由于MLL1在HoxBlinc過表達(dá)介導(dǎo)的異常造血過程中至關(guān)重要，HSPC中HoxBlinc過表達(dá)可能通過增加MLL1募集來***其靶基因，從而提高H3K4me3占用率，以促進(jìn)增強(qiáng)子/啟動子染色質(zhì)的可及性。為了證實(shí)這一點(diǎn)，使用WT和HoxBlincTg LSK細(xì)胞進(jìn)行了MLL1和H3K4me3 ChIP-seq。ChIP-seq和CHIRP-seq聯(lián)合分析顯示HoxBlinc和MLL1的基因組結(jié)合位點(diǎn)存在高度重疊（圖6e-g）。令人驚訝的是，51.2%的基因HoxBlinc結(jié)合增加顯示MLL1招募增加，其中大部分(31.7%)也顯示H3K4me3占用增加，包括NPM1c+-標(biāo)記基因，如前HoxB、后HoxA、Meis1和Runx1，以及其他造血基因，如Stat1和Cdr2（圖6e-g）。這些數(shù)據(jù)表明，HoxBlinc過表達(dá)通過增加MLL1的募集和隨后H3K4me3占用的增強(qiáng)來介導(dǎo)靶基因的表達(dá)。
總之，本文發(fā)現(xiàn)HOXBLINC過表達(dá)是驅(qū)動白血病發(fā)生的關(guān)鍵事件，通過控制MLL1招募、染色質(zhì)結(jié)構(gòu)域和啟動子的順式和反式表達(dá)，建立異常NPM1c+標(biāo)記基因表達(dá)程序。因此，本研究不僅為HSC和NPM1突變的AML的生物學(xué)提供了分子視角，而且還為NPM1c+ AML的藥物靶點(diǎn)識別創(chuàng)造了獨(dú)特的機(jī)會。 促進(jìn)胰腺*的生長和轉(zhuǎn)移。醫(yī)學(xué)科研服務(wù)科研
四、scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)整合
目前尚無人類胚胎HSPCs的染色質(zhì)可及性圖譜，研究者基于基因體可及性繪制細(xì)胞圖譜來整合scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)。首先使用6種豐富的細(xì)胞類型對scRNA-seq實(shí)驗(yàn)中篩選出的CD34+ CD38- 細(xì)胞進(jìn)行分類，結(jié)果顯示scATAC-seq數(shù)據(jù)集中指定細(xì)胞類型的頻率與scRNA-seq數(shù)據(jù)中的頻率高度一致，這表明染色質(zhì)可及性和轉(zhuǎn)錄組具有相關(guān)性。然而，不同類型的細(xì)胞在整個(gè)軌跡上有相當(dāng)大的混合，如HSCs/MPPs-Cycle***分布在七個(gè)集群中，這表明在HSCs/MPP群體中存在***的染色質(zhì)啟動，從而導(dǎo)致了異質(zhì)性。之后研究者比較了7個(gè)集群中HSCs /MPPs中選定的譜系特異性TF基序的可及性，結(jié)果顯示在轉(zhuǎn)錄同源的HSCs/MPPs集群中，一些先于基因表達(dá)的TFs的活性存在***差異。 ***，研究者進(jìn)一步探索分化過程中染色質(zhì)可及性和基因表達(dá)之間的“時(shí)滯”，結(jié)果顯示在HSCs/MPS中，GATA1-調(diào)節(jié)子靶基因的啟動子在任何明顯基因表達(dá)之前均是開放的，這證實(shí)HSCs/MPP中染色質(zhì)的可及性早于轉(zhuǎn)錄變化。 干細(xì)胞科研整體服務(wù)m6A表達(dá)水平較高的**患者淋巴轉(zhuǎn)移***增加。
為了進(jìn)一步確定過表達(dá)的Caspase-11是否足以加重MCD誘導(dǎo)的NASH，我們給小鼠使用了Caspase-1抑制劑belnacasan。belnacasan******降低MCD***對照組小鼠的脂肪變性評分(圖8H)。相比之下，belnacasan***不影響MCD處理的Caspase-11過表達(dá)小鼠的脂肪變性評分。同樣，belnacasan處理***降低了MCD處理對照組小鼠的腫脹評分(圖8I)、血清ALT(圖8J)、AST(圖8K)和肝臟甘油三酯(圖8L)，而MCD處理過表達(dá)Caspase-11小鼠的這些指標(biāo)沒有明顯影響。綜上所述，過表達(dá)Caspase-11足以促進(jìn)MCD誘導(dǎo)的小鼠脂肪性肝炎的嚴(yán)重程度。
