8.EVs介導(dǎo)的ELNAT1上調(diào)HLECs中SOX18的表達(dá)
qRT-PCR分析UM-UC-3-EV1載體或UM-UC-3-EVELNAT1處理的HLECs中淋巴管生成相關(guān)基因的表達(dá)，結(jié)果顯示SRY-box轉(zhuǎn)錄因子18（SOX18）是**明顯的與EVs介導(dǎo)的ELNAT1表達(dá)正相關(guān)的基因（Figure8A,B）。此外，ChIRP分析表明EVs介導(dǎo)的ELNAT1與HLECs中SOX18啟動(dòng)子的771~786bp（p4）直接相互作用（Figure8C,D）。SOX18-p4區(qū)域的突變降低了EVs介導(dǎo)的ELNAT1誘導(dǎo)的熒光素酶活性（Figure8E,F），表明SOX18-p4對于EVs介導(dǎo)的ELNAT1誘導(dǎo)HLECs中SOX18的上調(diào)至關(guān)重要。hnRNPA1和H3K4me3在SOX18啟動(dòng)子上的富集與EVs介導(dǎo)的ELNAT1表達(dá)***相關(guān)（Figure8G,J）。EVs介導(dǎo)的ELNAT1過表達(dá)增強(qiáng)了HLECs的管形成和遷移能力，而干擾SOX18則HLECs的管形成和遷移能力受損（Figure8K,M），表明SOX18是EVs介導(dǎo)的ELNAT1驅(qū)動(dòng)體外BCa淋巴管生成所必需的。綜上所述，這些結(jié)果表明，EVs介導(dǎo)的ELNAT1通過轉(zhuǎn)錄上調(diào)HLECs中SOX18的表達(dá)來促進(jìn)BCa淋巴管生成。 外泌體CD44v6和C1QBP可能是預(yù)測PDAC患者預(yù)后的有前途的生物標(biāo)志物。snoRNA課題設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)
NRF2是阻斷鐵死亡的關(guān)鍵介質(zhì)，TYRO3過表達(dá)的293T細(xì)胞中NRF2轉(zhuǎn)錄活性增加。TAM激酶下游的PI3K/AKT信號通路可增加NRF2轉(zhuǎn)錄活性，TYRO3-OE介導(dǎo)的NRF2轉(zhuǎn)錄***被AKT抑制劑MK2206消除。這些結(jié)果表明TYRO3通過AKT/NRF2軸抑制鐵死亡。吞噬細(xì)胞對瀕死細(xì)胞的***依賴于對凋亡細(xì)胞暴露的“吃我信號”的識別。磷脂酰絲氨酸(PS)是一種關(guān)鍵的“吃我”分子，可與橋接分子結(jié)合，如TAM激酶配體蛋白S(Pros1)和Gas6。Pros1在與PS結(jié)合時(shí)同時(shí)***TYRO3。Pros1處理4T1和PY8119**細(xì)胞可抑制erastin誘導(dǎo)的脂質(zhì)過氧化作用，表明凋亡細(xì)胞的Pros1“吃我”信號可以通過TYRO3抑制**細(xì)胞鐵死亡。帕金森小鼠模型課題產(chǎn)學(xué)研合作也是***PDAC肝轉(zhuǎn)移的潛在靶點(diǎn)。
生物標(biāo)志物是生物體中可測量的物質(zhì)或特征，它指示某些現(xiàn)象，例如狀況，疾病，飲食，干預(yù)措施或環(huán)境暴露。在這方面，生物標(biāo)記物可分為三種類型：（i）分子（化學(xué)物質(zhì)，蛋白質(zhì)或基因），（ii）細(xì)胞（細(xì)胞類型，細(xì)胞形態(tài)，組織組織學(xué)）或（iii）成像（X射線，CT） ，PET或MRI功能）。生物標(biāo)記物類型的選擇在很大程度上取決于所研究的現(xiàn)象和所研究的生物系統(tǒng)。在醫(yī)學(xué)中，生物標(biāo)志物的主要目的是診斷，預(yù)后或預(yù)測疾病。它們還可以用于評估藥物，***，污染物，食物或其他攝入物質(zhì)的暴露。
