河北科研國(guó)家自然科學(xué)基金

四、Multimodal分析突出了肥大的上行肢體的細(xì)胞異質(zhì)性

為了確定我們是否能夠檢測(cè)出具有可變claudin表達(dá)模式的細(xì)胞亞群，在snRNA-seq數(shù)據(jù)集的umap圖上劃分三個(gè)亞種群(TAL1,TAL2和ATL)。ATL，上升細(xì)肢。顯示了TAL各亞群體中富集基因的基因表達(dá)模式。一組細(xì)胞(SLC12A1+UMOD+)表達(dá)粗升肢標(biāo)記(CLDN16、KCNJ10和PTH1R):TAL1，另一組細(xì)胞表達(dá)另一組TAL特異性標(biāo)記，如CLDN10:TAL2(圖4b)。第三組細(xì)胞根據(jù)之前發(fā)表的標(biāo)記的表達(dá)被確定為髓袢升支粗段(ATL)。我們使用免疫組化方法驗(yàn)證PTH1R和KCNJ10在UMOD+SLC12A1+細(xì)胞亞群中表達(dá)(圖4c)。在snATAC-seq數(shù)據(jù)集的umap圖上進(jìn)行TAL的亞聚類，劃分三個(gè)亞種群(TAL1、TAL2和ATL)(圖4d)。點(diǎn)圖顯示每個(gè)TAL亞種群中富集的基因的活性模式(圖4e)。斑點(diǎn)的直徑對(duì)應(yīng)于檢測(cè)到的基因活性的細(xì)胞比例，斑點(diǎn)的密度對(duì)應(yīng)于相對(duì)于所有細(xì)胞類型的平均基因活性。Umap顯示CLDN10、CLDN16、S100A2或UMOD(左)的基因活性。TAL1和TAL2之間的chromVAR差異***轉(zhuǎn)錄因子基序(圖4f)。使用SeuratFindMarkers功能來(lái)識(shí)別區(qū)分厚升肢細(xì)胞群的DAR，并使用SeuratFindMotifs功能對(duì)這些DAR進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子motif富集(圖4g)。 專注于生命科學(xué)內(nèi)的前沿研究。河北科研國(guó)家自然科學(xué)基金

隨后，通過進(jìn)行spearman分析，研究了所有三組循環(huán)代謝產(chǎn)物豐度與腸道微生物群之間的聯(lián)系，以測(cè)試33個(gè)屬與52個(gè)代謝產(chǎn)物之間的關(guān)聯(lián)，其中有11個(gè)代謝物與各屬均無(wú)***相關(guān)(圖7A)。其余甘油磷脂類只與一兩種屬相關(guān)，而多不飽和脂肪酸(8-HETE, 8,9 - DiHETrE, 20-羥基二十甲酸)與至少7個(gè)屬***相關(guān)。此外，血清水蘇糖與瘤胃球菌1或2之間的相關(guān)性表明，PCOS大鼠血清水蘇糖水平降低與瘤胃球菌1豐度降低和瘤胃球菌2豐度增加有關(guān)(圖7B-C)。當(dāng)tempol干預(yù)改變瘤胃球菌_1和_2的豐度時(shí)，PCOS大鼠血清水蘇糖水平升高?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)科研歡迎咨詢英拜注重客戶的隱私。

YTHDC2抑制胱氨酸攝取和下游抗氧化程序

通常在具有高致瘤特性的**中觀察到代謝活性。為了研究YTHDC2對(duì)代謝物的影響，進(jìn)行了代謝組學(xué)分析，比較了具有低和高YTHDC2表達(dá)（的LUAD標(biāo)本。GSH代謝是確定的前20條KEGG途徑之一。在顯著改變的代謝物中，與YTHDC2高**相比，在YTHDC2低**中觀察到胱氨酸增加了3.975倍。此外，觀察到Y(jié)THDC2與細(xì)胞內(nèi)胱氨酸之間呈負(fù)相關(guān)。這些數(shù)據(jù)表明YTHDC2減少細(xì)胞內(nèi)胱氨酸。為了驗(yàn)證YTHDC2是否降低了胱氨酸攝取，我們培養(yǎng)了具有高(pHY#1-8)或低(pLY#1-8)YTHDC2表達(dá)水平的原代患者來(lái)源的LUAD細(xì)胞。L-14C-胱氨酸攝取測(cè)定結(jié)果表明，YTHDC2通過其YTH結(jié)構(gòu)域抑制了H1299和H1975細(xì)胞產(chǎn)生的異種移植物、小鼠形成的LUAD和患者來(lái)源的LUAD細(xì)胞中的胱氨酸攝取。已顯示CHAC1mRNA水平的上調(diào)表明胱氨酸攝取受損。事實(shí)上，觀察到Y(jié)THDC2增加了CHAC1mRNA水平。

4、LncHrt改善心肌梗死后心臟代謝穩(wěn)態(tài)

