piRNA-30473通過調(diào)控WTAP的表達(dá)介導(dǎo)m6A的甲基化
為了進(jìn)一步探討piRNA-30473在DLBCL中轉(zhuǎn)錄組調(diào)控中的作用，我們在轉(zhuǎn)染antiagomir-30473后48h檢測m6A整體甲基化水平。結(jié)果顯示，轉(zhuǎn)染antiagomir-30473的細(xì)胞總體m6A水平降低(圖3A,3B)。METTL3,METTL14,WTAP,FTO和ALKBH5是關(guān)鍵的m6A甲基轉(zhuǎn)移酶或去甲基化酶，它們的失調(diào)可能導(dǎo)致DLBCL中m6A修飾譜異常。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，抑制piRNA-30473降低了WTAP的表達(dá)(圖3C,3D)，而其他蛋白表達(dá)無明顯差異。同時，免疫共沉淀表明，antiagomir-30473處理降低了WTAP與METTTL3和METTTL14的相關(guān)性(圖3E)。接下來為了證明piRNA-30473在WTAPmRNA中是否存在結(jié)合位點(diǎn)，作者先使用miRNA特異性靶檢測算法確定假定的結(jié)合位點(diǎn)(圖3F)，后續(xù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果證明，piRNA-30473通過與WTAP的3’-UTR結(jié)合，降低了WTAPmRNA的衰減，進(jìn)而增強(qiáng)了mRNA的穩(wěn)定性(圖3G,3H)。 ATM對PTEN的磷酸化導(dǎo)致PTEN在質(zhì)膜上重新分布。醫(yī)學(xué)科研課題動物模型構(gòu)建
細(xì)胞間的相互作用在**進(jìn)展和轉(zhuǎn)移中發(fā)揮關(guān)鍵作用。目前關(guān)于這些**細(xì)胞是如何與其他細(xì)胞相互交流的仍有很多是未知的。**釋放的外泌體被認(rèn)為是**進(jìn)行細(xì)胞間溝通的有效介質(zhì)。Dong等探索了肝細(xì)胞*（HCC）外泌體在其轉(zhuǎn)移和預(yù)后價值中的功能。本文于2021年6月發(fā)表在《Signal Transduction and Targeted Therapy》期刊上，IF：13.493。
1、外泌體的分離與鑒定以及HCC細(xì)胞的釋放和吸收
使用投射電子顯微鏡觀察了外泌體的形態(tài)和形狀；納米粒子**分析發(fā)現(xiàn)外泌體直徑在40-200nm之間，并且在6個HCC細(xì)胞系外泌體中都檢測到了外泌體標(biāo)志物CD63，CD9，和Alix的表達(dá)；然后使用DIO標(biāo)記高轉(zhuǎn)移性HCC細(xì)胞的外泌體（HMH-exo）和低轉(zhuǎn)移性HCC細(xì)胞外泌體（LMH-exo），在激光掃描共焦顯微鏡下觀察到綠色標(biāo)記的HMH-exo和LMH-exo都可以被低轉(zhuǎn)移性HCC細(xì)胞細(xì)胞系有效吸收（圖1）。這些結(jié)果表明已經(jīng)成功分離和純化HCC來源的外泌體并且他們可以被其它HCC細(xì)胞吸收。 課題地區(qū)科學(xué)基金我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測序基因表達(dá)譜。
自噬“貨物”是有選擇性裝載的，其中主要依靠LIR基序與LC3互作，形成自噬體。隨后，自噬體進(jìn)行運(yùn)輸、溶解。研究表明，自噬異常會影響疾病進(jìn)程。**中的自噬具有雙重作用：一方面自噬的發(fā)生會增強(qiáng)*細(xì)胞的生存能力；另一方面，抑制自噬會造成“廢物”的積累、基因突變等，誘發(fā)**。
1、Meta-GWAS分析
收集三組GWAS數(shù)據(jù)用于meta分析，確定了35個基因區(qū)域中36個**的基因突變（p<5×10?8）。接下來，分析SNP200kb內(nèi)與AD***相關(guān)(p<10-5)的突變，篩選獲得PRKD3/NDUFAF7,SHARPIN,CHRNE,PLCG2,APP6個基因，這6個基因都存在于AD發(fā)病***相關(guān)的突變。
2、多基因風(fēng)險評分（PRS）
為了評估AD遺傳景觀的穩(wěn)健性和綜合效應(yīng)，基于39個遺傳變異（不包括APOE基因型）構(gòu)建了一個加權(quán)PRS。
接下來測試了RPS與臨床診斷的關(guān)聯(lián)。PRS與臨床診斷的AD病例的關(guān)聯(lián)與病理證實(shí)的AD的關(guān)聯(lián)相似；在伴隨的腦部病變（除AD之外）存在的情況下PRS與AD相關(guān)；在不同性別中，RPS與AD的相關(guān)性無差異，并且在早發(fā)型、晚發(fā)型中效果一致。
