USP35敲除增加了脂質活性氧的產生和丙二醛的產生(圖2D)。過量的活性氧導致多不飽和脂肪酸氧化損傷并分裂成各種產物，包括HETEs。我們觀察到，USP35沉默促進了H460和H1299細胞中5-HETE、11-HETE和15-HETE的釋放，而不影響12-HETE的釋放(圖2F)。GSH/GPX4為基礎的ROS***機制在防止鐵缺乏期間的脂質過氧化中起著不可或缺的作用。研究表明在USP35缺乏的細胞中GSH水平降低并伴隨著對GPX4活性的抑制(圖2G，H)。此外，shUSP35***細胞中的鐵和Fe2+水平***高于對照組。相比之下，補充GSH或鐵螯合劑***減少了shUSP35***細胞的...

相反，miR-199a-5p抑制劑處理可提高WT小鼠脾CD4+T細胞中Sirt1的表達(圖5E)，并降低衰老標志物p21,p16和乙酰p53水平(圖5F)。***，與MRL/lpr相比，hUC-MSCs可增加miR-199a-5p的產生，表明hUC-MSCs是miR-199a-5p來源的關鍵調控因子(圖5G)。在transwell系統(tǒng)中，hUC-MSCs與MRL/lpr脾CD4+T細胞共培養(yǎng)48h后，細胞內miR-199a-5p升高，Sirt1基因表達降低，CD4+T細胞中衰老標志物的表達水平恢復，而miR-199a-5p抑制劑處理后仍處于抑制狀態(tài)(圖5G-I)?？偟膩碚f，這些數據表明hUC-...

由于MLL1在HoxBlinc過表達介導的異常造血過程中至關重要，HSPC中HoxBlinc過表達可能通過增加MLL1募集來***其靶基因，從而提高H3K4me3占用率，以促進增強子/啟動子染色質的可及性。為了證實這一點，使用WT和HoxBlincTg LSK細胞進行了MLL1和H3K4me3 ChIP-seq。ChIP-seq和CHIRP-seq聯合分析顯示HoxBlinc和MLL1的基因組結合位點存在高度重疊（圖6e-g）。令人驚訝的是，51.2%的基因HoxBlinc結合增加顯示MLL1招募增加，其中大部分(31.7%)也顯示H3K4me3占用增加，包括NPM1c+-標記基因，如前H...

并同年在同期刊中發(fā)表，遷移體在斑馬魚原腸胚形成中影響***形態(tài)發(fā)生，Tspan4a和Tspan7（遷移體生成相關基因）突變體斑馬魚的***形態(tài)發(fā)生受損，并闡明遷移體誘導胚胎細胞至正確的位置，從而影響***形態(tài)發(fā)生[5]。2019年俞立團隊還發(fā)表了關于遷移體標志物的文章[6]，該文章闡明了人血清中存在遷移體；與外泌體相比，遷移體中存在四種特異性蛋白：NDST1、EOGT、PIGK和CPQ。 2021年5月，俞立團隊在Cell期刊（IF=38.637）上發(fā)表文章，文章主要講述在外界刺激下，細胞中受損的線粒體外排至遷移體中[7]。同年6月，俞立團隊利用斷層成像技術研究不同物種的大規(guī)模細胞遷...

使用SmartSeq2協(xié)議對15個胎兒的單個細胞進行scRNA-seq處理（圖1a）?；诓町惐磉_(DE)分析和按標準化表達***性排序的前20個標記基因。紅細胞(表達HBG1、HBA1、GYPA和ALAS2)、mk(表達FLI1、ITGA2B和GP9)、單核細胞祖細胞和單核細胞(表達CD14、MPEG1和CD33)、CD4+單核細胞、肥大細胞(表達CD63、GATA2和HDC)、漿細胞樣樹突狀細胞(pDCs;表達IL3RA,IRF8,MPEG1和JCHAIN)和另一簇高循環(huán)pDCs(表達pDC和增殖標記物;例如，MKI67)和粒細胞1、2和3(表達AZU1、MPO和PRTN3)(圖1B)單細...

相比之下，Pten398A/398A;MMTVneu小鼠**發(fā)展加快，中位生存期縮短至199天(圖1A)。對Pten+/+;MMTVneu和Pten398A/398A;MMTVneu小鼠的石蠟包埋**標本進行免疫組化檢測γH2AX。采用半定量方法對γH2AX免疫反應性進行評分(表1)。Pten+/+;MMTVneu**一般很少表達γH2AX(圖1B)。所有Pten398A/398A;MMTVneu樣本均為γH2AX強陽性，表明更高水平的基因組不穩(wěn)定性(圖1B, C)。我們通過對**樣本的western blot分析證實了這些結果，結果顯示Pten398A/398A;MMTVneu**比Pten...

