蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物
MarkerDB中142個蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物覆蓋了160多種疾病。MarkerDB中的所有蛋白質(zhì)生物標(biāo)記物數(shù)據(jù)都是從OncoMX、CBD和UPBD原始文獻(xiàn)中提取的，結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫PDB收集。目前，MarkerDB中的所有蛋白質(zhì)標(biāo)記都有一個或多個疾病關(guān)聯(lián)，以及MarkerDB ID、序列、結(jié)構(gòu)、詳細(xì)的蛋白質(zhì)描述、蛋白質(zhì)名稱/同義詞、蛋白質(zhì)理化數(shù)據(jù)、疾病濃度、正常濃度、性別、年齡范圍，生物流體、一個或多個文獻(xiàn)參考和其他在線數(shù)據(jù)庫的外部超鏈接。
發(fā)現(xiàn)乳酸菌上清液降低了尿酸濃度。醫(yī)學(xué)相關(guān)科研推薦咨詢
2）阿爾茨海默病患者皮質(zhì)區(qū)受損星形膠質(zhì)細(xì)胞中氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的脂質(zhì)過氧化水平升高
由于NOX4蛋白水平在AD患者受損星形膠質(zhì)細(xì)胞中升高，我們研究NOX4在AD患者受損星形膠質(zhì)細(xì)胞氧化應(yīng)激中的作用。我們用免疫熒光染色法檢測了AD患者或非AD供者大腦顳葉皮質(zhì)組織中GFAP陽性星形膠質(zhì)細(xì)胞中4-HNE的蛋白水平(圖2A)。免疫熒光染色顯示，AD患者(AD)皮質(zhì)區(qū)分子層GFAP陽性星形膠質(zhì)細(xì)胞中4-HNE陽性染色強(qiáng)度相對于非AD供者增加(圖2A、B)。此外，AD患者皮質(zhì)區(qū)ML中受損的GFAP陽性星形膠質(zhì)細(xì)胞4-HNE陽性染色強(qiáng)度高于非AD供者(圖2A和B)。AD患者中4-HNE與GFAP亞細(xì)胞共定位陽性的受損星形膠質(zhì)細(xì)胞數(shù)量***增加(圖2C)。此外，相對于非AD供體，4-HNE在AD患者的NOX4陽性星形膠質(zhì)細(xì)胞***定位(圖2D)。AD患者的NOX4和4-HNE陽性星形膠質(zhì)細(xì)胞數(shù)量相對于非AD供者***增加(圖2E)。這些結(jié)果提示AD患者受損星形膠質(zhì)細(xì)胞中氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的脂質(zhì)過氧化水平升高。 寧夏科研服務(wù)價格評估了成對*組織和鄰近組織樣本中**重要的m6A調(diào)節(jié)因子（METTL3、METTL14和WTAP）的表達(dá)。
4）USP35過表達(dá)減少erastin/RSL3觸發(fā)的鐵紊亂和鐵死亡
erastin和RLS3誘導(dǎo)的ROS和MDA生成因USP35過表達(dá)而減少(圖4A，B)。此外，在erastin和RLS3處理的*細(xì)胞中，HETEs水平升高，但在除12-HETE外的USP35過表達(dá)的*細(xì)胞中，HETEs水平降低(圖4C，F(xiàn))。然而，USP35過表達(dá)對GSH含量和GPX4活性沒有影響(圖4G，H)。如圖4I，J所示，USP35的過表達(dá)***減弱了用erastin或RSL3刺激H460和H1299細(xì)胞誘導(dǎo)LIP和Fe2+的作用。與表型改變一致，在基礎(chǔ)條件下，USP35過表達(dá)對鐵代謝和鐵死亡也沒有影響(圖4A，J)。
隨后，作者研究了YTHDC2是否通過SLC7A11抑制胱氨酸攝取。當(dāng)YTHDC2在H1299細(xì)胞中過表達(dá)時，并過表達(dá)SLC7A11完全恢復(fù)了受損的胱氨酸攝取(圖4E-G)。ATF4是SLC7A11轉(zhuǎn)錄的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子，ATF4在H1299細(xì)胞中上調(diào)SLC7A11(圖4H、I)。過表達(dá)YTHDC2仍然拮抗ATF4的作用(圖4H-J)。因此，YTHDC2損害依賴于SLC7A11的胱氨酸攝取。結(jié)合臨床分析，YTHDC2表達(dá)下調(diào)，而SLC7A11表達(dá)上調(diào)(圖4K、L)，并且它們在**中呈負(fù)相關(guān)(圖4M)。
