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USF2促進(jìn)circACTN4在BC中的表達(dá)為了研究 circRNA 在 BC發(fā)展中的功能，利用芯片分析檢測了4對BC組織和*旁組織中circRNA表達(dá)特征。共發(fā)現(xiàn)85個***差異表達(dá)的circRNAs， 63 個上調(diào)和22個下調(diào)circRNAs。熱圖顯示了14個上調(diào)的circRNA，其中circACTN4是失調(diào)**嚴(yán)重的一個，差異高達(dá)10倍。根據(jù)circBase數(shù)據(jù)庫發(fā)現(xiàn)circACTN4來自位于人類19號染色體上的ACTN4基因，產(chǎn)生于ACTN4外顯子2至外顯子7（共571bp），通過 Sanger 測序驗(yàn)證了反向剪接連接點(diǎn)。為了驗(yàn)證circACTN4的環(huán)形結(jié)構(gòu)，使用聚斂引物和發(fā)散引物擴(kuò)增環(huán)狀 circACTN4 和線性 ACTN4。通過FISH和核質(zhì)分離PCR觀察到circACTN4主要位于BC細(xì)胞的細(xì)胞核中， circACTN4在*組織中的表達(dá)高于*旁組織。ATM對PTEN的磷酸化導(dǎo)致PTEN在質(zhì)膜上重新分布。cancer免疫課題歡迎咨詢

4.ELNAT1直接與hnRNPA1相互作用

由于lncRNA的分子功能與其亞細(xì)胞定位相關(guān)，通過FISH和亞細(xì)胞定位實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)ELNAT1在UM-UC-3和T24細(xì)胞的細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核均有表達(dá)（SupplementalFigure7A,B）。并且通過RNA-pulldown實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)在分子量35~40kDa上有明顯的條帶（Figure4A）。對此，通過質(zhì)譜（MS）和Westernblot分析顯示，hnRNPA1是**豐富的ELNAT1相互作用蛋白（Figure4B-D）。熒光染色和RNA免疫沉淀（RIP）證實(shí)了ELNAT1和hnRNPA1在UM-UC-3和T24細(xì)胞中的共定位，并且ELNAT1通過內(nèi)源性hnRNPA1富集（Figure4E,F），進(jìn)一步驗(yàn)證了ELNAT1和hnRNPA1之間的相互作用。 cancer免疫課題歡迎咨詢外泌體CD44v6和C1QBP可能是預(yù)測PDAC患者預(yù)后的有前途的生物標(biāo)志物。

結(jié)果發(fā)現(xiàn)，在 NOZ細(xì)胞系中，敲低LncRNA-HGBC 會導(dǎo)致miR-502-3p表達(dá)量上調(diào)了60%，在EH-GB1細(xì)胞系中，LncRNA-HGBC過表達(dá)后miR-502-3p的表達(dá)被抑制，表達(dá)量下降了50%， 但對miR-502-3p進(jìn)行敲除或過表達(dá)時LncRNA-HGBC的表達(dá)量沒有變化，說明LncRNA-HGBC作為海綿會抑制miR-502-3p表達(dá)，但不能誘導(dǎo)其降解。為了檢測LncRNA HGBC的活性是否取決于其與miR-502-3p的結(jié)合，在異位表達(dá)野生型LncRNA HGBC和結(jié)合突變型HGBC-MUT后進(jìn)行cck-8和Transwell分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，LncRNA-HGBC（而非HGBC-MT）的表達(dá)可***促進(jìn)細(xì)胞遷移、侵襲和增殖，由此可見，LncRNA-HGBC與miR-502-3p能結(jié)合，并可作miR-502-3p的海綿抑制其表達(dá)。

