中國科學(xué)院動(dòng)物研究所劉光慧研究組、曲靜研究組和北京基因組研究所（國家生物信息中心）鮑一明研究組、張維綺研究組合作建立了Aging Atlas數(shù)據(jù)庫。數(shù)據(jù)庫相關(guān)文章于2020年10月29日以“Aging Atlas: a multi-omics database for aging biology”為題在線發(fā)表于Nucleic Acids Research雜志（IF=11.501）。
Aging Atlas 目前的實(shí)現(xiàn)包括五個(gè)模塊：轉(zhuǎn)錄組學(xué)、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)、表觀基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)和藥物基因組學(xué)。此外，Aging Atlas Consortium 還手動(dòng)管理了一系列與衰老相關(guān)的人類和小鼠基因(GAAA)。GAAA 部分現(xiàn)在包含數(shù)百個(gè)人類和小鼠衰老相關(guān)基因，分為 10 個(gè)“基因集”和相應(yīng)的 KEGG 通路?；蚪M具有成熟的老化特征，包括基因組不穩(wěn)定性、端粒磨損、表觀遺傳改變、蛋白質(zhì)穩(wěn)態(tài)喪失、線粒體功能障礙、營養(yǎng)感知失調(diào)、細(xì)胞間通訊改變、細(xì)胞衰老和干細(xì)胞衰竭。Aging Atlas Consortium 的老年學(xué)**將 GAAA 中的每個(gè)基因都?xì)w因于這些基因集。因此，GAAA 提供了 Aging Atlas 的基準(zhǔn)部分，以幫助用戶更好地解釋這些與衰老相關(guān)的基因的生物學(xué)意義。 乳酸菌是益生菌在嘌呤代謝中發(fā)揮關(guān)鍵作用。XIAP科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)
2）整合單核RNA和ATAC數(shù)據(jù)集，用于預(yù)測(cè)和驗(yàn)證ATAC細(xì)胞類型分配
snATAC-seq捕獲單個(gè)細(xì)胞的染色質(zhì)可及性特征。相對(duì)而言，我們對(duì)細(xì)胞類型特異性染色質(zhì)可及性圖譜的了解較少;因此，我們利用注釋snRNA-seq數(shù)據(jù)集使用標(biāo)簽轉(zhuǎn)移來預(yù)測(cè)使用Seurat的snATAC-seq細(xì)胞類型。標(biāo)簽轉(zhuǎn)移是通過從snATAC-seq數(shù)據(jù)創(chuàng)建一個(gè)基因活性矩陣來進(jìn)行的，這是一種衡量蛋白編碼基因的基因體和啟動(dòng)子內(nèi)染色質(zhì)可及性的方法。在參考snRNA-seq數(shù)據(jù)集和查詢基因活性矩陣之間識(shí)別轉(zhuǎn)移錨點(diǎn)，然后分配預(yù)測(cè)的細(xì)胞類型。snATAC-seq預(yù)測(cè)分?jǐn)?shù)的分布表明，絕大多數(shù)細(xì)胞具有較高的預(yù)測(cè)分?jǐn)?shù)，并被自信地劃分為單細(xì)胞類型(補(bǔ)充圖2)。 上海異丁醇科研發(fā)現(xiàn)乳酸菌上清液降低了尿酸濃度。
為理解TYRO3在抗PD-1/PD-L1耐藥中的機(jī)制作用，從4T1-P、TYRO3-OE、4T1-R和TYRO3–/–細(xì)胞中提取RNA進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組分析。2種耐藥細(xì)胞系Tyro3-OE和4T1-R之間的轉(zhuǎn)錄組學(xué)變化高度相似，變化的重疊百分比較高，表明Tyro3在促進(jìn)**細(xì)胞對(duì)抗PD-1/PD-L1***耐藥中的作用。來自TCGA數(shù)據(jù)庫的黑色素瘤患者TYRO3基因的通路分析也顯示TYRO3表達(dá)與PD-1/PD-L1**免疫***通路呈正相關(guān)，與T細(xì)胞介導(dǎo)的抗**反應(yīng)相關(guān)通路（CTL介導(dǎo)的細(xì)胞凋亡和死亡受體信號(hào)），炎癥反應(yīng)相關(guān)通路（Th1活化、Th2活化、NF-κB信號(hào)）呈負(fù)相關(guān)。HMGB1是一種損傷相關(guān)分子模式分子，由嗜鐵細(xì)胞釋放，我們發(fā)現(xiàn)HMGB1信號(hào)與TYRO3表達(dá)呈負(fù)相關(guān)。以上表明，TYRO3在抗PD-1/PD-L1耐藥中的作用，并表明TYRO3有利于***TME。
