4）USP35過表達(dá)減少erastin/RSL3觸發(fā)的鐵紊亂和鐵死亡
erastin和RLS3誘導(dǎo)的ROS和MDA生成因USP35過表達(dá)而減少(圖4A，B)。此外，在erastin和RLS3處理的*細(xì)胞中，HETEs水平升高，但在除12-HETE外的USP35過表達(dá)的*細(xì)胞中，HETEs水平降低(圖4C，F(xiàn))。然而，USP35過表達(dá)對(duì)GSH含量和GPX4活性沒有影響(圖4G，H)。如圖4I，J所示，USP35的過表達(dá)***減弱了用erastin或RSL3刺激H460和H1299細(xì)胞誘導(dǎo)LIP和Fe2+的作用。與表型改變一致，在基礎(chǔ)條件下，USP35過表達(dá)對(duì)鐵代謝和鐵死亡也沒有影響(圖4A，J)。 這些數(shù)據(jù)表明大黃酸***可以改善DSS誘導(dǎo)的結(jié)腸炎。運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元科研國家自然科學(xué)基金
4）DRD2重編程的Mφ誘導(dǎo)**細(xì)胞的焦亡
如HE所示，來自小鼠模型的**承載DRD2顯示**細(xì)胞死亡增加(圖4A)。在免疫組化染色中，表達(dá)DRD2的4T1**樣本中pMLKL表達(dá)較高(圖4A)。根據(jù)TUNEL實(shí)驗(yàn)，DRD2也促進(jìn)了體內(nèi)細(xì)胞凋亡(圖4B)。DRD2上調(diào)GSDME而不是GSDMD(圖4C)。在crosstalk過程中，Mφ進(jìn)一步促進(jìn)了DRD2轉(zhuǎn)染的BrCa細(xì)胞中GSDME的表達(dá)(圖4C)。在表達(dá)DRD2的BrCa細(xì)胞中，Mφ也能上調(diào)IL-1β(圖4C)。WB結(jié)果表明，DRD2誘導(dǎo)了MLKL的磷酸化，而在共培養(yǎng)過程中，MLKL被Mφ抑制(圖4D)。此外，DRD2表達(dá)***了caspase-8，而***被Mφ抑制(圖4D)。假設(shè)，DRD2可能在與Mφcrosstalk時(shí)誘發(fā)焦亡。BrCa細(xì)胞中與Mφ共培養(yǎng)時(shí)，NLRP3在表達(dá)DRD2的BrCa細(xì)胞中被觸發(fā)。***的caspase-1蛋白水解也能誘導(dǎo)IL-1β和IL-18的成熟(圖4D)。在共培養(yǎng)過程中，Cleavedcaspase-3表達(dá)上調(diào)(圖4D)。此外，在共培養(yǎng)過程中發(fā)現(xiàn)表達(dá)DRD2的BrCa細(xì)胞中，GSDME的N端發(fā)生了剪切(圖4D)。為了確定是否由M1Mφ引起焦亡，我們使用了LPS誘導(dǎo)的M1Mφ培養(yǎng)基，結(jié)果表明，在表達(dá)DRD2的BrCa細(xì)胞中，M1Mφ*觸發(fā)NLRP3組裝并剪切GSDME(圖4E)。以上結(jié)果提示，M1Mφ以DRD2依賴的方式觸發(fā)BrCa細(xì)胞的焦亡。 成都線粒體科研N6甲基腺苷（m6A）是一種常見的真核細(xì)胞mRNA修飾。
與SMARCA4類似，SMARCC1[15](在ChIP-SICAP中發(fā)現(xiàn))顯示與C1和C2位點(diǎn)相結(jié)合(圖2g）。
重點(diǎn)分析了ARBs染色質(zhì)可及性的變化，發(fā)現(xiàn)雄***通常增加了ARBs的可及性(圖3a, ATAC, siCTRL)。盡管SBs和ARBs之間有很大的重疊，但SMARCA4刪除*減少了2149個(gè)ARBs的染色質(zhì)可及性。這些sismarca4受影響的位點(diǎn)中有一半是開放的，不管***暴露與否(pre-accessible)，其余的在***暴露后顯示其可及性增加(de novo位點(diǎn)，圖3a和c)。被AR招募的SMARCA4增加染色質(zhì)可及性，潛在地協(xié)助其他因素招募到這些位點(diǎn)(圖3d，補(bǔ)充表2)。由于雄***誘導(dǎo)了FOXA1在sismarca4影響位點(diǎn)的結(jié)合(圖3e)， AR誘導(dǎo)的SMARCA4的招募可能有助于雄***誘導(dǎo)FOXA1的結(jié)合。上述結(jié)果表明SMARCA4在CRPC細(xì)胞染色質(zhì)景觀的調(diào)節(jié)中既有AR依賴的作用，也有非ARr**的作用。
六、急性GvHD的嚴(yán)重程度可以在造血干細(xì)胞移植前同時(shí)從所有三個(gè)身體部位的微生物群預(yù)測(cè)
