通過circMYH9驗(yàn)證了某些蛋白質(zhì)是否參與調(diào)節(jié)p53前mRNA的穩(wěn)定性。ChIP結(jié)合MS用于鑒定circMYH9的結(jié)合蛋白，在此過程中鑒定了42種蛋白質(zhì)，包括 hnRNPA2B1。為了驗(yàn)證MS結(jié)果，進(jìn)行了RIP測(cè)定并觀察到circMYH9在由hnRNPA2B1抗體沉淀的復(fù)合物中的富集。hnRNPA2B1和circMYH9之間的相互作用被非生物素化的 circMYH9 以劑量依賴性方式競(jìng)爭(zhēng)性抑制。免疫熒光共定位分析顯示 circMYH9 和 hnRNPB2A1 共定位在 CRC 細(xì)胞的細(xì)胞核中、皮爾遜相關(guān)分析（Rx）和相關(guān)系數(shù)分析（R）顯示顯示高度相關(guān)。英拜有一支高精尖的團(tuán)隊(duì)。武漢斷鏈脂肪酸科研
MAD2和p31conmet調(diào)節(jié)SAC的持續(xù)時(shí)間，反過來(lái)，也調(diào)節(jié)有絲分裂的持續(xù)時(shí)間。這促使我們研究RIT1是否通過與MAD2和p31conmet的直接關(guān)聯(lián)來(lái)影響SAC。通過RNAi或crispr介導(dǎo)的敲除去除RIT1可延長(zhǎng)有絲分裂進(jìn)程(圖3A和S3A S3E)。此外，SAC的藥理抑制挽救了RIT1耗盡的作用，表明RIT1以SAC依賴的方式影響有絲分裂。此外，RIT1的缺失增加了染色體分離錯(cuò)誤的發(fā)生率(圖3B)，這表明RIT1不僅對(duì)有絲分裂的及時(shí)進(jìn)展至關(guān)重要，而且RIT1蛋白水平的失調(diào)也破壞了正常的SAC功能。LZTR1或RIT1M90I表達(dá)的缺失加速了異步生長(zhǎng)細(xì)胞的有絲分裂進(jìn)程，這一效應(yīng)依賴于PM釋放RIT1(圖3C、S3H和S3I)。同樣，RIT1 WT或M90I的過表達(dá)部分覆蓋了藥物誘導(dǎo)的SAC反應(yīng)(圖3D和S3J)。RIT1M90I的異位表達(dá)以依賴MAD2-和p31come結(jié)合的方式***增加了有絲分裂錯(cuò)誤的發(fā)生率，包括滯后染色體和橋接染色體(圖3G和S3O)。因此，我們觀察到在表達(dá)RIT1M90I的細(xì)胞中非整倍體率增加，但在表達(dá)不能結(jié)合MAD2/p31conmet的突變體的細(xì)胞中卻沒有(圖3H和S3P)。這些結(jié)果表明，RIT1水平的增加會(huì)導(dǎo)致與MAD2和p31conmet的直接相互作用，從而降低有絲分裂的保真度。組織損傷科研國(guó)家自然科學(xué)基金專注于生命科學(xué)內(nèi)的前沿研究。
CircMYH9通過p53介導(dǎo)的PHGDH上調(diào)促進(jìn)SG代謝
為了深入了解circMYH9促進(jìn)結(jié)直腸**發(fā)生的分子機(jī)制，在對(duì)照和敲除circMYH9的HCT116細(xì)胞中進(jìn)行了RNA-seq，并鑒定了差異表達(dá)的基因。CircMYH9缺失導(dǎo)致893個(gè)基因的上調(diào)和1650個(gè)基因的下調(diào)。然后，使用基因本體（GO）分析和GSEA分析進(jìn)行功能富集分析。前20個(gè)GO術(shù)語(yǔ)顯示包括甘氨酸、絲氨酸和蘇氨酸代謝和p53信號(hào)通路。GSEA結(jié)果顯示差異表達(dá)的基因集與SG代謝和p53通路顯著相關(guān)。沉默或過表達(dá)circMYH9，發(fā)現(xiàn)它正調(diào)節(jié)SG生物合成途徑基因（PHGDH、PSAT1、PSPH和SHMT2）的表達(dá)。circMYH9的沉默或過表達(dá)幾乎不會(huì)改變中性氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白SLC1A4的水平，表明circMYH9不能影響SG的攝取。在培養(yǎng)的***一個(gè)小時(shí)，將表達(dá)對(duì)照或circMYH9-shRNA的HCT116細(xì)胞和表達(dá)載體或circMYH9質(zhì)粒的LoVo細(xì)胞與均勻標(biāo)記的[U-13C]葡萄糖一起溫育，并通過液相色譜-質(zhì)譜法檢測(cè)。結(jié)果顯示，與對(duì)照細(xì)胞相比，shRNA轉(zhuǎn)染的HCT116細(xì)胞中的SG顯著降低，而過表達(dá)circMYH9的LoVo細(xì)胞中的SG相對(duì)于載體細(xì)胞顯著增加。
一、NPM1突變的AML聚集成兩個(gè)不同的組
