LINC00941促進PP2A介導的MST1去磷酸化,觸發(fā)Hippo通路
為了闡明LINC00941***Hippo通路的機制,我們首先確定了LINC00941在PDAC細胞中的亞細胞定位。ISH染色結果顯示LINC00941主要定位于PDAC細胞的胞質。此外,通過LINC00941RNA下拉和質譜分析,篩選與LINC00941相互作用的潛在蛋白。結果表明,Hippo途徑的關鍵節(jié)點之一MST1可以與LINC00941互作。免疫印跡數(shù)據(jù)顯示LINC00941可與MST1相互作用。為了進一步證實這種相互作用,我們對PANC-1細胞株進行了RIP實驗。 FMT處理調(diào)節(jié)SCI小鼠的腸道微生物組成。microRNA標書北京
5.藥物抑制NR4A1可促進胰腺*細胞的鐵死亡此前文獻報道NR4A1拮抗劑DIM-C-pPhOH通過抑制NR4A1的反式***活性而誘導細胞凋亡。在本實驗中,熒光報告基因檢測顯示,DIM-C-pPhOH降低了熒光素酶活性,但在NR4A1結合位點(MUT)突變組,熒光素酶活性無明顯差異,這表明DIM-C-pPhOH通過NR4A1抑制SCD1的轉錄。此外,DIM-C-pPhOH還能降低pan-1和SW1990細胞中的SCD1蛋白。同時DIM-C-pPhOH***降低了RSL3在PANC-1和SW1990細胞中的IC50(半比較大抑制濃度)。DIM-C-pPhOH也可增加脂質過氧化水平,而鐵死亡抑制劑Fer-1可在很大程度上逆轉DIM-C-pPhOH引起的脂質過氧化。此外,F(xiàn)er-1、凋亡抑制劑(zVAD)或SCD1活性的終產(chǎn)物(POA,OA)可以部分挽救DIM-C-pPhOH引起的細胞毒性效應。同時在NR4A1沉默細胞中也得到了同樣的趨勢。流式標書深圳circNDUFB2敲低可降低細胞培養(yǎng)上清液中這些細胞因子的水平。
circPLCE1-411與HSP90α/RPS3復合物結合,促進泛素依賴的RPS3降解,抑制NF-κB信號通路
根據(jù)前期研究和相關文獻我們推測circPLCE1-411可能與HSP90α/RPS3復合物結合,調(diào)控NF-κB信號通路,從而抑制CRC的進展。我們在HCT8和DLD1細胞中通過免疫沉淀鑒定了circPLCE1-411和HSP90α/RPS3復合物之間的相互作用(圖5A)。我們發(fā)現(xiàn)RPS3蛋白水平隨著circPLCE1-411表達的增加而***降低(圖5B,上)。然而,RPS3mRNA水平的豐度并沒有隨著circPLCE1-411表達的增加而改變(圖5B,底部)。這提示circPLCE1-411可能通過轉錄后機制調(diào)控RPS3。經(jīng)蛋白合成抑制劑環(huán)己亞胺CHX處理后,與對照組相比,HCT8和DLD1細胞中RPS3蛋白降解更快,circPLCE1-411表達增加(圖5C)。此蛋白酶體抑制劑MG132的作用減弱了circPLCE1-411對RPS3蛋白水平的影響(圖5D)。circPLCE1過表達的細胞中RPS3泛素化水平升高。
circPDE3B在ESCC組織和細胞系中表達上調(diào)
我們使用circRNA微陣列分析了三對ESCC組織樣本來研究ESCC組織的circRNA表達譜。與匹配的非**組織相比,ESCC組織中hsa_circ_0000277(也稱為circPDE3B)的表達***增加。將PDE3BmRNA序列與來自circBase的預期circPDE3B序列進行比較,發(fā)現(xiàn)circPDE3B是環(huán)狀的,包含其親本基因的2-4外顯子。我們使用Sanger測序來確認頭尾拼接。RT-PCR表明circPDE3B只能在cDNA中擴增,而不能在gDNA中擴增。我們使用RNaseR來確認circPDE3B的穩(wěn)定性。RNaseR***降低PDE3B線性形式的水平,但不消化circPDE3B。對放線菌素D的抗性也證實了circPDE3B的環(huán)狀結構。接下來,我們通過qRT-PCR研究circPDE3B在ESCC細胞株中的表達。circPDE3B在ESCC細胞系中表達上調(diào)。此外,qRT-PCR檢測到92對ESCC樣本中circPDE3B的表達高于相鄰正常樣本。原位雜交(ISH)也證實circPDE3B表達升高。因此,我們隨后的實驗聚焦于circPDE3B在ESCC進展中的作用。 circRNAs在腎細胞*(RCC)中的表達模式和生物學功能.
