3）STK39與SNAI1相互作用，并使T203上的SNAI1磷酸化為了描述STK39與SNAI1的相互作用，我們在HEK293T細(xì)胞***表達(dá)Myc-STK39和HA-SNAI1，并進(jìn)行了共同免疫沉淀(IP)實驗。在SNAI1的IP之后，我們檢測到一個相關(guān)的STK39，反之亦然。MDA-MB-231和MDA-MB-157細(xì)胞中內(nèi)源性SNAI1和STK39的IP也分別顯示內(nèi)源性STK39和SNAI1的存在。然后我們在HEK293細(xì)胞***表達(dá)Myc-STK39和GFP-SNAI1。令人驚訝的是，STK39在細(xì)胞核中穩(wěn)定了SNAI1。雖然STK39主要定位于胞質(zhì)，但它包含一個假定的核定位信號，使核轉(zhuǎn)位。由于SNAI1在細(xì)胞核內(nèi)的翻轉(zhuǎn)減少，我們想知道STK39是否會使SNAI1在細(xì)胞核內(nèi)穩(wěn)定。為了驗證這種可能性，我們在T-47D細(xì)胞中過表達(dá)STK39，并將細(xì)胞分成胞質(zhì)和核部分。嘌呤在細(xì)胞中執(zhí)行許多重要的功能。成都代謝組學(xué)科研
6.YTHDC2傾向于相互作用并使m6A甲基化的SLC7A11mRNA不穩(wěn)定
為了揭示SLC7A11mRNA中潛在的m6A甲基化位點，在H1975細(xì)胞中METTL3敲除前后分別進(jìn)行了MeRIP-seq研究。在H1975細(xì)胞中，無論是否敲除METTL3,GGACmotif都高度富集于m6A位點(圖6A)。m6A峰在mRNA停止密碼子附近的3’非翻譯區(qū)(3’UTR)尤為豐富(圖6B)。為了進(jìn)一步證實SLC7A11mRNA的m6A依賴性修飾，我們進(jìn)行MeRIP-qPCR。在H1975細(xì)胞中，敲除METTL3后，SLC7A11mRNA中的m6A修飾明顯減少，特別是在假定的m6A位點周圍。相反，當(dāng)METTL3在H1299細(xì)胞中過表達(dá)時，觀察到相反的結(jié)果(圖6C)。 鏈接蛋白科研大黃酸改變嘌呤代謝降低尿酸水平。
2）整合單核RNA和ATAC數(shù)據(jù)集，用于預(yù)測和驗證ATAC細(xì)胞類型分配
snATAC-seq捕獲單個細(xì)胞的染色質(zhì)可及性特征。相對而言，我們對細(xì)胞類型特異性染色質(zhì)可及性圖譜的了解較少;因此，我們利用注釋snRNA-seq數(shù)據(jù)集使用標(biāo)簽轉(zhuǎn)移來預(yù)測使用Seurat的snATAC-seq細(xì)胞類型。標(biāo)簽轉(zhuǎn)移是通過從snATAC-seq數(shù)據(jù)創(chuàng)建一個基因活性矩陣來進(jìn)行的，這是一種衡量蛋白編碼基因的基因體和啟動子內(nèi)染色質(zhì)可及性的方法。在參考snRNA-seq數(shù)據(jù)集和查詢基因活性矩陣之間識別轉(zhuǎn)移錨點，然后分配預(yù)測的細(xì)胞類型。snATAC-seq預(yù)測分?jǐn)?shù)的分布表明，絕大多數(shù)細(xì)胞具有較高的預(yù)測分?jǐn)?shù)，并被自信地劃分為單細(xì)胞類型(補(bǔ)充圖2)。
DMF介導(dǎo)的體內(nèi)CRC細(xì)胞死亡依賴于HIF-2α
為了證實HIF-2α在DMF介導(dǎo)的體內(nèi)CRC細(xì)胞死亡中的作用，利用HIF-2α敲低HCT116細(xì)胞。在DMF和FG4592***前，將穩(wěn)定的非靶標(biāo)擾亂和HIF-2α敲低的HCT116細(xì)胞皮下注射到免疫受損小鼠的兩側(cè)，并允許其生長10天。HIF-2α基因敲低的細(xì)胞對DMF和FG4592處理具有抗性。在DMF+FG4592處理的小鼠中，表達(dá)雜亂shRNA的細(xì)胞顯示**體積和重量***減少，而HIF-2α敲低的細(xì)胞則完全耐受。同樣，在DMF+FG4592處理后，HIF-2α敲低細(xì)胞的**增殖和凋亡沒有改變。這些數(shù)據(jù)表明，HIF-2α***增加了體內(nèi)氧化細(xì)胞死亡的脆弱性。 METTL14的上調(diào)可以通過m6A修飾降低PERP水平。