膀胱*非免疫細(xì)胞的高度異質(zhì)性

我們首先根據(jù)簇特異性DE基因?qū)⒎敲庖呒?xì)胞重新分類為17個簇。在所有簇中，鑒定出9個基底細(xì)胞簇，高度表達(dá)角蛋白基因，如KRT5、KRT13、KRT17和KRT19。簇1、6、9和15被指定為表達(dá)UPK3A、UPK1A、UPK2、UPK1B、UPK3B和EPCAM的上皮細(xì)胞。聚類11中血管內(nèi)皮細(xì)胞富集，高表達(dá)CDH5和PECAM1。成纖維細(xì)胞高表達(dá)膠原基因，如COL1A1、COL1A2和COL3A1。**近，據(jù)報道，胰腺*和膀胱*中的成纖維細(xì)胞分為兩種不同類型，其中一種表現(xiàn)出多種細(xì)胞因子和趨化因子的強(qiáng)烈表達(dá),我們對成纖維細(xì)胞進(jìn)行了重新分類，發(fā)現(xiàn)表達(dá)RGS5的iCAF和表達(dá)PDGFRA的mCAF也存在于膀胱*中。有趣的是，我們發(fā)現(xiàn)這些iCAF和mCAF不是**特異性的，也可以在健康組織中檢測到。在注釋了膀胱*的細(xì)胞亞型后，我們接下來評估了這些膀胱*細(xì)胞類型是否能夠反映一致的分子分類。我們將單個細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組與1750名患者的MIBC轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)管腔**狀、管腔非特異性、管腔不穩(wěn)定、基質(zhì)豐富和基底/鱗狀亞型與我們數(shù)據(jù)集的細(xì)胞類型相對應(yīng)。當(dāng)將TCGA細(xì)胞分?jǐn)?shù)數(shù)據(jù)與一致的分子亞型相關(guān)聯(lián)時，我們注意到TCGA/BCLA隊(duì)列可以重現(xiàn)我們的scRNA序列數(shù)據(jù)中確定的細(xì)胞類型。 英拜生物對實(shí)驗(yàn)可行性分析。

此外，MYC在BC組織中高表達(dá)，并與 FUBP1的表達(dá)呈正相關(guān)。為了確認(rèn)ACTN4在BC中的生物學(xué)功能，構(gòu)建了ACTN4過表達(dá)和干擾質(zhì)粒，為了探究 circACTN4 的作用與 ACTN4 無關(guān)，進(jìn)行了共轉(zhuǎn)染實(shí)驗(yàn)，結(jié)果表明 ACTN4 敲低不影響促進(jìn)作用circACTN4 對 MYC 轉(zhuǎn)錄的過度表達(dá)，ACTN4 的上調(diào)并沒有逆轉(zhuǎn) qRT-PCR 和蛋白質(zhì)印跡對 circACTN4 敲低對 MYC 表達(dá)的抑制作用。WB結(jié)果表明circACTN4可以促進(jìn)MYC及其下游蛋白CDK4和CCND2的表達(dá)。這些數(shù)據(jù)表明 circACTN4 可以與 FUBP1 結(jié)合并促進(jìn) MYC 的表達(dá)。醫(yī)學(xué)整體課題外包服務(wù)。cancer免疫課題歡迎咨詢

有肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達(dá)明顯高于無肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者。cancer免疫課題歡迎咨詢

p533'非翻譯區(qū)(UTR)介導(dǎo)的hnRNPA2B1對前mRNA穩(wěn)定性的調(diào)節(jié)

為了進(jìn)一步確定p53的哪個區(qū)域參與穩(wěn)定性調(diào)節(jié)，在HCT116細(xì)胞中進(jìn)行了MeRIP-seq，發(fā)現(xiàn)一個顯著的m6A峰分布在p53mRNA的3'UTR。構(gòu)建了一個帶有Flag標(biāo)簽的表達(dá)載體，包括帶有3'UTR(p53CDS-3'UTR)或單獨(dú)CDS(p53CDS)的p53編碼序列，以及用hnRNPA2B1siRNA共轉(zhuǎn)染的HCT116細(xì)胞。結(jié)果表明，hnRNPA2B1敲低顯著降低了p53CDS-3'UTR轉(zhuǎn)染的CRC細(xì)胞中p53的表達(dá)，而不是單獨(dú)的p53CDS。這表明3'UTR對于hnRNPA2B1介導(dǎo)的p53調(diào)節(jié)是必不可少的。 cancer免疫課題歡迎咨詢

公司特色是以各式高通量二代測序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。

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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序

5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片

6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)

7.實(shí)時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)