結(jié)論MCD處理后Caspase-11缺陷小鼠的肝損傷、纖維化和炎癥明顯減輕。Caspase-11缺失可改善NASH患者的肝細(xì)胞焦亡。
這與之前的研究結(jié)果一致，即YTHDF1主要調(diào)控基因翻譯。MeRIP-seq鑒定YTHDF1調(diào)控的m6A修飾的轉(zhuǎn)錄本。2365個(gè)轉(zhuǎn)錄本檢測到m6A修飾，主要發(fā)生在mrna中(98%;圖3 e;補(bǔ)充表S7)，優(yōu)先聚集在外顯子(58%;圖3 e)。與其他n6 -甲基腺苷測序結(jié)果一致，m6A峰在30UTR區(qū)域富集(圖3F)，并*被典型GGAC基元檢測(圖3G)。將RIP-seq和MeRIP-seq整合的重疊轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行富集分析，發(fā)現(xiàn)Wnt和Hippo信號通路受到了***影響(圖3H）。假設(shè)YTHDF1抑制通過Hippo或Wnt途徑抑制**生長(圖3I)。英拜專注高通量測序行業(yè)的整體服務(wù)。
三、RIT1及時(shí)調(diào)節(jié)后期進(jìn)入和染色體分離保真度
MAD2和p31conmet調(diào)節(jié)SAC的持續(xù)時(shí)間，反過來，也調(diào)節(jié)有絲分裂的持續(xù)時(shí)間。這促使我們研究RIT1是否通過與MAD2和p31conmet的直接關(guān)聯(lián)來影響SAC。通過RNAi或crispr介導(dǎo)的敲除去除RIT1可延長有絲分裂進(jìn)程(圖3A和S3A S3E)。此外，SAC的藥理抑制挽救了RIT1耗盡的作用，表明RIT1以SAC依賴的方式影響有絲分裂。此外，RIT1的缺失增加了染色體分離錯誤的發(fā)生率(圖3B)，這表明RIT1不僅對有絲分裂的及時(shí)進(jìn)展至關(guān)重要，而且RIT1蛋白水平的失調(diào)也破壞了正常的SAC功能。LZTR1或RIT1M90I表達(dá)的缺失加速了異步生長細(xì)胞的有絲分裂進(jìn)程，這一效應(yīng)依賴于PM釋放RIT1(圖3C、S3H和S3I)。同樣，RIT1 WT或M90I的過表達(dá)部分覆蓋了藥物誘導(dǎo)的SAC反應(yīng)(圖3D和S3J)。RIT1M90I的異位表達(dá)以依賴MAD2-和p31come結(jié)合的方式***增加了有絲分裂錯誤的發(fā)生率，包括滯后染色體和橋接染色體(圖3G和S3O)。因此，我們觀察到在表達(dá)RIT1M90I的細(xì)胞中非整倍體率增加，但在表達(dá)不能結(jié)合MAD2/p31conmet的突變體的細(xì)胞中卻沒有(圖3H和S3P)。這些結(jié)果表明，RIT1水平的增加會導(dǎo)致與MAD2和p31conmet的直接相互作用，從而降低有絲分裂的保真度。 大黃酸能緩解D。SS誘導(dǎo)的小鼠慢性結(jié)腸炎。陽性神經(jīng)元科研省自然科學(xué)基金
降低腸上皮細(xì)胞尿酸的產(chǎn)生。醫(yī)學(xué)科研服務(wù)科研
此外，GFP-INPP4B的表達(dá)在基礎(chǔ)和wnt刺激條件下降低了GSK3β蛋白水平，與GSK3β的增強(qiáng)破壞一致(圖6d)。通過HrsshRNA消耗抑制晚期核內(nèi)體形成后，降低的GSK3β蛋白水平得以恢復(fù)(圖6f,g)。GFP-INPP4B而不是gfp載體細(xì)胞表現(xiàn)出明顯的GSK3β蛋白酶保護(hù)，這與GSK3β向晚期核內(nèi)體轉(zhuǎn)運(yùn)的增強(qiáng)相一致(圖6h)。免疫熒光證實(shí)了這一點(diǎn)，在GFP-INPP4B中觀察到RFP-GSK3與LysoTracker共定位，這是一種積累在晚期核內(nèi)體/溶酶體中的染料，而不是gfp載體細(xì)胞(圖6i)。醫(yī)學(xué)科研服務(wù)科研
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