脂質(zhì)氧化先于胞質(zhì)Ca2+的增加和質(zhì)膜的破壞
體積細(xì)胞實驗中Ferroptosis特征之間的詳細(xì)時間關(guān)系被***后群體細(xì)胞發(fā)生Ferroptosis的異質(zhì)性所掩蓋。為了解決這個問題，作者使用活細(xì)胞共聚焦顯微鏡在單細(xì)胞水平上量化了Fluo-4AM信號、細(xì)胞圓度和PI攝入量的增加。從單個細(xì)胞獲得的動力學(xué)曲線(圖2C,F,K)中，計算出每個ferroptotic表型(t50)實現(xiàn)50%變化所需的時間，這使得可以設(shè)置Ferroptosis各過程之間的滯后時間(圖2D,G,L)。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，與所使用的Ferroptosis觸發(fā)器無關(guān)，胞漿Ca2+的增加先于細(xì)胞圓縮和質(zhì)膜完全坍塌(圖2A,B)。從流式細(xì)胞術(shù)實驗(圖1G)可以看出，Erastin-1存在時，胞質(zhì)Ca2+的增加是一個雙相行為的兩步過程(圖2C)。***個事件在比較大Ca2+信號的40%左右達(dá)到飽和，與不相關(guān)的鈣(Ca2+un)增加相對應(yīng)，因為它沒有受到Ferroptosis的抑制(圖1G)。 尿酸升高直接引起腸道屏障損傷。重慶細(xì)胞因子芯片科研
英拜提供生命科學(xué)內(nèi)的一體化服務(wù)。成都代謝組學(xué)科研
二、npm1突變AML患者聚集的分子基礎(chǔ)
DH2是鈣粘蛋白家族的一員，被認(rèn)為是決定干細(xì)胞命運(yùn)的調(diào)節(jié)因子15。類似地，G蛋白偶聯(lián)受體12(GPR12)在原始亞型中上調(diào)，已知在干細(xì)胞維持和**干細(xì)胞的體細(xì)胞重編程中發(fā)揮作用。MyoD家族抑制劑(MDFI)在原始亞型中表達(dá)增加，據(jù)報道它是WNT信號通路的調(diào)節(jié)因子，只在造血干細(xì)胞祖細(xì)胞中表達(dá)。鋅指蛋白521(ZNF521)是一種轉(zhuǎn)錄因子，其在人類白血病細(xì)胞系中被敲低可以減少增殖但在原始亞型中卻有***的高表達(dá)。CD163是一種免疫調(diào)節(jié)劑，是巨噬細(xì)胞清清體受體家族的成員，已知在單核細(xì)胞系的AML細(xì)胞中表達(dá)。在committedcluster中其他基因的高表達(dá)包括免疫相關(guān)基因，如C1QA,CD14和MARCO。msl1基因，一種已知的白血病干細(xì)胞增殖抑制因子，也在committedcluster中高表達(dá)。我們通過qPCR驗證了關(guān)鍵基因的差異表達(dá)(圖2B)。使用基因**富集分析(GSEA)，在committed亞型中，免疫反應(yīng)通路如干擾素-γ介導(dǎo)的信號通路、GPCR信號通路和toll樣受體(TLR)信號通路上調(diào)(圖2C,D,SupplementaryFigs.16,18，與FLT3-ITD和DNMT3A突變的弱相關(guān)性一致。 成都代謝組學(xué)科研
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進(jìn)度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實驗