miR-335-5p在來源于轉(zhuǎn)移性CRC細胞的外泌體中高表達
作者進行miRNA測序以確定SW480-exo或SW620-exo中的miRNA表達譜。結(jié)果發(fā)現(xiàn)SW480-exo和SW620-exo具有顯著不同的miRNA表達譜，并確定了77個miRNA的倍數(shù)變化大于5。通過定量PCR，證實miR-335-5p在SW620-exo中的表達比在SW480-exo中更高。并使用來自TCGA數(shù)據(jù)庫的miRNA和mRNA表達數(shù)據(jù)，證實了CRC中的miR-335-5p相對于正常樣本顯著升高，以及miR-335-5p高表達的病例的總體存活率較低。為了探索miR-335-5p在CRC中的功能，作者對miR-335-5p高或低表達的CRC樣本中表達的基因進行了基因集富集分析(GSEA)分析。確定了兩種生物學途徑的顯著富集：Ras蛋白信號轉(zhuǎn)導和Ras蛋白信號轉(zhuǎn)導的調(diào)節(jié)。這些結(jié)果表明SW620外泌體具有較高水平的miR-335-5p，miR-335-5p在CRC中的功能可能與Ras信號通路的***有關(guān)。 PCOS大鼠血清水蘇糖水平升高。纖維化標書深圳
為了使細胞在G1/S檢查點同步，我們對它們施加雙胸腺嘧啶脈沖。這種處理有效地抑制了PTEN-WT和PTEN-398A細胞在G1/S邊界(圖4B)。然后在正常生長培養(yǎng)基中釋放細胞，在S期進展期間用IR處理，6小時后收集細胞，用流式細胞術(shù)分析細胞周期分布(實驗方案見補充圖7A)。大部分PTEN-WT細胞被阻滯在s期，而PTEN-398A細胞未能阻滯細胞周期，而是發(fā)展到G2/M期(圖4C)。通過測定表達磷酸化組蛋白H3(Ser10)的細胞比例，證實了這一觀察結(jié)果。磷酸化組蛋白H3(Ser10)標志著細胞處于有絲分裂階段。(圖4d)。焦亡標書地區(qū)科學基金間接量熱法測定平均呼吸交換商（RQ值）在SCI + FMT組恢復(fù)正常。
五、gata1調(diào)控靶基因的染色質(zhì)可及性及表達動態(tài)
檢測了pySCENIC鑒定的**頂層gata1調(diào)控靶基因的scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)(根據(jù)AUCell評分排序)(圖5)。
我們觀察了兩個基因啟動子(距轉(zhuǎn)錄起始位點3kb[TSS])和遠端調(diào)控區(qū)域(距TSS50kb)的可及性，以及沿MEMP分化軌跡所選靶基因的表達水平(圖5A)。我們觀察到，在造血干細胞/mpp中，gata1調(diào)控靶基因的啟動子在任何明顯的基因表達之前通常是開放的(圖5A)。因此，與我們之前的觀察一致，造血干細胞/mpp的染色質(zhì)可及性發(fā)生在*存在于分化程度更高的細胞中的轉(zhuǎn)錄變化之前。有趣的是，與第1類(hsc/MPPs)相比，第6類(MEMPs)中GATA1靶基因的啟動子可及性總體較低(圖5B、5D和5E)，與拮抗基因(即針對不同譜系的基因)的啟動子共可及性較低相吻合(圖5F)。相比之下，簇6中遠端調(diào)控元件/增強子的可及性高于簇1(圖5C)。這可能表明gata調(diào)控基因可能在啟動子上啟動，而增強子則提供細胞類型特異性的表達。
轉(zhuǎn)移是*細胞擴散到遠端部位的過程，約占**死亡率的90%。據(jù)報道，轉(zhuǎn)移起始**細胞顯示了基本的內(nèi)在特征，如細胞可塑性、遷移和侵襲能力增強、抗凋亡和免疫編輯。此外，原發(fā)性**可以釋放細胞因子、生長因子和其他蛋白質(zhì)因子，這些因子能夠為循環(huán)*細胞的到來啟動遠處組織，從而創(chuàng)造一個能夠支持轉(zhuǎn)移性生長的轉(zhuǎn)移前生態(tài)位。*細胞分泌囊泡，特別是外泌體，是已知的轉(zhuǎn)移前生態(tài)位形成的基本介質(zhì)。**細胞分泌的外泌體顯著促進細胞間通訊和隨后的**微環(huán)境重新編程。***我們講一篇關(guān)于**外泌體分布吸收重塑免疫微環(huán)境的文章，該文章題名為Tumormicroenvironmentalcytokinesboundtocancerexosomesdetermineuptakebycytokinereceptor-expressingcellsandbiodistribution（IF=14.9），發(fā)表在NatureCommunications期刊。FMT可能通過***IL-1β/ NF-κB信號通路來緩解神經(jīng)炎癥。
