空間轉錄組學課題動物模型構建

來源: 發(fā)布時間:2021-11-30

雄***和雄***受體(AR)是******轉錄因子(TF),是驅動前列腺*(PCa)發(fā)***展的關鍵因素。因此AR是晚期PCa******的主要分子靶點。雄***剝奪療法,特別是第二代抗雄***和雄***合成抑制劑**初是有效的。然而,由于患者仍然可以從晚期PCa進展到致命性去勢抗性前列腺*(CRPC),需要新的***靶點和生物標志物。靶蛋白的一個來源可能是ar相關的染色質蛋白。

大多數(shù)目前已知的核受體(NR)相互作用蛋白,包括那些AR,已經通過遺傳篩選,如雙雜交系統(tǒng),免疫共沉淀和基于肽段的體外方法。盡管親和純化-質譜耦合(MS)已經啟發(fā)了NRs的輔助調節(jié)器,但它很少在**NRs自然環(huán)境的條件下進行。然而,通過利用RIME(內源性蛋白快速免疫沉淀MS),Paltoglou等人和Stelloo等人已經從PCa細胞交聯(lián)染色質中鑒定了幾種內源性AR相關蛋白。 Pex調節(jié)HSC的ECM分泌。空間轉錄組學課題動物模型構建

越來越多的證據(jù)表明**相關巨噬細胞(TAMs)和外泌體在轉移前niche(生態(tài)位)形成中發(fā)揮重要作用。TAMs是轉移前生態(tài)位形成和結直腸*肝轉移(CRLM)的基礎。然而,**來源的外泌體miRNAs與TAMs相互作用的分子機制仍然很大程度上未知。本研究發(fā)現(xiàn)**來源外泌體miR-934可以誘導巨噬細胞M2極化,進而促進CRC的肝轉移。該文于2020年11月發(fā)表在《Journal of Hematology and Oncology》IF:11.059期刊上。

1、miR-934表達升高與CRLM進展及預后不良呈正相關

為了揭示參與CRLM的miRNA,作者基于TCGA數(shù)據(jù)庫比較了CRC的1期**和4期**的miRNA表達譜,發(fā)現(xiàn)miR-934是在4期**中高表達差異表達*****的miRNA(Fig.1a,b)。此外,作者將110個CRC組織按有無肝轉移分為兩組,發(fā)現(xiàn)肝轉移組與未轉移組相比,組織和血清miR-934表達上調(Fig.1c,d)。接下來,為了研究miR-934在CRLM進展中的作用,使用ISH比較了miR-934在包含308個CRC樣本的組織芯片(TMA)中的表達,與正常粘膜組織相比,CRC組織中miR-934的表達明顯上調;miR-934表達增加與T分期、M分期、晚期AJCC分期和**復發(fā)呈正相關,尤其是在肝轉移的病例中(Fig.1e)。


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4.抑制TYRO3可增強鐵死亡,使耐藥**對抗mPD-1***敏感

TYRO3抑制劑LDC1267處理4T1-R細胞,有效降低了TYRO3磷酸化、,增加**細胞死亡和脂質過氧化,而在Tyro3-/-細胞中不存在該作用,表明抑制TYRO3可增強**細胞鐵死亡。荷4T1-R**的小鼠腹腔注射抗mPD-1、LDC1267或其組合,聯(lián)合給藥***降低了**生長,并延長小鼠生存期。此外,腎功能和肝功能的生化指標均在其正常范圍內,證明聯(lián)合給藥在動物中耐受良好。這些結果表明靶向TYRO3聯(lián)合抗PD-1有可能克服抗PD-1/PD-L1耐藥性,且毒性水平相對較低。

