抑制piRNA-30473可降低DLBCL的發(fā)生
為了進一步探索piRNA-30473在DLBCL中的功能作用，作者使用antiagomir-30473在DLBCL細胞中去除piRNA-30473。結果發(fā)現(xiàn)，與對照組相比，在DLBCL細胞中耗盡piRNA-30473導致增殖減少(圖2A)。此外，細胞周期分析顯示，在DLBCL細胞中抑制piRNA-30473可以增加G1期細胞的比例，減少S期和G2期細胞的比例(圖2B,2C)。然而，耗盡piRNA-30473并不誘導細胞凋亡(圖2D)。此外，通過SU-DHL-8異種移植DLBCL模型，以評估piRNA-30473對體內DLBCL進展的影響(圖2E)。結果發(fā)現(xiàn)，抑制piRNA-30473抑制**增長(圖2F)。這些數(shù)據(jù)表明沉默piRNA-30473可以抑制DLBCL細胞在體內和體外的活性。 可以推斷基因調控事件之間的關系。靶基因驗證課題分子生物學
CircRNF13直接結合SUMO2mRNA的3’UTR穩(wěn)定SUMO2
為了探究circRNF13調節(jié)GLUT1泛素化的機制，作者進行了LC-MS/MS，其中SUMO2引起了作者的注意。SUMO2類泛素化修飾（SUMOylation）是泛素化樣蛋白修飾成員可以調節(jié)蛋白降解通過泛素化途徑。并且研究表明SUMO2在NOC中是抑制糖酵解的。于是探究circRNF13與SUMO2的結合關系。與預期一致，過表達circRNF13會在mRNA和蛋白水平誘導SUMO2的表達上調，干擾circRNF13則效果相反。生信分析揭示circRNF13和SUMO2的非編碼區(qū)存在結合位點。RNApull-down顯示生物素標記的circRNF13可以下拉SUMO2的mRNA在NPC細胞中。上熒光素酶實驗表明過表達circRNF13會提高SUMO2的熒光素酶活性。以上數(shù)據(jù)表明circRNF13通過與SUMO2結合調節(jié)其表達。 凋亡 課題檢測服務也是***PDAC肝轉移的潛在靶點。
對snATAC-seq數(shù)據(jù)集使用97%置信閾值對細胞類型分配進行過濾，以去除異型雙重體。通過標簽轉移獲得的snATAC-seq細胞類型預測(圖1d)與無監(jiān)督簇的編輯注釋(圖1e, f)的比較表明，所有主要的細胞類型都存在于這兩個數(shù)據(jù)集中，并且在檢測和分配細胞身份方面，snATAC-seq與snRNA-seq具有可比性(補充圖3)。使用基于基因活性的細胞類型分配進行下游分析，這是通過對snatc -seq數(shù)據(jù)集的無監(jiān)督聚類獲得的。有趣的是，snATAC-seq能夠檢測到近端小管簇內的兩個亞群，這可能**近端曲小管(圖1e, PCT)和近端直小管(圖1e, PST)。PCT顯示編碼SGLT2的SLC5A2具有更強的染色質可及性;而PST在編碼SGLT1的SLC5A1(圖1f，補充圖4)中表現(xiàn)出更強的可達性。SGLT2在近端小管S1和S2段重新吸收葡萄糖，SGLT1位于S3。
5）Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物介導了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉移的積極作用
此前，我們發(fā)現(xiàn)IGF-1可以通過誘導補體C1q結合蛋白(C1QBP)從細胞質轉位到膜上，驅動CD44v6/C1QBP復合物的形成，從而***IGF-1下游通路。因此，我們很想知道C1QBP是否通過CD44v6相互作用參與Pex誘導的HSC活化。我們的結果表明C1QBP在Pex中的表達明顯高于Npex(圖6A)。如圖6B所示，C1QBP在Pex孵育的HSCs中表達高于Npex組。同時，與Pex處理的細胞相比，C1QBP-kdPex處理HSCs后C1QBP蛋白水平***降低(圖6B)。與Pex轉移的CD44v6在HSCs中的位置一致，膜中也檢測到C1QBP，并與Pan-cadherin共定位(圖6C)。這些數(shù)據(jù)表明，C1QBP可以通過Pex傳遞到HSCs膜。免疫電鏡顯示CD44v6和C1QBP在Pex***表達(圖6D)。同時過表達CD44v6和C1QBP后，Co-IP檢測顯示CD44v6和C1QBP在Pex中相互作用(圖6E)。此外，通過近距離連接(圖6F)和免疫熒光分析(圖6G)，我們發(fā)現(xiàn)了CD44v6和C1QBP在Pex孵化的HSCs膜上的結合。這些發(fā)現(xiàn)表明，CD44v6在傳遞外泌體CD44v6/C1QBP復合物中起重要作用。 公共比較毒理基因組學數(shù)據(jù)庫。
3.IRES序列
由于circRNA是共價閉環(huán)分子，沒有游離末端，因此circRNA的翻譯必須使用一種非經典的啟動機制，即不依賴5’-帽子的翻譯啟動。這種起始途徑往往通過IRES（內部核糖體進入位點）驅動，IRES是具有特殊二級結構的短RN**段。在病毒中發(fā)現(xiàn)并證明了大量的IRES元件，在一些特殊情況下，哺乳動物內源性的IRES元件也可以起始翻譯。作者團隊也曾針對circRNA中IRES元件進行了系統(tǒng)性的篩選驗證。數(shù)據(jù)庫也使用了所有可用的IRES信息作為支持circRNA翻譯的證據(jù)。 我們使用抗體陣列評估了表達PTEN- wt或PTEN- 398a的MCF10A細胞裂解液的應激反應和凋亡通路的活性。信號通路課題
英拜生物對實驗可行性分析。靶基因驗證課題分子生物學
LncExpDB提供101293個人類lncRNA基因（對應于331244個轉錄本）***且高質量的**。它包含了這些lncRNA在337個生物學條件下的豐富表達譜，這些條件屬于九個重要的生物學背景，涉及正常組織/細胞系、*細胞系、亞細胞定位、外泌體、細胞分化、植入前胚胎、***發(fā)育、晝夜節(jié)律和病毒***.此外，LncExpDB識別了25191個特征lncRNA基因，并表征了24508個lncRNA基因和17345個mRNA基因之間的28443865個共表達相互作用。
基于跨多個生物環(huán)境的綜合表達譜，LncExpDB具有增值管理和分析功能，可提供可靠轉錄的lncRNA基因。因此，我們發(fā)現(xiàn)92016個lncRNA基因（90.8%）得到可靠轉錄證據(jù)的支持（表達值閾值為1TPM），在九個生物學背景中分布不均。在可靠轉錄的基因中，大多數(shù)(82.6%)在至少兩種生物環(huán)境中表達，3318個lncRNAs(3.6%)在所有9種環(huán)境中表達。 靶基因驗證課題分子生物學
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經典通路研究，設計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
2.標書申請：提供標書課題設計、撰寫，標書部分基礎實驗的開展，設計的標書均符合科研前沿熱點，中標率很高。
3.提供熱點**文獻技術支持，探討科研前沿熱點研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關研究
4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