MK2206消除。這些結(jié)果表明TYRO3通過AKT/NRF2軸抑制鐵死亡。吞噬細胞對瀕死細胞的***依賴于對凋亡細胞暴露的“吃我信號”的識別。磷脂酰絲氨酸(PS)是一種關(guān)鍵的“吃我”分子，可與橋接分子結(jié)合，如TAM激酶配體蛋白S(Pros1)和Gas6。Pros1在與PS結(jié)合時同時***TYRO3。Pros1處理4T1和PY8119**細胞可抑制erastin誘導的脂質(zhì)過氧化作用，表明凋亡細胞的Pros1“吃我”信號可以通過TYRO3抑制**細胞鐵死亡。Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物介導了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉(zhuǎn)移的積極作用。雙熒光素酶報告基因課題產(chǎn)學研合作
深耕科研行業(yè)提高科研的高效。甘油三酯課題實驗外包
三、沿著推斷分化軌跡的Motif可及性動態(tài)
由于技術(shù)限制，scRNA-seq難以檢測低豐度轉(zhuǎn)錄本（如轉(zhuǎn)錄因子TFs），而通過染色質(zhì)的可及性可推斷出這些TFs的活性，因此整合scRNA-seq和scATAC-seq方法具有重要意義。研究者利用scATAC-seq檢測了人類胚胎Lin- CD34+ CD38-細胞的單細胞染色質(zhì)可及性，分別對18、20和21PCW胚胎的肝臟和股骨中的4,001個細胞進行了測序，基于SNN算法，共得到7個不同的可明顯分離的集群 (Figure 3A)。scRNA-seq數(shù)據(jù)中檢測了所選標記基因的可及性，與干細胞相關(guān)的標記基因(如MLLT3、PROM1、FLI1和GATA2)的可及性較高，而與不同譜系相關(guān)的基因(如MPO、ALAS2、MPEG1和CD19)的可及性較低，這與分選細胞的未分化特性一致(圖3B)。生成的軌跡顯示出兩個分支，每個分支的染色質(zhì)可及性和分化有明顯的趨勢(圖3D和3E)。 甘油三酯課題實驗外包
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎(chǔ)
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3.提供熱點**文獻技術(shù)支持，探討科研前沿熱點研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