作者進(jìn)行了PAR-CLIP實(shí)驗(yàn)，以評估SLC7A11 mRNA-YTHDC2相互作用是否依賴于m6A甲基化。結(jié)果表明，在H1299細(xì)胞中，通過過表達(dá)METTL3來提高m6A的甲基化水平，促進(jìn)YTHDC2與SLC7A11 mRNA的結(jié)合(圖6D)。無論METTL3是否過表達(dá)，YTH結(jié)構(gòu)域的缺失都阻斷了SLC7A11 mRNA-YTHDC2的相互作用(圖6D)。作者通過SLC7A11 3’-UTR探針進(jìn)行RNA-pull down實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)YTHDC2WT，優(yōu)先結(jié)合于含有m6A的SLC7A11 mRNA的3'UTR，而不是含有未甲基化腺苷的mRNA(圖6E)。此外，YTHDC2傾向于結(jié)合m6A共識基元GGAC (圖6E)。通過在H1299和H1975細(xì)胞中進(jìn)行METTL3的功能增加和丟失實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)細(xì)胞內(nèi)SLC7A11 mRNA-YTHDC2的相互作用是由m6A水平?jīng)Q定的(圖6F和G)。這些數(shù)據(jù)表明YTHDC2優(yōu)先與m6A甲基化的SLC7A11 mRNA結(jié)合。提供生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域內(nèi)的課題思路設(shè)計(jì)。甘油三酯課題協(xié)同創(chuàng)作
七、急性腎損傷和慢性腎臟疾病患者PT_VCAM1的比例升高
對小鼠缺血再灌注損傷(IRI)實(shí)驗(yàn)中獲得的大量RNA-seq進(jìn)行反卷積，以確定PT_VCAM1的比例是否與急性腎損傷有關(guān)。BisqueRNA使用基于scRNA-seq參考的反褶積方法從整體RNA-seq中估算細(xì)胞類型的豐度。PT_VCAM1估計(jì)比例在iri后24h***增加，并持續(xù)至少7天;與正常近端小管細(xì)胞比例下降相對應(yīng)(圖7a)。有趣的是，未手術(shù)控制小鼠腎臟中PT_VCAM1的估計(jì)比例在老齡小鼠中增加(圖7b)。用BisqueRNA對非**腎樣本進(jìn)行反卷積，估計(jì)PT_VCAM1細(xì)胞的比例為2.6%(圖7d)，這與我們的snRNA-seq和snatc-seq估計(jì)一致。接下來，我們分析了來自2型糖尿病患者腎臟活檢的大量RNA-seq。與對照組和早期糖尿病腎病患者相比，晚期糖尿病腎病患者PT_VCAM1的比例明顯更高(圖7e)，提示PT_VCAM1和小管損傷可能與糖尿病腎病的疾病進(jìn)展有關(guān)。從小鼠IRI到人類的細(xì)胞類型標(biāo)記轉(zhuǎn)移表明，大部分PT_VCAM1與我們**近在小鼠中發(fā)現(xiàn)的修復(fù)失敗的近端小管細(xì)胞(FR-PTC)群體有關(guān)(圖7c)。 RNA甲基化課題基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)外包我們使用抗體陣列評估了表達(dá)PTEN- wt或PTEN- 398a的MCF10A細(xì)胞裂解液的應(yīng)激反應(yīng)和凋亡通路的活性。
circPLCE1通過編碼circPLCE1-411抑制CRC細(xì)胞增殖和遷移
為了探索circPLCE1-411的生物學(xué)功能，我們進(jìn)行了細(xì)胞實(shí)驗(yàn)。結(jié)果表明，轉(zhuǎn)染circPLCE1或circPLCE1-411的CRC細(xì)胞可抑制集落形成、球的形成、不依賴于錨定的生長和PDOs生長。然而，用帶有起始密碼子突變體的circPLCE1載體(circPLCE1-ATGmut)轉(zhuǎn)染對CRC細(xì)胞增殖沒有影響。此外，細(xì)胞遷移和傷口愈合實(shí)驗(yàn)也顯示，轉(zhuǎn)染circPLCE1或circPLCE1-411載體可抑制CRC細(xì)胞遷移和侵襲，而轉(zhuǎn)染circPLCE1-ATGmut對CRC細(xì)胞遷移沒有影響。這些數(shù)據(jù)表明，circPLCE1通過編碼circPLCE1-411而不是circPLCE1的circRNA形式來抑制CRC細(xì)胞的增殖和遷移。
