進(jìn)一步使用E8聚類分析顯示，這些暴露于慢性d-flow的ec向免疫細(xì)胞樣類型(EndICLT)轉(zhuǎn)變，但沒(méi)有達(dá)到完全分化的免疫細(xì)胞狀態(tài)(圖3C和S3)。圖3D顯示了EC簇中EndMT、Tagln、Acta2、Cnn1和Snai1的四個(gè)標(biāo)記物，分別**了s流(E2)、急性d流(E6)和慢性d流(E8)染色質(zhì)可及性的變化。與s-流(E2)和急性d-流(E6)相比，慢性d-流在E8的啟動(dòng)子區(qū)域(箭頭)增加了這些基因的可及性。從scRNA-seq數(shù)據(jù)的小提琴圖中可以看出，E8中相應(yīng)基因的表達(dá)量增加，進(jìn)一步證實(shí)了這一結(jié)果(圖3E)。
如圖4所示，與LS相比，慢性O(shè)S降低了KLF2和KLF4的表達(dá)，同時(shí)誘導(dǎo)了EndMT標(biāo)記物(SNAI1和TAGLN)。重要的是，慢性O(shè)S誘導(dǎo)了兩個(gè)巨噬細(xì)胞標(biāo)記基因(C1QC和C5AR1)的表達(dá)，直接證明了OS可以在體外誘導(dǎo)EndICLT。此外，我們利用小鼠PCL模型進(jìn)行了一項(xiàng)en - face共免疫染色研究，以確定體內(nèi)CDH5+ ECs中是否表達(dá)巨噬細(xì)胞標(biāo)記蛋白。如圖4A-4D所示，C1QA和LYZ在LCA ECs中明顯被誘導(dǎo)，而在rca中沒(méi)有，這為血流誘導(dǎo)的eniclt提供了更有力的證據(jù)。我們分析了由基因本體結(jié)果確定的d-flow條件***的致***通路(圖2E)。 FMT處理可能促進(jìn)了創(chuàng)傷性脊髓損傷后神經(jīng)元的存活和軸突再生。重慶chip標(biāo)書(shū)
5’-Trf-GlyGCC的表達(dá)隨著CRC進(jìn)展而增加。此外，5’-tRF-GlyGCC在I/II期CRC患者中的豐度明顯低于III/IV期患者。轉(zhuǎn)移組患者血漿5’-tRF-GlyGCC水平明顯高于無(wú)轉(zhuǎn)移組。CEA≥5ng/ml組的5’-tRF-GlyGCC水平明顯高于CEA<5ng/ml。CRC患者CA199≥37IU/ml的5’-tRF-GlyGCC水平明顯高于CA199<37IU/ml。結(jié)果顯示，CRC患者血漿中5’-tRF-GlyGCC水平與CEA和CA199水平***正相關(guān)。5’-tRF-GlyGCC在結(jié)直腸*患者血漿中上調(diào)，并隨著結(jié)直腸*的進(jìn)展和轉(zhuǎn)移而升高。收集16對(duì)**組織和血漿樣本，驗(yàn)證5’-tRF-GlyGCC在CRC組織和相同患者血漿中的表達(dá)是否存在相關(guān)性。結(jié)果顯示5’-tRF-GlyGCC在血漿中的表達(dá)與配對(duì)CRC組織中的表達(dá)***相關(guān)。提示血漿中5’-tRF-GlyGCC水平較高的患者在結(jié)直腸*組織中5’-tRF-GlyGCC水平也較高。鐵死亡標(biāo)書(shū)在786-O細(xì)胞中穩(wěn)定轉(zhuǎn)染靶向circSDHC的shRNA.
5．CircMEMO1通過(guò)MiR-106b-5p/TET1/調(diào)控EMT過(guò)程來(lái)抑制HCC轉(zhuǎn)移和干細(xì)胞特性上皮-間質(zhì)轉(zhuǎn)化(EMT)是*細(xì)胞侵襲和轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵過(guò)程。在HCC中，miR-106b-5p已被證實(shí)通過(guò)***EMT過(guò)程促進(jìn)HCC的遷移和轉(zhuǎn)移。研究發(fā)現(xiàn)CircMEMO1可以充當(dāng)miR-106b-5p海綿，抑制HCC浸潤(rùn)和進(jìn)展。這些結(jié)果提示CircMEMO1可能通過(guò)miR-106b-5p/TET1/5hmC軸調(diào)控EMT過(guò)程來(lái)抑制HCC轉(zhuǎn)移。為了證實(shí)該假設(shè)，作者研究了HCC細(xì)胞中EMT相關(guān)分子標(biāo)記的表達(dá)。與相應(yīng)細(xì)胞相比，sh-CircMEMO1的HCC細(xì)胞上皮標(biāo)記物E-cadherin表達(dá)較弱，間質(zhì)標(biāo)記物Fibronectin、Vimentin和Snail表達(dá)較強(qiáng)。此外，westernblotting結(jié)果證實(shí)，在HCCLM3細(xì)胞中上調(diào)CircMEMO1的表達(dá)降低了間充質(zhì)標(biāo)記的表達(dá)纖維連接蛋白，波形蛋白和轉(zhuǎn)錄因子，但增加了上皮標(biāo)記Ecadherin。EMT過(guò)程已知與正常和惡性乳腺干細(xì)胞功能相關(guān)。我們進(jìn)一步推測(cè)CircMEMO1可能也有抑制肝*細(xì)胞的干性。
