7）USP35敲除增強(qiáng)肺*細(xì)胞的化療敏感性
鑒于USP35在肺*細(xì)胞中的高表達(dá)及其在調(diào)節(jié)鐵死亡中的作用，我們**終評估了USP35沉默是否能使肺*細(xì)胞對化療藥物敏感。如圖9A-C所示，USP35缺乏的H460和H1299細(xì)胞在體外對DDP和PTX的毒性作用更敏感，細(xì)胞活力和定殖的降低證明了這一點(diǎn)。相應(yīng)地，接種USP35缺陷*細(xì)胞的荷瘤小鼠經(jīng)DDP或PTX***后**體積和重量均減少(圖9D，E)。酪氨酸激酶抑制劑(TKI)已成為常規(guī)化療的替代藥物，并為肺*患者提供了***的生存益處。 了解客戶的研究方向以及所能提供的樣本類型和樣本量確定研究思路。snoRNA課題基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)外包
三、原始表型和染色質(zhì)可及性
雖然基因表達(dá)反映了細(xì)胞身份的活躍狀態(tài)，但順式調(diào)節(jié)元件(cre)，包括啟動子和增強(qiáng)子，是決定細(xì)胞命運(yùn)的潛在因素。因此，我們研究了npm1突變的AML樣本是否也會根據(jù)其順式調(diào)控景觀分層為原始和committed的集群。使用轉(zhuǎn)座酶可達(dá)染色質(zhì)測序(ATAC-seq)可達(dá)染色質(zhì)區(qū)域，以CREAM方法鑒定的**為重點(diǎn)，根據(jù)表達(dá)譜對AML樣本進(jìn)行聚類，但有一個(gè)例外(圖3A)。我們的研究結(jié)果表明，啟動子區(qū)形成了**(啟動子:FDR = 11%，基因間:FDR = 2%;圖3B、C及補(bǔ)充圖19)。RUNX和GATA家族成員HOXC9和CTCF的dna結(jié)合位點(diǎn)基模只富集在原始亞型的COREs中，提示可能存在調(diào)控原始亞型基因的因素(圖3D，補(bǔ)充數(shù)據(jù)3).對承諾亞型中***可獲得的**進(jìn)行基序富集分析，確定了CEBP、ATF家族成員、OCT2、IRF2、NFkB-p65、ESRRB和EGR2識別的共識序列，提示它們在committed亞型中可能發(fā)揮的作用(圖3D)補(bǔ)充數(shù)據(jù)。 課題整包課題分子生物學(xué)ATM對PTEN的磷酸化驅(qū)動細(xì)胞周期進(jìn)程。
研究了磷脂酰肌醇3,4,5磷酸(PIP3)在DNA損傷后的細(xì)胞定位。將MCF10A細(xì)胞按上述方法同步輻照，免疫熒光法分析PTEN的亞細(xì)胞分布。PTEN-WT和PTEN-398A蛋白在細(xì)胞核和質(zhì)膜穩(wěn)定定位(圖6A, B)。經(jīng)過IR處理后，PTEN-WT在質(zhì)膜上積累(圖6A, B)。相比之下，在這些條件下，沒有檢測到PTEN-398A蛋白的重新定位(圖6A, B)。B).我們通過細(xì)胞分離和膜相關(guān)PTEN的免疫印跡分析進(jìn)一步證實(shí)了這些結(jié)果(圖6C, D)。這些結(jié)果表明，ATM對PTEN的磷酸化導(dǎo)致PTEN在質(zhì)膜上重新分布，這與AKT通路***減少有關(guān)
5）NOX4的升高通過抑制人類星形膠質(zhì)細(xì)胞線粒體呼吸和ATP的產(chǎn)生來促進(jìn)線粒體代謝的損傷，從而促進(jìn)氧化應(yīng)激