通過RNA-seq分析發(fā)現(xiàn)LncHrt在MI后調(diào)控代謝過程，因而作者思考LncHrt如何在心臟重構(gòu)和應(yīng)激反應(yīng)中緩解心臟代謝應(yīng)激，改善代謝表型。研究發(fā)現(xiàn)，LncHrt敲除導(dǎo)致線粒體的氧通路增強(qiáng)，脂肪酸氧化***提高，氧化磷酸化增加，呼吸作用復(fù)合體增加。這些研究表明心臟LncHrt過表達(dá)改善心肌梗死后心臟氧化磷酸化代謝能力。此外，考慮到MI后氧氣供應(yīng)減少，葡萄糖利用代謝轉(zhuǎn)變，作者檢測(cè)了葡萄糖關(guān)鍵酶蛋白HK1，PGK1，和能量代謝酶CS，IDH2的表達(dá)。結(jié)果顯示，他們的表達(dá)在LncHrt過表達(dá)后***上調(diào)。此外，LncHrt過表達(dá)也***增加了ATP水平。而敲除LncHrt則導(dǎo)致線粒體氧代謝的指標(biāo)***下降?？傊@些結(jié)果表明LncHrt能保持心肌代謝穩(wěn)態(tài)，改善心肌梗死后的心功能。 英拜有一支高精尖的團(tuán)隊(duì)。

在DMF誘導(dǎo)的HIF-2α介導(dǎo)的細(xì)胞死亡中，活性氧積累和鐵毒性是必不可少的

添加半胱氨酸前體n-乙酰半胱氨酸(NAC)的生長(zhǎng)培養(yǎng)基挽救了含或不含F(xiàn)G4592DMF處理的HCT116和SW480細(xì)胞的死亡和活力。在DMF處理和維持缺氧的細(xì)胞中也觀察到類似的結(jié)果。FG4592或單獨(dú)的缺氧處理增加了ROS，這是通過細(xì)胞滲透的2,7-二氯二氫熒光素二醋酸酯(H2DCFDA)評(píng)估的，它被用作ROS的指標(biāo)。與DMF的協(xié)同處理增強(qiáng)了ROS生成的增加，而NAC可以挽救ROS生成。為了證實(shí)對(duì)氧化細(xì)胞死亡的敏感性是由HIF-2α介導(dǎo)的，利用了shRNA介導(dǎo)的HIF-1α和HIF-2α敲低細(xì)胞。HIF-2α敲低細(xì)胞中的ROS水平***降低，表明DMF處理后HIF-2α在ROS產(chǎn)生中的作用。由于HIF***會(huì)導(dǎo)致線粒體代謝的變化和ROS的產(chǎn)生，作者分析了DMF或FG4592處理是否會(huì)引起線粒體代謝物池的變化。然而，線粒體代謝物水平未見***變化，表明HIF-2α通過其他機(jī)制影響細(xì)胞ROS。由DMF和FG4592介導(dǎo)的細(xì)胞死亡在低鐵和對(duì)照培養(yǎng)基中被挽救?？傊@些數(shù)據(jù)表明，鐵毒性通過HIF-2α和氧化應(yīng)激脆弱性的機(jī)制。 英拜的高通量測(cè)序服務(wù)質(zhì)量。空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)科研歡迎咨詢

大黃酸改變嘌呤代謝降低尿酸水平。河北科研國(guó)家自然科學(xué)基金

3）DRD2重新編碼MφM1表型，下調(diào)IL-6和IL-10

據(jù)報(bào)道，DRD2可調(diào)節(jié)M1的極化。結(jié)果顯示，在DRD2表達(dá)水平較高的BrCa組織中，M1Mφ的浸潤(rùn)增加，M2Mφ的浸潤(rùn)減少(圖3A)。為進(jìn)一步研究DRD2對(duì)TAMs的調(diào)控作用，構(gòu)建了BrCa與Mφ共培養(yǎng)體系。當(dāng)Mφ與表達(dá)DRD2的BrCa細(xì)胞共培養(yǎng)時(shí)，qRT-PCR顯示M1表型標(biāo)記增加，M2Mφ標(biāo)記下調(diào)(圖3B-C)。qRT-PCR也證實(shí)了載體轉(zhuǎn)染的BrCa細(xì)胞將Mφ調(diào)節(jié)為M2型(圖3C)[12]。WB結(jié)果顯示，表達(dá)DRD2的BrCa細(xì)胞上調(diào)M1標(biāo)記iNOS，下調(diào)M2標(biāo)記CD206(圖3D)。IF染色顯示，與表達(dá)DRD2的**細(xì)胞共培養(yǎng)后，Mφ表現(xiàn)為M1表型(圖3E)。上述結(jié)果表明，BrCa中的DRD2具有將Mφ重新編碼為M1表型的能力。為了探索使Mφ向M1表型分化的關(guān)鍵調(diào)控因子，我們進(jìn)行了細(xì)胞因子陣列分析。結(jié)果表明，TNF-α和兩種誘導(dǎo)M1極化的經(jīng)典細(xì)胞因子IFNγ均未增加。而與Mφ共培養(yǎng)后，DRD2***下調(diào)IL-6和IL-10(圖3F)。分析熒光值，進(jìn)一步證實(shí)IL-6和IL-10下調(diào)(圖3F)。因此，DRD2可以將Mφ重新編碼為M1表型，并在crosstalk過程中***下調(diào)IL-6和IL-10。 河北科研國(guó)家自然科學(xué)基金

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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序

5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片

6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)

7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)