六、改進(jìn)分選策略以分離胚胎HSCs/MPPs
研究者基于細(xì)胞表面標(biāo)記設(shè)計(jì)了一種針對(duì)HSCs / MPP的新的熒光***細(xì)胞分選策略（簡(jiǎn)稱CD-REF），使用CD-REF分選板對(duì)股骨BM細(xì)胞進(jìn)行分選，結(jié)果顯示標(biāo)記為HSCs / MPP和HSCs / MPPs-Cycle簇的CD-REF細(xì)胞約占88％。為了評(píng)估CD-REF細(xì)胞譜系輸出的分化潛力和穩(wěn)健性，研究人員在小鼠MS5飼養(yǎng)層或更具生理相關(guān)性的人類胎兒間充質(zhì)干細(xì)胞（fMSCs）上對(duì)三個(gè)胎兒的單個(gè)細(xì)胞進(jìn)行了分選，結(jié)果顯示MS5和fMSCs上分別存在著四系、三系、雙系、單系和未分化的譜系集落。接下來(lái)，又對(duì)單個(gè)CD-REF和免疫表型HSCs進(jìn)行了分類，結(jié)果顯示CD-REF在胎兒肝臟和骨髓中富集了多譜系輸出的細(xì)胞群，且CD-REF細(xì)胞具有與表型HSCs相當(dāng)?shù)亩酀撃苄院妥V系輸出能力，這與前述分化軌跡探究一致，再次驗(yàn)證CD-REF**了高富集的HSC/MPPs群體。 zVAD預(yù)處理也略微增加了IR后PTEN-398A細(xì)胞中未解決的DNA損傷灶的數(shù)量。circRNA課題基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)外包
為了進(jìn)一步探討m6A修飾在FZD7 mRNA中的作用，我們構(gòu)建了三種FZD7突變體，其中一種突變體為***個(gè)m6A峰(FZD7- peak1 Mut)，另一種突變體為第二個(gè)m6A峰(FZD7- Peak2 Mut)，以及雙突變體(FZD7- peak1 &2 Mut;圖5)。與野生型相比FZD7 (FZD7-WT)突變?cè)诘诙6A峰和雙m6A峰值突變(FZD7-Peak2傻瓜和FZD7-Peak1&2Mut)野生型YTHDF1沒有反應(yīng)過度(7和8)圖5 h,面板,建議第二m6A峰FZD7 YTHDF1的主要網(wǎng)站的監(jiān)管。同樣，m6a結(jié)合能力的喪失完全消除了YTHDF1促進(jìn)FZD7 mRNA翻譯的作用(圖5H，圖9 12)。這些結(jié)果表明YTHDF1介導(dǎo)的FZD7的翻譯控制依賴于m6A修飾。醫(yī)學(xué)科研課題CROTIMEOR用于推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。
VD-VDR可緩解糖尿病小鼠腎臟異常自噬體積聚
我們利用透射電子顯微鏡(TEM)檢查糖尿病小鼠腎臟的變化。與WT小鼠相比，WT+STZ小鼠腎小管上皮細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)更多的自噬空泡，糖尿病VDR-KO小鼠中發(fā)現(xiàn)**多的自噬空泡。為了進(jìn)一步證實(shí)這些發(fā)現(xiàn)，我們檢測(cè)了自噬的關(guān)鍵標(biāo)記LC3的表達(dá)。如圖3B和3E所示，STZ處理后小鼠LC3-II增加，KO+STZ組這種作用更明顯，pari處理恢復(fù)了STZ誘導(dǎo)的LC3變化。為了進(jìn)一步驗(yàn)證，我們對(duì)自噬體進(jìn)行了免疫熒光染色。STZ小鼠LC3斑點(diǎn)增多，KO+STZ小鼠LC3斑點(diǎn)增多更為明顯，pari處理小鼠LC3斑點(diǎn)減少。為了探究自噬空泡和LC3數(shù)量的增加是否表明自噬***或自噬降解受損，我們檢測(cè)了自噬底物SQSTM1。STZ誘導(dǎo)的糖尿病小鼠的SQSTM1表達(dá)高于WT小鼠，表明STZ誘導(dǎo)的小鼠存在自噬缺陷。Pari部分恢復(fù)了缺陷自噬，因?yàn)樗档土薙TZ誘導(dǎo)的糖尿病小鼠中SQSTM1的表達(dá)。此外，STZ處理后VDR-KO小鼠的自噬缺陷水平高于對(duì)照小鼠，而OE+STZ小鼠未見SQSTM1聚集。我們的數(shù)據(jù)表明，STZ誘導(dǎo)的糖尿病腎臟的自噬是有缺陷的，可以通過VD-VDR部分恢復(fù)。
三、ICICLE-seq聯(lián)合測(cè)量可及性和表位
A.在標(biāo)準(zhǔn)的scATAC-seq協(xié)議下，細(xì)胞膜的去除切斷了細(xì)胞表面和細(xì)胞染色質(zhì)狀態(tài)之間的連接。為了測(cè)試我們?cè)谕ㄍ感约?xì)胞上同時(shí)測(cè)量細(xì)胞表面蛋白和染色質(zhì)狀態(tài)的能力，我們修改了我們優(yōu)化的通透性細(xì)胞scATAC-seq方法，將其納入使用商用條形碼抗體試劑的測(cè)量，我們將這種新方法稱為ICICLE-seq.ICICLE-seq協(xié)議利用定制的Tn5轉(zhuǎn)座復(fù)合體，其捕獲序列與基因組公司的10xscRNA-seq凝膠珠捕獲反應(yīng)兼容，可同時(shí)捕獲ATAC片段和多聚腺苷化抗體條形碼序列.