我們研究了AD期間NOX4升高誘導(dǎo)受損星形膠質(zhì)細(xì)胞氧化應(yīng)激的潛在分子機(jī)制。與對照組相比，NOX4過表達(dá)***抑制了OCR的基礎(chǔ)水平，且***降低了寡霉素和FCCP作用下的OCR水平(圖5A和B)。接下來，我們研究了NOX4上調(diào)對人類星形膠質(zhì)細(xì)胞線粒體呼吸途徑調(diào)控的分子靶點(diǎn)。我們分析了包括NADH在內(nèi)的5種線粒體ETC蛋白復(fù)合物的水平(圖5C)。與OCR水平一致，與對照組相比，NOX4過表達(dá)***抑制了5種線粒體氧化磷酸化酶復(fù)合物的蛋白水平并***減少ATP的產(chǎn)生(圖5D)。免疫熒光染色顯示，與對照組相比，NOX4的升高導(dǎo)致線粒體碎裂，并***增加了線粒體碎裂的細(xì)胞數(shù)量(圖5G)。這些結(jié)果表明，NOX4的升高通過抑制人類星形膠質(zhì)細(xì)胞線粒體呼吸和ATP的產(chǎn)生，從而損害線粒體代謝，從而促進(jìn)氧化應(yīng)激。 進(jìn)一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細(xì)胞對基因毒性損傷的反應(yīng)。
m6A RNA甲基化是mRNA轉(zhuǎn)錄后**常見的內(nèi)部甲基化。這是一個(gè)由m6A WER系統(tǒng)控制的可逆過程，由書寫器(W)、擦除器(E)和閱讀器(R)組成，而m6A甲基化的**終結(jié)果取決于特異性閱讀器的識別并結(jié)合。目前研究發(fā)現(xiàn)抑制肺腺*(LUAD)與m6A閱讀器YTHDC2相關(guān)。該研究2021年1月發(fā)表在《Redox biology》，IF：11.799的期刊上。
1.YTHDC2表達(dá)在LUAD中被抑制，且與臨床預(yù)后差相關(guān)
為了驗(yàn)證m6A閱讀器在肺*的表達(dá)，作者通過GEPIA數(shù)據(jù)庫分析了LUAD中已知的閱讀器，包括YTHDF1/2/3、YTHDC1/2、HNRNPA2B1、HNRNPC/G、eIF3A、FMR1和IGF2BP1/2。如圖1A和B顯示，與正常肺相比，LUAD中YTHDC2、IGF2BP2表達(dá)下調(diào)，而結(jié)合Oncomine數(shù)據(jù)庫和Kaplan-Meier圖譜進(jìn)一步分析，發(fā)現(xiàn)較低的YTHDC2與LUAD患者較差的總生存率相關(guān)(圖1D)，這證實(shí)了YTHDC2與LUAD存在負(fù)相關(guān)的關(guān)系。 ***ATM對PTEN的磷酸化增加了DNA損傷后AKT和p27Kip1的***。HE染色課題實(shí)驗(yàn)外包
有肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達(dá)明顯高于無肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者。snoRNA課題基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)外包
5）下調(diào)STK39可抑制乳腺*細(xì)胞EMT、遷移和侵襲為了進(jìn)一步研究STK39在乳腺*中的作用，我們在MDA-MB-231和MDA-MB-157細(xì)胞中建立了STK39敲低的克隆。我們使用兩個(gè)**的shRNA實(shí)現(xiàn)了內(nèi)源性STK3980-90%的敲除效率。在這兩個(gè)克隆中，STK39敲低增加了CDH1的水平，下調(diào)了N-cadherin的表達(dá)。STK39的缺失***增加了上皮標(biāo)記物的mRNA表達(dá)水平。免疫熒光分析也提示CDH1上調(diào)，N-cadherin下調(diào)。STK39基因敲除極大地抑制了這些細(xì)胞的遷移和侵襲能力)。STK39敲除的克隆中SNAI1的表達(dá)在很大程度上恢復(fù)了STK39消融誘導(dǎo)的效應(yīng)。此外，TGF-β1處理誘導(dǎo)MCF10A細(xì)胞EMT并***SNAI1表達(dá)。STK39缺失***抑制EMT和SNAI1的表達(dá)。綜上所述，STK39在很大程度上以SNAI1依賴的方式增強(qiáng)乳腺*轉(zhuǎn)移。snoRNA課題基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)外包
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)