4.YTHDC2抑制依賴于SLC7A11的胱氨酸攝取
Xc-系統(tǒng)是一個(gè)胱氨酸/谷氨酸逆向轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，捕獲細(xì)胞外的胱氨酸，用于谷胱甘肽的合成，以交換谷氨酸的釋放。在圖3中，被抑制的Xc-系統(tǒng)功能與YTHDC2受損的胱氨酸攝取有關(guān)，然而YTHDC2如何調(diào)節(jié)Xc-系統(tǒng)依然未知。文獻(xiàn)報(bào)道催化亞基SLC7A11在維持Xc-系統(tǒng)活性方面起著重要作用。作者通過IB和RT-qPCR發(fā)現(xiàn)，SLC7A11蛋白和mRNA水平均受YTHDC2負(fù)調(diào)控(圖4A、B)。在小鼠中，與KPE和KPYΔYTH小鼠相比，KPYWT小鼠的**中SLC7A11表達(dá)下調(diào)(圖4C、D)。這證明YTH結(jié)構(gòu)域是YTHDC2抑制SLC7A11表達(dá)的前提。 英拜提供可靠的技術(shù)咨詢。
在這些MAOIs中，苯乙肼(phenelzine商品名:Nardil)在美國臨床可用。在接下來的研究中，以苯乙肼為**，使用兩種同基因小鼠**模型:B16-OVA黑色素瘤模型和MC38結(jié)腸*模型，研究MAOIs用于**免疫***的可能性。值得注意的是，苯乙肼是一種非選擇性不可逆的MAOI，可抑制MAO-A及其同工酶MAO-B。然而，由于小鼠巨噬細(xì)胞主要表達(dá)MAO-A，而不是MAO-B，因此在這些**模型中，苯乙肼***主要通過抑制MAO-A來調(diào)節(jié)TAM重編程。
首先，研究苯乙肼在B16-OVA**預(yù)防模型中的***潛力（圖5f）。苯乙肼能有效抑制B6 WT小鼠B16-OVA**的生長（圖5g-h）。當(dāng)使用氯膦酸脂質(zhì)體處理敲除小鼠TAM時(shí)，小鼠沒有觀察到**生長的差異（圖5g-h），這表明苯乙肼通過調(diào)節(jié)TAMs來抑制**生長。相應(yīng)地，從苯乙肼處理的小鼠中分離出的TAMs顯示出較低的免疫抑制表型，表現(xiàn)為其免疫抑制標(biāo)記物和特征基因的表達(dá)降低，而免疫刺激標(biāo)志物增加（圖5i-j）。在MC38**中得出類似結(jié)論。 英拜的高通量測(cè)序服務(wù)質(zhì)量。骨質(zhì)疏松癥科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)
**近科研技術(shù)的開發(fā)。XIAP科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)
5.ELNAT1與UBC9啟動(dòng)子形成DNA-RNA三聯(lián)體，通過招募hnRNPA1增強(qiáng)H3K4me3修飾
為了探索ELNAT1誘導(dǎo)BCa淋巴轉(zhuǎn)移的分子機(jī)制，我們使用NGS檢測(cè)過表達(dá)ELNAT1的BCa細(xì)胞和對(duì)照細(xì)胞（Figure5A），由于SUMOylation已經(jīng)被證明可以調(diào)節(jié)特異性RNA的識(shí)別，并參與RNA分選進(jìn)入EVs的過程，因此鑒定ELNAT1的SUMOylation相關(guān)靶基因。在受ELNAT1調(diào)控的925個(gè)基因中，作者發(fā)現(xiàn)UBC9是SUMOylation相關(guān)基因變化*****的（Figure5B-D）。接著通過RNA純化（ChIRP）檢驗(yàn)ELNAT1與UBC9中P1（153~143bp）啟動(dòng)子區(qū)域存在生理相互作用（Figure5E,F）。CD光譜證實(shí)ELNAT1/UBC9TTS1組在270~280nm處有一個(gè)***的正峰，在210nm處有一個(gè)負(fù)峰。 XIAP科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)
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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)