為了研究 circRNA 在 BC發(fā)展中的功能，利用芯片分析檢測了4對BC組織和*旁組織中circRNA表達特征。共發(fā)現(xiàn)85個***差異表達的circRNAs， 63 個上調(diào)和22個下調(diào)circRNAs。熱圖顯示了14個上調(diào)的circRNA，其中circACTN4是失調(diào)**嚴重的一個，差異高達10倍。根據(jù)circBase數(shù)據(jù)庫發(fā)現(xiàn)circACTN4來自位于人類19號染色體上的ACTN4基因，產(chǎn)生于ACTN4外顯子2至外顯子7（共571bp），通過 Sanger 測序驗證了反向剪接連接點。為了驗證circACTN4的環(huán)形結(jié)構(gòu)，使用聚斂引物和發(fā)散引物擴增環(huán)狀 circACTN4 和線性 ACTN4。通過FISH和核質(zhì)分離PCR觀察到circACTN4主要位于BC細胞的細胞核中， circACTN4在*組織中的表達高于*旁組織。，放線菌素D處理后的 qRT-PCR 和 RT-PCR 分析表明，circACTN4 在指定的時間點具有抗性。隨后，生物信息學預(yù)測上游轉(zhuǎn)錄因子2(USF2)可能與ACTN4的啟動子結(jié)合。因此，構(gòu)建了攜帶全長野生型和突變型ACTN4啟動子的熒光素酶報告基因載體，結(jié)果表明USF2增強了熒光素酶野生型熒光素酶報告基因的活性。肺*是**常診斷的**之一也是大多數(shù)國家**死亡的主要原因。上海自噬標書
體外實驗證實circNDUFB2過表達******NSCLC細胞的增殖遷移和侵襲.纖維化標書深圳
三、在體內(nèi)，tbi介導的NCT缺陷和致死率被核輸出抑制劑抑制
為了確定TBI是否會損害體內(nèi)的核質(zhì)運輸，我們在果蠅運動神經(jīng)元中過表達了一個帶有核定位序列(NLS)和核輸出序列(NES)標記的GFP蛋白(OK371-gal4)。在表達nlsnes -GFP的大腦中，GFP信號分布在細胞核和細胞質(zhì)中(圖3A)。然而，定量分析顯示，在nls - nes -GFP表達的vnc暴露于TBI中，核GFP信號減少的細胞百分比***增加，而核GFP強度***降低(圖3B和C)，說明GFP核進口受到抑制和/或GFP核出口增加。接下來，我們在運動神經(jīng)元中表達了一種用NLS和突變的NES (ΔNES)標記的沒有核輸出活性的GFP蛋白。表達NLS的非創(chuàng)傷性腦損傷動物的腦細胞-ΔNES-GFP顯示了GFP在細胞核的強大定位(圖3A)，而創(chuàng)傷性腦損傷動物的vnc顯示了核GFP減少的細胞數(shù)量***增加，核GFP強度降低((圖3B和C)。果蠅幼蟲暴露于TBI，并在DMSO單獨、KPT-350(0.05、0.1或0.5 mM)或KPT-276(50、200或1000 nM)上飼養(yǎng)。對經(jīng)歷過TBI的果蠅幼蟲的羽化試驗顯示，KPT-350處理的動物(圖3D)或KPT-276處理的動物(圖3E)具有***的劑量依賴性的致死抑制。kpt -350處理的果蠅核GFP信號***高于dmso處理的對照組(圖3G）。 纖維化標書深圳
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1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎(chǔ)
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