三、原始表型和染色質(zhì)可及性
雖然基因表達(dá)反映了細(xì)胞身份的活躍狀態(tài)，但順式調(diào)節(jié)元件(cre)，包括啟動(dòng)子和增強(qiáng)子，是決定細(xì)胞命運(yùn)的潛在因素。因此，我們研究了npm1突變的AML樣本是否也會(huì)根據(jù)其順式調(diào)控景觀分層為原始和committed的集群。使用轉(zhuǎn)座酶可達(dá)染色質(zhì)測序(ATAC-seq)可達(dá)染色質(zhì)區(qū)域，以CREAM方法鑒定的**為重點(diǎn)，根據(jù)表達(dá)譜對AML樣本進(jìn)行聚類，但有一個(gè)例外(圖3A)。我們的研究結(jié)果表明，啟動(dòng)子區(qū)形成了**(啟動(dòng)子:FDR = 11%，基因間:FDR = 2%;圖3B、C及補(bǔ)充圖19)。RUNX和GATA家族成員HOXC9和CTCF的dna結(jié)合位點(diǎn)基模只富集在原始亞型的COREs中，提示可能存在調(diào)控原始亞型基因的因素(圖3D，補(bǔ)充數(shù)據(jù)3).對承諾亞型中***可獲得的**進(jìn)行基序富集分析，確定了CEBP、ATF家族成員、OCT2、IRF2、NFkB-p65、ESRRB和EGR2識(shí)別的共識(shí)序列，提示它們在committed亞型中可能發(fā)揮的作用(圖3D)補(bǔ)充數(shù)據(jù)。 根據(jù)自身需要檢索相關(guān)基因或者化學(xué)品。福建課題動(dòng)物模型構(gòu)建
本研究發(fā)現(xiàn)，在肺*組織中，雖然PD-L1-Lnc并不影響PD-L1-mRNA和蛋白的表達(dá)，但依然影響細(xì)胞的增殖，遷移和侵襲。在A549 和PC9細(xì)胞系中，過表達(dá)PD-L1-Lnc與對照相比，細(xì)胞的增殖、侵襲能力、抑制細(xì)胞凋亡能力明顯增強(qiáng)。接下來，在肺*異種移植小鼠模型中進(jìn)一步驗(yàn)證，分別在A549細(xì)胞系中對PD-L1-Lnc進(jìn)行過表達(dá)和干擾，并與陰性對照組進(jìn)行比較，雖然在整個(gè)實(shí)驗(yàn)過程中，三組小鼠的體重沒有***差異，但對**大小進(jìn)行觀察發(fā)現(xiàn)，這些肺*細(xì)胞的生長速度明顯不同。在A549細(xì)胞系中，過表達(dá)PD-L1-Lnc組的**大小明顯高于對照組，PD-L1-Lnc shRNA組的**大小明顯低于**對照組；**組織切片Ki67染色顯示，PD-L1-Lnc的表達(dá)情況與細(xì)胞增殖率呈正相關(guān)。RT-PCR發(fā)現(xiàn)與對照組相比，PD-L1-Lnc過表達(dá)和干擾組PD-L1-Lnc表達(dá)水平分別***升高和降低，而PD-L1 mRNA的表達(dá)沒有明顯差異。單細(xì)胞相關(guān)課題課題動(dòng)物模型構(gòu)建上海英拜提供課題外包服務(wù)。
接著，我們利用NMR進(jìn)一步研究了FTO和SsD之間的相互作用，在滴定過程中觀察到信號的劑量依賴性衰減(圖3E)。這些結(jié)果表明，F(xiàn)TO干擾了SsD的狀態(tài)。接下來，我們使用LC-MS/MS定量分析了細(xì)胞對SsD的攝取(圖3F)。在NB4和Kas-1細(xì)胞中，SsD在0.05-0.14 nmol/百萬細(xì)胞中檢測到。HPLC顯示SsD對體外FTO去甲基化的抑制活性(圖3G)。此外，在無細(xì)胞系統(tǒng)中，斑點(diǎn)印跡試驗(yàn)證實(shí)了SsD介導(dǎo)的FTO活性競爭性抑制(圖3H)。綜上所述， FTO是SsD的直接靶點(diǎn)，可能是SsD誘導(dǎo)的白血病細(xì)胞生長抑制作用的主要介質(zhì)。