6、白樺素降低***的發(fā)展 用LDLR敲除小鼠探索了白樺素對***病變形成的作用。LDLR缺陷小鼠用WD飲食并分別添加了成分，對照（鹽），洛伐他?。?0mg/kg/day）或白樺素（30mg/kg/day）處理14周。不同組的小鼠顯示出相似的食物攝入量和體重（圖7A-7B）。在經白樺素處理的小鼠肝臟中，SREBP-1c和SREBP-2降低，脂質合成基因（包括HMGCS，HMGCR和FAS）下調（圖7C）。但是，洛伐他汀可上調HMGCR和FAS基因的表達（圖7C）。白樺素極顯著降低了血液中的TC，TG和LDL-c的含量，并增加了HDL-c。洛伐他汀具有類似的作用，只是它不降低TG（圖7...

4.FBW7通過NR4A1抑制SCD1的轉錄作者在基因表達譜中發(fā)現了NR4A家族的核受體(NR4A1,NR4A2)是FBW7下調的基因。作者因此采用qRT-PCR和westernblot檢測了FBW7T205A過表達的PANC-1和SW1990細胞中NR4A1和NR4A2的水平。結果發(fā)現FBW7T205A降低了NR4A1和NR4A2的mRNA和蛋白水平。此外，與FBW7T205A相比，FBW7R465H（顯性陰性FBW7突變體）*略微降低了NR4A1、NR4A2和SCD1的表達。同時NR4A1沉默降低了SCD1的表達，并且啟動子實驗發(fā)現NR4A1與SCD1啟動子結合，促進了SCD1的轉錄。CH...

6）上調UCP1減輕AKI中的脂質積累，可***緩解體內炎癥和凋亡 以上研究證實，在體外，上調UCP1可以通過抑制炎癥和凋亡來抑制AKI的進展。為了探究其在體內的作用，我們在腎多點注射模型中檢測了相應的指標。如圖6A-E所示，炎癥指標CD68、IL-1β、IL-6、TNF-α均***降低，UCP1上調。在凋亡方面，凋亡指標Bax和C-caspase3也隨著UCP1的上調而降低，而Bcl-2隨著UCP1的上調而升高(圖6F)。TUNEL熒光染色也直接證明了UCP1上調導致的凋亡減少(圖6G-H)。同樣，我們也使用UCP1激動劑CL316243在動物模型中證實了同樣的炎癥和凋亡趨勢(圖6...

***是一種系統(tǒng)性疾病，與炎癥細胞浸潤和免疫相關途徑的***有關。本文旨在揭示與免疫相關的變化，并探索頸***斑塊形成過程中的新型免疫學特征。首先，我們應用了集成的生物信息學方法，包括CIBERSORT和基因集富集分析（GSEA）?；虮磉_矩陣GSE28829，GSE41571和GSE43292是從基因表達綜合（GEO）數據集獲得的。經過一系列數據預處理步驟后，使用CIBERSORT，GSEA和ClusterProfiler軟件包對所得的組合表達矩陣進行了分析。在對早期和晚期頸***斑塊進行比較和分析后，我們發(fā)現，在晚期斑塊中活化記憶CD4T細胞的百分比較高，而靜息記憶CD4細胞的百分比較低。...

條件誘導的腸上皮通透性可促進細菌易位和菌血癥，被認為是急性移植物抗宿主病(aGvHD)發(fā)病機制的第一步。急性GvHD是同種異體造血干細胞移植的常見副作用，同種異體供體T細胞對宿主體內健康組織(包括腸道上皮)表現出細胞毒性活性。根據受影響***的程度，急性GvHD的嚴重程度可分為四個等級:0級I表現為無或輕度，II級IV表現為中度至重度aGvHD。**近，研究表明較低的腸道微生物群多樣性與aGvHD和aGvHD死亡率相關，并且某些細菌類群在HSCT后可能參與促進aGvHD。然而，在HSCT之前的微生物群組成是否在預測可能的aGvHD嚴重程度方面具有預測價值尚未被檢驗，本研究對此進行了探討。 ...