5.YTHDC2以m6A依賴的方式使SLC7A11mRNA不穩(wěn)定
作者為研究YTHDC2是否在轉(zhuǎn)錄被阻斷后調(diào)控SLC7A11mRNA的穩(wěn)定性，通過泛轉(zhuǎn)錄抑制劑ActD處理H1299和H1975細(xì)胞，發(fā)現(xiàn)YTH結(jié)構(gòu)域?qū)τ赮THDC2縮短H1299細(xì)胞中SLC7A11mRNA的半衰期至關(guān)重要(圖5A)。在H1975細(xì)胞中，CRISPR/Cas9技術(shù)使YTHDC2功能喪失，然后YTHDC2重構(gòu)，進(jìn)一步證實(shí)YTHDC2加速了SLC7A11mRNA的衰變(圖5B)。EXOSC10是一種外切酶，負(fù)責(zé)3’-5’外切酶活性。EXOSC10的缺失，減弱了YTHDC2縮短SLC7A11mRNA半衰期的作用(圖5C、D)。在藥理學(xué)水平上，用兩種泛-RNase抑制劑DEPC和RNasin***H1299細(xì)胞，也阻斷了YTHDC2的功能(圖5D)。 尿酸升高直接引起腸道屏障損傷。
在所有**中具有比較高***性頻率的基因是蛋白質(zhì)編碼基因BCL9L。BCL9L在10種**類型的**組織中***上調(diào)。其表達(dá)水平與m6A信號呈正相關(guān)（r=0.35）和m6A亞型在總?cè)丝谥?。在?薈萃分析（HR）中，BCL9L的高表達(dá)與總體生存率降低***相關(guān)。這一發(fā)現(xiàn)在6個外部驗(yàn)證數(shù)據(jù)集中得到證實(shí)，包括肺*，胃*，乳腺*，肝*和卵巢*，乳腺*。BCL9L是Wnt信號通路的重要成員，與Wnt信號通路的ssGSEA富集分?jǐn)?shù)***相關(guān)。在參與Wnt信號轉(zhuǎn)導(dǎo)的5個m6A互作基因（MYC、LEF1、WIF1、CTNNB1和SOX2）中，BCL9L與MYC有很強(qiáng)的相關(guān)性（r=0.34）和CTNNB1（r=0.36）。此外，我們驗(yàn)證了外部數(shù)據(jù)集中的109個蛋白質(zhì)編碼基因。在PFDR的meta分析中，40個基因（37.7%）與生存率相關(guān)<0.05，表明它們在**中起重要作用。總之，這項(xiàng)研究表明m6A調(diào)節(jié)因子和相互作用基因可能在**預(yù)后中起重要作用。我們對m6A模式的系統(tǒng)評價提高了對**微環(huán)境中RNA甲基化失調(diào)的理解。預(yù)測的相互作用靶基因可能為臨床***靶點(diǎn)提供更多的信息。上海英拜生物提供可視化實(shí)驗(yàn)過程參觀。陜西科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)
英拜的實(shí)驗(yàn)室坐落在上海漕河涇園區(qū)浦江園區(qū)。醫(yī)學(xué)相關(guān)科研推薦咨詢
例如，雖然之前認(rèn)為抗PD-1可以阻斷**末期枯竭的T細(xì)胞上的PD-1信號，但這種直接模型已經(jīng)受到質(zhì)疑，表明PD-1成功阻斷可能作用于分化較低的類祖細(xì)胞，高比例的**浸潤**終耗盡的T細(xì)胞預(yù)測抗pd -1的耐藥。此外，雖然代謝相關(guān)因素，如**細(xì)胞消耗氧氣和產(chǎn)生缺氧的能力，可以預(yù)測對PD-1阻斷劑的抗性18，但這些環(huán)境壓力源已被證明對T細(xì)胞功能有不同的影響。缺氧誘導(dǎo)因子1α (HIF1α)及其負(fù)調(diào)控因子此前已被證實(shí)與T細(xì)胞***有關(guān)23，而在缺氧條件下***細(xì)胞的擴(kuò)張可增強(qiáng)**殺傷能力。然而，無論是在隔離狀態(tài)還是在體內(nèi)，缺氧都具有明顯的免疫抑制作用。因此，雖然代謝壓力和T細(xì)胞衰竭有聯(lián)系，但尚不清楚T細(xì)胞衰竭是否促進(jìn)了導(dǎo)致細(xì)胞代謝改變的程序，或者是否代謝不足和壓力直接導(dǎo)致了T細(xì)胞衰竭。醫(yī)學(xué)相關(guān)科研推薦咨詢
公司特色是以各式高通量二代測序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)