4)Pex來源的CD44v6對于HSCs的***是必要的,但不是充分的
我們之前的研究揭示了CD44v6參與調(diào)控PDAC細胞的IGF-1通路。因此,我們首先驗證了CD44v6在外泌體中的表達,發(fā)現(xiàn)CD44v6在Pex中的表達水平明顯高于Npex(圖5A)。為了研究CD44v6是否能夠被傳遞到受體細胞中,我們采用蛋白合成抑制劑環(huán)己酰亞胺檢測加入Pex后CD44v6的蛋白水平。westernblot分析顯示,加入Pex后,HSCs中CD44v6的表達水平明顯增加(圖5B)。與Npex-孵育的細胞相比,CD44v6的表達水平保持不變(圖5B)。我們還進行了免疫熒光分析,檢測出HSC膜中CD44v6與Pan-cadherin共定位(圖5C)。這些結果表明,Pex可將CD44v6輸送到HSC膜。此外,westernblot檢測表明,敲除CD44v6或使用抗CD44v6抗體的Pex強烈減弱了Pex誘導的IGF-1信號通路的***(圖5D)。同時,在CD44v6-kdPex或CD44v6抗體的作用下,Pex誘導的HSC活化(圖5E,F(xiàn))、ECM重塑(圖5G)的積極作用***減少。為了闡明CD44v6在Pex誘導的HSC***中的作用,我們進一步研究了過表達CD44v6在HSC中是否與Pex具有同樣的***HSC的作用。然而,過表達CD44v6并沒有像預期的那樣提高α-SMA的表達(圖5H)。這些結果表明,CD44v6在Pex誘導的HSC***中發(fā)揮了重要作用。 PCOS大鼠大部分血清代謝物的豐度與對照組大鼠完全不同.流式標書服務兩年
circRNAs在**的發(fā)展和進展中發(fā)揮著重要的調(diào)控作用.microRNA標書北京
表達PTENWT的細胞,在雙胸苷激酶阻斷和輻射釋放后被阻滯在S期,表現(xiàn)出低水平的CDK2磷酸化(圖5A)。相反,經(jīng)過相同處理的PTEN-398A細胞有更高水平的磷酸化CDK2(圖5A),這與DNA損傷檢查點的缺陷***一致。與PTEN-WT細胞相比,PTEN-398細胞中磷酸化的AKT和磷酸化的p27Kip1水平更高(圖5B)。雖然p27Kip1與CDK2和CyclinE在照射過的PTEN-WT細胞中有效地共免疫沉淀,但在PTEN-398A細胞中這些相互作用減弱(圖5C,D)。與我們在MCF10A細胞中觀察到的結果一致,免疫印跡分析顯示PTEN398A/398A裂解物中磷酸化的AKT和磷酸化的p27Kip1水平更高;MMTVNeu**與Pten+/+;MMTVNeu對應**進行比較(圖5E-H)。總之,抑制ATM對PTEN的磷酸化增加了DNA損傷后AKT和p27Kip1的***,反過來有利于CDK2/CyclinE復合物的活性,并驅動細胞周期進程。microRNA標書北京
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4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,F(xiàn)ISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