結論:TYRO3抑制**細胞鐵死亡,通過促進M1到M2極化有利于原**TME,在抗PD-1***期間促進**存活。

*細胞產生的外泌體miR-138-5p下調巨噬細胞中KDM6B的表達

接下來探索miR-138-5p的水平如何增加。為此測量了巨噬細胞中初級 (pri-) 和前體 (pre-) miR-138 的水平。發(fā)現(xiàn)處理后THP-1細胞中pri-或pre-miR-138沒有增加,表明miR-138-5p是外源供應的。此外,與用 RNase A 加 Triton X-100 處理相比,當我們用 RNase A 處理 MDA-MB-23 的 CM 時,miR-138-5p的水平沒有變化。這些發(fā)現(xiàn)支持細胞外miR-138-5p被包裹在膜結構中的結論。通過觀察到與未處理的CM相比,GW4869 處理的CM或外泌體耗盡的 CM 中miR-138-5p的水平顯著降低,獲得了進一步的證據(jù),表明外泌體miR-138-5p參與了KDM6B表達的調節(jié)。這些結果表明 miR-138-5p 被包裹在乳腺*細胞釋放的外泌體中。 提供生物醫(yī)學領域內的課題思路設計。

進一步研究發(fā)現(xiàn),膜損傷后形成了兩個不同的囊泡池。較大的囊泡較早從質膜形成, Rab5、EEA1(早期內吞作用)、肌動蛋白、Rab35 呈陽性, LC3 偶爾呈陽性。相比之下,后來形成的囊泡較小且 LC3 呈陽性,**終出現(xiàn)在靠近 Rab5 陽性囊泡的位置。

二、內化囊泡通過滲透作用在細胞質中收縮,與溶酶體融合

GFP-Rab35、RFP-Rab5轉染MCF7,研究胞吞小體的“行動軌跡”。胞吞小體囊泡移動至細胞質,在細胞質中收縮成小囊泡,***與溶酶體融合。

三、巨胞飲由質膜完整性觸發(fā)

實驗表明巨胞飲作用在損傷后被***,需要重組,從而保持質膜的完整性。此外,LC3囊泡形成是響應囊泡內化而觸發(fā)。

四、       Rubicon 定位于胞吞小體的界膜,是 LC3 積累所必需的 小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細胞分離的外泌體呈現(xiàn)典型的外泌體結構。鐵死亡臨床醫(yī)學課題售后服務

ATM對PTEN的磷酸化導致PTEN在質膜上重新分布??臻g轉錄組學課題動物模型構建

腸道菌群與結直腸*(CRC)之間的關聯(lián)已被***研究。然而,用于多個人群的早期診斷標記仍然難以捉摸。本研究對1056例糞便樣本進行了綜合分析,以確定與CRC相關的微生物作為早期檢測CRC的標志物。

對來自4項研究的16srRNA測序進行分析,評估隨著CRC進展(無疾病-腺瘤-結直腸*)腸道微生物的變化,并鑒定出針對腺瘤的為微生物標志物。

2.構建腺瘤微生物模型

除了使用差異ASV作為關鍵指標,模型構建中還包括α多樣性指數(shù)(Shannon指數(shù),Simpson指數(shù)和ObservedASV)以及三個患者臨床指標(年齡,性別和體重指數(shù)(BMI))。**終構建了包括八個差異性ASV(作為生物標記物)以及年齡,性別和BMI為**的模型,可區(qū)分對照對象與腺瘤患者(準確度:0.73,敏感性:0.82,特異性:0.62,精度:0.73,F(xiàn)1得分:0.77)。其中,用ASV區(qū)分腺瘤和**的RF模型達到了0.89的AUC(精度:0.80,靈敏度:0.66,特異性:0.90,精度:0.83和F1得分:0.72)。 空間轉錄組學課題動物模型構建

公司特色是以各式高通量二代測序為基礎,利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段,通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺,提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū),實驗平臺開放參觀,客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度,保證您的實驗是在您的指導下完成。

1.整體課題外包服務:RNA甲基化研究專題,外泌體研究專題,wnt/VEGF/toll等經典通路研究,設計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性,為您的標書奠定較好的基礎

2.標書申請:提供標書課題設計、撰寫,標書部分基礎實驗的開展,設計的標書均符合科研前沿熱點,中標率很高。

3.提供熱點**文獻技術支持,探討科研前沿熱點研究:trfRNA,DNA/RNA甲基化,外泌體,自噬,WNT等相關研究

4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序

5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片

6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗

7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,F(xiàn)ISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