3、PRS有可能及早識別有風(fēng)險的受試者
使用12,386例樣本分析RPS能否識別早發(fā)型AD（AAO），結(jié)果表明，PRS與APOE基因型相結(jié)合，可能對AAO進(jìn)行有效的預(yù)測。
人PTC組織中tRFs和tiRNAs的表達(dá)
為了鑒定人PTC組織中的tRFs和tiRNAs，收集3對PTC*組織和*旁組間，用于高通量測序，其結(jié)果比對至tRNAlibraryGtRNAdb文庫，并從中去除線粒體tRNA。**終累計獲得1723個tRN**段，其中594個片段只存在于**組織，136個只存在于*旁組織（圖1A-B）。成分分析顯示，**中tiRNAs的數(shù)量遠(yuǎn)超*旁組織，而tRFs則主要存在于*旁（圖1C）。火山圖可以看出5個在**組織中***上調(diào)的tRN**段：5’-tiRNA-Gly-GCC，5’-tiRNA-Lys-CTT，5’-tiRNA-Glu-CTC，5’-tRF-Val-CAC，pre-tRNA-Ser-TGA(Fig.1D)。圖1E顯示tRN**段1260，1293，1297和1385明顯來源于**組織。tRN**段1293和1297都是5’-tiRNA-Gly-GCC剪切自tiRNA-Gly-GCC的不同部分的。tRN**段1260切割自tRNA-Glu-CTC，tRN**段1358切割自tRNA-Lys-CTT。 提供***科研設(shè)計咨詢及輔助實(shí)驗(yàn)。
***我們來講一篇刊登在Nucleic Acids Research題名為MarkerDB: an online database of molecular biomarkers的文章。MarkerDB是一個整合已知臨床和選定的臨床前分子生物標(biāo)志物的數(shù)據(jù)庫，包括四種主要類型的分子生物標(biāo)記（化學(xué)，蛋白質(zhì)，DNA [遺傳]和核型）和四種生物標(biāo)記類別（診斷，預(yù)測，預(yù)后和暴露）。MarkerDB提供的信息包括：生物標(biāo)志物名稱和同義詞，相關(guān)條件或病理，詳細(xì)的疾病描述，詳細(xì)的生物標(biāo)志物描述，生物標(biāo)志物特異性，敏感性和ROC曲線，標(biāo)準(zhǔn)參考值（對于蛋白質(zhì)和化學(xué)標(biāo)志物），變體（對于SNP或遺傳標(biāo)志物） ），序列信息（用于遺傳和蛋白質(zhì)標(biāo)記），分子結(jié)構(gòu)（用于蛋白質(zhì)和化學(xué)標(biāo)記），組織或生物流體來源（用于蛋白質(zhì)和化學(xué)標(biāo)記），染色**置和結(jié)構(gòu)（用于遺傳和核型標(biāo)記），臨床批準(zhǔn)狀態(tài)和相關(guān)文獻(xiàn)參考。caspase-3抗體是一種***用于檢測凋亡細(xì)胞的標(biāo)志物。鐵死亡課題協(xié)同創(chuàng)作
上海英拜提供課題外包服務(wù)。醫(yī)學(xué)科研課題動物模型構(gòu)建
目前，PROTAC-DB包括1662個PROTAC，202個彈頭（靶向目標(biāo)蛋白質(zhì)的小分子），65個E3配體（能夠募集E3連接酶的小分子）和806個接頭，以及它們的化學(xué)結(jié)構(gòu)，生物學(xué)活性和理化性質(zhì)。除了彈頭和E3配體的生物活性外，PROTAC-DB還提供PROTAC的降解能力，結(jié)合親和力和細(xì)胞活性。
數(shù)據(jù)庫的查詢和瀏覽為了方便對PROTAC-DB中的數(shù)據(jù)進(jìn)行檢索，作者提供了檢索和瀏覽工具。在檢索工具上，PROTAC-DB可以進(jìn)行基于文本的檢索和基于結(jié)構(gòu)的檢索。基于文本的搜索是在整個PROTAC-DB中進(jìn)行搜索的一種簡單方式，只需輸入單個術(shù)語，如目標(biāo)名稱、化合物名稱或ID。對于基于結(jié)構(gòu)的搜索，用戶可以在ChemDoodle編輯器中輸入SMILES字符串、上傳MO***F文件或繪制分子草圖。導(dǎo)入自編輯的分子后，可以從三個搜索選項(xiàng)(similarity、substructure或exact)中選擇一個。在相似性搜索中，利用類FCFP指紋中的位向量Morgan指紋來計算兩個分子之間的Tanimoto相似度?？梢赃x擇數(shù)據(jù)集(PROTAC、彈頭、E3配體或Linker)進(jìn)行搜索。
醫(yī)學(xué)科研課題動物模型構(gòu)建
公司特色是以各式高通量二代測序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)