了解流量調(diào)節(jié)內(nèi)皮基因的表達在轉(zhuǎn)錄和體內(nèi)外遺傳性染色質(zhì)易訪問性水平,我們和其他人使用批量rna或dna從池獲得ECs暴露s-flow或維使用鼠標(biāo)部分頸動脈結(jié)扎(PCL)模型或豬動脈。我們建立了PCL模型，并顯示在2周內(nèi)，d-flow快速誘導(dǎo)，而s-flow阻止，高膽固醇小鼠***的發(fā)展。PCL模型包括結(jié)扎左側(cè)頸總動脈(LCA)的4個遠端分支中的3個以誘導(dǎo)d-血流，同時使用繼續(xù)暴露于s-血流的對側(cè)右側(cè)頸總動脈(RCA)作為內(nèi)部控制。我們進一步開發(fā)了一種管腔沖洗方法，使我們能夠從PCL后的lca和rca中獲得內(nèi)皮富集的rna和dna。然后用mRNA微陣列、microRNA微陣列和RNA測序(RNA-seq)分析這些聚合的整體RNA，以識別mRNA轉(zhuǎn)錄組和受ECs流量調(diào)節(jié)的microRNAs。這些研究導(dǎo)致了大量的流動敏感基因和microrna的發(fā)現(xiàn)，這些基因和microrna在內(nèi)皮生物學(xué)和***中的作用已經(jīng)被詳細描述和研究。我們還能夠從lca和rca中獲得大量DNA樣本，并通過減少代表性亞硫酸氫鹽測序(RRBS)方法進行分析。本研究表明，d-flow和s-flow差異調(diào)控ECs的表觀基因組DNA甲基化譜，鑒定了許多受流量調(diào)控的基因位點。英拜跟客戶形成產(chǎn)學(xué)研合作模式。細胞表面標(biāo)志物科研實驗可參觀
RIT1M90I***降低了MAD2-CDC20和BubR1-CDC20的相互作用(圖4E和4F)；表明致病RIT1蛋白水平阻礙MCC的完整性，符合RIT1從CDC20中隔離MAD2并促進MCC拆卸的模型。用重組RIT1補充這些提取物增加了CyclinB1和Securin的泛素化和降解，表明APC/C活性增加，可能是由于MCC抑制緩解(圖4G)。RIT1缺失細胞顯示CyclinB1降解延遲(圖4H)。此外，RIT1M90I的表達加速了正常細胞生長下CyclinB1的降解(圖4I);然而，其對CyclinB1降解的影響在藥理學(xué)誘導(dǎo)的有絲分裂阻滯下被消除(圖S4M)，這表明致病性水平的RIT1不能抑制過度活躍的SAC反應(yīng)。重慶帕金森小鼠模型科研上海英拜生物提供可視化實驗過程參觀。
三、SMARCA4調(diào)節(jié)AR靶基因的表達，參與細胞外基質(zhì)組織和細胞粘附
使用RNA-seq研究了SMARCA4缺失對有DHT和沒有DHT的VCaP細胞基因表達的全基因組影響。后一組中，雄***(A)下調(diào)的基因占大多數(shù)(~70%)，而在前一組中，雄***(A)下調(diào)和上調(diào)的基因數(shù)量增加大致相等(圖4a) 。與具有DHT的siCTRL相比，siSMARCA4有931個差異表達基因(DEGs)，其中363個基因雄******調(diào)控(圖4b, c）。對差異雄***調(diào)節(jié)基因集進行metasscape分析。耗盡SMARCA4可增加雄***應(yīng)答基因的表達，例如，分支結(jié)構(gòu)的形態(tài)發(fā)生和參與分化的細胞形態(tài)發(fā)生，而耗盡SMARCA4可抑制嘌呤代謝和細胞對藥物的反應(yīng)中富集的基因的表達(圖4d)。上述結(jié)果表明smarca4介導(dǎo)的染色質(zhì)可及性變化促進了它們的表達。
六、多組學(xué)方法分析表征近端小管細胞子集