為了確定s-flow和d-flow在體內單細胞分辨率下對ECs基因轉錄表達和染色質可及性譜的全基因組影響，我們使用小鼠PCL模型進行了scRNA-seq和scATAC-seq。將C57BL/6小鼠部分結扎，以暴露于血流的對側RCA作為對照，在LCA中誘導d-血流。部分結扎后2天(2D)和2周(2W)， rca (2D- r和2W- r)和lca (2D- l和2W- l)用膠原酶酶解獲得單個細胞和單個核，分別用于scRNA-seq和scATAC-seq。 在標準化之后，一個基于無監(jiān)督圖的聚類將細胞劃分成組，通過統(tǒng)前列形近似和投影(UMAP)圖可視化(圖1A)。我們的UMAP分析確定了...

A.29名兒童在進行異體造血干細胞移植前、移植時、移植后即刻以及后期隨訪時均進行了監(jiān)測。監(jiān)測患者的基線特征、臨床結果、免疫細胞計數以及炎癥和***標志物。表S1(附加文件1)詳細描述了患者特征。宿主免疫系統(tǒng)參數與腸道、口腔和鼻腔微生物群的縱向動力學相關，這些微生物群在指定的時間點進行了評估。 B.每個身體部位HSCT前、移植時和移植后的細菌α多樣性以log10變換后的y軸顯示。星號表示時間點間的中值逆Simpson指數存在***差異。C.相對于HSCT的時間點LDA分析。對于糞便樣本，HSCT后立即采集的樣本LDA評分為陽性。對于口腔和鼻腔樣本，在HSCT前和后期隨訪時間點樣本的LD...

利用METABRIC數據集，我們評估了1459例ER+乳腺*中17個常見Wnt/β-catenin通路基因的表達，包括幾個Wnt靶基因(圖7a)。為了確定INPP4B是否促進PI3K和Wnt/β-catenin通路之間的對話，我們用增加劑量的PI3K抑制劑BKM120(0.5和1 M)處理gfp載體和GFPINPP4B MCF-7細胞，并測量Wnt靶基因AXIN2、LEF1和MYCN的mRNA表達(圖7b d)。在gfp載體細胞中，低劑量的BKM120對Wnt靶基因表達的影響**小，而高劑量的Wnt基因表達降低。在GFP-INPP4B表達細胞中，低濃度的BKM120部分挽救了Wnt基因表達的增...

相反，miR-199a-5p抑制劑處理可提高WT小鼠脾CD4+ T細胞中Sirt1的表達(圖5E)，并降低衰老標志物p21, p16和乙酰p53水平(圖5F)。***，與MRL/lpr相比，hUC-MSCs可增加miR-199a-5p的產生，表明hUC-MSCs是miR-199a-5p來源的關鍵調控因子 (圖5G)。在transwell系統(tǒng)中，hUC-MSCs與MRL/lpr脾CD4+ T細胞共培養(yǎng)48 h后，細胞內miR-199a-5p升高，Sirt1基因表達降低，CD4+ T細胞中衰老標志物的表達水平恢復，而miR-199a-5p抑制劑處理后仍處于抑制狀態(tài)(圖5G-I)?？偟膩碚f，這些數據...

3）USP35過表達阻斷erastin/RSL3介導的**抑制作用 細胞也用慢病毒載體***以在體外過表達USP35，并通過PCR驗證其效率(圖3A)。然而，在基礎條件下，USP35過表達不影響H460和H1299細胞的細胞死亡和集落形成(圖3B，C)。裸鼠的**體積和重量也不受USP35過表達的影響(圖3D，E)。我們進一步研究了USP35操作是否對鐵刺激引起的細胞死亡有影響。不出所料，erastin或RSL3處理***降低了H460和H1299細胞的細胞活力或集落形成，而這是通過USP35過表達來阻止的(圖3F，G)。相應地，接種CTRL肺*細胞的裸鼠在erastin或RSL3*...

此外，Ago2 RIP 分析表明 miR-1252-5p、circ_0072083、ALKBH5 和 NANOG 可以在同一復合物上富集。此外，在U251/TR和U87/TR 細胞中，通過circ_0072083 沉默，miR-1252-5p 水平明顯增強。miR-1252-5p 過表達顯著降低了 U251/TR 和 U87/TR 細胞中的 ALKBH5 和 NANOG 水平。此外，在用 sh-NC + anti-NC、sh-circ_0072083 + anti-NC 或 sh-circ_0072083 + anti-miR-1252-轉染的細胞中研究了 circ_0072083/miR-1...

