急性髓系白血病(AML)的靶向***的實(shí)施一直具有挑戰(zhàn)性。FTO是一種m6A去甲基酶，作為一種致*基因，促進(jìn)白血病*基因介導(dǎo)的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和白血病發(fā)生。因此為大家介紹于2021年3月發(fā)表于影響因子為8.579的Theranostics上文章“Saikosaponin D exhibits anti-leukemic activity by targeting FTO/m6A signaling”。在這里，我們研究了Saikosaponin-d (SsD)在AML中***的抗增殖作用中的作用，并通過靶向SsD的FTO來評(píng)估m(xù)6A去甲基化活性。SsD在體外和體內(nèi)均能***抑制AML細(xì)胞增殖，促進(jìn)細(xì)胞凋亡和細(xì)胞周期阻滯。機(jī)制上，SsD直接靶向FTO，從而增加了m6A RNA的甲基化，降低了下游基因轉(zhuǎn)錄本的穩(wěn)定性，導(dǎo)致相關(guān)通路的抑制。重要的是，SsD還克服了FTO/m6A介導(dǎo)的白血病對(duì)酪氨酸激酶抑制劑的耐藥性?？傊?，F(xiàn)TO依賴的m6A RNA甲基化介導(dǎo)了SsD的抗白血病作用，使SsD成為一種***白血病的藥物。英拜是您身邊的科研小助手。上海陽性染色科研
在整個(gè)細(xì)胞群中，2D-R和2W-R樣本之間沒有明顯的差異，這表明暴露在s-flow條件下2天或2周的細(xì)胞基本沒有變化。S-flow條件下(2D-R和2W-R)很少發(fā)現(xiàn)SMC，而急性d-flow條件下(2D-L)SMC數(shù)量增加至2.3%，慢性d-flow條件下(2W-L)SMC數(shù)量進(jìn)一步增加至18.2%。四種情況下都有成纖維細(xì)胞，其中在急性d-flow情況下**多(2D-L時(shí)為17%)(圖1D)對(duì)2D-R、2D-L、2W-R、2W-L4個(gè)樣本的序列reads使用R軟件包進(jìn)行分析。UMAP分析將總核群劃分為13個(gè)細(xì)胞群，它們以流量和時(shí)間依賴的方式分布(圖1E和1F)。通過Signac將scATAC-seq數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為基因活性指數(shù)，并使用上述scRNA-seq研究中描述的相同標(biāo)記基因確定細(xì)胞身份。在13個(gè)簇中，8個(gè)是內(nèi)皮簇(E1E8)，其次是SMCs、Fibro、巨噬細(xì)胞、dc、T細(xì)胞和未定義(ND)(圖1G)。葡萄糖科研實(shí)驗(yàn)可參觀乳酸菌是益生菌在嘌呤代謝中發(fā)揮關(guān)鍵作用。
與CD44v6敲低實(shí)驗(yàn)的結(jié)果相似，敲低Pex中的C1QBP在很大程度上抑制了α-SMA表達(dá)(圖6H)。過表達(dá)C1QBP并沒有上調(diào)α-SMA的表達(dá)(圖6I)。同時(shí)過表達(dá)CD44v6和C1QBP***增加了α-SMA的表達(dá)(圖6I)。與我們的體外研究一致，敲除Pex中的CD44v6或C1QBP逆轉(zhuǎn)了Pex誘導(dǎo)的HSC***、肝臟剛度增加和肝臟ECM重塑的作用(圖6J-L)。脾內(nèi)注射肝轉(zhuǎn)移模型(圖6M)顯示，與Pex組相比，注射了CD44v6-kd或C1QBP-kd的Pex組小鼠的肝轉(zhuǎn)移減少。這些結(jié)果表明，Pex衍生的CD44v6/C1QBP復(fù)合物介導(dǎo)了Pex對(duì)肝纖維化和PDAC肝轉(zhuǎn)移的積極作用。
3）FTO是SsD的直接靶點(diǎn)
基于基因芯片數(shù)據(jù)，SsD介導(dǎo)的白血病發(fā)生抑制主要是由于m6A通路，我們假設(shè)SsD可能調(diào)節(jié)白血病m6ARNA甲基化。我們確定了FTO在白血病發(fā)生中起作用。為了驗(yàn)證SsD與FTO的直接結(jié)合，我們首先基于已發(fā)表的FTO晶體結(jié)構(gòu)進(jìn)行分子對(duì)接分析。SsD的比較好結(jié)合位點(diǎn)表現(xiàn)出與底物結(jié)合位點(diǎn)互補(bǔ)的特殊形狀，占據(jù)了整個(gè)結(jié)合口袋(圖3A-B)。4個(gè)氨基酸殘基(R96,K216,E234,R332)參與了與SsD的相互作用(圖3C)，在抑制FTO活性方面發(fā)揮了關(guān)鍵作用。