在一個(gè)聯(lián)合模型中，來自所有三個(gè)身體部位的分類群都可以預(yù)測(cè)HSCT之前樣本的aGvHD嚴(yán)重程度(圖6)。該報(bào)道發(fā)現(xiàn)了7種預(yù)測(cè)性asv，其中2種來自腸道，1種來自口腔，1種來自鼻子，2種主要在口腔中發(fā)現(xiàn)，但也在鼻子中發(fā)現(xiàn)，1種主要在口腔中發(fā)現(xiàn)，但也在鼻子和腸道中發(fā)現(xiàn)(圖6A)。3個(gè)類群(副弧菌屬ASV_131、放線菌屬ASV_568和梭菌屬ASV_166)起源于后來發(fā)展為II級(jí)和IV級(jí)aGvHD的患者。一致地，這些asv的log-transformed相對(duì)豐度在檢查前、適應(yīng)開始和HSCT當(dāng)天，在aGvHD分級(jí)為II級(jí)和IV級(jí)的患者中大多高于那些表現(xiàn)為0級(jí)和I級(jí)的患者(圖6B)。所有七個(gè)分類單元都在CTREE回歸框架中從所有身體部位識(shí)別出來，在身體站點(diǎn)特異性支持向量機(jī)線性核(svmLinear)模型和/或Boruta特征選擇和/或CTREE回歸框架中也檢測(cè)到(圖6C)。 大黃酸能緩解D。SS誘導(dǎo)的小鼠慢性結(jié)腸炎。
由于MLL1在HoxBlinc過表達(dá)介導(dǎo)的異常造血過程中至關(guān)重要，HSPC中HoxBlinc過表達(dá)可能通過增加MLL1募集來***其靶基因，從而提高H3K4me3占用率，以促進(jìn)增強(qiáng)子/啟動(dòng)子染色質(zhì)的可及性。為了證實(shí)這一點(diǎn)，使用WT和HoxBlincTg LSK細(xì)胞進(jìn)行了MLL1和H3K4me3 ChIP-seq。ChIP-seq和CHIRP-seq聯(lián)合分析顯示HoxBlinc和MLL1的基因組結(jié)合位點(diǎn)存在高度重疊（圖6e-g）。令人驚訝的是，51.2%的基因HoxBlinc結(jié)合增加顯示MLL1招募增加，其中大部分(31.7%)也顯示H3K4me3占用增加，包括NPM1c+-標(biāo)記基因，如前HoxB、后HoxA、Meis1和Runx1，以及其他造血基因，如Stat1和Cdr2（圖6e-g）。這些數(shù)據(jù)表明，HoxBlinc過表達(dá)通過增加MLL1的募集和隨后H3K4me3占用的增強(qiáng)來介導(dǎo)靶基因的表達(dá)。
總之，本文發(fā)現(xiàn)HOXBLINC過表達(dá)是驅(qū)動(dòng)白血病發(fā)生的關(guān)鍵事件，通過控制MLL1招募、染色質(zhì)結(jié)構(gòu)域和啟動(dòng)子的順式和反式表達(dá)，建立異常NPM1c+標(biāo)記基因表達(dá)程序。因此，本研究不僅為HSC和NPM1突變的AML的生物學(xué)提供了分子視角，而且還為NPM1c+ AML的藥物靶點(diǎn)識(shí)別創(chuàng)造了獨(dú)特的機(jī)會(huì)。 英拜生物是國內(nèi)承接各類高通量測(cè)序科研項(xiàng)目以及一站式的測(cè)序文章發(fā)表服務(wù)的公司之一。北京腸道運(yùn)輸科研
增加乳酸桿菌水平導(dǎo)致尿酸水平下降。運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元科研國家自然科學(xué)基金
數(shù)據(jù)庫概況
目前，MarkerDB數(shù)據(jù)庫包含142個(gè)蛋白質(zhì)生物標(biāo)記，1089個(gè)化學(xué)生物標(biāo)記，154個(gè)核型生物標(biāo)記和26374個(gè)遺傳標(biāo)記。這些分類為25560個(gè)診斷生物標(biāo)志物，102個(gè)預(yù)后生物標(biāo)志物，265個(gè)暴露生物標(biāo)志物和6746個(gè)預(yù)測(cè)生物標(biāo)志物或生物標(biāo)志物組。這些標(biāo)記可共同用于檢測(cè)，監(jiān)視或預(yù)測(cè)670種特定人類疾病，這些疾病分為27大疾病類別。
MarkerDB中五個(gè)主要分子標(biāo)記類別
化學(xué)生物標(biāo)志物
MarkerDB中的化學(xué)生物標(biāo)記物包括各種先天性代謝或遺傳疾病、**、代謝紊亂、傳染病、藥物暴露、化學(xué)/污染物暴露和飲食攝入的標(biāo)記物。MarkerDB中的1089個(gè)化學(xué)標(biāo)記與448種疾病以及106種暴露有關(guān)。目前，MarkerDB中的每個(gè)化學(xué)標(biāo)記都有一個(gè)或多個(gè)疾病關(guān)聯(lián)，以及MarkerDB ID、結(jié)構(gòu)、化合物描述、名稱/同義詞、理化數(shù)據(jù)、疾病濃度、正常濃度、性別、年齡范圍（成人/兒童/新生兒）、生物流體（標(biāo)記物通常用于測(cè)量）、ROC曲線、敏感性、特異性、***性（P值）、一個(gè)或多個(gè)文獻(xiàn)參考和其他在線數(shù)據(jù)庫（OMIM、GenBank、UniProt、HMDB、PubMed、PDB等）的外部超鏈接。 運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元科研國家自然科學(xué)基金
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請(qǐng)：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)