此外，流式細胞儀分析證實，第 7 天胰腺中CD11b + F4/80 + CD206 +巨噬細胞顯著減少，這與免疫熒光數據一致。在總 CD11b +單核細胞/巨噬細胞中，成熟巨噬細胞 (F4/80 + MHCII hi ) 減少，而未成熟巨噬細胞 (F4/80 mid MHCII - ) 在第 7 天增加，此時胰腺巨噬細胞在 ADM 階段（第 3 天）短暫消耗。F4/80 mid MHCII -巨噬細胞表達更高水平的 CCR2 和 TNFα，表明它們與炎癥單核細胞（CD11b + Ly6C hi CCR2 +）分化并可能導致組織損傷。上述結果表明，ADM期胰腺巨噬細胞的耗竭（以M2樣表型為主）...

雖然脂質攝取增加和/或生物合成之間的關聯被確定為27HC耐藥的標志，但這種活性在多大程度上與耐藥相關和/或是否有助于*細胞生物學的變化尚不清楚。為了解決這一問題，作者反復研究了27HCS和27HCR的4T1、Py230、HCC1954、B16F10和BPD6細胞在富脂和脫脂培養(yǎng)基中對27HC的敏感性/耐藥性。除BPD6細胞外，27HC的抗增殖活性*在脂質充足的條件下表現出來。鑒于與BPD6-27HCS相比，BPD6-27HCR中涉及膽固醇和脂肪酸生物合成的基因表達上調，這些細胞中積累的一些脂質可能是內源性產生的。研究還強調了脂質積累在耐藥細胞中的重要性，研究表明脂質消耗逆轉了27HCR細胞體外...

確定關鍵驅動突變在原始和committed亞型中的分布(圖1C，補充討論中的亞型和突變部分和補充表6 17)。盡管亞型中富含某些突變(原始組的FLT3-ITD和承諾組的DNMT3A)，驅動突變的遺傳改變對原始和committed亞型的預測較差(補充圖3 16和補充討論)，基因突變和亞型之間的Matthews相關系數(MCC)較低(FLT3-ITD的MCC = 0.32, DNMT3A的MCC = 0.16;在precision-recall曲線(AUPRC = 0.62)值下，突變與亞型之間的多變量分析得到一個薄弱區(qū)域(Supplementary Fig. 7)。英拜有一支高精尖的團隊。干擾R...

研究發(fā)現，MB患者血漿來源的外泌體中miR-101-3p、miR-320b-3p、miR-20a-5p和miR-423-5p的表達高于健康對照組血漿來源的外泌體。然后，我們通過qPCR檢測了擴展隊列中差異表達的miRNA的表達水平。與健康對照組相比，MB患者血漿來源的外泌體中miR-101-3p和miR-423-5p的表達上調。我們還比較了MB患者和健康對照組外周血單個核細胞中miR-101-3p和miR-423-5p的表達，發(fā)現MB患者外周血單個核細胞中miR-101-3p和miR-423-5p的表達水平更高。外周血來源的外泌體可被**細胞內化。總之，這些結果表明miR-101-3p和miR...

1.PC細胞衍生的linc-ROR相關外泌體的特性和作用為了研究外泌體對PC細胞釋放的脂肪細胞的影響，從培養(yǎng)基的上清(無外泌體血清)中分離出外泌體，并通過透射電子顯微鏡(TEM)和納米顆粒**分析(NTA)進行定量。透射電鏡顯示直徑為30~150nm的清晰圓形顆粒，NTA顯示出類似大小的外泌體分布(圖1B和1C;)來源于PANC-1和BxPC-3細胞。在建立的PC細胞系(PANC-1,AsPC-1,MIA-PACA-2,CFPAC-1和BxPC-3)中觀察到linc-ROR的表達高于永生的正常胰腺細胞系(CCCHPE-2)。此外，外泌體linc-ROR的差異表達與細胞內linc-ROR一致。W...

對snATAC-seq數據集使用97%置信閾值對細胞類型分配進行過濾，以去除異型雙重體。通過標簽轉移獲得的snATAC-seq細胞類型預測(圖1d)與無監(jiān)督簇的編輯注釋(圖1e, f)的比較表明，所有主要的細胞類型都存在于這兩個數據集中，并且在檢測和分配細胞身份方面，snATAC-seq與snRNA-seq具有可比性(補充圖3)。使用基于基因活性的細胞類型分配進行下游分析，這是通過對snatc -seq數據集的無監(jiān)督聚類獲得的。有趣的是，snATAC-seq能夠檢測到近端小管簇內的兩個亞群，這可能**近端曲小管(圖1e, PCT)和近端直小管(圖1e, PST)。PCT顯示編碼SGLT2的SL...