2020年12月，埃默里大學(xué)在Cell Rep（IF=8.087） 雜志上發(fā)表了文章“Endothelial Reprogramming by Disturbed Flow Revealed by Single-Cell RNA and Chromatin Accessibility Study”。此報(bào)道在PCL后，使用從小鼠頸動脈腔內(nèi)獲得的富含內(nèi)皮細(xì)胞的單細(xì)胞和細(xì)胞核進(jìn)行了scRNA-seq和scATAC-seq檢測，以確定d-flow和s-flow對基因轉(zhuǎn)錄本和染色質(zhì)可及性譜的基因組和表觀基因組調(diào)控的差異影響。對scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)的單獨(dú)分析以及對兩個數(shù)據(jù)集的綜合分析顯示，即使在s-flow下，頸動脈內(nèi)的ECs也是異質(zhì)性的。D-flow***改變了內(nèi)皮轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組譜，將它們重新編程為炎癥細(xì)胞、間充質(zhì)細(xì)胞、干細(xì)胞/祖細(xì)胞樣細(xì)胞、造血細(xì)胞和免疫細(xì)胞樣表型。此外，我們還發(fā)現(xiàn)了一種依賴于d-flow和s-flow的TF結(jié)合位點(diǎn)和順式調(diào)節(jié)元件的富集。zVAD預(yù)處理也略微增加了IR后PTEN-398A細(xì)胞中未解決的DNA損傷灶的數(shù)量。
三、沿著推斷分化軌跡的Motif可及性動態(tài)
由于技術(shù)限制，scRNA-seq難以檢測低豐度轉(zhuǎn)錄本（如轉(zhuǎn)錄因子TFs），而通過染色質(zhì)的可及性可推斷出這些TFs的活性，因此整合scRNA-seq和scATAC-seq方法具有重要意義。研究者利用scATAC-seq檢測了人類胚胎Lin- CD34+ CD38-細(xì)胞的單細(xì)胞染色質(zhì)可及性，分別對18、20和21PCW胚胎的肝臟和股骨中的4,001個細(xì)胞進(jìn)行了測序，基于SNN算法，共得到7個不同的可明顯分離的集群 (Figure 3A)。scRNA-seq數(shù)據(jù)中檢測了所選標(biāo)記基因的可及性，與干細(xì)胞相關(guān)的標(biāo)記基因(如MLLT3、PROM1、FLI1和GATA2)的可及性較高，而與不同譜系相關(guān)的基因(如MPO、ALAS2、MPEG1和CD19)的可及性較低，這與分選細(xì)胞的未分化特性一致(圖3B)。生成的軌跡顯示出兩個分支，每個分支的染色質(zhì)可及性和分化有明顯的趨勢(圖3D和3E)。 按照實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)路線和實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行文章的構(gòu)思與潤色。lncRNA課題CRO
TIMEOR是***個基于 Web 的自適應(yīng)時間序列多組學(xué)管道方法。甘油三酯課題協(xié)同創(chuàng)作
6、tiRNA-Gly通過RBM17調(diào)節(jié)增殖或遷移相關(guān)基因的選擇性剪接
由于RBM17是一種參與mRNA選擇性剪接的剪接體蛋白，研究tiRNA-Gly在與RBM17結(jié)合時是否調(diào)節(jié)下游基因的選擇性剪接將是一項(xiàng)有趣的研究。對過表達(dá)tiRNA-Gly后的K1細(xì)胞系進(jìn)行RNA測序，所有的選擇性剪切事件如6A所示，外顯子跳躍（cassette外顯子）占37.67%，A5SSs剪接占6.78%，A3SSs剪接占4.99%，備選***外顯子(AltStart)剪接占18.19%，備選末端外顯子（AltEnd）剪接占18.74%，互斥事件（MEXs）占5.12%，內(nèi)含子保留剪接（IR）占8.51%。外顯子跳躍顯然是tiRNA-Gly誘導(dǎo)的**頻繁的選擇性剪接事件。MAP4K4、POSTN、HACE1、DPP9和BRCA1是外顯子跳躍導(dǎo)致表達(dá)變化比較大的基因。tiRNA-Gly誘導(dǎo)了MAK4K4第16外顯子的跳躍，POSTN第21外顯子的跳躍，HACE1第8外顯子的跳躍，DPP9第21外顯子的跳躍和BRCA1第13外顯子的跳躍（圖6B）。如圖6C-D所示，升高的tiRNA-Gly誘導(dǎo)了MAP4K4一個截?cái)嘈?NM_4834.4)的mRNA水平，降低了一個長型(NM_1242560.1)的mRNA水平，而下調(diào)的RBM17則起相反的作用。重要的是，RBM17的敲除阻斷了由tiRNA-Gly誘導(dǎo)的MAP4K4截?cái)嘧凅w(NM_4834.4)的增加，表明tiRNA-Gly誘導(dǎo)的選擇性剪接依賴于RBM17。 甘油三酯課題協(xié)同創(chuàng)作
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