在與轉(zhuǎn)染sh陰性對照(CoshCtrl)的PANC-1細(xì)胞共培養(yǎng)過程中，與轉(zhuǎn)染shROR (CoshROR)相比，成熟脂肪細(xì)胞表現(xiàn)出脂滴明顯減少，細(xì)胞外觀呈拉長狀，類似成纖維細(xì)胞的形態(tài)。為了確定外泌體linc-ROR誘導(dǎo)脂肪細(xì)胞脫分化的機(jī)制，采用western blot和實(shí)時(shí)熒光定量PCR分析PID 11不同實(shí)驗(yàn)條件下脂肪細(xì)胞的基因表達(dá)水平。正如預(yù)期的那樣，在一些成熟的脂肪細(xì)胞特異性標(biāo)記物，如葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)體-4 (GLUT4)、增殖***受體γ (ppar)和***敏感脂肪酶(HSL)的表達(dá)方面，我們觀察到，與CoshROR或單個(gè)脂肪細(xì)胞(PBS-Adi)組相比，CoshCtrl組明顯降低了它們的表達(dá)水平。此外，還檢測了一些成纖維細(xì)胞特異性基因的表達(dá)水平，如α平滑肌肌動(dòng)蛋白(α-SMA)、基質(zhì)金屬蛋白酶11 (MMP11)和膠原蛋白I。共培養(yǎng)6天后其表達(dá)水平***升高，進(jìn)一步支持脂肪細(xì)胞向成纖維細(xì)胞樣細(xì)胞的脫分化過程。使用motif和CHIP-seq預(yù)測影響基因簇表達(dá)的轉(zhuǎn)錄因子。
ChIP分析結(jié)果表明，高濃度si-circ#2轉(zhuǎn)染后FIR和FUSE的結(jié)合水平高于低濃度si-circ#2轉(zhuǎn)染后FIR和FUSE的結(jié)合水平。此外，沉默 FIR 顯著增強(qiáng)了 MYC 的表達(dá)，而過表達(dá) FIR 通過 qRT-PCR 和 BC 細(xì)胞中的蛋白質(zhì)印跡降低了 MYC 的水平。OE-FIR 或 sh-FIR 與 circACTN4 或 si-circ#2 共轉(zhuǎn)染后，我們發(fā)現(xiàn)過表達(dá) FIR 可以逆轉(zhuǎn) circACTN4 對 MYC 表達(dá)的增強(qiáng)作用，而 FIR 敲低可以抵消下調(diào)的抑制作用qRT-PCR 在 MYC 水平上檢測到 circACTN4?？傊?，這些結(jié)果表明circACTN4可以抑制FIR和FUBP1的結(jié)合以減輕FIR的抑制作用，從而促進(jìn)MYC轉(zhuǎn)錄。有肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達(dá)明顯高于無肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者。北京課題課題設(shè)計(jì)
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MB患者血漿來源的外泌體中miR-101-3p和miR-423-5p水平上調(diào)，這些miRNA可通過外泌體轉(zhuǎn)移到**細(xì)胞中
在初步篩選中，使用超離心法從MB患者和健康對照組的血漿中分離出外泌體。通過透射電子顯微鏡分析分離出的外泌體，確定外泌體的平均大小和形態(tài)，顯示出典型的直徑<150nm的雙層球形結(jié)構(gòu)。為了進(jìn)一步驗(yàn)證我們的外泌體制劑，我們通過westernblot檢測了外泌體標(biāo)志物CD9、CD63和GM130的表達(dá)。分離的顆粒外泌體**蛋白標(biāo)記CD9和CD63陽性，GM130陰性。此外，我們通過miRNA-seq研究了血漿外泌體的miRNA表達(dá)譜。我們發(fā)現(xiàn)與健康對照組相比，MB患者中有35個(gè)miRNA上調(diào)，5個(gè)miRNA下調(diào)。 snoRNA課題設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)
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6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)