Cicero研究了從PT到PT_VCAM1轉(zhuǎn)變過程中染色質(zhì)可及性的變化。VCAM1和TPM1轉(zhuǎn)錄增加(圖6a)與VCAM1基因體和啟動子區(qū)域染色質(zhì)可及性增加相關(guān)(圖6b,c)。同樣，SLC5A12和SLC4A4轉(zhuǎn)錄降低(圖6c)與染色質(zhì)可及性降低相關(guān)(圖6c，補充圖15)。通過評估chromVAR轉(zhuǎn)錄因子的活性，我們發(fā)現(xiàn)了可能調(diào)節(jié)近端小管和PT_VCAM1之間過渡的轉(zhuǎn)錄因子。有趣的是，近端小管顯示出強大的HNF4A活性，該活性在PT_VCAM1簇中降低，并與增加的REL和RELA活性相一致(圖6d)。我們在PT_VCAM1細胞核中驗證了減少的HNF4A蛋白表達(圖6e)。我們從VCAM1基因體中鑒定出一個約60kb的開放染色質(zhì)區(qū)域，該區(qū)域包含一個與VCAM1啟動子相互作用的RELA基序(通過ciscoaccessibilitynetwork)。實際上，ChIP-qPCR擴增了該位點，使其能夠與RELA結(jié)合(圖6f，補充圖17b)，為該細胞類型中RELA調(diào)控VCAM1表達提供了實驗證據(jù)。 評估了成對*組織和鄰近組織樣本中**重要的m6A調(diào)節(jié)因子（METTL3、METTL14和WTAP）的表達。
但是現(xiàn)階段的外泌體研究主要是與其他研究熱點結(jié)合例如，miRNA、lncRNA、circRNA。***講一下外泌體相關(guān)研究。這篇文獻題目為：Warburg effect-promoted exosomal circ_0072083 releasing up-regulates NANGO expression through multiple pathways and enhances temozolomide resistance in glioma。該文章主要講述了外泌體circ_0072083通過調(diào)節(jié)神經(jīng)膠質(zhì)瘤中miR-1252-5p介導(dǎo)的降解和去甲基化來增加NANOG表達，從而促進TMZ抗性。
circ_0072083 豐度在 TMZ 抗性神經(jīng)膠質(zhì)瘤組織和細胞中增加 N6甲基腺苷（m6A）是一種常見的真核細胞mRNA修飾。mTOR信號通路芯片科研
這些數(shù)據(jù)表明大黃酸***可以消除尿酸引起的腸道通透性增強。細胞表面標(biāo)志物科研實驗可參觀
對snATAC-seq數(shù)據(jù)集使用97%置信閾值對細胞類型分配進行過濾，以去除異型雙重體。通過標(biāo)簽轉(zhuǎn)移獲得的snATAC-seq細胞類型預(yù)測(圖1d)與無監(jiān)督簇的編輯注釋(圖1e, f)的比較表明，所有主要的細胞類型都存在于這兩個數(shù)據(jù)集中，并且在檢測和分配細胞身份方面，snATAC-seq與snRNA-seq具有可比性(補充圖3)。使用基于基因活性的細胞類型分配進行下游分析，這是通過對snatc -seq數(shù)據(jù)集的無監(jiān)督聚類獲得的。有趣的是，snATAC-seq能夠檢測到近端小管簇內(nèi)的兩個亞群，這可能**近端曲小管(圖1e, PCT)和近端直小管(圖1e, PST)。PCT顯示編碼SGLT2的SLC5A2具有更強的染色質(zhì)可及性;而PST在編碼SGLT1的SLC5A1(圖1f，補充圖4)中表現(xiàn)出更強的可達性。SGLT2在近端小管S1和S2段重新吸收葡萄糖，SGLT1位于S3。細胞表面標(biāo)志物科研實驗可參觀
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學(xué)實驗