在NB4和Kas-1AML細(xì)胞中，SsD與FTO蛋白的結(jié)合導(dǎo)致了明顯的熱轉(zhuǎn)移，表明對(duì)熱降解有保護(hù)作用(圖3D)。接著，我們利用NMR進(jìn)一步研究了FTO和SsD之間的相互作用，在滴定過程中觀察到信號(hào)的劑量依賴性衰減(圖3E)。這些結(jié)果表明，F(xiàn)TO干擾了SsD的狀態(tài)。接下來，我們使用LC-MS/MS定量分析了細(xì)胞對(duì)SsD的攝取(圖3F)。在NB4和Kas-1細(xì)胞中，SsD在0.05-0.14nmol/百萬細(xì)胞中檢測到。HPLC顯示SsD對(duì)體外FTO去甲基化的抑制活性(圖3G)。此外，在無細(xì)胞系統(tǒng)中，斑點(diǎn)印跡試驗(yàn)證實(shí)了SsD介導(dǎo)的FTO活性競爭性抑制(圖3H)。綜上所述，F(xiàn)TO是SsD的直接靶點(diǎn)，可能是SsD誘導(dǎo)的白血病細(xì)胞生長抑制作用的主要介質(zhì)。 英拜有一支高精尖的團(tuán)隊(duì)。
7.在乳腺**中，NAS1與NR2F1、EMT標(biāo)記物和轉(zhuǎn)移減少相關(guān)***，作者評(píng)估了NAS1的表達(dá)在乳腺**樣本中的臨床意義。首先，在乳腺*患者的**樣本中發(fā)現(xiàn)NAS1RNA與NR2F1蛋白水平呈正相關(guān),驗(yàn)證了NAS1在調(diào)控中的作用NR2F1。然后，通過對(duì)RNA測序數(shù)據(jù)的分析，發(fā)現(xiàn)了NAS1與大量emt相關(guān)基因***相關(guān)。在乳腺*陰性患者中，NAS1也與之前報(bào)道的M-BCSC和EMT基因標(biāo)記的富集以及E-BCSC標(biāo)記的缺失呈正相關(guān)。其次，從齊魯醫(yī)院收集的89例乳腺*樣本分析發(fā)現(xiàn)**NAS1高表達(dá)與較低的轉(zhuǎn)移和**復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)。同時(shí)，Kaplan-MeierPlotter臨床數(shù)據(jù)庫74的分析也顯示了NAS1改善了乳腺*復(fù)發(fā)情況。通過轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析也發(fā)現(xiàn)敲低NAS1或過表達(dá)NR2F1都會(huì)促進(jìn)NAS1基因表達(dá)，與加速或抑制**轉(zhuǎn)移相關(guān)。***，與正常乳腺組織相比，乳腺**中NAS1的下調(diào)，驗(yàn)證了NAS1抑制致瘤性的作用。大黃酸可以改變腸道菌群組成。黃褐斑鼠模型科研服務(wù)兩年
METTL14是其***的潛在靶點(diǎn)。上海陽性染色科研
盡管轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)在過去幾十年中發(fā)展迅速，但由于芯片和RNA-seq之間固有的可變性差異，對(duì)混合數(shù)據(jù)的綜合分析仍然具有挑戰(zhàn)性。本文提出了Rank-In（/rank-in/）來糾正兩種技術(shù)之間的非生物效應(yīng)，從而能夠自由混合數(shù)據(jù)以進(jìn)行整合分析。網(wǎng)站首頁如下，支持上傳用戶自己的芯片、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。該網(wǎng)頁**終會(huì)給出調(diào)整后的矩陣、差異基因列表以及聚類結(jié)果圖第一步：上傳表達(dá)文件表達(dá)文件格式如下，需上傳***行為樣本名、***列為基因名的表達(dá)矩陣轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)表達(dá)量可以使用FPKM、TPM或TMM；芯片數(shù)據(jù)使用基因表達(dá)強(qiáng)度；如果下載GEO數(shù)據(jù)，需要對(duì)探針注釋為基因，然后上傳注釋后的表達(dá)文件。第二步：上傳分組文件分組文件***列文樣本名，第二列為分組。“1”表示來自正常組織的樣本，“2”表示**亞型1的樣本，“3”表示**亞型2的樣本，依此類推 上海陽性染色科研
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