6.大腸腺瘤預(yù)測(cè)模型的特異性驗(yàn)證
提高標(biāo)志物的特異性可以減少臨床診斷中的假陽(yáng)性，因此有必要進(jìn)一步評(píng)估腺瘤標(biāo)志物的特異性，在此分析中，考慮了5種非CRC疾病，包括克羅恩病（CD），潰瘍性結(jié)腸炎（UC），腸易激綜合征（IBS），非酒精性脂肪肝疾?。∟AFLD）和2型糖尿病（T2D）。非CRC疾病模型的AUC值明顯低于**腺瘤模型的AUC值。
7.大腸腺瘤的微生物功能改變分析
在腺瘤和對(duì)照之間的比較中，腺瘤中富含碳水化合物的生物合成途徑（例如，ADP-庚糖生物合成），無(wú)機(jī)營(yíng)養(yǎng)代謝以及核苷和核苷酸的生物合成，而芳香化合物降解的途徑和次級(jí)代謝產(chǎn)物的生物合成則更為豐富。腺瘤樣本減少。比較腺瘤和CRC，輔助因子，輔基，電子載體，維生素生物合成（例如MK-10生物合成）以及氨基酸降解和發(fā)酵的途徑富含**。另一方面，腺瘤的細(xì)胞結(jié)構(gòu)生物合成以及脂肪酸和脂質(zhì)的生物合成/降解途徑減少。 英拜提供分子生物學(xué)以及免疫病理相關(guān)實(shí)驗(yàn)。四川科研創(chuàng)新服務(wù)
三、pten-s38a突變誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡抵抗
為了進(jìn)一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細(xì)胞對(duì)基因毒性損傷的反應(yīng)，我們使用抗體陣列評(píng)估了表達(dá)PTEN-wt或PTEN-398a的MCF10A細(xì)胞裂解液的應(yīng)激反應(yīng)和凋亡通路的活性。Pten+/+和Pten398A/398AMEF培養(yǎng)，表達(dá)Pten-wt的MCF10A細(xì)胞與表達(dá)Pten-398A的MCF10A細(xì)胞在正常培養(yǎng)條件下的生長(zhǎng)速率均無(wú)差異(圖3A和補(bǔ)充圖5C)。對(duì)細(xì)胞進(jìn)行不同的基因毒性脅迫處理:IR、順鉑和柔紅霉素。在所有條件下，Pten398A/398AMEFs和PTEN-398A表達(dá)的MCF10A細(xì)胞對(duì)基因毒性脅迫的抗性均高于野生型PTEN的細(xì)胞(圖3BD和SupplementaryFig.5D,E)。通過(guò)流式細(xì)胞儀AnnexinV染色判斷(圖3E)。通過(guò)使用caspase-3抗體對(duì)Pten+/+、MMTVneu和Pten398A/398A、MMTVneu**進(jìn)行免疫組化染色，證實(shí)了這些觀察結(jié)果。 山西科研整體服務(wù)代謝變化被認(rèn)為是腸病**重要的特征之一。
二、改進(jìn)標(biāo)簽轉(zhuǎn)移和差異分析
研究了方法差異對(duì)下游生物學(xué)分析的影響
A.B.去除中性粒細(xì)胞**提高了在細(xì)胞核和細(xì)胞的均勻流形近似和投影(UMAP)投影中分離各種細(xì)胞類(lèi)型的能力.
C使用這些工具，中性粒細(xì)胞的去除提高了標(biāo)記轉(zhuǎn)移評(píng)分，與核基方法相比，滲透性細(xì)胞產(chǎn)生了更多具有高標(biāo)記轉(zhuǎn)移評(píng)分的細(xì)胞.
D所有方法產(chǎn)生的CD16+單核細(xì)胞均少于流式細(xì)胞術(shù)觀察到的CD16+單核細(xì)胞，這表明無(wú)論是使用核或通透細(xì)胞的scATAC-seq過(guò)程中，CD16+單核細(xì)胞可能丟失，或者標(biāo)簽轉(zhuǎn)移方法不利于識(shí)別這種細(xì)胞類(lèi)型.
三、ICICLE-seq聯(lián)合測(cè)量可及性和表位
A.在標(biāo)準(zhǔn)的scATAC-seq協(xié)議下，細(xì)胞膜的去除切斷了細(xì)胞表面和細(xì)胞染色質(zhì)狀態(tài)之間的連接。為了測(cè)試我們?cè)谕ㄍ感约?xì)胞上同時(shí)測(cè)量細(xì)胞表面蛋白和染色質(zhì)狀態(tài)的能力，我們修改了我們優(yōu)化的通透性細(xì)胞scATAC-seq方法，將其納入使用商用條形碼抗體試劑的測(cè)量，我們將這種新方法稱(chēng)為ICICLE-seq.ICICLE-seq協(xié)議利用定制的Tn5轉(zhuǎn)座復(fù)合體，其捕獲序列與基因組公司的10xscRNA-seq凝膠珠捕獲反應(yīng)兼容，可同時(shí)捕獲ATAC片段和多聚腺苷化抗體條形碼序列.
