結(jié)果1）AKI伴有明顯的脂質(zhì)積累，并與腎損傷的嚴(yán)重程度高度正相關(guān)
根據(jù)脂質(zhì)代謝組學(xué)分析結(jié)果，我們發(fā)現(xiàn)AKI組織中各類甘油三酯(TGs)含量***增加(圖1A)?？紤]到AKI中的脂質(zhì)積累，我們進(jìn)行實(shí)驗(yàn)來確定其臨床意義。我們對不同嚴(yán)重程度的AKI動物標(biāo)本進(jìn)行油紅O染色。結(jié)果顯示，隨著疾病進(jìn)展的延長，小鼠腎組織脂質(zhì)沉積逐漸增加(圖1B)。在體外也發(fā)現(xiàn)了類似的結(jié)果，即隨著細(xì)胞損傷的嚴(yán)重程度，脂質(zhì)積累的程度增加(圖1C)。這些結(jié)果說明AKI中的脂質(zhì)積累與疾病的嚴(yán)重程度呈正相關(guān)。 文章檢測了小鼠腸系膜淋巴結(jié)(MLN)中的Th17細(xì)胞（與結(jié)腸炎癥密切相關(guān)）。遼寧克羅恩病科研
二、偽時(shí)間軌跡，染色質(zhì)可及性和基因表達(dá)分析揭示Flow-Dependent內(nèi)皮細(xì)胞重新編程
我們的分析明確了3種主要的分化細(xì)胞類型:(1)ec，(2)免疫細(xì)胞(巨噬細(xì)胞，樹突狀細(xì)胞和T細(xì)胞)，以及(3)SMCs和纖維細(xì)胞(圖3A)。此外，在每一細(xì)胞類型走向的軌跡路徑上，還有許多其他細(xì)胞出現(xiàn)，表明它們響應(yīng)d-flow的過渡性去分化狀態(tài)。為了更好地理解軌跡結(jié)果，我們將分析分為四種實(shí)驗(yàn)條件(圖3B)。在s-flow條件下(2D-R和2W-R)，大部分細(xì)胞分化良好，少數(shù)細(xì)胞處于過渡狀態(tài)。相反，d-flow條件誘導(dǎo)許多ec進(jìn)入過渡狀態(tài)，潛在地向smc和纖維轉(zhuǎn)化分化，表明EndMT。令人驚訝的是，我們還發(fā)現(xiàn)許多ec在急性d-flow條件下(2D-L)向免疫細(xì)胞轉(zhuǎn)移，在慢性d-flow條件下(2W-L)進(jìn)一步增加。 上皮間充質(zhì)轉(zhuǎn)化科研實(shí)驗(yàn)外包巨噬細(xì)胞表型協(xié)調(diào)急性胰腺炎損傷后的炎癥和修復(fù)再生。
一、LC3陽性囊泡在質(zhì)膜損傷后在修復(fù)部位積聚
用激光照射*細(xì)胞MCF7，致使細(xì)胞膜上形成小孔。使用膜不可滲透的FM1-43染料測量膜完整性，發(fā)現(xiàn)在Ca2+存在下，細(xì)胞能夠在20到30s內(nèi)修復(fù)它們的質(zhì)膜(Fig.1,AandB,left)；在缺乏Ca2+的培養(yǎng)基中受損的細(xì)胞無法修復(fù)并繼續(xù)吸收細(xì)胞不可滲透的染料(Fig.1B,right)。使用穩(wěn)定表達(dá)融合蛋白增強(qiáng)型綠色熒光蛋白(eGFP)-LC3的MCF7細(xì)胞研究激光照射后自噬是否參與該過程，結(jié)果顯示，LC3陽性點(diǎn)在損傷后大約8-10min開始在修復(fù)部位形成（Fig.1C）；在未損傷區(qū)域中LC3陽性點(diǎn)未增加（Fig.1D）；LC3依賴于ATG7（Fig.1E-H）。
MB患者血漿來源的外泌體中miR-101-3p和miR-423-5p水平上調(diào)，這些miRNA可通過外泌體轉(zhuǎn)移到**細(xì)胞中
