5）缺氧主要通過(guò)FOXO3A轉(zhuǎn)錄抑制LINC00926的表達(dá)，***PGK1的表達(dá)
由于缺氧是**的一個(gè)關(guān)鍵現(xiàn)象，我們確定了LINC00926/PGK1軸是否在缺氧下糖酵解的調(diào)節(jié)中發(fā)揮作用。缺氧刺激了PGK1在mRNA和蛋白水平上的表達(dá)，并降低了LINC00926的表達(dá)(圖5A)。為了確定缺氧如何抑制乳腺*細(xì)胞中LINC00926的表達(dá)，我們研究了缺氧后對(duì)LINC00926啟動(dòng)子的抑制。對(duì)不同的LINC00926啟動(dòng)子缺失報(bào)告基因的分析顯示，啟動(dòng)子區(qū)域在300-200bp之間包含一個(gè)缺氧抑制元件(圖5B)。該區(qū)域假定的FOXO3A結(jié)合位點(diǎn)的突變會(huì)導(dǎo)致抑制的喪失。在常氧或缺氧條件下，F(xiàn)OXO3A影響LINC00926和PGK1的表達(dá)，說(shuō)明FOXO3A是LINC00926調(diào)控的特異性轉(zhuǎn)錄因子(圖5C和5D)。ChIP分析表明，在常氧條件下，F(xiàn)OXO3A被募集到LINC00926啟動(dòng)子內(nèi)包含F(xiàn)OXO3A結(jié)合位點(diǎn)的區(qū)域，但沒(méi)有被募集到LINC00926啟動(dòng)子上游的區(qū)域，在缺氧條件下募集減少(圖5E)。FOXO3A提高了LINC00926水平，降低了PGK1水平，而且重要的是，在正常或缺氧條件下，下調(diào)LINC00926均嚴(yán)重?fù)p害了FOXO3A調(diào)節(jié)LINC00926和PGK1表達(dá)的能力(圖5F)。此外，敲除LINC00926還**削弱了缺氧對(duì)PGK1上調(diào)的影響。這些數(shù)據(jù)表明，缺氧主要通過(guò)FOXO3A轉(zhuǎn)錄抑制LINC00926的表達(dá)，***PGK1的表達(dá)。 circNDUFB2敲低可降低細(xì)胞培養(yǎng)上清液中這些細(xì)胞因子的水平。推廣標(biāo)書地區(qū)科學(xué)基金
轉(zhuǎn)座酶染色質(zhì)可及性單核測(cè)序(snATAC-seq)也是一種單細(xì)胞表觀遺傳組測(cè)序技術(shù)。單細(xì)胞核測(cè)序，能夠獲得組織的細(xì)胞圖譜，解決細(xì)胞異質(zhì)性的問(wèn)題。單細(xì)胞或細(xì)胞核RNA測(cè)序(scRNA-seq或snRNAseq)促進(jìn)了對(duì)定義腎臟細(xì)胞特性的基因和途徑的更深入的理解。成熟的人類和小鼠腎臟的多個(gè)scRNAseq圖譜已經(jīng)確定了轉(zhuǎn)錄如何有助于細(xì)胞類型的特異性。**近的方法已經(jīng)將這種方法擴(kuò)展到單細(xì)胞染色質(zhì)可及性分析。單核染色質(zhì)轉(zhuǎn)置可及性測(cè)序試驗(yàn)(snATACseq)是ATAC-seq的擴(kuò)展，該試劑盒利用Tn5轉(zhuǎn)置酶在數(shù)千個(gè)單個(gè)細(xì)胞中測(cè)量染色質(zhì)可及性。推廣標(biāo)書省自然科學(xué)基金為了確定水蘇糖是否參與了Tempol對(duì)PCOS大鼠的有益作用.