有趣的是，重復(fù)注射TIF-外泌體改變了肺的免疫細(xì)胞組成有趣的是，重復(fù)注射TIF-外泌體改變了肺的免疫細(xì)胞組成、脾和肝臟。這些改變包括：雙肺NK細(xì)胞減少和脾臟；肺中g(shù)MDSCs的增加;肝臟中樹(shù)突狀細(xì)胞（DC）的頻率降低；和的Ly6C的更高的頻率-巨噬細(xì)胞，將其報(bào)道與免疫應(yīng)答相關(guān)的和肝。轉(zhuǎn)移前生態(tài)位被認(rèn)為是循環(huán)*細(xì)胞粘附和生長(zhǎng)的允許環(huán)境，因此通過(guò)重復(fù)注射先前與TIF孵育的外泌體，然后注射同基因*細(xì)胞來(lái)誘導(dǎo)轉(zhuǎn)移前生態(tài)位形成。與未結(jié)合的外泌體相比，用TIF結(jié)合的外泌體對(duì)小鼠進(jìn)行調(diào)理后顯著（p<0.05）增加了肺中的轉(zhuǎn)移形成?？偠灾@些數(shù)據(jù)表明**微環(huán)境中的細(xì)胞因子能夠與**衍生的外泌體相關(guān)聯(lián)，從而引起遠(yuǎn)端***免疫景觀的變化，并隨后增加轉(zhuǎn)移負(fù)擔(dān)。PCOS大鼠大部分血清代謝物的豐度與對(duì)照組大鼠完全不同.
CD163是一種免疫調(diào)節(jié)劑，是巨噬細(xì)胞清清體受體家族的成員，已知在單核細(xì)胞系的AML細(xì)胞中表達(dá)。在 committed cluster 中其他基因的高表達(dá)包括免疫相關(guān)基因，如C1QA, CD14和MARCO。msl1基因，一種已知的白血病干細(xì)胞增殖抑制因子，也在committed cluster中高表達(dá)。我們通過(guò)qPCR驗(yàn)證了關(guān)鍵基因的差異表達(dá)(圖2B)。使用基因**富集分析(GSEA)，在committed 亞型中，免疫反應(yīng)通路如干擾素- γ介導(dǎo)的信號(hào)通路、GPCR信號(hào)通路和toll樣受體(TLR)信號(hào)通路上調(diào)(圖2C, D, Supplementary Figs. 16, 18，與FLT3-ITD和DNMT3A突變的弱相關(guān)性一致。水蘇糖確實(shí)改善了PCOS大鼠卵巢功能障礙改善了卵巢組織病理?yè)p傷。大連可參觀實(shí)驗(yàn)標(biāo)書(shū)
circNDUFB2可能在NSCLC的進(jìn)展中起***作用。重慶chip標(biāo)書(shū)
三、ICICLE-seq聯(lián)合測(cè)量可及性和表位
A.在標(biāo)準(zhǔn)的scATAC-seq協(xié)議下，細(xì)胞膜的去除切斷了細(xì)胞表面和細(xì)胞染色質(zhì)狀態(tài)之間的連接。為了測(cè)試我們?cè)谕ㄍ感约?xì)胞上同時(shí)測(cè)量細(xì)胞表面蛋白和染色質(zhì)狀態(tài)的能力，我們修改了我們優(yōu)化的通透性細(xì)胞scATAC-seq方法，將其納入使用商用條形碼抗體試劑的測(cè)量，我們將這種新方法稱為ICICLE-seq.ICICLE-seq協(xié)議利用定制的Tn5轉(zhuǎn)座復(fù)合體，其捕獲序列與基因組公司的10xscRNA-seq凝膠珠捕獲反應(yīng)兼容，可同時(shí)捕獲ATAC片段和多聚腺苷化抗體條形碼序列.
B.UMAP投影和ATAC標(biāo)記轉(zhuǎn)移在ICICLE-seq數(shù)據(jù)上的分辨率與scATAC-seq在死亡細(xì)胞和***碎片后的完整通透細(xì)胞上的分辨率相似.
C.然而，基于poly-based的捕獲方法和置換片段的單端讀出限制了數(shù)據(jù)質(zhì)量。盡管如此，ICICLE-seq結(jié)果表明，通透細(xì)胞能夠同時(shí)捕獲細(xì)胞核染色質(zhì)可達(dá)性和高質(zhì)量的細(xì)胞表面表位定量。我們能夠利用額外的ADT數(shù)據(jù)聚集并根據(jù)細(xì)胞表面抗原識(shí)別細(xì)胞類型.
D.E.基于ADT數(shù)據(jù)的UMAP和JaccardLouvain聚類可以根據(jù)細(xì)胞類型特異性標(biāo)記與聚類的明確關(guān)聯(lián)識(shí)別細(xì)胞類型特異性聚類。 重慶chip標(biāo)書(shū)
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫(xiě)SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書(shū)奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書(shū)申請(qǐng)：提供標(biāo)書(shū)課題設(shè)計(jì)、撰寫(xiě)，標(biāo)書(shū)部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開(kāi)展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書(shū)均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)