大約 1% 的人類(lèi)基因組能夠折疊成 G 四鏈體 (G quadruplexes，G4s)——在富含 G 的基序上形成的非經(jīng)典鏈特異性 DNA 結(jié)構(gòu)。G4 的熱穩(wěn)定性不同，這可能會(huì)影響它們的功能。然而，G4s 也可能阻礙復(fù)制、轉(zhuǎn)錄和翻譯，并可能增加基因組的不穩(wěn)定性和突變率。因此，根據(jù)其基因組位置、熱穩(wěn)定性和功能性，G4 基因座可能會(huì)在不同的選擇壓力下進(jìn)化，而這一點(diǎn)從未被研究過(guò)。
一、基因組中G4基因座的密度不均勻
與全基因組平均值相比，CpG島、上游區(qū)域和轉(zhuǎn)錄鏈的G4密度的倍數(shù)差異特別**別為12.3、4.98和4.11。相比之下，內(nèi)含子的非轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄鏈、非轉(zhuǎn)錄外顯子鏈和3'UTR的非轉(zhuǎn)錄鏈具有G4密度接近全基因組平均值；校正G含量總體趨勢(shì)不變，復(fù)制起點(diǎn)和增強(qiáng)子具有特別高的G4密度：分別比全基因組平均值高6.88倍和3.03倍。 致力于醫(yī)學(xué)相關(guān)領(lǐng)域的實(shí)驗(yàn)技術(shù)服務(wù)和相關(guān)生物醫(yī)學(xué)課題的研究。神經(jīng)性疼痛和炎癥
3.構(gòu)建微生物群共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)并進(jìn)行聚類(lèi)分析
使用SparCC算法構(gòu)建差異ASV共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)。
分析并比較了腺瘤和對(duì)照組中生物標(biāo)志物的模式，將它們進(jìn)一步組裝成具有不同分類(lèi)學(xué)組成的四個(gè)簇。這些簇與患者的年齡，性別和BMI等特征沒(méi)有緊密聯(lián)系。此外，還探討了CRC患者腸道菌群在24種生物標(biāo)記物組中的共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)，并產(chǎn)生了三個(gè)簇。聚類(lèi)1的細(xì)小螺旋藻科物種被分配的ASV**少，而聚類(lèi)2在分類(lèi)學(xué)上是異質(zhì)的，在CRC個(gè)體中患病率較高。
4.結(jié)腸*、腺瘤分類(lèi)模型的驗(yàn)證
結(jié)果表明，微生物來(lái)源的生物標(biāo)志物組在檢測(cè)大腸腺瘤方面優(yōu)于FIT，并且它們的組合可以提高非侵入性腺瘤診斷的準(zhǔn)確性。
5.在**隊(duì)列中驗(yàn)證結(jié)直腸腺瘤標(biāo)志物
本研究納入了另外兩個(gè)來(lái)自美國(guó)（驗(yàn)證組1）和中國(guó)（驗(yàn)證組2）的**隊(duì)列。驗(yàn)證隊(duì)列1由70名對(duì)照和102例腺瘤患者組成，而驗(yàn)證隊(duì)列2中有57例腺瘤患者和52例CRC患者。 吉林課題創(chuàng)新服務(wù)公共比較毒理基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。
USF2促進(jìn)circACTN4在BC中的表達(dá)為
了研究 circRNA 在 BC發(fā)展中的功能，利用芯片分析檢測(cè)了4對(duì)BC組織和*旁組織中circRNA表達(dá)特征。共發(fā)現(xiàn)85個(gè)***差異表達(dá)的circRNAs， 63 個(gè)上調(diào)和22個(gè)下調(diào)circRNAs。熱圖顯示了14個(gè)上調(diào)的circRNA，其中circACTN4是失調(diào)**嚴(yán)重的一個(gè)，差異高達(dá)10倍。根據(jù)circBase數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)現(xiàn)circACTN4來(lái)自位于人類(lèi)19號(hào)染色體上的ACTN4基因，產(chǎn)生于A(yíng)CTN4外顯子2至外顯子7（共571bp），通過(guò) Sanger 測(cè)序驗(yàn)證了反向剪接連接點(diǎn)。為了驗(yàn)證circACTN4的環(huán)形結(jié)構(gòu)，使用聚斂引物和發(fā)散引物擴(kuò)增環(huán)狀 circACTN4 和線(xiàn)性 ACTN4。通過(guò)FISH和核質(zhì)分離PCR觀(guān)察到circACTN4主要位于BC細(xì)胞的細(xì)胞核中， circACTN4在*組織中的表達(dá)高于*旁組織。
VD通過(guò)Ca2+-CAMKK2途徑調(diào)控AMPK