B.UMAP投影和ATAC標(biāo)記轉(zhuǎn)移在ICICLE-seq數(shù)據(jù)上的分辨率與scATAC-seq在死亡細(xì)胞和***碎片后的完整通透細(xì)胞上的分辨率相似.
C.然而，基于poly-based的捕獲方法和置換片段的單端讀出限制了數(shù)據(jù)質(zhì)量。盡管如此，ICICLE-seq結(jié)果表明，通透細(xì)胞能夠同時(shí)捕獲細(xì)胞核染色質(zhì)可達(dá)性和高質(zhì)量的細(xì)胞表面表位定量。我們能夠利用額外的ADT數(shù)據(jù)聚集并根據(jù)細(xì)胞表面抗原識(shí)別細(xì)胞類型.
D.E.基于ADT數(shù)據(jù)的UMAP和JaccardLouvain聚類可以根據(jù)細(xì)胞類型特異性標(biāo)記與聚類的明確關(guān)聯(lián)識(shí)別細(xì)胞類型特異性聚類。 高表達(dá)的外泌體CD44v6和C1QBP是預(yù)測(cè)PDAC患者預(yù)后和肝轉(zhuǎn)移的很有前途的生物標(biāo)志物。
腸道菌群與結(jié)直腸*(CRC)之間的關(guān)聯(lián)已被***研究。然而，用于多個(gè)人群的早期診斷標(biāo)記仍然難以捉摸。本研究對(duì)1056例糞便樣本進(jìn)行了綜合分析，以確定與CRC相關(guān)的微生物作為早期檢測(cè)CRC的標(biāo)志物。
對(duì)來(lái)自4項(xiàng)研究的16srRNA測(cè)序進(jìn)行分析，評(píng)估隨著CRC進(jìn)展（無(wú)疾病-腺瘤-結(jié)直腸*）腸道微生物的變化，并鑒定出針對(duì)腺瘤的為微生物標(biāo)志物。
2.構(gòu)建腺瘤微生物模型
除了使用差異ASV作為關(guān)鍵指標(biāo)，模型構(gòu)建中還包括α多樣性指數(shù)（Shannon指數(shù)，Simpson指數(shù)和ObservedASV）以及三個(gè)患者臨床指標(biāo)（年齡，性別和體重指數(shù)（BMI））。**終構(gòu)建了包括八個(gè)差異性ASV（作為生物標(biāo)記物）以及年齡，性別和BMI為**的模型，可區(qū)分對(duì)照對(duì)象與腺瘤患者（準(zhǔn)確度：0.73，敏感性：0.82，特異性：0.62，精度：0.73，F(xiàn)1得分：0.77）。其中，用ASV區(qū)分腺瘤和**的RF模型達(dá)到了0.89的AUC（精度：0.80，靈敏度：0.66，特異性：0.90，精度：0.83和F1得分：0.72）。 外泌體CD44v6和C1QBP可能是預(yù)測(cè)PDAC患者預(yù)后的有前途的生物標(biāo)志物。模型建造課題協(xié)同創(chuàng)作
完善的實(shí)驗(yàn)平臺(tái)提供可視化的建模服務(wù)。circRNA課題基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)外包
10）M1-Exos在bEnd.3細(xì)胞中通過miR-155/SOCS6/p65軸上調(diào)ROS水平，損害線粒體功能
我們進(jìn)行了一系列功能喪失和功能獲得實(shí)驗(yàn)來(lái)研究miR-155/SOCS6/p65軸在調(diào)節(jié)線粒體功能中的作用。如圖10A-E所示，SOCS6過表達(dá)消除了miR-NCOE-Exos或miR-155OE-Exos誘導(dǎo)的ROS水平(圖10A和B)、線粒體超氧化物含量(圖10C和D)和線粒體電位(圖10E)的升高。此外，SOCS6過表達(dá)***緩解了miR-NCOE-Exos或miR-155OE-Exos處理后的線粒體腫脹，并降低了線粒體碎片細(xì)胞的比例(圖10F和G)。進(jìn)一步的結(jié)果表明，SOCS6過表達(dá)可挽救miR-NCOE-Exos或miR-155OE-Exos處理導(dǎo)致的OCR、基礎(chǔ)呼吸、ATP產(chǎn)生、呼吸能力和呼吸逆轉(zhuǎn)的下降(圖10H和I)。miR-NCKD-Exos或miR-155KD-Exos處理后沉默SOCS6則出現(xiàn)相反的結(jié)果(圖10J-R)。
結(jié)論：在本研究中，我們發(fā)現(xiàn)SCI后浸潤(rùn)的巨噬細(xì)胞可通過傳遞外泌體miR-155促進(jìn)EndoMT，損害線粒體功能，從而加重BSCB完整性，隨后通過抑制SOCS6誘導(dǎo)的p65降解，***NF-κB通路。我們的工作可能會(huì)加強(qiáng)對(duì)巨噬細(xì)胞和血管內(nèi)皮細(xì)胞之間相互干擾的理解，并揭示脊髓損傷后BSCB完整性的潛在調(diào)節(jié)機(jī)制。 circRNA課題基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)外包
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請(qǐng)：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)