與coaccessibilityscore較高的Cicero連接相比，coaccessibilityscore較低的Cicero連接在GeneHancerdoubleelite數(shù)據(jù)庫中的可能性較小(p<2.21016，卡的平方)。在近端曲小管內(nèi)，大部分Cicero連接要么在啟動(dòng)子區(qū)域內(nèi)，要么在啟動(dòng)子和另一個(gè)位置之間(圖3d)，這種分布在其他細(xì)胞類型中也類似(補(bǔ)充圖11)。轉(zhuǎn)錄因子活性與轉(zhuǎn)錄因子表達(dá)有適度的相關(guān)性(Pearsonr2=0.36,p值=4.21012，圖3e)。推測motif活性與轉(zhuǎn)錄因子表達(dá)呈正相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子可能在DAR中扮演轉(zhuǎn)錄***因子的角色，而負(fù)相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子則扮演轉(zhuǎn)錄抑制因子的角色。令人驚訝的是，糖皮質(zhì)***受體(NR3C1)的motif活性與表達(dá)呈正相關(guān)，而礦皮質(zhì)***受體(NR3C2)則呈負(fù)相關(guān)(圖3f)。caspase-3抗體是一種***用于檢測凋亡細(xì)胞的標(biāo)志物。
四、scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)整合
目前尚無人類胚胎HSPCs的染色質(zhì)可及性圖譜，研究者基于基因體可及性繪制細(xì)胞圖譜來整合scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)。首先使用6種豐富的細(xì)胞類型對scRNA-seq實(shí)驗(yàn)中篩選出的CD34+CD38-細(xì)胞進(jìn)行分類，結(jié)果顯示scATAC-seq數(shù)據(jù)集中指定細(xì)胞類型的頻率與scRNA-seq數(shù)據(jù)中的頻率高度一致，這表明染色質(zhì)可及性和轉(zhuǎn)錄組具有相關(guān)性。然而，不同類型的細(xì)胞在整個(gè)軌跡上有相當(dāng)大的混合，如HSCs/MPPs-Cycle***分布在七個(gè)集群中，這表明在HSCs/MPP群體中存在***的染色質(zhì)啟動(dòng)，從而導(dǎo)致了異質(zhì)性。之后研究者比較了7個(gè)集群中HSCs/MPPs中選定的譜系特異性TF基序的可及性，結(jié)果顯示在轉(zhuǎn)錄同源的HSCs/MPPs集群中，一些先于基因表達(dá)的TFs的活性存在***差異。***，研究者進(jìn)一步探索分化過程中染色質(zhì)可及性和基因表達(dá)之間的“時(shí)滯”，結(jié)果顯示在HSCs/MPS中，GATA1-調(diào)節(jié)子靶基因的啟動(dòng)子在任何明顯基因表達(dá)之前均是開放的，這證實(shí)HSCs/MPP中染色質(zhì)的可及性早于轉(zhuǎn)錄變化。 英拜生物對實(shí)驗(yàn)可行性分析。代謝組學(xué)課題免費(fèi)設(shè)計(jì)
阻斷atm依賴的磷酸化會(huì)損害DNA損傷后PTEN的亞細(xì)胞再分配。福建課題動(dòng)物模型構(gòu)建
同樣地，western blotting顯示奧拉帕尼可誘導(dǎo)H2AX和其他DNA修復(fù)途徑的調(diào)控因子磷酸化，包括ATM和Chk2，并增加cleaved caspase-3(凋亡標(biāo)記)的表達(dá)，然而，無論奧拉帕尼處理與否，ferrostatin-1處理對A2780細(xì)胞中的這些標(biāo)記物均無明顯影響，表明奧拉帕尼處理后，鐵抑制對DNA損傷反應(yīng)及其下游效應(yīng)-細(xì)胞凋亡沒有***影響。同時(shí)奧拉帕尼增加了γH2AX聚焦位點(diǎn)的數(shù)量，并誘導(dǎo)了對照細(xì)胞中H2AX的磷酸化，而SLC7A11敲低并沒有進(jìn)一步改變這兩個(gè)位點(diǎn)?？傊?，這些結(jié)果表明，DNA損傷或修復(fù)既不參與ferroptosis擾動(dòng)介導(dǎo)的奧拉帕尼耐藥，也不參與ferroptosis增強(qiáng)介導(dǎo)的奧拉帕尼敏化。福建課題動(dòng)物模型構(gòu)建
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