AMPK通過(guò)上游激酶磷酸化***，主要包括STK11/LKB1和CAMKK2/CaMKKβ。為了確定AMPK激酶是否參與paricalcitol介導(dǎo)的AMPK***，我們使用STO-609(選擇性CAMKK抑制劑)、CAMKK2siRNA和HK-2STK11KO細(xì)胞。與STO-609或CAMKK2siRNA共同處理完全消除了paricalcitol刺激的PRKAA1和ULK1磷酸化。然而，paricalcitol能夠***HK-2STK11KO細(xì)胞中的PRKAA1和ULK1。這些結(jié)果表明paricalcitol通過(guò)CAMKK2***AMPK。由于CAMKK2主要受細(xì)胞內(nèi)Ca2+濃度的調(diào)節(jié)。為了闡明Ca2+信號(hào)在paricalcitol介導(dǎo)作用中的參與，我們使用熒光Ca2+探針Fluo4AM評(píng)估了細(xì)胞內(nèi)Ca2+濃度的變化對(duì)paricalcitol處理的響應(yīng)。如圖7D所示，當(dāng)HK2細(xì)胞暴露于高糖環(huán)境時(shí)，Ca2+濃度下降，paricalcitol可以緩解這種下降。 我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測(cè)序基因表達(dá)譜。
在體外，上調(diào)UCP1減少AKI期間的脂質(zhì)積累可通過(guò)AMPK/ULK1途徑促進(jìn)自噬
自噬已被證實(shí)在A(yíng)KI中發(fā)揮重要作用。因此，自噬已經(jīng)成為我們關(guān)注的重要途徑之一。在通過(guò)慢病毒轉(zhuǎn)染過(guò)表達(dá)UCP1或UCP1激動(dòng)劑CL316243的AKI細(xì)胞模型中，自噬相關(guān)指標(biāo)顯示AMPK/ULK1/自噬通路******(圖7A-B)。電子顯微鏡圖像也顯示，上調(diào)UCP1消除AKI中的脂質(zhì)積累后，細(xì)胞自噬得到促進(jìn)(圖7C)?；谶@些發(fā)現(xiàn)，為了驗(yàn)證自噬在UCP1功能中的重要性，我們進(jìn)行了功能恢復(fù)實(shí)驗(yàn)。如圖7D-F所示，氯喹抑制自噬***逆轉(zhuǎn)了順鉑組UCP1引起的炎癥指標(biāo)下降。同樣，TUNEL染色顯示，使用氯喹抑制自噬，可以明顯逆轉(zhuǎn)UCP1促進(jìn)的凋亡抑制作用(圖7G)。這些結(jié)果表明，脂質(zhì)積累通過(guò)作用于A(yíng)KI細(xì)胞自噬，在調(diào)節(jié)細(xì)胞功能方面發(fā)揮著重要作用。 產(chǎn)生關(guān)于環(huán)境影響疾病的病因和分子機(jī)制的可測(cè)試的假設(shè)。16s測(cè)序
了解客戶(hù)的研究方向以及所能提供的樣本類(lèi)型和樣本量確定研究思路。神經(jīng)性疼痛和炎癥
**微環(huán)境細(xì)胞因子影響***特異性外泌體積累并促進(jìn)轉(zhuǎn)移
通過(guò)分析從健康受試者和乳腺*（BC）患者的血漿中分離出的外顯體，確定了許多與外泌體共同分離的細(xì)胞因子和生長(zhǎng)因子，在BC患者來(lái)源的外泌體上發(fā)現(xiàn)了更豐富和多樣性。特別是，當(dāng)通過(guò) ELISA 評(píng)估時(shí)，證實(shí)在來(lái)自 BC 患者的外泌體樣品中更高水平的CCL2和IL-6表達(dá)。形成鮮明對(duì)比的是，從體外培養(yǎng)的 EO771 BC 細(xì)胞中分離出的純外泌體在很大程度上缺乏細(xì)胞因子和生長(zhǎng)因子。為了評(píng)估外泌體在細(xì)胞因子環(huán)境中的行為，從同基因、原位 EO771 *腫塊中獲得了外泌體耗盡的**間質(zhì)液 (TIF)，其顯示了一系列細(xì)胞因子和生長(zhǎng)因子，包括CCL2和IL-6。 神經(jīng)性疼痛和炎癥
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1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專(zhuān)題，外泌體研究專(zhuān)題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書(shū)奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書(shū)申請(qǐng)：提供標(biāo)書(shū)課題設(shè)計(jì)、撰寫(xiě)，標(biāo)書(shū)部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開(kāi)展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書(shū)均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀(guān)遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)