為了在391個(gè)npm1突變的AML樣本中定義一致的分子亞型，我們使用CoINcIDE12框架應(yīng)用元聚類方法。我們的元聚類分析顯示在我們的數(shù)據(jù)概要中有兩個(gè)穩(wěn)健的亞型(圖1A和補(bǔ)充圖1和2)。接下來(lái)，我們使用PERT算法13來(lái)闡明每個(gè)聚類中AML樣本的細(xì)胞組成。我們發(fā)現(xiàn)有一簇干細(xì)胞***富集，因此被標(biāo)記為原始。與此相反，另一簇與髓系和造血分化相關(guān)的基因表達(dá)豐富，因此我們將其標(biāo)記為committed亞型(圖1B)。兩個(gè)組在年齡、核型和白細(xì)胞計(jì)數(shù)等臨床病理參數(shù)方面沒有差異(卡方檢驗(yàn)假發(fā)現(xiàn)率[FDR] >5%;補(bǔ)充表2 5)。確定關(guān)鍵驅(qū)動(dòng)突變?cè)谠己蚦ommitted亞型中的分布(圖1C，補(bǔ)充討論中的亞型和突變部分和補(bǔ)充表6 17)。盡管亞型中富含某些突變(原始組的FLT3-ITD和承諾組的DNMT3A)，驅(qū)動(dòng)突變的遺傳改變對(duì)原始和committed亞型的預(yù)測(cè)較差(補(bǔ)充圖3 16和補(bǔ)充討論)，基因突變和亞型之間的Matthews相關(guān)系數(shù)(MCC)較低(FLT3-ITD的MCC = 0.32, DNMT3A的MCC = 0.16;在precision-recall曲線(AUPRC = 0.62)值下，突變與亞型之間的多變量分析得到一個(gè)薄弱區(qū)域(Supplementary Fig. 7)。 思路是您的操作我們來(lái)做。
抑制PARP以p53依賴的方式抑制SLC7A11的表達(dá)
為了探討抑制PARP促進(jìn)ferroptosis的機(jī)制，通過基因集富集分析(GSEA)評(píng)估TCGA卵巢*數(shù)據(jù)庫(kù)中PARP1調(diào)控基因富集的ferroptosis相關(guān)生物學(xué)過程。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，在PARP1調(diào)控的基因中，氨基酸跨質(zhì)膜運(yùn)輸和溶質(zhì)載體(SLC)介導(dǎo)的跨膜運(yùn)輸?shù)然驑?biāo)記***富集。這兩個(gè)基因集的整合鑒定出38個(gè)基因，這些基因促進(jìn)谷胱甘肽(GSH)生物合成，抑制脂質(zhì)過氧化和ferroptosis，并發(fā)現(xiàn)PARP1和SLC7A11在卵巢*組織中的表達(dá)均明顯高于正常卵巢組織。進(jìn)一步Pearson相關(guān)系數(shù)分析發(fā)現(xiàn)PARP1與SLC7A11在卵巢*及正常組織中的表達(dá)水平呈正相關(guān)。另外，PARP1還與一些其他的ferroptosis保護(hù)劑相關(guān)，如卵巢*中的AIFM2(也稱為FSP1)、CBS和HSPB1。在PARP抑制下，與鐵蛋白相關(guān)基因表達(dá)沒有***變化。與mRNA表達(dá)一致的是，在HEY和A2780細(xì)胞中，奧拉帕尼***降低了SLC7A11蛋白水平。同時(shí)，奧拉帕尼***上調(diào)了p53的表達(dá)，而沒有***影響其他SLC7A11調(diào)控因子的水平，如BAP1和ATF3。NRF2是促進(jìn)SLC7A11轉(zhuǎn)錄的轉(zhuǎn)錄因子，由于奧拉帕尼處理引起的脅迫而上調(diào)。進(jìn)一步富集途徑分析顯示PARP1與p53降解***正相關(guān)。 英拜生物擁有一支高精尖的技術(shù)豐富的技術(shù)團(tuán)隊(duì)。發(fā)育芯片科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)
N6甲基腺苷（m6A）是一種常見的真核細(xì)胞mRNA修飾。武漢斷鏈脂肪酸科研
環(huán)狀RNA（circRNA）是動(dòng)植物中一類豐富且保守的RNA。**近的研究表明，circRNA可以通過充當(dāng)非編碼RNA或編碼RNA發(fā)揮多種生物學(xué)作用。體外合成的circRNA可以不依賴于帽的方式進(jìn)行翻譯。但鑒定circRNA編碼的蛋白質(zhì)是困難的，主要是因?yàn)閏ircRNA序列及其宿主基因的同源線性mRNA具有較大的重疊。近期NucleicAcidsResearch雜志在線發(fā)表了題名為：TransCirc:aninteractivedatabasefortranslatablecircularRNAsbasedonmulti-omicsevidence的文章，該文章主要講述了circRNA翻譯預(yù)測(cè)和分析的數(shù)據(jù)庫(kù)——TransCirc。武漢斷鏈脂肪酸科研
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)