乳腺*細(xì)胞外泌體增加TPH-1細(xì)胞中miR-138-5p的表達(dá)但抑制KDM6B的表達(dá)，但這種作用被miR-138-5p抑制劑處理廢除（圖3F-G）。轉(zhuǎn)染miR-138-5pmimic的乳腺*細(xì)胞增加了外泌體miR-138-5p的水平（圖3H）。過表達(dá)miR-138-5p的乳腺*細(xì)胞外泌體增加了miR-138-5p水平，抑制了THP-1細(xì)胞中KDM6B的表達(dá)（圖3I-J）?？傊?，這些結(jié)果表明，*細(xì)胞分泌的外泌體miR-138-5p被傳遞到巨噬細(xì)胞中，并抑制KDM6B。
4、外泌體miR-138-5p通過抑制KDM6B表達(dá)調(diào)節(jié)巨噬細(xì)胞極化
隨后，作者研究了在不同培養(yǎng)條件下TPH-1的表達(dá)譜。首先，和**細(xì)胞共培養(yǎng)抑制了M1相關(guān)基因的表達(dá)，IL-6，TNF-α，和IL-1β，但是增加了M2相關(guān)基因的表達(dá)CD163，Arg-1，IL-10,TGF-β和VEGFA。過表達(dá)KDM6B部分抑制了上述表現(xiàn)改變（圖4A-B）。流式檢測(cè)顯示乳腺*細(xì)胞和TPH-1的共培養(yǎng)增加了CD163陽(yáng)性細(xì)胞數(shù)比例，但是過表達(dá)KDM6N可以抑制這種效果（圖6C）。類似的，過表達(dá)KDM6B抑制了miR-138-5p誘導(dǎo)的M2極化（圖4D-F）。 外泌體CD44v6和C1QBP可能是預(yù)測(cè)PDAC患者預(yù)后的有前途的生物標(biāo)志物。青海課題服務(wù)價(jià)格
乳腺*(BrCa)是世界范圍內(nèi)**常見的**，診斷為IV期患者的5年相對(duì)生存率有所下降。晚期BrCa被認(rèn)為是不可***的，目前仍缺乏有效的***策略。識(shí)別和表征新的**抑制基因?qū)τ诮⒂行У耐砥贐rCa預(yù)后生物標(biāo)志物或***靶點(diǎn)非常重要。2021年3月發(fā)表于Theranostics（IF=11.556）的文獻(xiàn)“Tumor suppressor DRD2 facilitates M1 macrophages and restricts NF-κB signaling to trigger pyroptosis in breast cancer”對(duì)此展開了研究。在本文中，在BrCa中，DRD2被發(fā)現(xiàn)由于啟動(dòng)子甲基化而下調(diào)。DRD2的高表達(dá)與更長(zhǎng)的生存時(shí)間正相關(guān)，尤其是在HER2陽(yáng)性患者中。DRD2還能促進(jìn)BrCa細(xì)胞對(duì)紫杉醇的敏感性。DRD2異位表達(dá)***抑制BrCa**發(fā)生。在體內(nèi)和體外，DRD2也能誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡和壞死。DRD2通過與β-arrestin2、DDX5和eEF1A2相互作用抑制NF-κB信號(hào)通路的***。有趣的是，DRD2還調(diào)節(jié)微環(huán)境，促進(jìn)巨噬細(xì)胞M1極化，并觸發(fā)GSDME執(zhí)行的焦亡。青海課題解決了對(duì)確定因果調(diào)節(jié)機(jī)制網(wǎng)絡(luò)的方法的關(guān)鍵需求。
結(jié)果1）circPDE4B在OA組織中表達(dá)較低
我們之前對(duì)3個(gè)臨床OA和3個(gè)對(duì)照樣本的軟骨細(xì)胞核糖體RNA缺失的總RNA進(jìn)行了RNA-seq分析。在數(shù)量**多的50個(gè)***調(diào)控異常的circRNA中，circPDE4B的表達(dá)水平排名***。我們?cè)u(píng)估了每個(gè)病例的OA嚴(yán)重程度(圖1A)。同時(shí)，我們進(jìn)行了組織形態(tài)學(xué)和熒光原位雜交實(shí)驗(yàn)，結(jié)果顯示軟骨降解程度增加對(duì)應(yīng)軟骨細(xì)胞中circPDE4B的表達(dá)降低(圖1B)。RT-qPCR檢測(cè)到嚴(yán)重OA組織軟骨細(xì)胞中circPDE4BRNA水平下調(diào)，而mPDE4BmRNA水平保持相對(duì)一致(圖1C)。綜上所述，circPDE4B的表達(dá)與OA的嚴(yán)重程度呈負(fù)相關(guān)?？紤]到circPDE4B在人和小鼠之間是保守的，我們也檢測(cè)了circPDE4B在人/小鼠軟骨細(xì)胞中的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)IL-1β和TNF-α處理***降低了HCs（人）/MCs（鼠）中circPDE4的表達(dá)，且呈時(shí)間依賴性(圖1D)。核分離實(shí)驗(yàn)結(jié)合RT-qPCR分析和FISH分析發(fā)現(xiàn)，circPDE4B/circPde4b主要位于HCs/MCs的細(xì)胞質(zhì)中(圖1E、F)。綜上所述，circPDE4B在OA中被下調(diào)，因此可能參與了OA的進(jìn)展。
