江蘇壞死性小腸結(jié)腸炎小鼠模型科研

來源: 發(fā)布時(shí)間:2021-11-12

然而,在單細(xì)胞方法中,尚未出現(xiàn)一種適用于所有三種模式的統(tǒng)一方法,這種方法可以應(yīng)用于高度特定的功能免疫細(xì)胞類型。我們系統(tǒng)地測(cè)試了PBMCs的全細(xì)胞和核純化和制備方法,以克服以往的分析只限于測(cè)量細(xì)胞表面的核成分(ATAC和核rna)或蛋白質(zhì)的局限性。我們發(fā)現(xiàn)完整的透性細(xì)胞的scATAC-seq表現(xiàn)非常好,在某些測(cè)量中超過了傳統(tǒng)的細(xì)胞核scATAC-seq(圖1b)。這一發(fā)現(xiàn)使得一種類似于轉(zhuǎn)錄組和表位的細(xì)胞索引(CITE-seq)的新方案能夠測(cè)量表面蛋白豐度和染色質(zhì)可及性:染色質(zhì)景觀和表位的整合細(xì)胞索引(ICICLE-seq,圖1a和3)。***,我們證明了我們優(yōu)化的可滲透細(xì)胞方法可以與基于液滴的多組學(xué)平臺(tái)相結(jié)合,從而能夠同時(shí)測(cè)量細(xì)胞的三個(gè)不同的分子隔間:mRNA(通過scRNA-seq),蛋白質(zhì)(使用寡聚標(biāo)記抗體)和DNA(通過scATAC-seq),我們根據(jù)轉(zhuǎn)錄、表位和可及性將其稱為TEA-seq(圖4)。總之,對(duì)單細(xì)胞水平上基因調(diào)控和表達(dá)的分子基礎(chǔ)有了新的、更統(tǒng)一的看法。英拜有一支高精尖的團(tuán)隊(duì)。江蘇壞死性小腸結(jié)腸炎小鼠模型科研

七、急性腎損傷和慢性腎臟疾病患者PT_VCAM1的比例升高

對(duì)小鼠缺血再灌注損傷(IRI)實(shí)驗(yàn)中獲得的大量RNA-seq進(jìn)行反卷積,以確定PT_VCAM1的比例是否與急性腎損傷有關(guān)。BisqueRNA使用基于scRNA-seq參考的反褶積方法從整體RNA-seq中估算細(xì)胞類型的豐度。PT_VCAM1估計(jì)比例在iri后24h***增加,并持續(xù)至少7天;與正常近端小管細(xì)胞比例下降相對(duì)應(yīng)(圖7a)。有趣的是,未手術(shù)控制小鼠腎臟中PT_VCAM1的估計(jì)比例在老齡小鼠中增加(圖7b)。用BisqueRNA對(duì)非**腎樣本進(jìn)行反卷積,估計(jì)PT_VCAM1細(xì)胞的比例為2.6%(圖7d),這與我們的snRNA-seq和snatc-seq估計(jì)一致。接下來,我們分析了來自2型糖尿病患者腎臟活檢的大量RNA-seq。與對(duì)照組和早期糖尿病腎病患者相比,晚期糖尿病腎病患者PT_VCAM1的比例明顯更高(圖7e),提示PT_VCAM1和小管損傷可能與糖尿病腎病的疾病進(jìn)展有關(guān)。從小鼠IRI到人類的細(xì)胞類型標(biāo)記轉(zhuǎn)移表明,大部分PT_VCAM1與我們**近在小鼠中發(fā)現(xiàn)的修復(fù)失敗的近端小管細(xì)胞(FR-PTC)群體有關(guān)(圖7c)。 成都線粒體能量代謝芯片科研結(jié)腸炎也會(huì)導(dǎo)致促炎細(xì)胞因子或趨化因子的增加。

4)M1-BMDMs來源的外泌體在體內(nèi)阻礙脊髓損傷后的運(yùn)動(dòng)功能恢復(fù)和破壞BSCB

為了進(jìn)一步研究巨噬細(xì)胞在SCI微環(huán)境中的作用及其對(duì)血管內(nèi)皮細(xì)胞的潛在影響,我們提取并鑒定了來自M1-BMDMs(M1-Exos)的外泌體。脊髓損傷后立即注射外泌體,在指定時(shí)間進(jìn)行一系列行為評(píng)估(圖4A)。BMS行為分析表明,M1-Exos注射可導(dǎo)致脊髓損傷后后肢運(yùn)動(dòng)功能評(píng)分降低(圖4B)。足跡分析、電生理測(cè)試和游泳測(cè)試顯示了類似的結(jié)果,M1-Exos處理導(dǎo)致更短的步幅(圖4C),更低的MEPs振幅(圖4D),更傾斜的身體角度,更下垂的尾巴(圖4E)。EB外滲實(shí)驗(yàn)顯示,M1-Exos處理組有更多EB染料滲漏到間隙中(圖4F),TEM下血管TJs的電子密度遠(yuǎn)低于PBS組,兩內(nèi)皮細(xì)胞之間的間隙也更明顯(圖4G)。此外,注射M1-Exos后,脊髓病變中血管ZO-1的熒光強(qiáng)度***減弱(圖4H);TJs蛋白表達(dá)水平也明顯下調(diào)(圖4I)。我們還發(fā)現(xiàn),M1-Exos給藥后,病變區(qū)域更多的α-SMA與CD31共存(圖4J);I型膠原、III型膠原和α-SMA蛋白水平上調(diào),CD31表達(dá)降低(圖4K)。以上結(jié)果表明,M1-Exos可能誘發(fā)EndoMT加重脊髓損傷后BSCB的損傷,阻礙運(yùn)動(dòng)功能恢復(fù)。