***是心肌梗死、缺血性中風(fēng)和外周動(dòng)脈疾病(PAD)的主要潛在原因，是世界范圍內(nèi)的主要死亡原因。***是一種慢性炎癥性疾病，優(yōu)先發(fā)生在暴露于紊亂血流(d-flow)的動(dòng)脈區(qū)域，而暴露于穩(wěn)定血流(s-flow)的動(dòng)脈區(qū)域則受到保護(hù)。血流被內(nèi)皮細(xì)胞(ECs)中的機(jī)械傳感器識(shí)別，進(jìn)而***信號(hào)通路，導(dǎo)致基因表達(dá)、內(nèi)皮功能和***通路的調(diào)控。D-flow誘導(dǎo)ec中重要的原***通路，包括內(nèi)皮炎癥和功能障礙、滲透性功能障礙、血栓形成和內(nèi)皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化(EndMT)。相反，s-flow保護(hù)ec免受這些原***途徑的影響。
2021年，來(lái)自加拿大多倫多大學(xué)和加拿大溫哥華英屬哥倫比亞大學(xué)等團(tuán)隊(duì)合作在Naturecommunication雜志上發(fā)表了文章“BiologicalandtherapeuticimplicationsofauniquesubtypeofNPM1mutatedAML.”。此報(bào)道描述了npm1突變AML患者的分子異質(zhì)性?；趓na-seq的基因表達(dá)譜分析，確定了兩種新亞型，稱為原始型和committed型?；诨虮磉_(dá)、表觀基因組(ATAC-seq)和免疫表型(CyToF)的差異，在**的AML隊(duì)列中將亞型與特定的分子特征、疾病分化狀態(tài)和患者生存聯(lián)系起來(lái)。此外，表明了在缺乏FLT3-ITD的原始特征病例的***中添加激酶抑制劑對(duì)AML可能有***益處。急性髓系白血病(AML)是一種基因和生物學(xué)上的異質(zhì)性疾病，其特征是克隆擴(kuò)增和突變的造血干細(xì)胞和祖細(xì)胞分化受損。在AML**常見(jiàn)的驅(qū)動(dòng)突變中，NPM1基因第12外顯子的4堿基對(duì)插入是穩(wěn)定的，在20%-30%的病例中發(fā)生。由于其生物學(xué)意義和預(yù)后影響，NPM1突變?cè)谑澜缧l(wèi)生組織(WHO)的髓性白血病分類中**了一個(gè)獨(dú)特的白血病實(shí)體，并在預(yù)后和***決策中發(fā)揮重要作用。E2F1是一種有效的轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子.
結(jié)果1）LINC00926被篩選為PGK1負(fù)調(diào)控的lncRNA，與乳腺*臨床結(jié)果相關(guān)
為了探索負(fù)調(diào)控PGK1的lncRNAs，我們根據(jù)圖1A所示的篩選策略對(duì)乳腺*的三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行了分析。我們鑒定了3個(gè)lncRNA，LINC00926，LINC01089和LINC00324與PGK1呈負(fù)相關(guān)，且表現(xiàn)出良好的臨床結(jié)果(圖1B-1D)。為了研究鑒定出的lncRNAs是否下調(diào)了PGK1的表達(dá)，我們分別用這三個(gè)lncRNAs分別轉(zhuǎn)染了乳腺*細(xì)胞。我們的結(jié)果表明，在mRNA水平不變的情況下，只有LINC00926導(dǎo)致MCF-7和MDA-MB-231細(xì)胞中PGK1蛋白水平***下降(圖1E)，表明LINC00926下調(diào)了乳腺*細(xì)胞中PGK1的表達(dá)。此外，與非**組相比，13/14(92.9%)例乳腺*患者的LINC00926表達(dá)降低，12/14(85.7%)例乳腺*患者的PGK1表達(dá)上調(diào)。在乳腺*樣本中，LINC00926的表達(dá)與PGK1的表達(dá)呈負(fù)相關(guān)(圖1F)。 WB結(jié)果顯示結(jié)腸中炎癥分子的相對(duì)表達(dá)似乎低于脊髓中的。項(xiàng)目標(biāo)書中標(biāo)率高
circSDHC是一個(gè)很有前景的RCC患者潛在的預(yù)后生物標(biāo)志物和***靶點(diǎn)。推廣標(biāo)書地區(qū)科學(xué)基金
我們鑒定出了幾個(gè)可能與LINC00926相互作用的蛋白，包括兩個(gè)E3連接酶，STUB1和E6AP(圖4F)。免疫印跡進(jìn)一步證實(shí)，只有STUB1與LINC00926相互作用，而E6AP則沒(méi)有(圖4G)。此外，RIP分析也表明，PGK1和STUB1免疫沉淀中，LINC00926***富集(圖4H)。此外，LINC00926增強(qiáng)了STUB1介導(dǎo)的PGK1泛素化(圖4I)。敲低STUB1**減弱了LINC00926對(duì)PGK1泛素化的影響(圖4J)。這些數(shù)據(jù)表明，STUB1在LINC00926調(diào)控PGK1泛素化過(guò)程中起著關(guān)鍵作用。與LINC00926對(duì)STUB1介導(dǎo)的PGK1泛素化的影響一致，LINC00926增加了STUB1和PGK1之間的相互作用(圖4K)。而敲低STUB1**減弱了LINC00926對(duì)PGK1降解的影響(圖4L)。推廣標(biāo)書地區(qū)科學(xué)基金
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請(qǐng)：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開(kāi)展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)