在初步篩選中，使用超離心法從MB患者和健康對照組的血漿中分離出外泌體。通過透射電子顯微鏡分析分離出的外泌體，確定外泌體的平均大小和形態(tài)，顯示出典型的直徑<150nm的雙層球形結(jié)構(gòu)。為了進(jìn)一步驗(yàn)證我們的外泌體制劑，我們通過westernblot檢測了外泌體標(biāo)志物CD9、CD63和GM130的表達(dá)。分離的顆粒外泌體**蛋白標(biāo)記CD9和CD63陽性，GM130陰性。此外，我們通過miRNA-seq研究了血漿外泌體的miRNA表達(dá)譜。我們發(fā)現(xiàn)與健康對照組相比，MB患者中有35個(gè)miRNA上調(diào)，5個(gè)miRNA下調(diào)。 外泌體miR-934誘導(dǎo)巨噬細(xì)胞M2極化促進(jìn)CRC肝轉(zhuǎn)移。
于是，在APP/PS1小鼠中先通過RNApull-down，再用質(zhì)譜(MS)分析來尋找潛在的與CircCwc27相互作用的蛋白，CircCwc27連接探針共拉下154個(gè)蛋白。GO富集分析表明，這些蛋白大部分與RNA結(jié)合相關(guān)。根據(jù)RBPDB數(shù)據(jù)庫進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)這154個(gè)蛋白中有85個(gè)是RNA結(jié)合蛋白（RBP），篩選5個(gè)肽數(shù)比較大的RBP進(jìn)行進(jìn)一步研究。RIP實(shí)驗(yàn)表明，CircCwc27能被Pur-α和HNRNPK抗體拉下。此外，與轉(zhuǎn)染CircMock的細(xì)胞相比，轉(zhuǎn)染CircCwc27的細(xì)胞中，Pur-α和HNRNPK能夠***拉下更高水平CircCwc27。RIP實(shí)驗(yàn)表明Pur-α對CircCwc27具有比較大的結(jié)合能力，這與質(zhì)譜結(jié)果一致(Pur-α在所有被CircCwc27拉下的蛋白中顯示出**多的肽數(shù))，表明Pur-α介導(dǎo)CircCwc27功能，對CircCwc27具有重要的作用。RNA下拉結(jié)果也驗(yàn)證了CircCwc27與Pur-α的直接相互作用。于是，進(jìn)一步進(jìn)行CircCwc27和Pur-α之間的內(nèi)源性共定位。大黃酸可以改變腸道菌群組成。丙酸科研服務(wù)兩年
大黃酸處理對正常組沒有任何明顯的副作用或促炎反應(yīng)。遼寧克羅恩病科研
YTHDC2調(diào)節(jié)SLC7A11 mRNA的穩(wěn)定性(圖5A-D)，而控制RNA衰減是m6A甲基化的重要功能之一。作者先驗(yàn)證METTL3刺激m6A的能力(圖5E、F)。在H1975細(xì)胞中敲降METTL3延長了SLC7A11 mRNA的半衰期，而在H1299細(xì)胞中過表達(dá)METTL3則加速了SLC7A11 mRNA的降解(圖5G)。此外，H1299細(xì)胞中降低METTL3表達(dá)阻斷了YTHDC2，從而減緩SLC7A11 mRNA的衰減，刺激胱氨酸攝取并減弱脂質(zhì)活性氧(ROS)的生成(圖5H-J)，這表明YTHDC2在LUAD細(xì)胞中的作用是依賴m6A。
6.YTHDC2傾向于相互作用并使m6A甲基化的SLC7A11mRNA不穩(wěn)定
為了揭示SLC7A11mRNA中潛在的m6A甲基化位點(diǎn)，在H1975細(xì)胞中METTL3敲除前后分別進(jìn)行了MeRIP-seq研究。在H1975細(xì)胞中，無論是否敲除METTL3,GGACmotif都高度富集于m6A位點(diǎn)(圖6A)。m6A峰在mRNA停止密碼子附近的3’非翻譯區(qū)(3’UTR)尤為豐富(圖6B)。為了進(jìn)一步證實(shí)SLC7A11mRNA的m6A依賴性修飾，我們進(jìn)行MeRIP-qPCR。在H1975細(xì)胞中，敲除METTL3后，SLC7A11mRNA中的m6A修飾明顯減少，特別是在假定的m6A位點(diǎn)周圍。相反，當(dāng)METTL3在H1299細(xì)胞中過表達(dá)時(shí)，觀察到相反的結(jié)果(圖6C)。 遼寧克羅恩病科研
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