中國科學院動物研究所劉光慧研究組、曲靜研究組和北京基因組研究所（國家生物信息中心）鮑一明研究組、張維綺研究組合作建立了Aging Atlas數據庫。數據庫相關文章于2020年10月29日以“Aging Atlas: a multi-omics database for aging biology”為題在線發(fā)表于Nucleic Acids Research雜志（IF=11.501）。 Aging Atlas 目前的實現包括五個模塊：轉錄組學、單細胞轉錄組學、表觀基因組學、蛋白質組學和藥物基因組學。此外，Aging Atlas Consortium 還手動管理了一系列與衰老相關的人類和小...

2）SsD響應相關基因和通路的鑒定 為了進一步確定可能與白血病細胞中SsD敏感性相關的潛在靶點，我們對SsD處理過的NB4細胞進行了RNA測序。我們共發(fā)現3732個上調基因和3442個下調基因(圖2A)。為了揭示SsD的潛在機制，我們進行了富集分析并研究了差異基因相關的通路。我們篩選了上調和下調基因富集的**個通路(圖2B)。此外，我們使用GSEA研究SsD處理影響的信號通路(圖2C)。我們的數據顯示，SsD處理導致MYC靶點、E2F靶點和G2M檢查點信號級聯受到抑制。有趣的是，這些發(fā)現與FTO抑制劑和內源性FTO的下調抑制的信號通路相一致。因此，SsD的抑制作用可能有助于FTO抑制...

7）MIR210HG通過miR-337-3p和miR-137促進**進展 為了確定MIR210HG下調對Ishikawa和HEC-1A細胞系惡性行為的抑制作用是否通過miR-337-3p/137介導，我們進行了功能挽救實驗。結果證實MIR210HG沉默對Ishikawa和HEC-1A細胞遷移和侵襲的惡性抑制作用被miR-337-3p/137敲低***逆轉(圖7A-7E)。這表明MIR210HG通過miR-337-3p/137調控Ishikawa和HEC-1A細胞的惡性生物學行為。 8）抑制MIR210HG和miR-337-3p/137過表達抑制**生長 我們測定了MIR2...

但是現階段的外泌體研究主要是與其他研究熱點結合例如，miRNA、lncRNA、circRNA。***講一下外泌體相關研究。這篇文獻題目為：Warburg effect-promoted exosomal circ_0072083 releasing up-regulates NANGO expression through multiple pathways and enhances temozolomide resistance in glioma。該文章主要講述了外泌體circ_0072083通過調節(jié)神經膠質瘤中miR-1252-5p介導的降解和去甲基化來增加NANOG表達，從而促進T...

現今研究表明tRNA-derivedsmallnoncodingRNAs（sncRNAs）主要分為兩類：tRNAhalves(tiRNAs)和fragments(tRFs)。前者在人類實體**中的的生物學功能吸引了越來越多的關注，但是其在**發(fā)生中的生物學機制仍知之甚少。tiRNAs和剪切相關蛋白之間的相關作用更是為未可知。本研究***發(fā)現一個5’-tRNAhalves，即tiRNA-Gly通過與RBM17結合誘導可變剪切進而促進**狀甲狀腺*（PTC）的增殖和遷移。本文于2021年7月發(fā)表在影響因子7.068的《JournalofExperimentalandClinicalCancerRe...

6）Pex衍生的CD44v6和C1QBP的高表達預示著PDAC患者的肝轉移和低生存率 采用免疫組化和westernblot檢測肝轉移灶周圍肝組織和正常肝組織的纖維化ECM微環(huán)境。與體內實驗一致，纖維連接蛋白、I型膠原和α-SMA水平***升高，而玻連蛋白和固生蛋白C水平下調(圖7A，B)。接下來，我們研究了外泌體衍生CD44v6和C1QBP在PDAC患者中的預后價值。外泌體CD44v6和C1QBP在PDAC組織中的表達明顯高于正常胰腺組織(圖7C)。此外，有肝轉移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉移的PDAC患者(圖7C)。免疫電鏡顯示，CD44v6和C...

3、CDK4/6抑制劑促進記憶形成通過RB介導的G1停滯 為了確定驅動CDK4/6i誘導的記憶，對調節(jié)記憶標記的基因CD62L(SELL)，進行了全基因組CRISPR/Cas9篩選，用基因組范圍的sgRNA文庫轉導表達Cas9的JurkatT細胞（CDK4/6抑制后上調CD62L），然后用CDK4/6i處理，并對未能上調CD62L的細胞進行熒光***細胞分選(Fig.3A)。對分選群體進行測序發(fā)現，靶向RB轉錄共抑制因子1(RB1)的sgRNA*在處理條件下***富集(Fig.3B)，暗示RB是CDK4/6i誘導CD62L上調所必須的。隨后對急性(2h)暴露于CDK4/6i后的Jur...