B.UMAP投影和ATAC標(biāo)記轉(zhuǎn)移在ICICLE-seq數(shù)據(jù)上的分辨率與scATAC-seq在死亡細(xì)胞和***碎片后的完整通透細(xì)胞上的分辨率相似.
C.然而，基于poly-based的捕獲方法和置換片段的單端讀出限制了數(shù)據(jù)質(zhì)量。盡管如此，ICICLE-seq結(jié)果表明，通透細(xì)胞能夠同時(shí)捕獲細(xì)胞核染色質(zhì)可達(dá)性和高質(zhì)量的細(xì)胞表面表位定量。我們能夠利用額外的ADT數(shù)據(jù)聚集并根據(jù)細(xì)胞表面抗原識(shí)別細(xì)胞類(lèi)型.
D.E.基于ADT數(shù)據(jù)的UMAP和JaccardLouvain聚類(lèi)可以根據(jù)細(xì)胞類(lèi)型特異性標(biāo)記與聚類(lèi)的明確關(guān)聯(lián)識(shí)別細(xì)胞類(lèi)型特異性聚類(lèi)。 英拜是您身邊的科研小助手。
編碼PI3Kαp110α亞基的PIK3CA在多達(dá)40%的乳腺*中發(fā)生突變，**常見(jiàn)的是雌***受體陽(yáng)性(ER+)**。突變的PIK3CA在校正ER陽(yáng)性等有利風(fēng)險(xiǎn)變量時(shí)并不是預(yù)后的**標(biāo)記物，但它是改善晚期ER+乳腺*內(nèi)分泌和PI3K聯(lián)合***應(yīng)答的預(yù)測(cè)生物標(biāo)記物。有趣的是，與PTEN等其他PI3K通路改變的**相比，pikca突變ER+乳腺*顯示出極少的AKT***和對(duì)AKT信號(hào)的依賴。
NPP4B抑制AKT信號(hào)，并在三陰性(ER/PR/HER2)和基底樣乳腺*中表現(xiàn)出**抑制活性。此外，INPP4B蛋白在黑色素瘤、卵巢*和前列腺*中表達(dá)減少。在小鼠模型中，Inpp4b消融與Tp53/Brca1缺失共同增加了乳腺**外顯率，并與Pten雜合子缺失共同促進(jìn)體內(nèi)甲狀腺**的發(fā)生和轉(zhuǎn)移。值得注意的是，INPP4B通過(guò)降解PI(3,4)P2，抑制早期核內(nèi)體的局部AKT2信號(hào)通路和EGFR降解。 文章使用FMT(糞微生態(tài)移植)來(lái)確定大黃酸改變的腸道菌群是否對(duì)結(jié)腸炎有療效。cancer免疫科研歡迎咨詢
Th1/Th2細(xì)胞失衡也是結(jié)腸炎的一個(gè)重要特征。四川科研創(chuàng)新服務(wù)
3）DRD2重新編碼MφM1表型，下調(diào)IL-6和IL-10
據(jù)報(bào)道，DRD2可調(diào)節(jié)M1的極化。結(jié)果顯示，在DRD2表達(dá)水平較高的BrCa組織中，M1Mφ的浸潤(rùn)增加，M2Mφ的浸潤(rùn)減少(圖3A)。為進(jìn)一步研究DRD2對(duì)TAMs的調(diào)控作用，構(gòu)建了BrCa與Mφ共培養(yǎng)體系。當(dāng)Mφ與表達(dá)DRD2的BrCa細(xì)胞共培養(yǎng)時(shí)，qRT-PCR顯示M1表型標(biāo)記增加，M2Mφ標(biāo)記下調(diào)(圖3B-C)。qRT-PCR也證實(shí)了載體轉(zhuǎn)染的BrCa細(xì)胞將Mφ調(diào)節(jié)為M2型(圖3C)[12]。WB結(jié)果顯示，表達(dá)DRD2的BrCa細(xì)胞上調(diào)M1標(biāo)記iNOS，下調(diào)M2標(biāo)記CD206(圖3D)。IF染色顯示，與表達(dá)DRD2的**細(xì)胞共培養(yǎng)后，Mφ表現(xiàn)為M1表型(圖3E)。上述結(jié)果表明，BrCa中的DRD2具有將Mφ重新編碼為M1表型的能力。為了探索使Mφ向M1表型分化的關(guān)鍵調(diào)控因子，我們進(jìn)行了細(xì)胞因子陣列分析。結(jié)果表明，TNF-α和兩種誘導(dǎo)M1極化的經(jīng)典細(xì)胞因子IFNγ均未增加。而與Mφ共培養(yǎng)后，DRD2***下調(diào)IL-6和IL-10(圖3F)。分析熒光值，進(jìn)一步證實(shí)IL-6和IL-10下調(diào)(圖3F)。因此，DRD2可以將Mφ重新編碼為M1表型，并在crosstalk過(guò)程中***下調(diào)IL-6和IL-10。 四川科研創(chuàng)新服務(wù)
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1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專(zhuān)題，外泌體研究專(zhuān)題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書(shū)奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書(shū)申請(qǐng)：提供標(biāo)書(shū)課題設(shè)計(jì)、撰寫(xiě)，標(biāo)書(shū)部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開(kāi)展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書(shū)均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)