細(xì)胞因子通過蛋白聚糖的 GAG 側(cè)鏈與**衍生的外泌體的外表面結(jié)合
為了評(píng)估細(xì)胞因子與**衍生的外泌體關(guān)聯(lián)背后的機(jī)制，評(píng)估了細(xì)胞因子是位于外泌體內(nèi)還是與外泌體外膜結(jié)合。為了研究它們的亞外泌體定位，我們添加了重組人或小鼠 CCL2 和 IL-6，這兩種細(xì)胞因子都存在于血漿外泌體分離物和TIF中，用于兩種人和兩種鼠*細(xì)胞系衍生的外泌體。孵育后，通過重新純化外泌體去除未結(jié)合的細(xì)胞因子。我們確實(shí)觀察到兩種 CCL2 的濃度依賴性增加和 IL-6在這些環(huán)境中的外泌體分離物中。值得注意的是，CCL2 與鼠 PyMT 細(xì)胞衍生的外泌體的結(jié)合相對(duì)低于所有其他設(shè)置。進(jìn)一步用蛋白酶 K 處理 CCL2 結(jié)合的 BC 外泌體，其濃度可導(dǎo)致外膜蛋白（如 CD9）降解，但不會(huì)降解囊泡內(nèi) HSP70，確認(rèn)破壞***于外泌體表面。 上海英拜提供課題外包服務(wù)。
RIT1M90I***降低了MAD2-CDC20和BubR1-CDC20的相互作用(圖4E和4F)；表明致病RIT1蛋白水平阻礙MCC的完整性，符合RIT1從CDC20中隔離MAD2并促進(jìn)MCC拆卸的模型。用重組RIT1補(bǔ)充這些提取物增加了CyclinB1和Securin的泛素化和降解，表明APC/C活性增加，可能是由于MCC抑制緩解(圖4G)。RIT1缺失細(xì)胞顯示CyclinB1降解延遲(圖4H)。此外，RIT1M90I的表達(dá)加速了正常細(xì)胞生長(zhǎng)下CyclinB1的降解(圖4I);然而，其對(duì)CyclinB1降解的影響在藥理學(xué)誘導(dǎo)的有絲分裂阻滯下被消除(圖S4M)，這表明致病性水平的RIT1不能抑制過度活躍的SAC反應(yīng)。高通量測(cè)序后續(xù)的機(jī)制實(shí)驗(yàn)。天津課題創(chuàng)新服務(wù)
Pex衍生的CD44v6/C1QBP復(fù)合物介導(dǎo)了Pex對(duì)肝纖維化和PDAC肝轉(zhuǎn)移的積極作用。青海課題服務(wù)價(jià)格
2）SsD響應(yīng)相關(guān)基因和通路的鑒定
為了進(jìn)一步確定可能與白血病細(xì)胞中SsD敏感性相關(guān)的潛在靶點(diǎn)，我們對(duì)SsD處理過的NB4細(xì)胞進(jìn)行了RNA測(cè)序。我們共發(fā)現(xiàn)3732個(gè)上調(diào)基因和3442個(gè)下調(diào)基因(圖2A)。為了揭示SsD的潛在機(jī)制，我們進(jìn)行了富集分析并研究了差異基因相關(guān)的通路。我們篩選了上調(diào)和下調(diào)基因富集的**個(gè)通路(圖2B)。此外，我們使用GSEA研究SsD處理影響的信號(hào)通路(圖2C)。我們的數(shù)據(jù)顯示，SsD處理導(dǎo)致MYC靶點(diǎn)、E2F靶點(diǎn)和G2M檢查點(diǎn)信號(hào)級(jí)聯(lián)受到抑制。有趣的是，這些發(fā)現(xiàn)與FTO抑制劑和內(nèi)源性FTO的下調(diào)抑制的信號(hào)通路相一致。因此，SsD的抑制作用可能有助于FTO抑制細(xì)胞周期和增殖(圖2D-E)。此外，絕大多數(shù)通過FTO敲低而上調(diào)的信號(hào)通路對(duì)SsD富集，同樣，絕大多數(shù)被SsD抑制的信號(hào)通路也被FTO敲低而抑制(圖2F)。更重要的是，SsD介導(dǎo)的m6A相關(guān)基因的變化具有***的一致性(圖2G)。綜上所述，SsD可能參與了FTO介導(dǎo)的m6ARNA甲基化途徑。 青海課題服務(wù)價(jià)格
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7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)