點(diǎn)擊該結(jié)構(gòu)的圖像可以獲得放大的圖像。為了幫助用戶精細(xì)化搜索,PROTAC-DB還包含基于物理化學(xué)的過濾工具屬性(例如分子量、log P、log S、拓?fù)錁O性表面積),包含了搜索結(jié)果中每個(gè)屬性的最小值和最大值。對(duì)于PROTAC,除了二維結(jié)構(gòu)、化合物ID和靶蛋白外,數(shù)據(jù)表中還顯示了生物活性,包括降解能力、結(jié)合親和力和細(xì)胞活性。該數(shù)據(jù)表可以根據(jù)生物活動(dòng)的值進(jìn)行排序。對(duì)于彈頭和E3配體,搜索結(jié)果中只顯示了初始結(jié)構(gòu)。修改后PROTAC中的結(jié)構(gòu)匯總在其相應(yīng)的詳細(xì)信息頁面中。此外,數(shù)據(jù)表中還顯示了初始結(jié)構(gòu)的生物活性。同樣,也可以根據(jù)這些標(biāo)準(zhǔn)對(duì)數(shù)據(jù)表進(jìn)行排序。對(duì)于Linker,數(shù)據(jù)表中只顯示了2D結(jié)構(gòu)、化合物ID和目標(biāo)蛋白。結(jié)構(gòu)中的‘R1’和‘R2’分別**彈頭和E3配體的結(jié)合位點(diǎn)。這些數(shù)據(jù)表明大黃酸***可以改善DSS誘導(dǎo)的結(jié)腸炎。

8、CXCL13/CXCR5/NFκB/p65/miR-934正反饋環(huán)路在CRLM期間介導(dǎo)M2巨噬細(xì)胞和CRC細(xì)胞之間的相互作用

如Fig.8a所示,WB顯示,與對(duì)照組相比,SW480和RKO細(xì)胞中,CXCL13促進(jìn)p65磷酸化,NFκB、MMP2和MMP9的表達(dá)上調(diào)而IκBα的表達(dá)下調(diào)。CXCR5表達(dá)下調(diào)可部分減弱CXCL13的增強(qiáng)作用。此外,PMA處理的THP-1細(xì)胞用miR-934mimics預(yù)處理,然后與SW480細(xì)胞或RKO細(xì)胞與anti-CXCL13抗體共培養(yǎng),或與shCXCR5共培養(yǎng)。我們發(fā)現(xiàn)CRC細(xì)胞中的anti-CXCL13抗體或CXCR5敲低可以抑制miR-934過表達(dá)誘導(dǎo)的NFκB信號(hào)通路的活化(Fig.8b)。值得注意的是,helenalin抑制NFκB/p65信號(hào)后,SW480和RKO細(xì)胞中miR-934、MMP2和MMP9的表達(dá)***低于對(duì)照組(Fig.8c),這表明miR-934也可能通過正反饋回路被NFκB/p65信號(hào)正調(diào)控。 英拜生物提供專業(yè)的編輯潤(rùn)色團(tuán)隊(duì)保證服務(wù)到文章接收為止。湖北血管生產(chǎn)因子科研

FOXO3A誘導(dǎo)的LINC00926限制乳腺瘤細(xì)胞的生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移。江蘇壞死性小腸結(jié)腸炎小鼠模型科研

一、人胎肝和骨髓造血室的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組

為獲取胚胎發(fā)育期間造血細(xì)胞的全部譜系,研究者從17 – 22 PCW的胚胎肝臟、股骨和髖骨中對(duì)表型確定的血液群體進(jìn)行單細(xì)胞分類,并對(duì)15個(gè)胚胎的單個(gè)細(xì)胞進(jìn)行scRNA-seq檢測(cè)(圖1)?;诓町惐磉_(dá)分析和標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)***性排名前20的標(biāo)記基因,標(biāo)注了23個(gè)不同的群體,發(fā)現(xiàn)在肝臟或股骨中檢測(cè)不到任何T細(xì)胞或先天淋巴細(xì)胞(ILCs),單細(xì)胞分析顯示在所有免疫表型定義的干細(xì)胞和祖細(xì)胞群體中存在大量的轉(zhuǎn)錄異質(zhì)性,其中一些表型祖細(xì)胞群體(如HSCs,MPPs,CMPs,GMPs,MEPs和CLPs)由10多個(gè)不同的轉(zhuǎn)錄表型定義群體組成,這進(jìn)一步證明人類臍帶血的祖細(xì)胞室具有高度的異質(zhì)性。此外,該研究分析表明當(dāng)前使用的細(xì)胞表面標(biāo)記物不能很好地預(yù)測(cè)人類胚胎造血祖細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄狀態(tài)。 江蘇壞死性小腸結(jié)腸炎小鼠模型科研

公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ),利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段,通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái),提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū),實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀,客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度,保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。

1.整體課題外包服務(wù):RNA甲基化研究專題,外泌體研究專題,wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究,設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性,為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)

2.標(biāo)書申請(qǐng):提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫,標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展,設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn),中標(biāo)率很高。

3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持,探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究:trfRNA,DNA/RNA甲基化,外泌體,自噬,WNT等相關(guān)研究

4.二代測(cè)序:轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序

5.芯片:信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片

6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn):DNA甲基化實(shí)驗(yàn)(BSP,MSP,焦磷酸測(cè)序),RNA甲基化實(shí)驗(yàn)

7.實(shí)時(shí)定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證,過表達(dá),干擾),基因突變及SNP檢測(cè),F(xiàn)ISH,RNA-PULLdown,rip,chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖,凋亡,流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)